普通的中国民众，在外来侵略不断升级的情况下，也开始了他们力所能及的反抗。
19世纪末，西方传教士被准许在中国传教和成立教会。在治外法权之下，不单教会的西方神职人员不受清政府管辖，一般中国信徒也常获教会庇护。地方上，基督教教会每每因为文化、风俗差异等各种原因，与地方民众发生冲突。部分不良教民欺压当地民众，而地方政府却往往因为惧于教会的治外法权，不欲与洋人作对而未能持公处理，造成教案。
当时社会有许多诋毁西方人的谣言，比如说洋人医院挖小孩眼睛制迷药、神父用特制器具吸男童阳精等，而一般中国百姓一向迷信这类传言，从而人人自危，对西方人及中国教友恨之入骨。
义和团应运而生。
义和团的成分极为复杂，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，后期也混杂进了不少流氓无赖，“上自王公卿相，下至娼优隶卒，几乎无人不团”使得义和团的组织极为松散，不利于集中力量打击敌人。义和团内部又可分为官团、私团与假团。
所谓官团是指接受清廷的招抚，向清政府挂号，接受清廷官员的统率，领取其粮饷。官团得到清政府的承认，听从其调遣。承认官团是清廷控制义和团的手段。
私团则大多系团民自发组织，带有很大的独立性。自行设坛或从事“灭洋”斗争。
假团则有其复杂性，一般说来，义和团是一个几乎人人可以加入的松散组织，但实际上，有很多义和团组织被清政府以“伪团”、“假团”的名义镇压。“假团”分两种情况，一是不服从清政府的统治并对其构成威胁，是清政府镇压和消灭义和团的借口。二是部分不良分子甚至教民假扮义和团横行不法，前者如“素不安分之徒，或投坛附和，或仿效装束，鱼肉良善。”后者如“奉教者皆扮成假义和拳会，各处寻仇杀人，北京西城尤多”。
义和团有自己的一套纪律，既有官方颁发的十条团规，也有自己独特的规定，如“毋贪财、毋好色、毋违父母命、毋犯朝廷法，杀洋人、灭赃官，行于市必俯首，不可左右顾，遇同道则合十”等。这些戒规在初期得到了较好的遵守，当时有人的记载就说明了这个问题：“看其连日由各处所来团民不下数万，多似乡愚务农之人，既无为首之人调遣，又无锋利器械；且是自备资斧，所食不过小米饭玉米面而已。既不图名，又不为利，奋不顾身，置性命于战场，不约而同，万众一心；况只仇杀洋人与奉教之人，并不伤害良民；以此而论，似是仗义”。
赵三多（1841～1901年），又名洛珠，字祝盛，人称“赵老祝”。义和团首领。早年他拜梅花拳传人张如纯为师，学得一身好武艺，好打抱不平，后来当了拳师，很受人拥戴，在各地设厂授徒，先后招收弟子二千多人，成为远近闻名的梅花拳首领。义和团运动失败被俘后绝食而死。由于德国在山东的侵略行径，使得山东人民对外国侵略者极为反感。早在1897年就发生了巨野教案，山东巡抚李秉衡因此被贬职。在此之后，山东的民教矛盾有增无减。1897年，山东冠县梨园屯村民与教堂因历史上的土地纠纷引起冲突。威县梅花拳师赵三多应村民阎书勤等的邀请，前往援助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。1898年6月，山东巡抚张汝梅上奏朝廷，认为义和拳本属乡团，建议“改拳勇为民团”。并明确说义和拳就是“义和团”，在清朝官员中首次提出了“义和团”的概念。同年10月赵三多等人在冠县蒋家庄竖起“扶清灭洋”的旗帜“起义”，遭清军镇压而失败。次年（1899年），山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。10月11日，蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义”。后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反洋教斗争比较同情。他罢免了蒋楷、袁世敦等，对义和拳采取剿抚兼施，以抚为主的措施，有说法指出正是毓贤改拳为团，还向朝廷上奏将民教矛盾的责任归结于教会一方。其态度遭到外国敌视，在列强交涉下毓贤被革去职务。但毓贤对义和拳也进行了镇压，在其离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团首领杀害。1899年12月，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
袁世凯接任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始血腥镇压复起的义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始向直隶等地转移。清政府严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压。1900年5月12日，涞水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷”。这次戕官事件使清廷大为震惊。随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面。
义和团的迅猛发展，使列强大为恐慌，他们纷纷要求清政府采取措施消灭义和团。在外国压力下，实际掌握政局的慈禧太后多次发布严禁义和团的上谕并组织军队进行围剿。但由于多种原因，一时难以扑灭义和团。在北京北堂（西什库教堂，当时是中国天主教的总堂）主教樊国梁的建议下，列强遂于5月28日提出派出“使馆卫队”进入北京，清政府先是拒绝，后被迫于31日同意，但提出“每馆以二三十人为率”，结果列强先后派出400多人进京，大大超出了清政府的限制。后来列强又派遣西摩尔带领2000人前往北京，这些行为对清政府形成了严重威胁。
对此，清政府一面继续发布镇压义和团的命令以消除列强派兵的理由，一面又调集军队进入北京以防不测。对外国人抱有敌意的董福祥所率领的武卫后军（甘军）即在6月9日被调入北京驻守，6月11日，日本书记官杉山彬前去迎接入京的西摩尔联军，在永定门外被甘军所杀。事后，大臣荣禄亲赴日本使馆道歉。
列强向北京强行进军，使清廷对义和团的态度开始出现转变。面对列强咄咄逼人的态势，清廷内部主和与主战，主剿与主抚的分歧更加严重。清政府于6月5日派赵舒翘和何乃莹，6月6日派刚毅去涿州“劝散”义和团，实为考察情况。结果刚毅的态度是“力言拳民可恃”，赵舒翘等也赞成采取招抚的措施。再加之载漪等官僚的鼓动，清政府逐渐开始承认义和团为合法组织，这种态度直接导致6月初义和团大量进入北京。
此后外国使馆卫队开展了“猎取拳民行动”，多次主动攻击义和团员，这种行为反而使得局面失控，愤怒的义和团在北京到处焚烧教堂和攻杀教民，并殃及今前门大街外的大栅栏地区，“京师富商所集也，数百年精华尽矣”。主和派官员袁昶指责克林德说：“门吏等方与步军统领议弹压京城内外，遵旨严拿首要，以靖地方而弭邻衅。不意德克使闇于事机，擅自拿办拳匪，以致激变”。而克林德本人则在6月20日去总理衙门交涉时与神机营章京恩海相遇，并被后者射杀，酿成著名的“克林德事件”。
从克林德被杀之后，在北京的外国使馆便成为攻击的目标。清廷围攻使馆的行动也是一桩争论不休的悬案。当时在北京的清军和义和团对于据守使馆区和西什库教堂的外国军队有压倒性优势，却始终不能攻下。
6月10日，列强不顾清政府的阻拦，正式组建八国联军，由在级别最高的英国军官西摩尔为统帅，美国军官麦卡加拉为副统帅，率军自天津向北京进发。
在局势紧张的情况下，慈禧太后连续召开御前会议，并最终作出了以武力阻止联军进京的决策，但以当时腐朽的清军，自然无法对抗外国的先进武器。
8月13日，联军进抵北京城下，1900年8月14日凌晨，八国联军对北京发动总攻，并攻破东直、朝阳、东便、广渠各门进入北京，董福祥的甘军和义和团坚持抵抗，而此时的慈禧见势不妙，遂带领光绪帝、隆裕皇后等与部分王公、太监于15日晨出神武门西逃。联军继续进攻北京，经巷战后于16日攻陷北京。12月10日列强成立管理北京委员会对北京进行统治。北京失陷也标志义和团运动失败。
慈禧在出走时发布上谕，将战争的责任推到义和团头上，并命令各地清军予以剿杀。义和团迅猛发展很大一部分得益于清廷的支持，在清廷态度变化后，许多义和团组织迅速消亡。
1955年，周恩来同志曾指出：“1900年的义和团运动，正是中国人民顽强地反抗帝国主义侵略的表现。他们的英勇斗争是五十年后中国人民伟大胜利的奠基石之一。”在义和团运动失败后，一些群众认清了清廷的本质，不再对其抱有幻想，转而提出新的“扫清灭洋“口号。
清政府对义和团的态度，从开始的镇压，到中期利用他们跟外国人对抗，后期失败之后又将责任推给义和团继续镇压。这三个阶段表明了当时清朝统治者的一种微妙态度，从此之后，他们再也不敢对外国人说半个“不”字。国家的权力进一步丧失，中国彻底地向着半殖民地的深渊滑去。
而普通的中国民众，在外来侵略不断升级的情况下，也开始了他们力所能及的反抗。
19世纪末，西方传教士被准许在中国传教和成立教会。在治外法权之下，不单教会的西方神职人员不受清政府管辖，一般中国信徒也常获教会庇护。地方上，基督教教会每每因为文化、风俗差异等等各种原因，与地方民众发生冲突。部分不良教民欺压当地民众，而地方政府却往往因为惧于教会的治外法权，不欲与洋人作对而未能持公处理，造成教案。
当时社会有许多诋毁西方人的谣言，如说洋人医院挖小孩眼睛制迷药、神父用特制器具吸男童阳精等等，而一般中国百姓一向迷信这类传言，从而人人自危，对西方人及中国教友恨之入骨。
“（洋）银必取中国人睛配药点之，而西洋人睛罔效，故彼国人死，无取睛事，独中国人入教则有之……（洋人）能咒水飞符，摄生人魂与奸宿，曰神合。又能取妇女发爪置席底，令其自至。取男童女童生辰粘树上，咒之，摄其魂为耳报神……甚或割女子子宫、小儿肾子，及以术取小儿脑髓心肝！”
“（北京西什库教堂）墙壁，具用人皮粘贴，人血涂抹，又有无数妇人赤身露体，手持秽物站于墙头，又以孕妇剖腹钉于楼上，故团民请神上体，行至楼前，被邪秽所冲，神即下法，不能前进，是以难以焚烧。又兼教堂有老鬼子在内，专用邪术伤人，固难取胜，反多受伤。”
教会除了传教之外也兴医办学、提倡破除陋习（如缠足纳妾）、传播新思想（如宪政、民主），与维新运动一样不可避免会引起守旧势力的仇恨。
义和团，又称义和拳，或贬称为“拳匪”。关于义和团的起源有四种说法：
1.白莲教说，这一看法的代表是劳乃宣的《义和拳教门源流考》。认为义和团起源于白莲教。
2.大刀会说，大刀会是清代华北由贫苦农民为主的一个团体，成员演练“金钟罩”，认为可以刀枪不入，也被认为是义和团的起源之一。
3.乡团说，也有部分人认为义和团起源于民间的乡团组织。
4.拳会说，在清代有许多传播武术的民间团体，如义和拳、梅花拳等，特别是义和拳在长期发展中蒙上了浓厚的民间宗教色彩，被认为是义和团的前身。
但不管怎样，在那个年代，义和团承担起了团结普通民众，抵抗外来侵略的历史重任。
义和团的成分极为复杂，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，后期也混杂进了不少流氓无赖，“上自王公卿相，下至娼优隶卒，几乎无人不团”使得义和团的组织极为松散，不利于集中力量打击敌人。义和团内部又可分为官团，私团与假团。
所谓官团是指接受清廷的招抚，向清政府挂号，接受清廷官员的统率，领取其粮饷。官团得到清政府的承认，听从其调遣，承认官团是清廷控制义和团的手段。
私团则大多系团民自发组织，带有很大的独立性，自行设坛或从事“灭洋”斗争。
假团则有其复杂性，一般说来，义和团是一个几乎人人可以加入的松散的组织，但实际上，有很多义和团组织被清政府以“伪团”，“假团”的名义镇压。“假团”分两种情况，一是不服从清政府的统治并对其构成威胁，因而被消灭，是其镇压和消灭义和团的借口。二是部分不良分子甚至教民假扮义和团横行不法，前者如“素不安分之徒，或投坛附和，或仿效装束，鱼肉良善。”后者如“奉教者皆扮成假义和拳会，各处寻仇杀人，北京西城尤多”。
义和团有自己的一套纪律，既有官方颁发的十条团规，也有自己独特的规定，如“毋贪财、毋好色、毋违父母命、毋犯朝廷法，杀洋人、灭赃官，行于市必俯首，不可左右顾，遇同道则合十”等。这些戒规在初期得到了较好的遵守，当时有人的记载就说明了这个问题：“看其连日由各处所来团民不下数万，多似乡愚务农之人，既无为首之人调遣，又无锋利器械，且是自备资斧，所食不过小米饭玉米面而已。既不图名，又不为利，奋不顾身，置性命于战场，不约而同，万众一心。况只仇杀洋人与奉教之人，并不伤害良民，以此而论，似是仗义”。
义和团运动后期，由于成员日益复杂，出现了许多违法乱纪的现象。
义和团具有朴素的爱国思想，对外国的侵略给中国带来的灾难十分痛恨。他们表示：“最恨和约，误国殃民；上行下效，民冤不伸”。还有些义和团组织更希望能使国家从屈辱的境地摆脱出来，如当时的红灯照就宣布要以法术“远赴东洋，索还让地并偿二万万之款”。
义和团存在大量的迷信思想，这是由于构成义和团员主体的中国农民在当时缺乏先进的思想武器，只能以落后的迷信思想来解释外国侵略者给中国带来的灾难。当时的义和团普遍认为中国的灾难是遇上了“劫运”，称“劫运到时天地愁，恶人不免善人留”。而灾难的源头就是洋人：“天无雨，地焦干，全是教堂遮住天”，这种认识对义和团的迅猛发展起到了重要作用。同时，义和团也把抵御外侮的希望寄托在超自然力量上，希望通过迷信仪式达到刀枪不入的效果，如《闭火分砂咒》：“弟子在红尘，闭住枪炮门，枪炮一齐响，沙子两边分”。宗教迷信观也是义和团进行宣传鼓动的形式，义和团在“请神”时“以降神召众，号令皆神语。传习时，令伏地焚符诵咒，令坚合上下齿，从鼻呼吸，俄而口吐白沫，呼曰神降矣，则跃起操刃而舞，力竭乃止”，用“升黄表，焚香烟，请来各等众神仙”的形式吸引群众。因而义和团运动中大量充斥着形形色色的迷信思想。
这些迷信思想在义和团运动的初期起到了一定作用：共同的迷信思想成为联结各个义和团组织的纽带，使义和团在组织松散的状况下仍能坚持斗争。义和团的迷信思想成为维持纪律的工具，据记载，义和团员“其受伤深重而不能复活者，大师兄遍搜其身，或偶携有他物，则曰是爱财，曾抢藏人物，故致死，万不能活矣，故多不敢辄抢”，故在义和团运动的初期，义和团能保持较好的纪律。迷信思想还起到了鼓舞士气的作用，在八国联军入侵初期，“拳匪信枪弹不伤之妄，遇有战事，竟冲头阵，联军御以洋枪，死者如风驱草。乃后队存区区之数，尚不畏死，倏忽间亦中弹而倒”。当然，迷信思想并不能在先进技术前取胜，故在义和团运动后期，迷信思想在很大程度上失去了作用，部分义和团员曾经高涨的士气衰落，天津六月八日义和团冒雨出战，练军以三炮相助，“洋人果出，仅三人。各执枪向团，团即反奔，途中自相语曰，天雨矣，可以回家种地矣，似此吃苦何益，次日即散去大半”。而义和团运动后期义和团员违法乱纪的行为则更是屡见不鲜。
由于封建思想的毒害，许多群众都有传统的忠君思想，在义和团运动中的“扶清灭洋”口号就是一个表现。不过，这里的“忠君”应该理解为效忠慈禧太后而非光绪皇帝。在义和团的口号中，就有“杀一龙二虎三百羊”，其中的龙就特指光绪皇帝，可见一斑。正因为如此，义和团也才会得到慈禧的重视，作为宫廷斗争中的重要力量。特别是在清廷对外宣战后，许多义和团员加深了清朝政府的幻想。在警告国闻报的揭帖中，义和团明确宣告“我皇即日复大柄，义和神团是忠臣”。许多义和团员受到顽固派官僚的操纵，有的甚至形同团练。不过，还有大量义和团组织有一定独立性，甚至不听朝廷号令。在那桐、许景澄奉旨与外国交涉时，走到丰台，为团民所阻，那桐等告以朝命在身，义和团回答说：“吾民知有祖师之命，不必问朝廷之命”。这部分义和团不但不问朝廷之命，有的还公然对抗朝廷官员，如清军副都统庆恒就被义和团所杀。有的义和团组织甚至与清政府决裂，如另立皇帝，“时城东王习村有乡人称帝，设军师、将佐诸目；旋为防营捕送保定，乃一少女子，为拳匪所拥以称乱者。”这种行为更是公开与清朝作对。
在义和团运动失败后，一些群众认清了清廷的本质，不再对其抱有幻想，转而提出新的“扫清灭洋“口号。
民众的反应与排斥，很快在全世界引起了轩然大波。
义和团中的神秘女性组织——“红灯照”
红灯照，是义和团运动中的女性组织之一。她们全身穿著红色装束，手提红灯笼，故称作红灯照。义和团中妇女与男性一样，大多来自于社会的中下阶层。例如天津红灯照的领袖黄莲圣母林黑儿，就是南运河下游十里一船户之女。1900年春，林黑儿之父被洋人无故逮捕入狱，增加了她对侵略者的仇恨。5月，在静海独流义和团首领张德成的支持下，准备在杨柳青设立红灯照坛口，因遭地主石元士反对，未遂。6月初，在天津城沿侯家后运河边设立红灯照坛口，自称“黄莲圣母”。她曾参加抗击八国联军的战斗，并带领红灯照救治在反侵略战斗中负伤的义和团团民。天津陷落时被八国联军所俘，不知所终。
加入红灯照的妇女们平时在她们师父的领导之下，会练习如挥刀、煽扇子等的功夫，训练常十分严格而辛苦。据说红灯照女性经过七七四十九天的练习之后，可步行水上而不湿，并可腾空而飞，又手中扇子一挥，则敌人大炮会不响，或者红灯投掷到哪，哪就是一片烈焰火海，其威力宛如现在的轰炸机。这些法术虽多半为迷信和宣传的幌子，但也因此吸引了更多的女性加入。
在义和团运动中，妇女主要参与包括医疗救护、情报的搜集、实际作战、以及宣传和团员心理上的支持等。在医疗方面，红灯照的黄莲圣母自称能医治各种病伤，因此向她求医之人甚多，而且据一些参与义和团运动的老年人的口述，她们真的医治好了不少受伤之人，并且称赞黄莲圣母的医术。在实际作战上，一方面红灯照经常四处出动，凭借她们的“法术”焚烧洋人房屋教堂及船只等，且常与义和团男性组织联合作战。红灯照成员们虽为女性，但在史料中记述许多人在战场上作战英勇，视死如归。此外，在东北也有红灯照组织对抗俄军的记载。在宣传和心理上，如黄莲圣母到铁铺买缧丝钉，却自称盗自洋人大炮，又宣称能用香灰治枪伤，又用各种神迹的宣传，使人们相信红灯照都具有神力，一方面使人们敬服，一方面能提振团众的信心及士气。另外有所谓“踩城”的制度，每隔七到十日出户绕村子跑，边耍刀边喊口号；又有“出风”，即在公共场合练功夫。借助这些方式，达到向大众宣传的效果。
红灯照女子虽努力于爱国反帝的运动，但毕竟其没有科学的指导思想，所倚仗的也是迷信的法术，同义和团运动中很多民间组织一样，在其后八国联军攻入天津，天津城破，黄莲圣母及城内的红灯照女性，或被抓被杀，或自缢而死，不少女子被抓时态度十分从容，亦有不少人求自杀殉死以保名节，其他地区的红灯照组织也随着义和团的失败而瓦解。
