1995年，李世光受邀回到台湾大学应用力学研究所任教，他与张培仁（同所教授）一起合组微机电系统实验室。当时，台湾的科研环境尚不鼓励研究团队，因为这会让人质疑科学家独立研究的能力。不过，李世光与张培仁早已察觉国际科研版图正快速变化，工程领域已经跨足医学领域。前瞻性的创新都必须靠跨域整合，单兵作战无法与国际级的研发团队竞争。
李世光决定筹组跨域团队，以IBM为标杆，立下团队使命：对学术没有影响力，不做；对台湾没有贡献，不做。1999年，有微纳米机电系统背景的台湾大学教授黄荣山加入团队，林启万与吕学士也相继加入，于是形成了“无线纳米生医团队”的雏形。
李世光认为，科学创新有两大基础：一是将实务问题转化为理论议题；另一个是将理论转为可用的系统。他要求入门弟子要会直接向国外设备商采购仪器。他认为，学会采购仪器，就学会制定仪器规格，也就学会重新组装设备。这样，学生便可以自己调整仪器，进行任何高难度实验。
李世光语重心长地说：“我们是做系统的人，如果连仪器设备规格都不懂，如何成为做系统的科学家？你必须自己查数据、定规格、直接和国际设备大厂下单，去学杀价、学采购。这样你才会知道系统设备的成本在哪里，顺便可以练习一下英文。”
李世光不要学生多念书，而是要学生认真练“基本功”，学习将实务问题重新定义为理论问题。在指导过程中，李世光常用浅显的例子帮学生锻炼基本功。他常以“倒车雷达”举例。工程人员会研究倒车雷达的定位问题，量测车身距离（1.5公尺或2.5公尺）。李世光教授却要学生从科学原理出发重新定义问题。
倒车雷达有一个压电片，以汽车电子机端传出超音波，让压电片产生瞬间震动，阻力要越小越好，才容易把超音波传导出去。但是，接收回来的超音波，阻力却要越大越好，才能测量汽车与墙壁之间的距离。通过这番讨论，李世光要学生由基础力学的角度、超音波传导原理，思考一个上亿元新台币产值的工程问题。然后，他再要求研究生分拆系统组件，将原理落实为应用。
另一个培训重点是跨实验室交流。李世光和无线纳米生医团队的几位主持人达成共识，让绩优学生到对方实验室去学习仪器操作。他会派研究生学习不同实验室的专业语言，形成对话基础，设法将医院里的大型量测仪器，缩小为50元新台币硬币大小的感测传输芯片。例如，理学院研究生对量测体内发炎指数的“电化学反应”，就与医学与工程背景的研究生对氧化还原的“电化学反应”有不同的解读。
这种跨域合作背后有一个隐性动机，李世光解释：“一开始，双方会各自表述、鸡同鸭讲一阵子，有时还会长达半年以上对不上话，影响到芯片制作进度。但是，通过跨实验室的合作，学生会学着走出自己的知识领域，跟不同科学背景的人沟通，发展出相互交流的语言。这样一来，他们以后合作时就会比较有默契。研究生也会理解不同专业设备的设计原理，甚至学会怎么样拆解对方的仪器。这种跨域交流没有魔法，只有想办法。”
李世光也要求研究生持续参与国际学术社群，而且必须向第一级的学术会议投稿。他自筹经费，支持研究生参加国际学术会议。在出国前，研究生要经过特训。他要求学生在月会上一再预演发表演说以及回应问题。他规定学生在出国前规划好要参与的学术活动议程，以及向国际学者请益的题目。
李世光幽默地说：“最好的培训方式就是把学生丢下海，让他自己去学游泳。等到他快淹死之前再拉他一把。国际学术圈是很挑剔的，问题问得不好，回答的方式不佳，人家就会说，我们这个团队退步了，而且消息传得很快。我要研究生知道，我们这个团队在国际上是很有名的，学生出国演讲这件事很重要，绝对不能丢团队的脸！所以，你一定要比别人更认真一点。”
有效运作研究团队必须佐以后勤支持。李世光设了4位专业行政秘书，负责安排会议行程与行政报账庶务，她们更管理项目执行，逐一检视计划书里的工作项目。计划结束时，她们协助完成年度报告，后勤工作完全不用研究人员操心。
李世光也集合硕士生组成“生活伦理委员会”，设置经理8位，由硕士班一年级的学生担任，每个月定期开会，为期一年，于来年交接给下一届学弟学妹。这个委员会负责采购作业、零件管理、财务出纳、人事甄选等事宜。李世光教授要学生在第一年亲身体验如何管理实验室。
实验室有60多名硕博士研究人员。要进团队不容易，新进研究生必须由所有实验室成员票选，依得票决定是否录取。李世光说明其背后的原因：“我们实验室就像一个家，新成员要进来，当然需要全家人同意。这样，新人进来后也才能取得多数人的认同。也因此，我们在征选新学生时，经常出现十多个研究生抢一个名额的盛况。”
李世光还有一个实验室管理秘诀，那就是“并行研发”作业。许多实验室都了解将发明转化为专利很重要。但多数实验室都是等研发完成后，才开始找专利工程师帮忙申请。这样的做法不但旷日废时，而且往往研究成果出来后，才知道误踩专利地雷，不得以只好再花时间进行专利回避设计。
李世光本身拥有80多个专利，熟稔国际专利布局。他设置了“知识工程师”一职，并亲自培养。在研发进行之前，知识工程师须做好专利分析。研发案启动前就可以避免侵犯专利，也可以找到影响力大的研究领域。研究案一展开，知识工程师就同步进行专利地图分析，启动专利申请程序。2003年“抗煞一号”从研发到商品化，短短21天内完成技转，便是知识工程师的功劳。
李世光半开玩笑地说：“因为你稍一不小心，IP（Intellectual Property，知识产权）就被别人注册了。再多一点‘不小心’，我们的下一代就要去当劳工了。”
为组建一个顶尖研发团队，李世光特别重视三件事：设定独特研究主题、储备研究资源以及栽培研究人才。为设定独特研究主题，团队核心成员要积极参与国际顶尖学术社群，追踪国际科研新兴议题。2002年，团队便抓住鼓励发展远程医疗照护的契机，为团队争取到6年期高达1.5亿元新台币的研究经费。
最后，顶尖人才也要有顶尖的福利才会安心做研究。一般大学里的助理教授，一个月扣掉劳健保费用，所剩无几。若扣除房贷、保险费、小孩保姆费用与各项生活开销，许多助理教授每个月就只能当个“月光族”。一位助理教授即使申请到70万元新台币的项目，也只能以低薪养活研究生与支付实验室的日常开销。
因此，许多助理教授在前三年不得不加入与自己研究主轴不相关的计划，或是兼差赚取外快。不务正业的结果是，大学内的助理教授离自己的研究主题越来越远。到后来，不但难有好的学术论文发表，没有专利产出，更没有充裕的研究资源，薪水收入更是少得可怜，只能哀哀兴叹。
在李世光的研究团队里，资深教授会带领助理教授专心做研究。助理教授没仪器，可以借资深教授的设备。助理教授不必烦恼研究经费不足，因为团队有经费。助理教授也不必忧虑升职称等问题，因为专心做研究，论文发表能量自然源源不绝。
在这个团队里，每个计划主持人一年新增的研究案至少在5件以上，另外还有来自产业委托的研究案，这部分资金可弹性用于采购昂贵仪器与补助出国经费。团队成员间的计划可以彼此支持，更让资金能整体充分运用。例如，无线纳米生医团队与台懋创投合作的电刺激感测芯片，和福华电子合作的动物检疫，以及和百奥生物科技合作的肝硬化先期检测系统，都为团队带来研究资源。
助理教授除了大学基本薪资、研究计划主持费，还有产学合作与专利智财收入。比起单打独斗的学术新兵，团队内助理教授的生活相对宽裕，而且充满自信。一位团队的年轻助理教授幽默地说：“以前逢年过节，亲友都会笑我对台湾经济贡献度太低，觉得我辛辛苦苦读到博士，收入却比电子工厂的工程师还低，让我听了很不是滋味。现在他们都不会再笑我是个穷书生了。我现在的收入不比美国实验室的科学家低。”
