11月1日3时，8纵、9纵向援敌侯镜如92军的两个师发起全线攻击。萧全夫指挥26师长途奔袭，一举突破敌人第一道防线。2日晨，我各路攻击部队将敌压缩在长不足20里，宽不足10里的狭小地域内。10时许，敌43师逃向义县，敌21师主力北渡大凌河，企图逃跑。萧全夫率师主力插入距义县仅10余里处的四方台，将敌退路切断，遂将敌21师大部聚歼。此战共歼敌6500余名，缴获轻重机枪100多挺。
部队进行短期休整后，于12月上旬发起冬季攻势。9纵奉命由朝阳东进，14日攻克北镇县城。16日和8纵一起包围新立屯守敌第49军之26师，随后在沈锦路以北活动，钳制沈阳与锦州之敌。12月底，9纵配合1纵围歼大虎山之敌，但敌已先期逃跑，遂将大虎山地区敌交通破坏。1948年1月，9纵先后参加了合围台安敌暂编18师和围歼沟帮子敌184师的战斗。1月底，9纵令26师围歼大凌河铁桥守敌5个连并炸毁铁桥。萧全夫出色地完成了任务，他率部不仅全歼守敌而且将大凌河铁桥彻底破坏。该师还配合27师将周围敌据点扫除干净，受到东总表扬。
1948年春，东北我军开展了轰轰烈烈的新式整军运动。在诉苦和“五整一查”的基础上，展开了群众性的战前大练兵。萧全夫到76团帮助开展军事练兵。他发现干部战士普遍求战心切，对练兵不热心，响亮地提出“苦练出精兵”的口号，一直在基层抓典型指导练兵40多天。在纪念八一建军节21周年时，全师举行了以检验训练成果为主要内容的运动会。纵队詹才芳司令员看完演练后兴致勃勃地说：“练兵成绩好，将来一定能打更大的胜仗！”经过大整训，大练兵，部队获得了军政双丰收，为迎接即将到来的战略决战打下了坚实的基础。
1948年9月，伟大的战略决战揭开序幕。萧全夫率部驰骋于东北、华北广大地区，先后参加了锦北穿插围歼战、锦州攻坚战、辽西大会战、营口追击战和天津攻坚等著名战斗，所到之处，所向无敌，攻无不克，为中国人民的解放事业立下了赫赫战功。
9月初，9纵参加锦北穿插围歼战斗，拉开了辽沈战役的序幕。锦州城北有帽山、鸡冠山等险山要点，并有三条公路一条铁路直通城内，形成锦州的天然屏障。锦北失守，锦州难保。敌在这一带形成了较坚固的支撑点式的防御体系，有万余敌人防守。12日，9纵经130里急行军，插入锦（州）义（县）之间，切断了锦义之敌的联系，迫敌龟缩于绵北之葛王碑、薛家屯地区。9纵奉命以“夜摸渗透战法”割裂敌锦北防线，切断敌暂编22师退路。萧全夫率26师在25师左翼奔袭大茂庄，以一个团围歼葛王碑敌人，师主力围歼薛家屯敌暂编22师。24日夜，在大茂庄进入战斗，进至温滴楼后，分路穿插。经激烈战斗，将敌大部歼灭，300余逃窜之敌亦被我25师消灭。此战，萧全夫指挥26师俘敌1300多名，打死打伤676名。26日，我27师攻占帽山。至此，锦北敌人全部扫清，共歼敌6000余名。战后，上级通报表扬说：“9纵虽然成立较晚，但他们是很有战斗力的。”
10月7日萧全夫率26师迂回到锦南，进行攻锦作战准备。参加锦州攻坚战共有五个步兵纵队、一个炮兵纵队和一个坦克营20余万人。2、3纵队，6纵队17师，炮兵纵队主力和坦克营大部担任主要方向的突击任务，由城北向南并肩突击；7、9纵担任辅助方向的突击任务，由城南向北并肩突击；8纵由城东向西突击。锦州城墙高4米多，宽2米，火力发射点密布。城南筑有地堡群，与城内的高大建筑物构成交叉火网。墙外各高地、交通要道筑有永久性工事，周围设铁丝网。小凌河南岸有地雷场。26师的任务是，与25师并肩，在炮纵野榴炮四个连的支援下，在中央大街（含）以东的太子街实施突破后，迅速向东扫清牡丹街之敌，向敌6兵团司令部发动进攻。当7纵攻占罕王山以西敌诸要点之时，萧全夫率26师主力攻歼罕王山以东诸要点之敌。10日拂晓，攻占了女儿河南岸敌全部阵地。“尖刀连在太子街和牡丹街之间一举突破，高举红旗，前仆后继，冲上城墙，把红旗牢牢地竖在突破口上。尖刀部队乘胜突入城内，与敌展开争夺战。萧全夫令师二梯队投入战斗，76团攻占老爷庙后，全师分3路向纵深穿插。经逐街逐楼争夺，全歼双庙守敌千余人，并向敌6兵团司令部南侧、东侧攻击前进。当日23时左右，26师主力及2、3纵队各一部对锦州敌核心阵地——6兵团司令部达成合围。在兄弟部队配合下，26师炸毁敌地堡9个，铁丝网数道，攻占敌陆军医院，消灭敌火力点多处，越过外壕，于15日4时10分突入敌兵团司令部院内，并与友军一起全歼了敌兵团司令部。15日18时，锦州攻坚战胜利结束，全歼守敌10万余人，其中9纵歼敌1.5万余人，生俘敌东北”剿总“上将副司令兼锦州指挥所主任范汉杰、第6兵团中将司令卢浚泉。战后，东北野战军总部评价9纵”全纵奋发努力，进步甚快，9纵给予26师76团、78团等单位通令嘉奖。
锦州解放，东北形成“关门打狗”之势。9纵奉命北上参加辽西大会战，开进途中，因部队太多，道路拥挤，东总令9纵随8纵之后，由右路攻击敌人。当9纵主力进入大虎山时，整个战场已进入最后围歼阶段。该纵仅由萧全夫率领的前卫26师投入了围歼廖耀湘兵团的战斗。10月26日，总部急令9纵由大虎山南下，火速赶往营口，断敌海上逃路。纵队即率25、27师昼夜兼程赶往营口。萧全夫指挥26师在辽西会战中歼敌一部，俘虏敌71军军长向风武之后，作为纵队预备队，撤出会战，赶往营口。11月2日拂晓，9纵向营口市区发起进攻。26师冲破敌层层防线，很快攻入市内，扫荡被分割包围的残敌。10时许，战斗结束，共歼敌1.4万余人。
1948年11月中旬，中央军委发布全军统一编制命令，9纵改称中国人民解放军第46军，下辖4个师，原26师改称137师，萧全夫任师长，李振声任政委。
11月18日，中央军委决定，东北野战军立即结束休整，取捷径以最快速度隐蔽入关，突然包围唐山、塘沽、天津三处敌人，断敌海上南撤的通路。萧全夫率137师担任左兵团先头部队，于22日从驻地牛庄出发，夜行晓宿，经16天1400里的长途跋涉，于12月9日秘密进至冀东迁安县建昌营。12日夜，该师进军北宁路，沿线守敌望风而逃。13日，师先头411团猛追唐山逃敌，经9小时急行军追至芦台，敌弃城逃遁。411团2营紧追不放，在青坨子抓住敌军一部，不待主力赶到，即向敌发起攻击，仅8分钟就全歼守敌1100多名。410团抓住敌汉沽守桥部队一部，409团3营很快插入汉沽以南之茶淀切断敌退路，全歼敌守桥部队。410团又转兵北塘，在140师一部配合下，北塘车站守敌两个团一触即溃，狼狈逃向塘沽。18日，137师受命赶赴津东重镇军粮城迅速完成对敌包围。萧全夫接到命令，即率部南下。军粮城守敌两个团惧怕被歼，于当日仓皇西撤逃向天津。我先头部队赶到歼敌一部，遂占军粮城，切断了津塘之敌的联系。19日夜，该师在敌炮火封锁下突破海河，攻到津南，横扫咸水沽敌军。敌新城盐警六个大队畏惧我军强大攻势，不战而降。我其他各师也都圆满地完成了任务。至此，津东、津南敌据点悉数拔除干净。
12月底，东北野战军决定攻打天津。
天津，东西窄、南北长。北部敌兵力强，南部敌工事强，中部兵力、工事均较弱。东野前指确定采取东西对进，拦腰斩断，先南后北，先分割后围歼的作战方针，令46军及配属的145师由南向北实施攻击，与两支友军会师于跃华中学（现26中）聚歼南部守敌。萧全夫带领的137师担任主攻，与145师并肩实施突破。
天津东南角距城防不到千米有敌一外围据点——灰堆，自成独立的防御体系，并与城内守敌成犄角之势，驻有守敌四个保安团和一个支队近4000人，是攻城前必须除掉的障碍。萧全夫率137师和138师一道于1949年1月5日3时进入进攻出发地。萧全夫指挥410团利用夜暗，插到灰堆与天津之间，拂晓攻敌，经三小时激战，拿下灰堆造纸厂，关上了敌人后退的大门。8时整，担任主攻的137师411、414团在炮火掩护下，向灰堆守敌发起冲锋，仅5分钟就打开突破口。后续部队迅速插入纵深投入巷战。与此同时，413团一举攻占大何庄，转兵灰堆。灰堆守敌在我几面打击之下企图逃进城内，天津城内守敌亦出城增援。萧全夫指挥的410团在腹背受敌的情况下，发扬死打硬拚的精神，顽强阻击两面敌人一次又一次冲击，使敌增援、突围均未得逞。战至下午1时，灰堆战斗胜利结束，全歼守敌3800余人，其中生俘敌少将白英杰以下3200余人，敌津南城防直接暴露在我军面前。
14日10时，我军向天津城防发起总攻。津南城外有一条宽10米、水深近2米的护城河，河外侧设有铁丝网、鹿砦和布雷场，河内侧有高6米的土墙，墙上有铁丝网、电网，每隔30米还筑有一个地堡。10时40分，萧全夫指挥137师409团冒着敌人的密集弹雨，强行架桥冲击，但连续三次均失利，桥被炸坏，架桥分队十有九伤，支援架桥的7辆坦克也被打坏。该团1营连续派出的4个爆破组，除一人外全部伤亡。接着又派出由一位排长率领的24人爆破队直扑铁丝网，结果19人牺牲，5人受伤。该团3营发起5次爆破也未能成功。萧全夫站在团指挥所背后的大砖窑上，作为一个师的指挥员，他看着一批又一批倒下去的战士，心如刀绞。但他很快意识到，为大部队开路，为把红旗插上天津城头，需要我们不怕伤亡，不怕牺牲。他立即组织炮火支援409团重新发起冲锋。在两个尖刀连拼命冲击下，突破敌三道铁丝网，跨过护城河，炸毁敌碉堡，于13时30分把红旗插上天津城垣。随之与敌展开激烈争夺，连续打退敌11次反扑，把突破口扩大到400米。跟进部队相继打进突破口。这时，由于145师突破口打不开，严重威胁137师突击部队左侧安全。在军炮火支援下，萧全夫指挥137师立即向左侧进攻，把突破口又扩大400米，有力地配合了145师占领城防。至15日时，阵地几经易手，137师突击部队共粉碎敌10余次进攻，巩固了突破口。与此同时，萧全夫组织137师部分部队在友邻配合下，攻占了前后尖子山，敌南线防御体系从此瓦解。为实施近战指挥，萧全夫冒着敌人的猛烈炮火，火速赶到硝烟弥漫的突破口，他判断守敌已成强弩之末，便指挥部队兵分三路，配合友邻部队直捣敌巢。萧全夫紧随先头部队行动，在他指挥下痛歼土城、爱德里、南楼一带守敌，接着又歼敌两个团。13时30分，萧全夫乘胜指挥137师主力歼灭了凭借工事顽抗的敌43师指挥部。至15时，我各路攻城部队全歼天津守敌，活捉敌天津警备司令陈长捷和天津市长杜建时，解放天津。
天津战役，46军突破津南坚固城防，参加纵深战斗，歼敌2.6万余人（不含145师战绩），缴获颇丰，萧全夫作为主攻师师长立下了汗马功劳，展示了他勇猛顽强的战斗作风和善于用兵的优秀指挥才能。
1949年1月下旬，萧全夫率部开赴河北霸县地区，执行改编傅作义部队的任务。从2月上旬开始，部队进行了以政治为主的短期集训，指战员认清了国民党反动派的反动本质，丢掉了和平幻想，坚定了将革命进行到底的决心。
4月中旬，萧全夫率部在军的编成内向江南进军。22日，部队进至冀县、南宫县一带，接到毛主席、朱总司令“向全国进军的命令”，给部队极大的鼓舞。经43天2200余里的长途跋涉，于5月下旬，进抵武汉以北的滠口镇。为渡江作战，在这里有针对性的进行了为期一个月的军政训练。
7月5日，萧全夫奉命率部以战备行军的姿态，继续向南挺进。11日由武汉渡过长江，于20日兵临长沙城下待命。8月4日，程潜、陈明仁两将军正式发出起义通电，古城长沙兵不血刃宣告和平解放。
长沙和平解放后，白崇禧仍企图作垂死挣扎，于赣西、湘东、粤北地区布防，引我主力深入，企图与我进行最后决战。46军执行先遣任务，压缩白崇禧集团。137师奉命沿粤汉铁路南进驱敌，保护沿途桥梁的完整，以保障野战军主力迅速南进。
8月5日，担任开路先锋的137师从春花山出发。7日，进至渌口东北黄票塘、李家坳一带，发现敌58军暂1师在渌口至高沙以东地段，依托渌水南岸有利地形布防，企图阻击我军前进。不怕敌人抵抗，就怕敌人逃跑的萧全夫，立即组织部队强渡渌水。
萧全夫指挥强渡河川战斗。为打好这一仗，他进行了周密的侦察和精心的部署，以极其隐蔽的手段完成了进攻准备。8月10日4时，向敌发起攻击，经15分钟激战，突破了敌58军暂1师的河防。敌河防被突破后争相逃命，137师转入追击，将逃敌歼于淦田以北地区。
9月间，桂系部队麋集于以衡阳为中心的衡（阳）宝（庆）、衡（阳）耒（阳）之线及湘西南各地，企图在湖南境内与我军决战，借以争取美援，待机反攻。我4野首长抓住这一战机，决定发起衡宝战役。46军在衡阳至耒阳线以东地区，钳制湘东之敌，协同4野主力在衡宝之间歼灭白崇禧集团主力。137师奉命在沫水北岸抓住敌人，使其不能西撤。萧全夫组织精干小分队，不断出击，经常与敌保持接触，进行多次拉锯作战，拖住该敌使其难下西逃决心，一直对峙至9月下旬。9月29日，乘敌48军与58军226师调换防务之机，137师开始追击。10月1日，中华人民共和国成立的那一天，萧全夫率师主力渡过淡米水，消灭了南岸敌人后，即向敌226师翼侧平田圩方向前进。7日，强渡耒河，沿粤汉路两侧向霞流市、大堡、衡阳方向急进。8日晨渡过湘江，直逼衡阳城。由于我军进军神速，守卫湘桂铁路大桥的敌指挥官竟来不及下炸桥命令便逃跑了。我军夺占铁路大桥，俘获待命炸桥的敌士兵，突入市区，守备衡阳的警察大队和自卫大队300余人全部被歼。湖南第二大城市衡阳宣告解放。
衡阳解放的当天，萧全夫率师主力渡过湘江西进，执行围歼逃敌之任务。经三日冒雨急行军，于11日进抵洪桥，将两营南逃的敌人歼灭。10月14日，衡宝战役胜利结束。
衡宝战役后，46军奉命组织湘南党政军委员会，并兼任湘南剿匪指挥部的工作，统一湘南剿匪指挥。
活动在湘南百人以上的股匪有56股，千人以上有7股，总计3.5万余人。首先发起嘉（禾）兰（山）临（武）战役，集中打击国民党军统局王春晖与谢声溢之两股万余最反动的敌人。11月下旬，萧全夫率部自洪桥以远距离迂回动作，沿湘桂铁路前进，于12月1日解放江华。继以三昼夜急进，隐蔽翻越七凝山最高峰大洪岭及海拔1200米的烂泥坳，通过200里人烟稀少的瑶民区，于4日进到黄竹砻、三江城一线，随即包围了南风坳，封闭了华阴、九凝两山区。5日，分四路向兰山城推进，途中冒雨追击，歼敌一个保安团，并将包围圈向内推进了200余里。至此，我各路进剿部队将敌分割包围于塘村、竹管寺及毛峻、洞桨为中心的方圆30里的地区内。6日，萧全夫指挥137师由南向北猛攻，在棉花地、天鹅寨等战斗中，歼敌2200余人，活捉敌交警14总队总队长李治民。在嘉兰临战役临近结束之时，萧全夫指挥409团进抵永明，将反共救国军第12军围歼于狮公桥和大石桥地区，生俘匪首中将军长陈平裘、参谋长罗克毅以下200余人。
1950年1月，137师开进零陵地区执行剿匪任务，为统一指挥军队与地方武装，成立了分区剿匪司令部，萧全夫任司令员，地委书记刘慎之任政委。
零陵地区，万山重叠，岗峦起伏，地形险要，山路崎岖。民国以来，这里就是一个土匪窝子。白崇禧曾把这一带看作是他的“命脉所在”，有计划地留下了一大批所谓“敌后武装”，企图在这一带积小胜为大胜，打出个相持局面来。这些土匪，大半以老兵游勇作骨干，作战力虽不强，但都是土生土长，所以打散较易，打烂就难；打败较易，歼灭就难。剿匪初期，土匪极为嚣张。2月初开始进剿，按照湖南军区提出的“肃清散匪、捉净匪首、收光匪枪”三条标准，组织部队结合开展政治攻势，反复搜剿。到6月底，137师和零陵分区共歼匪4000余人，圆满地完成了上级赋予的如期平息匪患的任务。
残匪采取了“隐蔽潜伏，秘密发展，积蓄力量，待机再起”的活动方式，一面组织所谓“地下军”，一面寻机打入我农村政权、民兵武装内部，妄图与我长期周旋。针对这种情况，萧全夫把剿匪工作的重点放在发动群众上，以班为单位全面铺开，一面剿匪，一面使部队工作队化，配合地方政府大力开展宣传和调查工作，揭露谣言，打击坏分子的捣乱行为。对于那些经教育争取仍不悔改的土匪，给予从重惩处，严重匪犯交人民政府处决。对成分不纯的农会、民兵组织进行整顿，通过诉苦，挖穷根、匪根，提高政治觉悟。与此同时，部队利用一切机会，为群众大办好事，赢得了群众的真心拥护和爱戴。群众真正发动起来后，残匪无法潜伏，剿匪部队犹如长上了千里眼、顺风耳，捷报频传。仅八九月份，就歼匪800多名。同时，在群众的配合下，摧毁了一大批隐藏很深的敌特地下组织，消除了隐患。
为配合湘西会剿，坚决消灭湘西回窜土匪与湘南内地潜匪，保证秋征土改任务的顺利进行，10月下旬，萧全夫召集武岗、隆回、城步三县地区紧急军事会议，作了周密部署，在他的统一组织下，部队向湘西与桂北边缘地区合击包剿20余次，打击回窜内地的股匪近20股，歼匪900余人，有力地配合了湘西会剿，并为桂北恭城地区解除了严重匪患，使湘南内地社会秩序日趋稳定。
1950年12月，萧全夫升任46军第一副军长兼参谋长。
1951年1月，46军胜利地结束了在湖南的工作任务，奉命开赴广东海陆丰地区，担负保卫海防任务。
1952年1月，中南军区组织军师主要领导干部14人，由41军副军长李福克和时任46军副军长的萧全夫率领入朝学习，参加了第五次战役，5月回国，6月萧全夫升任46军军长。
1952年9月，萧全夫奉命率46军入朝参战。这使关注朝鲜战争、求战心切的萧全夫极为兴奋。部队在极短的时间内，即做好了一切准备，由广州军运安东（今丹东）。全军于9月14日至22日跨过鸭绿江。28日到达平壤以北顺安、新安州地区。11月1日接替42军北起清川江口南至甑山70公里西海岸防御任务。
12月底，46军（欠137师）与配属的40军120师、炮42团及炮44团，开赴第一线，接替40军西自板门店东小河起，东至基谷里近29公里的正面防御任务。这时，自恃装备优势，不甘心达成停战协定的美伪军，大肆进行战争叫嚣，企图由东西海岸线登陆，以打破僵局。接防后，萧全夫立即到一线勘察地形，熟悉阵地，拟定作战方案，囤积物资，加强前沿工事，并以先前沿后纵深，先主点后次点，先坑道炮阵地后其他工事，在每一线阵地及纵深10余里地域内，以坑道为主结合野战工事的阵地编成原则，全军53个连队展开了紧张的备战工程作业，到3月中旬完成了主要作业，至停战时止，全军共增加坑道277条，全长近22公里，各种掩体和炮阵地2860个，指挥观察所175个，交通沟、堑壕76公里以及许多储水池、反坦克壕等工事，使阵地达到绵密有体系，基本上奠定了“守得住”的作战信心。
萧全夫遵照积极防御和零敲牛皮糖的作战方针及“稳扎狠打，由小到大”的作战原则，在初步于1953年2月开始，一线部队即普遍和积极地开展了小部队缓冲区（敌我空白区）争夺战和阻击手、游动炮歼敌运动。并将缓冲区的战斗推向敌前沿铁丝网内外，达到了“遇必打，打必歼”的作战要求。至3月中旬，基本上控制了缓冲区的主动权，有力地保证了主阵地的安全，并给反击作战创造了条件。
在小部队活动取得经验之后，萧全夫组织部队于2月26日首次向守备梅岘里东山土耳其旅一个排、马踏里西山美陆2师5团两个加强排又一个加强班反击，全歼守敌，并在五天打击敌人的反扑中歼敌1200余人，巩固了梅岘里东山。初战的胜利，极大地鼓舞了部队的士气，初步坚定了“攻得下，守得住”的信心。
在我军的沉重打击下，4月26日，中断达半年之久的朝鲜停战谈判终于恢复。但是，美伪军并不想很快达成协议，仍企图拖延战争，以保持紧张局势。为了配合停战谈判，促进停战的早日实现，根据中央军委指示，志愿军首长决定以西线为重点，以打击美军为主，对敌发起夏季攻势。萧全夫受命指挥在主要方向上的46军及配属的两个步兵师、一个工兵团（欠一个营）、三个炮兵团又八个炮兵营，于正面选一两点有利地形，对敌攻击。攻占后，以大力与敌反复争夺，歼敌有生力量，并巩固已得阵地，改善我之阵地。
这是萧全夫第一次指挥这么多的部队，感到责任重大。而且，敌我双方阵地都已相对稳固，就是争夺一个小点，也要集中力量进行殊死的搏斗。46军当面之敌是号称“王牌”无敌手的美军第1师。为了给这个美军王牌师以教训，萧全夫受领任务后，再次爬上前沿阵地侦察，选择攻击目标，组织干部对预选目标进行沙盘和图上作业，周密地制定作战方案。然后他又组织部队进行针对训练和演练，在全军集中力量完成坪村南山重点（也是兵团重点）反击作战准备时，由于攻击部队一战斗组长投敌，暴露了攻击计划。萧全夫为慎重和确实查明敌之变化，派部队向坪村南山主峰进行战役侦察性的反击作战，全歼守敌三个排。与此同时，又以136师一部兵力反击马踏里两山和梅岘里东山，全歼守敌一个加强排和一个连。经三天反复争夺，巩固了阵地，并把阵地向敌方推进了一平方公里多。此战后，由于李承晚公开叫嚷“反对朝鲜停战”，要北进“单独干”，我军作战对象转为以李伪军为主，对美国及其仆从军不作大的攻击，致使坪村南山重点反击未能实施。
为打击李伪军并教训美军，东线我军展开了宽大正面的突破作战。为配合东线作战，萧全夫组织部队多次进行反击和攻歼作战，至7月27日停战时止，共攻克敌两个连又12个排的阵地，打垮敌一个班至3个营的反扑130余次，歼敌4000余名，巩固了梅岘里东山和马踏里东、西山。给敌以沉重打击，有力地配合了停战谈判的顺利进行。
46军在守备作战的6个半月中，先后对美陆战第1师、美2师、美25师，英联邦第1师，土耳其旅等9个国家的军队9.6万余人，作战156次，共歼敌1.4万余名（内俘敌149名）。7月28日，萧全夫作为板门店前线部队的代表，参加了彭总在开城举行的隆重的停战协定签字仪式。停战后，著名作家巴金曾到46军。他被该军的英雄事迹深深吸引，连续采写了《在英雄连队里》、《魏连长和他的连队》、《记栗学福同志》等文章，颂扬了这支英雄部队。
在朝鲜战争中，萧全夫战功卓著，荣获朝鲜民主主义人民共和国一级勋章一枚。
1954年，萧全夫从朝鲜归国后，进入南京军事学院战役系学习。经过三年学习，受到了系统的军事理论、战役战略学的教育，多年征战的实践经验得到理论升华，完成了一个高级指挥员的必修课。1955年10月，他被授予少将军衔，荣获二级八一勋章、二级独立自由勋章和一级解放勋章。毕业后，他重返46军继续任军长。
1962年2月，萧全夫调任沈阳军区副参谋长，分工抓作战和训练。他虽然在正军这个职位上干了10个年头，但仍兢兢业业地工作，积极协助参谋长和军区领导，在东北的设防、战备、部队训练及“军事大比武”等项工作中做出了较好的成绩。
1966年，“**********”开始了，萧全夫和其他老同志一样，陷入了不理解和紧张、吃力的应付状态。在“******”挑起的“揪军内一小撮”的狂浪中，他也受到了莫名其妙的冲击。他被机关的所谓“造反派”无端地围斗了四天四夜。他感到痛苦和委屈。但他不甘消沉，在“红头文件”、“最新指示”中努力寻求能理解、能撑腰的东西。“抓革命，促生产，促工作，促战备”这条“最高指示”，为他提供了精神支柱和用武之地。
1968年5月，萧全夫升任沈阳军区副司令员兼参谋长。他忍辱负重，坚守工作岗位，做了大量的工作。这期间，军区许多急难险重的任务都是由他去完成的。
1969年3月2日，苏联边防军，在装甲车、指挥车的掩护、指挥下，悍然入侵珍宝岛，首先开枪打死打伤我边防战士多人。我边防巡逻队被迫进行自卫还击。3月4日后，苏军出动边防军和坦克、装甲车、飞机，连续入侵珍宝岛，并炮击我边境纵深地区。为制止入侵，保卫边境，萧全夫受命率沈阳军区前指，赴黑龙江省虎林县五林洞指挥了珍宝岛自卫还击作战。这场保卫祖国领土的斗争，是在“****”****、现场兵力不足、调运部队和调拨支援武器弹药困难的情况下，以劣势装备同装备精良，拥有先进坦克、装甲车、飞机、大炮，并在数量上占优势的苏军较量。前指最高指挥员萧全夫，坚决贯彻中央军委的作战意图，动员、组织参战边防部队、民兵和人民群众，发扬“一不怕苦，二不怕死”的革命精神，英勇顽强，连续作战，并适时向中央、军委汇报斗争情况和事态的发展变化，认真执行“有理、有利、有节”的斗争原则，给入侵挑衅者以应得的惩罚，胜利地保卫了我国的神圣领土，捍卫了中华民族的尊严。珍宝岛自卫还击作战创造的经验和斗争艺术，在中国人民解放军边防斗争史上，又写下了辉煌的一页，具有一定的指导意义。
珍宝岛战斗后，萧全夫不再兼任军区参谋长之职，而以主要精力抓中蒙、中苏边境国防工事建设和东北的小三线建设。为此，他的足迹踏遍了东北的山山水水，为东北地区的设防和小三线建设做出了显著的成绩。在此期间，他还担任东北“八三”工程领导小组组长，自1970年到1975年的整整五年间，领导创建了我国第一条大口径、长距离输油管道。这条管道，总长达4270公里，建成后，使大庆产的石油箱输送到东北的各个炼油厂，为我国新出现的工业部门——管道输油工业的创建和发展，做出了重要贡献。他还率领部队执行了营口、海城地区的抗震救灾和辽河地区的抗洪抢险等任务，保护了人民生命财产，深受灾区人民崇敬。
1975年1月，萧全夫被选为全国人民代表大会代表，出席了第四届全国人民代表大会。1977年，被选为中国共产党第十一次全国代表大会代表。从此，他更加勤奋地工作，协助军区主要领导，在整顿军队，拨乱反正，搞好战备，抓好部队的教育训练及施工、生产等项工作中，发挥了重要作用。
1980年1月，萧全夫调任乌鲁木齐军区司令员。这是中央军委赋予的重托。当时中苏关系紧张，新疆地处国防前线，战备任务很重。他感到责任重大，决心竭尽全力，在前任领导同志打下的基础上，为保卫祖国西北边陲奉献余生。这时，他虽年逾花甲，但壮志凌云，雄风犹在。他到职不久，即和刘海清副司令员率工作组行程万余公里，风尘仆仆，视察边防。之后，他和军区其他领导同志一起，根据中央军委邓小平主席提出的“军队要像个军队的样子”的指示精神，大刀阔斧地开展了各项工作。有四项工作在全军产生较大影响。
针对新疆地区的特点萧全夫提出：“驻疆部队要抓的工作很多，但最主要的是抓好两条：一是加强战备，二是搞好民族团结。”为此，他写了《切实搞好军政军民团结，进一步发展社会主义民族关系》、《新疆部队要搞好民族团结必须抓好四件事》等文章，在报刊杂志上发表，他还在各种会议上反复强调尊重少数民族、搞好民族团结的重要性。他还号召“广大指战员积极主动地多为当地少数民族做好事”。他对培养少数民族干部的工作更加重视。在他的倡导下，新疆部队普遍开展了“爱祖国、爱边疆、爱各族人民”的“三爱”教育和广泛深入的民族政策的再教育；积极支援地方重点工程建设，大张旗鼓地开展军民共建和为各族人民大办好事的活动；大力培养军地两用人才，不断为开发和建设新疆输送骨干力量。在各项工作中，萧全夫身体力行，带头为部队做好样子。就是在他退居二线的前夕，仍然到北疆铁路建设工地参加劳动，到自己的军民共建联系点吐鲁番地区检查指导工作。他任职期间，在军地双方的共同努力下，新疆的军政军民和民族团结空前加强。
萧全夫重视抓部队的战备训练。到新疆后他积极贯彻中央军委“积极防御”的战略方针和军委******主席“要把训练放在战略问题的一个重要位置上”的指示，于1982年组织了游击战、小规模运动战和坚守要点的阵地战的试验性演习；1983年，又组织了反空降作战、城市反空袭斗争试验性演习。这“三战”、“两反”演习，是在新疆举行的规模空前的现代战争条件下诸军兵种联合作战演习，是对部队作战指挥、政治工作和后勤保障等项工作的大检阅、大促进。从而提高了新疆部队合成军协同作战的能力和军民一体战的斗争艺术，对于运用现代化综合、整体作战手段，全方位、有重点地对付敌人从地面和空中袭击，探索了新对策。这对指导军区部队的建设和备战，起到了全面的推动作用。
萧全夫到新疆后还下力气狠抓了部队的正规化建设，提高了部队的正规化水平，有效地恢复和提高了部队的军政素质和战斗力。
在抓新疆的边防建设事业中，萧全夫也倾注了大量心血。他到职仅两年多，就跑遍了新疆几千公里的边防线。巍巍的阿尔泰山，气势磅礴的天山，莽莽的昆仑山，世界屋脊帕米尔高原，到处都有他的足迹。当他看到多数边防部队驻守条件十分艰苦，物质、文化生活极差，而英雄的边防战士为了卫国戍边，不顾个人得失，日夜警惕地为祖国、为人民站岗放哨时，更驱使他关心、爱护边防部队。强烈的事业心、责任感驱使他豁出命也要把边防建设好。他说：“如果边防建设搞不好，就是对祖国和边防战士没尽到我当司令员的责任，我就愧对祖国、愧对战士、愧对那些把儿女交给我们的父母。”他多次向军委反映边防战士的艰苦生活，提出加强边防建设的建议。1982年4至7月，在总后和军区联合调查组对新疆边防建设情况进行了全面细致的调查之后，萧全夫于9月初向杨得志总长洪学智部长汇报了新疆边防情况，得到总部首长大力支持。军委决定从1983年起，用三年时间全面建设新疆和西藏阿里（新疆部队代管）边防，从而开始了新疆边防史上第一次大规模的建设活动。军区党委把边防建设当作硬仗来打，提出了“三年任务两年基本完成，第三年扫尾”的战斗号令，从两级军区到各边防军分区和边防团，普遍成立了由主要领导或主管领导挂帅的边防建设领导小组，设立了相应的办事机构，建立了严格的组织指挥责任制。萧全夫身体力行，亲下边防前哨指导帮助。
在一次下边防中，他冒着生命危险，按计划看完了战斗在“无人区”、“永冻层”、“生命禁区”的边防战士和施工部队，终因劳累过度，住进医院。
三年边防建设，使新疆边防设施、物质文化生活等方面发生了可喜的根本性的变化：所有边防连都通了公路，结束了一些边防连运送物资靠人背肩扛牛羊驮运的历史；所有边防连都通了电话，结束了一些边防连队多年来单靠无线电指挥联络、干部战士生病靠“电报会诊”的历史；所有边防连和一些边防军分区、人武部，已经或即将建成坚固保暖的营房，结束了住简陋危破营房和地窝子的历史；多数边防连的物质、文化生活有了明显改善，吃上了新鲜蔬菜，有了电灯，安装了闭路电视，有了文体活动场所等。三年挥汗战高原，万里边防展新颜。指战员为此载歌载舞，欢呼这个历史性的变化。部队在唱英雄、颂英雄的同时，把萧全夫等军区领导关心边防建设的事迹编成文艺节目，广为宣传。
萧全夫在乌鲁木齐军区工作近6年的时间，始终燃烧着一颗火热的心。他那强烈的事业心和责任感，正派、求实的作风，认真抓工作的科学态度和魄力，不顾疲倦、一往无前的拼命精神，关心部属、爱兵如手足的将军风度，以身作则、为人表率的模范行动，以及他同政委谭友林的亲密团结，深深地影响和带动了军区一班人以至整个部队。在军区党委的坚强领导下，军区各项工作搞得红红火火，卓有成效。中央军委和人民解放军总部的首长，评价乌鲁木齐军区的领导班子“政治强、团结好，是一个抓工作的班子。”
1982年9月，在****第十二次全国代表大会上，萧全夫当选为中央委员。在1985年9月党的十二届四中全会上，他被增选为中央顾问委员会委员。在党的第十三次全国代表大会上，他继续当选为中顾委委员。
1985年底，萧全夫在完成了军区体制改革、精简整编任务后，退居二线。1986年10月，他患大面积肺炎与败血症，差点被死神夺去生命。出院后，他带着有病的身躯，继续为党的事业和部队的建设发挥余热，进行调查研究，先后撰写了《喜看草原巨变——伊犁哈萨克自治州牧区经济八年发展调查》、《部队对军衔问题的一些反映》、《南疆之行汇报提纲》、《吐鲁番葡萄生产基地的建设成就》、《关于部队情况的调查报告》等10多篇调查报告和文章，在报刊杂志上发表或提供给有关领导。
1988年8月1日，中央军委授予萧全夫一级红星功勋荣誉章。
2005年2月4日，萧全夫因病在北京逝世，享年89岁。
