公元318年，司马睿在王导和他堂兄王敦的拥护下，登上王位，开创了东晋王朝，史称晋元帝。开始时，晋元帝司马睿十分敬重王导和王敦，但是等到帝位巩固之后，司马睿便开始着手培养自己的心腹，对二人也渐渐产生了怀疑。
王导是个有涵养的人，他对晋元帝的心思一清二楚，却始终安然自若。但是脾气急躁的王敦，却仗着自己手握兵权，认为皇帝也奈何不了他，于是就写了个奏章来要挟晋元帝。
晋元帝毫不退让，他让自己的心腹掌握了一些兵权，去对抗王敦。这可把王敦气坏了。公元322年正月，王敦在武昌举着“清君侧”的大旗，发动了兵变。晋元帝十分生气，派戴渊、刘隗率领兵马，前去应战。
王导担心王敦的所作所为会连累自己，便每天早上带着宗族子弟去等候朝廷的降罪。
一天，王导碰到了正准备入朝的周
（yǐ）（字伯仁），急忙喊住他说：“伯仁兄，我想跟你谈点事。”周不想被别人猜疑，便没有回应他。可是，在上朝的时候，他却对晋元帝大说王导的好话，还在奏折上竭力担保王导没有谋反之心。最终，晋元帝不再怀疑王导。不一会儿，周从宫门中走出来，看到王导依然在那里等候，由于周不是表功之人，所以他没有说话便走开了。
不久，王敦攻陷了建康城，这下晋元帝可急坏了。这时，周却针锋相对地指责王敦。王敦一怒之下，就去询问王导是否可以把周杀掉。王导想到周不理睬受难中的自己，这时便也沉默不语了。于是，王敦很快就把周杀掉了。
后来，在王敦退兵后，王导对旧档案进行清理，发现了一封替自己求情的奏章，打开一看，竟是周写给晋元帝的。王导这时才知道自己犯了个大错。明明知道自己能救周的性命，却不肯出手相助，最后害得周送了性命。这全是因为自己对周心怀不满造成的啊！
看着周的奏章，王导痛哭流涕，他感叹：“虽然周伯仁不是我亲手所杀，但他却是因为我才枉送性命的啊！我实在是对不起他，就是我死了以后，也没脸去见他了！”
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王导的用人方针
王导做扬州刺史时，派属官到本州各郡考察政治。考察官回来都向王导报告郡太守得失，只有顾荣的族子顾和不说话。王导问他所到的地方都有些什么事？顾和说：“你是国家首辅，应该让吞舟的大鱼也能漏出网去，何必计较地方官的好坏？”王导连声称赞他说得对。这时，其他人都自悔失言。陈颧曾致信王导说：“西晋所以灭亡的原因，在于用人不当，重虚名不重实用，看门第不看真才，政事败坏，不可挽救。现在应该改变旧习，分明赏罚，拔贤选能，共谋中兴。”可是王导不听他的劝告，听任参佐避事自逸，清谈误国，而把屡发正论的陈颧贬为郡太守。明帝死后，王导和庾亮同受遗诏，共辅幼主。当时庾亮以望重地逼，出镇于外。有人向王导进谗，说庾亮可能举兵里应外合，劝他提防。王导说：“他若来了，我就‘角巾还第’，有什么可怕呢？”他虽然表现为恬淡无为，不计进退，但他在心里却不服庾亮，骂庾亮是“尘污人”。
