绿色食品生产应从作物一病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。优先采用农业措施，通过选用抗病抗虫品种，非化学药剂种子处理，培育壮苗，加强栽培管理，中耕除草，秋季深翻晒土，清洁田园，轮作倒茬、间作套种等一系列措施起到防治病虫草害的作用。还应尽量利用灯光、色彩诱杀害虫，机械捕捉害虫，机械和人工除草等措施，防治病虫草害。特殊情况下，必须使用农药时，应遵守以下准则：
（1）生产AA级绿色食品的农药使用准则。①允许使用AA级绿色食品生产资料农药类产品。② 在AA级绿色食品生产资料农药类不能满足植保工作需要的情况下，允许使用以下农药及方法： 中等毒性以下植物源杀虫剂、杀菌剂、拒避剂和效剂。如除虫菊素、鱼藤根、烟草水、大蒜素、苦楝、川楝、印楝、芝麻素等。释放寄生性捕食性天敌动物，昆虫、捕食螨、蜘蛛及昆虫病原线虫等。在害虫捕捉器中使用昆虫信息素及植物源引诱剂。使用矿物油和植物油制剂。使用矿物源农药中的硫制剂、铜制剂。经专门机构核准，允许有限度地使用活体微生物农药，如真菌制剂、细菌制剂、病毒制剂、放线菌、拮抗菌剂、昆虫病原线虫、原虫等。经专门机构核准，允许有限度地使用农用抗生素，如春雷霉素、多抗霉素（多氧霉素）、井冈霉素、农抗120、中生菌素、浏阳霉素等。③禁止使用有机合成的化学杀虫剂、杀螨剂、杀菌剂、杀线虫剂、除草剂和植物生长调节剂。④禁止使用生物源、矿物源农药中混配有机合成农药的各种制剂。⑤严禁使用基因工程品种（产品）及制剂。
（2）生产A级绿色食品的农药使用准则。①允许使用AA级和A级绿色食品生产资料农药类产品。②在AA级和A级绿色食品生产资料农药类产品不能满足植保工作需要的情况下，允许使用以下农药及方法：中等毒性以下植物源农药、动物源农药和微生物源农药。在矿物源农药中允许使用硫制剂、铜制剂。有限度地使用部分有机合成农药，应按GB 4285、GB 8321.1、GB 8321.2、GB 8321.3、GB 8321.4、GB 8321.5、GB 8321.6的要求执行，并严格按其要求控有药量与安全间隔期，并符合其最高残留限量的要求。此外，还需严格执行以下规定：应选用上述标准中列出的低毒农药和中等毒性农药。严禁使用剧毒、高毒、高残留或具有三致毒性（致癌致畸、致突变）的农药。每种有机合成农药（含A级绿色食品生产资料农药类的有机合成产品）在一种作物的生长期内只允许使用一次。③严禁使用高毒高残留农药防治贮藏期病虫害。④严禁使用基因工程品种（产品）及制剂。
