早在袁世凯将段祺瑞和冯国璋南北对调时，王士珍、徐树铮等人就提出了冯国璋在南方前线战功卓越、不易临阵换将的意见，但是袁世凯却称冯国璋深得朝廷中满清贵族的信任，北京防务只有他来担任才能得到同意，而段祺瑞的威望和指挥能力不在冯国璋之下，完全能够胜任前线指挥。
历史按着袁世凯设定的路程发展着：内阁成立以后，他立即奏请有载沣的亲弟弟载涛接替徐世昌出任军咨大臣，并兼任禁卫军总统，以安抚皇室。
随后，他又向清廷建议说：“当此干戈扰攘之际，皇族必须亲自出征，以为各军表率。”这个建议理由十足，满族亲贵无词反对。而一向胆小怕事载涛，不顾众位亲友的奉劝，坚决自请解除兼职。然后，袁世凯又将满清贵族中唯一一个称得上将才禁卫军训练大臣兼该军第一协协统良弼调任毫无军权的军咨使，而对刚刚被封为二等男爵、天天向清廷表示天恩高厚，感激涕零，愿意粉身碎骨以报的冯国璋出任禁卫军总统的任命，几乎没有遭到清廷的任何反对。
早在进北京的火车上，袁世凯就分别向自己的幕僚征求解决南北两方面的计策，徐树铮根据他在前生的记忆，隐约地告诉袁世凯南方革命声势浩大，难以动用武力平叛，而他们也不会接收责任内阁的“招安”，应该继续着手推动南北会谈，并争取收拢民心，逼退清廷，建立民国，争取大总统之位。
然而徐树铮刚刚提到创建民国时，立即被袁世凯臭骂了一顿，早已被袁世凯惊吓多次的徐树铮知道他能骂出来，就说明他已经成为了袁世凯眼中的自己人，作为一个有着皇帝梦的改革派，袁世凯在还没有完全认识到民主革命是无法阻挡之前，是不会低下高傲的头颅。
而后袁克定却表现出了少有的热情，但是听到徐树铮的讲解之后，尤其是告诉他，建立民国之后，不仅不能搞世袭制，终身制，甚至他老爹当上总统都可能是指一个盖章的空架子时，这位大公子的兴趣立即就消失了。
但是，袁世凯在北京忙着布局后方的时候，南方一份份电报，逐渐促使这位善变的领导人开始考虑徐树铮没有说完的建议。
就在袁世凯接受朝廷任命的前一天，远在香港的同盟会军事领导人黄兴已经偷偷进入了武汉，在黎元洪搞出了一出“登台拜将”的演出后，革命党拒绝接见袁世凯的和谈代表。
就在袁世凯的责任内阁正式宣布就职的16日，终于等来了湖南援军的黄兴，下令并分三路进攻汉口，经过恶战至27日，段祺瑞率领的北洋军彻底击溃湘鄂联军，占领了汉阳，黄兴败逃上海，致使湖北日知会等小革命团体对同盟会的崇拜日益减弱。
但是武昌起义时失踪的蒋翊武却及时出现，并被推举接替黄兴出任革命军总司令，同时湘军刘玉堂一协再次开到，在保卫革命首义之地的号召下，革命军在武昌周围的大小君山、磁基山、京口等处构筑防御工事，并在沿江地带加强房屋。
虽然武汉前线战势尚可，但是南方政治中心南京（当时成为江宁）的前线，清军却节节败退。
早在11月3日，江苏省的上海，就在光复会和同盟会的共同领导下，以上海军警为主力，攻克江南制造局，上海光复，陈其美被推举为沪军都督。
11月4日，光复会在杭州起义，浙江咨议局议长、立宪派代表汤寿钱出任浙江都督。
5日，江苏巡抚程德全在苏州宣布就任江苏都督（苏州是江苏的第二省会，巡抚府在此地，江宁为两江总督所在地），张謇有咨议局议长担任议会议长。此时南京城内驻扎有新军第九镇和张勋的江防营。张勋原在河道总督许振袆家当书童，几经辗转，成了北洋淮军的管带。袁世凯小站练兵是，他的部队奉命听调，会碎袁世凯到了山东，升任淮军副将。1900年八国联军进北京时，他奉命北上“勤王”，在居庸关外追上“两宫銮驾”，被慈禧封为淮军翼长，随后调到东北归东三省总督徐树铮节制，直到1910年调任江南提督。在整个北洋中，乃一异类，岁自命为北洋大将，属下确实却非北洋新军，而是淮军旧部，并且是北洋中真正能够得到朝廷信任的忠臣（清廷对冯国璋的信任与他相差甚远）。
程德全在苏州宣布独立之后，张謇为首的江苏咨议局和各界绅商就劝说两江总督张人骏宣布独立，但是南京的军权死死地控制在张勋和江宁将军铁良的手里，年逾古稀的张人骏，哪还有什么政治野心，乖乖交出权力之后，就守在府衙内胆战心惊地养老去了。
袁世凯在徐树铮的提醒下，一边任命张勋会办江苏军务，授以保卫南京的大权，一边令他注意新军的动向。
在铁良和张勋的猜疑下，南京城内第九镇十八标在统制徐绍桢的带领下于11月8日发动起义，接过以失败告终，退往镇江。此时，驻守镇江的第九镇第十七标已经在镇江起义，在光复会的促使下，组成了光复军江浙联军，徐绍桢担任总司令，负责进攻南京。
11月22日，在得到浙江、上海光复军的支援下，江浙联军手下攻克了南京外围的乌龙山和幕府山，12月1日，占领制高点田保城，南京攻防战胜败已定。当日张人骏和铁良躲进日被领事馆，通过日本兵船逃出南京城。张勋虽然得到了袁世凯任命护理两江总督的奖励，但知道大势已去的他率领江防营残部北渡长江，直到徐州才止住连败的脚步。李辅京则在徐树铮的争取下，担任新的徐州总兵，同调徐州清军，协助张勋守卫山东的南大门。
南京是南中国的政治中心，更是自古以来的兵家必争之地。南京在汉阳失守以后第四天光复，不仅把长江中下游联成了一片，挽救了湖北革命军的不利形势，而且开辟了第二战场，控制了全国第二交通大动脉津浦铁路南端。加上之前云南、贵州、安徽、广西等省也先后宣布独立，清廷和袁世凯所能掌控的地区仅省下东北和华北了（西北、西藏影响力太小，咱不统计），尤其是像程德全这样的封疆大吏俄倒戈，迫使袁世凯不得不相信徐树铮提议向革命党妥协的正确性。
而在南方革命党眼中，张勋的江防营根本无法与袁世凯的北洋六镇相比，南京攻防战的胜利，并不能说明革命党就有能力战胜北洋军，反攻汉口却丢汉阳的教训令他们心中任然胆寒。所以在袁世凯再次提出和谈的时候，并没有断然拒绝，在黎元洪的推动下，武汉地区率先打成了停战协议，辛亥革命进入了南北和谈的新时期。
