虽然萧衍多才多艺，但作为一个皇帝，和其他很多的皇帝一样，萧衍也是猜疑心重，忌惮开国元勋。在功臣当中，应该是范云和沈约的功劳最大，谋划、辅佐他登上了皇帝宝座。但萧衍并没有重用他们。建国开始时范云就病逝了，萧衍也没有重用沈约，而是让其他的人主持朝政，反过来，萧衍还经常斥责沈约，后来，沈约也病死了。
萧衍对功臣吝啬，但是对于自己的皇室亲属却是另外照顾，照顾得有些徇私护短。然而有两个人却做了让萧衍十分头痛的事情。一个是他的六弟萧宏，一个是他的次子萧综。萧宏在窝藏杀人凶手时，萧衍也不加惩罚反而加封官职，妄加纵容。萧宏也不知恩，更加肆无忌惮地胡作非为。最后，竟和自己的侄女，也就是萧衍的大女儿私通，两个人还谋划着要篡夺萧衍的皇位，结果派人刺杀萧衍时，事情败露，刺客被抓，最后处死。萧衍的女儿知道自己罪孽深重，也没脸再见父亲，于是自尽。萧衍没有怪罪萧宏。后来萧宏得病而死。
萧综是萧衍的次子，但是他的母亲吴淑媛原来是东昏侯萧宝卷的妃子，跟了萧衍后，仅七个月就生下了萧综。萧综并没有受到萧衍的歧视，萧衍封他为王，还做将军。但吴淑媛自己失宠之后，由于对萧衍的怨恨，就把七个月生萧综的事告诉了萧综。
萧综自己也开始怀疑自己实际上是萧宝卷的孩子，于是按照当时的民俗，悄悄挖开萧宝卷的坟，用自己的血去滴萧宝卷的骨头，结果血渗进去了。他犹自不信，又杀了自己的一个儿子用骨血来试，结果又渗进去了。这下萧综深信不疑了。萧宝卷当年杀了萧衍哥哥一家，萧衍于是起兵反齐，成功以后就杀了萧宝卷全家。萧宝卷的弟弟萧宝寅还在北魏做着镇东将军、雍州刺史、开国公。这两家姓萧可谓仇深似海。从此，萧综就觉得自己是萧宝卷的儿子，和萧衍更为疏远了。后来，梁和北魏在边境发生冲突，萧衍让萧综领兵，督率各军作战。但萧综却投奔了北魏，北魏很高兴，授予高官厚禄。萧综还改名为萧缵，并表示为东昏侯服丧服三年。萧衍听说后，非常生气，不但撤消了给他的封号，还把吴淑媛废成庶人。后来，萧衍听说萧综有回来的意思，就让吴淑媛给他送去小时候的衣服。但萧综却不愿意回来。不久，吴淑媛病逝，萧衍又起了恻隐之心，又下诏恢复萧综的封号，给吴淑媛加了谥号为“敬”。
这两件事情对萧衍的打击是很大的。建国开始的时候，萧衍重视儒家思想，还自己亲自写《春秋答问》等书，解答大臣们的疑问，直接倡导了好的学习风气。但发生了上述的两件事情后，再加上萧衍的年纪增大，萧衍对当皇帝似乎有些心灰意冷，开始信奉佛教。他一方面大倡佛道，大修寺院。称帝后他先后造大爱敬寺、大智度寺、同泰寺等，座座规模宏大，极尽壮丽，耗费无数钱财。于是上行下效，各地争相修造，到处都是寺院，仅建康一地佛寺达五百余所。后来唐朝的诗人杜牧在追溯这一历史时写到：“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”可见当时佛教寺庙之兴盛。
萧衍晚年笃信佛教，已经到了自己去出家当和尚的地步。527年，萧衍第一次舍身入寺，当了3天主持和尚。回到皇宫后，他下诏天下大赦，并改元大通。隔两年，萧衍第二次舍身入寺，这一次他脱下御衣衮服，于寺中沐浴，再穿上法衣袈裟，居住寺中，用绳床瓦器。接着他亲自主持法会，向5万善男信女宣讲《涅经》，再次宣布舍其肉身于寺中，并自号三宝奴，以示彻底出家，并一连十多天不肯回朝。群臣惶恐，急忙聚钱1万万献给“佛爷”，请求赎回“皇帝菩萨”，和尚们见有这么多钱，当即默许。但萧衍却死活不肯出寺。群臣无可奈何，只得一齐长跪于寺门外，叩请皇帝还宫理政，跪请反复三次后，他才极不情愿回到朝廷。萧衍如此这般，先后4次舍身寺院，其最大功德，就是让寺院赚钱数万万。由于萧衍身体力行，梁朝几乎全国人人信佛；各处寺院也都成为敛财之所。结果，社会财富大量流入佛寺、大量劳动力成为僧尼，国家的人力、财力、物力都受到极大损失，进一步加剧了梁朝的社会危机。
在这种情况下，在萧衍统治末期爆发了侯景之乱。侯景是当时的大军阀，因在北朝混不下了，便带着自己的地盘来投降萧衍。萧衍召集群臣商议，当即就有人指出侯景这人品行不端、反复无常，容易构成祸患。但萧衍早已昏聩迷乱，听不进许多人的中肯之言，便委派大将萧渊明专程往河南接应侯景来附，并授侯景大将军、封河南王，并都督河南诸军事。侯景是个反复无常的小人，后来见机召集了10万之众反叛梁朝，并很快包围建康，打破皇城，堂堂梁武帝转眼间成为瓮中之鳖。梁武帝招降纳叛，换得的只是国破家亡。侯景在控制局面后，自封都督中外诸军事，大丞相，录尚书事。同时，将萧衍囚禁台城，不许与人接近，始则有人送些粗食裹腹，后来连粗食也不给送，让其活活饿死。萧衍先是沉迷佛教、不理政事，继而是非颠倒、忠奸莫辨、引狼入室，以至国破身死，结局实属可悲，也是势所必然。
萧衍虽然结局悲惨，但是在位时间达48年，在南朝的所有皇帝中列第一位。萧衍能在乱世中坐在皇帝的宝座上这么久，离不开梁朝的两位军事奇才的帮助。他们就是韦睿和陈庆之——两位有着传奇战绩的名将。在南北朝的历史上，出现了像刘裕、拓跋焘、檀道济、杨大眼、斛律光这样的武艺超人、勇猛无敌的军事将领。同时，也出现了一位像诸葛亮那样运筹帷幄、决胜千里、指挥若定的儒将，他就是韦睿。
