在军事围剿的同时，清廷也不断地进行政治宣传，意图瓦解姜瓖叛军及其追随者。顺治六年（1649）正月十六（2月26日），清廷宣谕山西地方文武官员军民人等：
姜瓖作乱惧诛，结党聚众造作讹言，诈传欲杀官吏军民等语。尔等千万别信以为实，参与叛乱。朕思人情，岂有不安生而自求死亡之道理？不过是无知愚民被讹言所诱，或有畏死偷生为苟且一时之计者。天下之民，皆吾赤子，朕既作民父母，若无故诛戮，将何以取信天下？朕不忍尔等愚昧就死，故特颁谕旨一概赦免，若于赦到之日就能悔然悔悟，痛改前非，翻然来归，宥其前罪仍与恩养。如若执迷不悟，仍信姜瓖之言，自取灭亡。大军已到，不得已而后降者不在赦例。
为了进一步瓦解大同城内的官民，减轻清军攻城的压力，清廷在围城、筑墙、掘壕，四面包围大同城的同时，反复宣谕大同城内官吏军民人等，建议他们或执缚叛逆来献，或杀姜瓖来归，并许诺只有这样做才可以保全父母妻子。《清世祖实录》卷42第5页记述道：
姜瓖自造叛逆大罪，摇惑众人，诱陷无辜，尔等被围城中，无所逃避。止因姜瓖一人作恶，遂致无罪众人同陷死地。朕命大军围城筑墙掘壕，使城内人不能逸出，然后用红衣大炮攻破，尽行诛戮。若尔官民人等于未筑长围之前，有能执缚姜瓖来献，或杀死姜瓖来归者，准赦前罪，仍行恩养。不惟尔等免死，即尔等之父母妻子亦可因此而保全矣。尔等宜速图之。
平叛战斗仍在激烈进行，双方互有胜负，一度出现拉锯战。顺治六年（1649）正月二十四日（3月6日），平西大将军和硕英亲王阿济格奏报：叛将刘迁攻代州，据其外关，章京艾松古、游击高国胜并蒙古兵300余人全被围困。阿济格派遣多罗端重郡王博洛、多罗承泽郡王硕塞等率兵往援，竖云梯猛攻外关，蒙魁等相继先登，大破之，斩贼渠郎芳，刘迁遁去，代州城围解。
与此同时，山西巡抚祝世昌督饬各部绿营兵协助英亲王阿济格的八旗精兵，经过反复激烈的交战争夺，连续收复了宁武、偏关、繁峙、静乐、保德各州县，晋北地区多为占据。
顺治六年（1649）二月十四（3月26日），鉴于大同城坚防严，久围难下，清顺治帝命摄政王多尔衮亲自出马，总统内外官兵征剿大同。二月二十（4月1日），摄政王多尔衮率大军驻扎古儿班口，有蒙古喀尔喀硕雷汗下七人携妻子归顺。据悉硕雷汗骑兵勇猛敢战，其全部人马距此只有十天的路程，散处于野。多尔衮于是改变原定计划，决定出张家口趋喀尔喀，利用这支军事力量，迅速派遣人员征调外藩蒙古骑兵。
三月初一（4月12日），多尔衮率大军驻扎在桑干河一带，派遣官员至浑源州，宣谕城中官民：
因姜瓖叛逆，军麾直指大同，闻听此城尚未归降，故移师至此。姑念姜逆煽乱，浑源百姓无辜受害，现在正是春耕下种大忙时节，尔辈倘若能引罪迎降，不仅不究尔等小民同流合污之恶，且当更加轸恤。令尔等各归村亩，乘时耕种，迷途知返，尚不为晚。倘若怙恶不悛，知错不改，久据孤城，自误生业，沦落祸败，我军已大举压境，谁能为尔等宥免？如若不信，可令人前来瞻视。如果诚心归顺，即使原来的知州守备各官，甚至于姜逆所置伪官，亦勿顾虑前非，怀疑观望，我将宣布朝廷抚辑至意。王言一出，驷马难追，决无反悔，否则天下之人谁还信我大清？
次日，浑源军民不听劝降，摄政王多尔衮大怒，指挥大军一鼓作气拔取浑源州城，屠杀城中老小无数。三月初六（4月17日），清朝大军进至寇家寨，定西大将军多罗敬谨郡王尼堪启报：固山额真库鲁克达尔汉阿赖等屡次战胜，斩伪巡抚姜辉兵马无算，伪参将罗暎坛献印札，率所部400人投降。多尔衮闻报甚喜。四天后（4月21日），原随姜瓖的应州参将张祖寿、山阴县知县颜永锡等慑于清军兵威，各率军民人等出城到摄政王多尔衮军前投降，应州、山阴不战而下。三月十二（4月23日），摄政王多尔衮基本扫除大同外围各县的叛军，旋师至大同，遣人临城宣谕：
浑源州凭城坚固不服劝降，我已率大军攻克一举荡平，应州、山阴各县也都已闻风纳降，归效顺从我大清。我今已统兵来此，尔姜瓖速开门迎降，予当宥尔，免尔一死。倘若今天招尔不降，等尔势穷力孤之后，虽想归顺，悔之也晚，决不答应。现在大兵云集，尔岂能在重围之中逃脱获纵呢？与其不识时务，自取死亡，不如幡然悔悟，速来归顺。
守城陴兵士将此意告知姜瓖。姜瓖半信半疑，派使者出城来说：“摄政王果真至此，可将皇帝诏书拿来。”摄政王多尔衮便将顺治皇帝的诏书交付来使。谕旨曰：
尔等创为逆谋，谅必有所困迫，因而肆乱，决无自取祸败之理。大同阖城百姓，悉吾赤子，傥必不尔贷，则株连非少。向使他人至此，尔或顾畏弗从，予兹躬临，可欢然来顺。如来归顺，庶阖城获苏，予方欲天下之人戴吾恩德，尔姜瓖诸罪悉与赦免。谕到可即出城，自恩养如故，勿更怀疑虑，以贻害阖城官民也。予来尔不归顺，则再无生路矣。予言一出，脱有反复，天下之人谁复信之？
姜瓖得旨，仍然犹疑，为了拖延时间，修固城防，采取缓兵之计，于是假意派人复信试探称：
征西前将军臣姜瓖谨启，臣自甲申年五月间闻摄政王驾入燕京，不远千里，率领边塞兵民归附清朝，其首降功绩已久在睿鉴之中。五年以来，殚心毕力，统众弹压，未有毫发罪过，臣可谓克尽厥职矣。但上不推诚以待，不惟臣一人未蒙升赏，而效忠归顺之民亦阽危已极，且选出各官又肆行凌虐，民益难堪。顷者英王师至催办粮草，绅士军民苦不可当，动辙欲行杀戮。臣与大同一方百姓，委原属无辜，谁肯座而守死？似此苦楚虽神明如我摄政王何由得知？使各官诚能体上意、奉上法，洁己爱民，则尺一所至，三晋三秦必且乱萌顿消矣。其如大同兵民忿怨不胜，胁臣起事，何不然，臣母年将八旬，臣子尚在襁褓，何忍轻身家而蹈此，致冒罪于我摄政王乎？臣与诸将士兵民无穷苦衷，正欲伸诉于王前，幸驾俯临，父母孔迩，安敢背逆？但众心反侧，不肯轻放臣出耳。况阖城之人，矢志誓死，王纵开诚肆赦，谁敢遽信？是惟更降一旨，明指以全活之方。若不开恩，臣惟率众以俟，无他想望矣。王如果有别谕，幸遣使来示于御河桥上，臣将敬受之。
摄政王多尔衮览信大怒，正欲举兵，适逢和硕英亲王阿济格的两个福晋出痘而死，多尔衮令阿济格先回京城料理家事。但英王阿济格不恤家难，书信回报：
王躬摄大政，正在为国不遑之际，若不乘此效力，更于何时？今余不复希冀富贵，但以丈夫重名誉，欲佐命效力，俾后世垂名史册，尔以妻死之故弃大事而归，有是理乎？
摄政王阅书信大喜，益加嘉勉，赠英王阿济格名马两匹，高级鞍辔两副。
顺治六年（1649）三月二十七（5月8日），端重亲王博洛奏报：“祖马路、得胜路叛贼兵马5000余，由大同北山出发，设立二营，来逼我军。护军统领鳌拜、巴图鲁，昂邦章京阿喇纳等拼死力战，破贼一营；梅勒章京谭布、护军统领车尔布奋力杀敌，破另一营。”姜瓖闻两路援兵至，遂率兵千余骑出城应援，计划内外夹击，打败清军。鳌拜等奋不顾身，勇猛进击，斩首殆尽。8天后，定西大将军和硕英亲王阿济格收复大同左卫，该卫叛军悉平。顺治帝命敬谨亲王尼堪由左卫往围大同。四月二十七（6月6日）另一路叛军攻陷汾州，危逼太原。清廷一面命端重王博洛为定西大将军，由大同统官兵前往讨伐；一面派遣屠赖率将士前往省城太原，增加太原的防卫力量。
五月二十七（7月6日），征西大将军端重王博洛率兵克复山西清源、交城、文水、徐沟、祁县等地，解除了叛军对省府太原的威胁。随后不到半月，博洛又派梅勒章京谭布击败攻围平阳的叛军，叛军渡黄河遁逃，平阳、汾州相继平定。
七月初一（8月8日），顺治帝命摄政王多尔衮第二次率大军出征大同。未几，山西巡抚祝世昌疏报：平阳府盗贼蜂起，各属州邑相继失陷。蒲州游击武韬、中军许世德、夏县知县刘之屏俱死难。不久，平阳人虞允、韩昭宣、白漳、张万全等打起“反清复明”的旗号，年号永历，率兵攻陷蒲州、临晋、猗氏、河津。晋南再度出现混乱，恰逢陕西总督孟乔芳、户部侍郎额色督率将军根特带兵渡过黄河，始将韩昭宣、白漳、张万全等击败。
蒲州、临猗、河津虽暂时收复，但晋南、晋中战场双方仍在紧张激烈地较量厮杀。八月初，征西大将军和硕亲王满达海刚克复朔州、马邑等处，定西大将军端重亲王博洛又报：叛军万余围绛州、浮山，梅勒章京罗硕督旗兵与之交战，大破之，斩获首级2000余。其时，希尔根也率领一路旗兵在亲王满达海的指挥下，很快收复了太谷、长子、潞安、永宁、岚县，绿营猛将梁化凤独领一支绿营兵血战晋中，进攻孝义。但孝义城坚墙厚，几度进攻不利，遂以火药入地穴，药发城崩，遂拔取孝义。民军3000余犯寿阳，复败之，斩首级千余。不久，梁化凤又在平遥、祁县、介休、辽州、榆社、徐沟、清源一带转战，大小战斗接连22次，大获全胜，并以军功显著而升任参将。
清军虽屡战屡胜，但反清武装此起彼伏，一多半州县时服时叛。顺治六年（1649）八月初七（9月13日），端重亲王疏报清廷：
平阳府所属临汾、洪洞、赵城、浮山、汾西、乡宁等27州县，已附者十七州县，未附者十州县；汾州府所属平遥、孝义、介休等十州县，已附者二州县，未附者尚有八个州县；太原府所属清源、徐沟、交城、文水等13州县，已附者六州县，未附者七州县。兹奉旨令驻防兵马留镇太原，出征大兵俘掠反叛地方，俟马匹喂养肥壮即令回京。臣等观其形势，大兵一回，悉已附城堡亦将为贼所有。伏候上裁。
疏入得旨：王所奏甚是，继续进剿，待山西大局彻底平定再班师回京。
经过一年多的反复厮杀，清军终因兵多、人众、器精、粮足逐步占据上风。特别是进入1649年秋，战局越来越向有利于清军方面发展，双方一步步进入最后决战的关键时刻。顺治六年（1649）八月二十五（10月1日），清廷命和硕英亲王阿济格、固山贝子巩阿岱、内大臣鄂齐尔统领将士前往大同会剿姜瓖。此后数日，清军捷报频传：陕西总督蒙乔芳部将根特先后在平阳、临晋、荣河、解州一带打败白璋、张万全、王国兴、王张五等部数万人马，斩获首级两万多，掠获器械马匹难以计数，追至黄河溺死甚众。
顺治六年（1649）九月初二（10月7日），平西大将军和硕英亲王阿济格、敬谨亲王尼堪等派遣学士苏纳海奏报清廷：
八月二十三日，伪总兵杨振威遣其守备刘宝来言：“我等原系良民，为逆寇姜瓖迫胁而反。大军来围大同，即欲斩逆瓖来归顺，奈力有不及，故尔迟迟。今兵民饥饿死亡殆尽，余兵无几。我等问计于各官，裴季中等二十三人与我等合谋，约斩姜瓖归顺。”于是臣等向来人言：“汝等若斩瓖来归，自当恩养。”至二十八日，果斩姜瓖并其兄姜琳、弟有光首级来献。
姜瓖与其兄弟就这样死在内部叛将的刀下，结束了戎马仓皇、动摇反侧的一生。
二十九日，清朝大军进入大同城。除杨振威等23员及其家属并所属兵600名来京留养外，其余反叛的官兵吏民全被诛杀，并将大同城垣垛口砌去5尺。清兵大开杀戒，顿时大同城内血流成河，数以万计的人头落地。昔日号称“兵精城固，繁华富庶不下江南”的边陲重镇大同，如今变成一片凄惨破败景象。几天后，围城清军班师回京。
九月初六，翼城县知县何其美举报曲沃县绅士李建泰负恩倡乱，有手书为证，已密送兵部，传檄各属通缉。李建泰原为明朝大学士，镇压过李自成的大顺军，也曾与姜瓖合谋反清。姜瓖死后，他与其部将李大猷入据太平城（今属临汾市襄汾县）。随之被南下清兵打败，李建泰等人遂降。九月十八，征西大将军和硕亲王满达海、定西大将军端重亲王博洛奏克汾州，斩叛将巡抚姜建勋、布政使刘炳业，永宁州、岚县俱平。十月初九、二十一，山西巡抚祝世昌奏报：大兵收复运城，恢复潞安，擒斩伪元帅韩昭宣及叛兵1000余人。至此，历时一年之久的大同姜瓖及余部叛乱被平定。
清军占领山西后，进而加强南征的兵力，最终统一了中国。
