湖口起义之后的沙河战斗开始虽然获胜，但是由于右翼军指挥官方声涛对当时战斗形势估计错误，姑塘方面的部队行动迟缓，致使原定林虎与方声涛两路兵力7月12日拂晓同时向袁军发动攻击的计划落空。12日晨，林虎率部在德安方面向敌猛攻，经过一场英勇战斗，终因孤立无援，伤亡过重，弹药缺乏而失利。13日拂晓再战不利，遂向瑞昌方向败退。19日与李纯援军二十一团周炳文部、二十四团肖安国部遭遇，又遭重创，激战4小时后，向莲花洞败退，战局从此急转直下。
7月17日，方声涛部向九江发动进攻，也遭到挫折，九团团长周璧阶阵亡，士气低落，军心动摇，部分士兵投降敌人。方声涛遂命该团开赴南昌整编。这场战斗以失败告终。
李烈钧占领湖口炮台，由守备司令何子奇指挥炮台作战。此时，袁世凯派海军次长汤芗铭率楚字军舰4艘增援李纯，舰队经过马当炮台时，汤诡称是孙中山派来支援湖口起义的，马当炮台未加阻止，汤不费一兵一弹，闯过这一要塞，开抵湖口，连日炮击湖口炮台，义军在毫无戒备的情况下慌忙应战，要塞司令何子奇亲自指挥战斗；炮台总台官李明扬亲自上阵填装炮弹。西炮台因讨袁军姑塘方面的撤退而首先失守，东炮台在坚持战斗几天以后，终因武器陈旧，兵力不济而被袁军占领，湖口阵地陷入敌人水陆两面夹攻中。李烈钧只好命讲武堂教官穆周堂扼守鞋山，掩护各军向吴城方向撤退。
李烈钧到吴城，对兵力又重新作了部署。但是只防守了几天，吴城也告失守。李烈钧从吴城退至南昌，部下只剩伍毓瑞4个营的兵力。这时，林虎已率部退入湖南，将武器装备全部卖给了湖南都督谭延闿，得10万元然后逃亡国外。方声涛也已向广信方面退却。而李纯部仍紧追不放。伍毓瑞以4营之兵挡一师之众，经过3天激战，弹尽粮绝，寡不敌众，只得弃城而走。
李烈钧撤离南昌后，8月18日，李纯军占领南昌。同一时期，“二次革命”在其他省份得到了一些响应。
7月18日，陈炯明响应孙中山号召宣布“广东独立”。
7月22日，江苏讨袁军在徐州地区与冯国璋北洋第二军和张勋武卫前军会战失利，退南京。
7月22日至28日，上海讨袁军屡攻江南制造局未克。指挥部被上海租界当局解散。
7月28日，黄兴看到大局无望，遂离开南京出走，讨袁军全局动摇。
8月11日，何海鸣率南京第八师部分下级军官及士兵重新举旗讨袁，宣布恢复独立，2000多名士兵们与北洋军展开血战。
8月13日，拥袁桂军龙济光部攻占广州。
9月1日，张勋武卫前军攻克南京，各地宣布取消独立。孙中山、黄兴、陈其美等被通缉，相继逃亡日本，二次革命宣告失败。
李纯上任伊始，他首先下令取缔国民党在江西的势力，通缉、逮捕和杀害了大批革命党人。其中把李烈钧作为“乱党”主谋加以通缉，同案被通缉的有江西都督欧阳武、江西讨袁军总司令部秘书长杨赓笙等数十人，被捕牺牲的还有李烈钧的财政顾问徐秀钧等数人。北洋军在攻打江西的过程中，还大肆杀戮无辜百姓，第6师张敬尧旅进入南昌“不及一日，赣民之死者以千计。”以后对江西人民的反抗斗争，更是严加镇压和防范。李纯还下令解散江西省议会，通缉议长、副议长以下46名议员，并查封报馆，钳制舆论，严禁群众集会，不准对北洋军阀进行任何批评。常以各种“政治嫌疑”为借口，拘捕无辜群众，加以拷打审讯，致使南昌出现“逐日刑人”的恐怖局面。李纯的反革命专制统治，严重摧残了江西的革命民主势力，为北洋军阀在江西的统治扫除了障碍。
湖口硝烟散尽之后，李烈钧同何子奇、李明扬、卓仁机等转道湖南，逃往日本。二次革命失败后，李烈钧成为“国事犯”，身遭通缉，被悬赏白银万元。然而，他追随孙中山先生革命的心是真诚的。后经过海内外志士仁人前仆后继的努力，反袁时机成熟。李烈钧又奉中山先生之命，于1915年底从新加坡经河内返国，与原云南都督蔡锷一起，联络云南督军唐继尧在12月25日通电反袁，再兴义旗，宣布云南独立，成立护国军，李任第二军总司令，进军两广。由于反袁护国的号召深入人心，贵州、广西、广东、浙江、陕西、四川、湖南等省相继宣告独立，形成了我国近代史上著名的“护国运动”。袁世凯在全国入民的一片声讨声中，不得不宣布撤销帝制，后在忧愤中死去。
四、硝烟散尽后的思考
应该看到，在“二次革命”以前，中国人民对和平、法制和社会秩序安定的渴望，超过了其他一切。由于资产阶级革命派害怕人民群众，因而，辛亥革命后，不仅北方的农村没有任何大的变动，就连革命势力较强的南方，也依然故我。广大人民看到的唯一变化就是清朝的龙旗换成了民国的五色旗，自己的头上少了一条祖传的发辫，革命没有给他们带来任何好处。因此，他们只希望有个和平的环境，医治战争的创伤，至于谁为总统，他们管不着，也无权去管。民主、自由，他们理解不了，也享受不到。在他们看来，既然异族的皇帝已被打倒，汉人当了民国的总统，那么，革命再也没有必要，战争只会加重他们的灾难。因此，当“宋案”发生后，孙中山要想在刚经历了一场动乱之后，将社会重新拉入战争的轨道，实非易事。即使在孙中山的坚持下，革命派发动了“二次革命”，但要获得社会上像两年前那样的支持，已不可能了。
首先，南方势力集团采取观望和不合作态度，他们认为辛亥革命是民族大义，癸丑讨袁是政党军阀间的内争，无介入之必要。因此，他们依旧回到以地方利益为重保境安民的立场，以期避免兵祸。而资产阶级的主体——工商资产阶级为了既得利益，甘愿屈从袁世凯，而对孙中山敬而远之。这样，资产阶级的忠实代表，令人遗憾地被它的主体抛弃了。还在1913年5月初，“二次革命”正在酝酿时，在当时开全国风气之先的上海，工商资产阶级就表现出令人失望的情绪。上海出口皮毛杂货公司、商界共和皮商工会就对革命派的反袁活动表示不满。稍后，他们又联合蜀商公益会丝绸公所、旅沪全浙工艺团、旅沪客帮商务联合会等18个团体公开通电，表示对于革命派“未能随声附和，自取危亡”，并向袁世凯要求“各省禁止讹言，始终维持”。上海总商会甚至表现出与革命派决裂的姿态，声称对革命派的行动“株难缄默”，并恳请大总统（袁世凯）、国务院、参众两院、各省都督民政长以保卫商民、维护秩序为宗旨，无使我商民喘息余生，再摧惨祸。
资产阶级为了保全自己的生命财产而表现出来的厌乱情绪是何其强烈，他们甚至无法忍受自己真诚利益代表者的革命言行，而公然要求袁世凯及其党徒出来维护秩序，甚至不惜投靠帝国主义。例如，商务印书馆总经理夏瑞芳就带头敦请租界当局派兵驱逐陈其美，并答应逐陈后，将沪北地区划为租界。与此同时，北京、汉口、苏州等地总工会，香港各银行团以及各业工会、公所等也同样向袁世凯发出了相同内容的电报。由此可见社会情绪的走向不利于革命派。
