他的身体一直很弱，特别是从1521年起受失眠症的困扰，没能得到恢复。1525年是因胆结石，1537年是因不明原因的疾病受苦了很长时间。随后又受耳朵发炎病之苦，到了晚年路德得了心绞痛，最终因心绞痛离世。
虽然身受疾病折磨，但是创造的力量一直支配着他的生活，直至去世之前还一直生气勃勃。他为了解决曼斯菲尔德伯爵们的法律争论，去他的出生地艾斯勒本，后在那儿去世（1546年2月18日），被葬于维滕堡的城郭教堂。
1555年缔结的奥格斯堡宗教和约决定，由执政当局决定当地居民的宗教信仰，而路德原是主张每个人都有选择宗教信仰自由的。尽管如此，新教还是第一次在帝国范围内得到容忍并被认可为第二宗教团体。教皇对这一切的坚决拒绝没有起到作用。可以说，如果没有路德和他的宗教改革，基督教的多样化是很难实现的。
（第三节） 闵采尔与农民战争
当马丁?路德热衷于在上层进行宗教改革时，下层群众也出现了改革的热潮，领袖人物之一就是托马斯?闵采尔。
托马斯?闵采尔（约1490～1525年），生于德国矿业中心哈茨的施托尔堡，据说父亲是农民。1506年，闵采尔进入莱比锡大学，攻读神学，精通《圣经》，懂拉丁文、希腊文和希伯来文，还会为人治病。1512年，进入法兰克福（奥得）大学，获神学学士。有人说他曾在维登堡大学读博士学位，但缺乏资料证明。1513～1515年，闵采尔曾在哈勒和阿舍斯勒本任教师和见习神甫（弗罗泽修道院），并组织秘密团体从事反对马格德堡大主教的活动，开始攻击天主教的弥撒和仪式。1516年，升任弗罗泽修道院院长，旋又去不伦瑞克的马蒂尼中学任教。
1517年10月，路德贴出《九十五条论纲》，点燃了宗教改革的熊熊烈火，闵采尔十分敬仰和积极支持路德，可能去过维登堡。1519年4月，路德派他去尤特博格进行反对教皇支持者的活动，但遭对方追捕，路德又安排他去奥拉明德暂住。1519年的莱比锡大辩论，他很可能参加了。闵采尔在奥拉明德期间，如饥似渴地阅读了着名的神秘主义者约阿希姆和陶勒的着作，获益匪浅。1519年在波伊蒂茨任修道院忏悔神甫期间，又读了许多哲学和历史书籍，寻求宗教改革运动中提出的种种问题的答案，并在寻求和探索中逐渐形成了自己的宗教政治观。
1520年4月，闵采尔经路德介绍去茨维考，担任该城首任新教牧师。茨维考位于从纽伦堡到莱比锡和北方的商道上，工商业发达，盛产啤酒、呢绒、亚麻布，附近不远有着名的银矿，被誉为萨克森的珍珠。闵采尔到茨维考后，经常接触工人和下层群众，同在他们中间流传的再洗礼派关系密切。他们认为，既然路德讲过信仰的核心是信，那么婴儿不可能有信，对他们施洗当然无效，应到成年时再施洗礼，故称再洗礼派。再洗礼派宣传末日审判即将到来，要惩处一切不敬畏上帝的人，建立只有洗礼和圣餐的人间天国即“千年王国”。他们表面上与世无争，苦修苦行，实际上却反映下层群众对社会现状的不满。他们经常遭到搜捕和残酷迫害，到处流浪，但仍勇敢无畏，继续热情地宣传他们的主张。
初期，闵采尔与茨维考的路德派合作得很好，一起进行反对共同对手的活动。1520年7月13日，他在给路德的信里还尊敬地称他是“上帝之友的典范和灯塔。争论，对我来说是痛心的。我确信，上帝会根据你的和全体基督徒的意见予以解决。”当路德的激情越来越减退和逐渐倒向上层社会的时候，闵采尔挺身而出，同下层群众一道进行反对路德及其追随者的斗争。闵采尔批评路德在茨维考的亲信是“十足的金钱奴隶”，“只想生活在贵族中间”，“因为他们给你一杯葡萄酒”。对方反驳说，闵采尔派站在“穷人派”一边，“到处煽风点火”，激起人们心底的仇恨，鼓动人们采取暴力手段改变现状。路德曾提议双方和好，但遭到拒绝。1521年2月，茨维考市长出面调停，也没有结果。事情越闹越大，市政当局决定干预，逮捕了一些人。4月，茨维考市当局准备逮捕闵采尔，于是他和他的一些再洗礼派同伴离开了茨维考。
1521年6月，闵采尔一行出现在布拉格。11月，他在《布拉格宣言》里明确表示：“要继基督的卓越战士约翰?胡司之后，使响亮的号角发出新的歌声”；“我考虑的是至高无上的真理，我所咒骂的是不敬上帝的家伙，我来到你们美好的土地上，就是要认清并消灭这些家伙，亲爱的波希米亚兄弟们哟，容许我这样做，并且帮助我吧。我保证你们得到莫大的荣誉：革新使徒的教会将在这里创建，并将扩展到全世界”。
然而，《布拉格宣言》的内容表明了闵采尔对《圣经》在理解上的褊狭，闵采尔号召上帝的“特选子民”，不要“一味死背圣经”，要“根据理性加以确证”；“不要祈祷哑巴上帝，而要祈祷活的、会说话的上帝”，以免上当受骗。他过分强调人的理性，甚至把圣灵等同于理性，等同于活的、会说话的上帝，认为通过理性，人人可以升入天堂。这其实是错误地把理性当作偶像来崇拜了。在闵采尔看来，《圣经》对信仰来说是重要的，但不是最重要的，它可能有错误，所以不能“一味死背圣经”，应懂得“真正的圣经”、“活的上帝”即理性。闵采尔也讲天堂，但它不在来世，就在今生，基督徒的使命就是建立人间的天堂。既然没有来世的天堂，当然也就没有来世的地狱。除人的邪念外，也没有魔鬼。基督就在这个世界上，他同我们一样也是人，只是先知和师表。通过他的这些观点不难看出，闵采尔已经完全站在了他早年信仰和神学训练的对立面，他所认为的真理实际上是对信仰真理的背叛。这也决定了，他注定要从一名追求和扞卫上帝的真理与爱的使者向崇尚暴力的革命者的身份转变。
在《布拉格宣言》里，闵采尔还说：“上帝以日工资一戈罗什把我雇了来，我正在磨快镰刀，准备收割。”这是公开号召暴力革命和由群氓掌握政权，它是闵采尔政治观的核心。后来，闵采尔从这种思想出发，要求建立一个没有等级差别、没有私有财产、没有高高在上与社会成员作对的国家政权的一种社会，即接近所谓共产主义的一种社会。他说，《旧约?但以理书》讲的“国度、权柄和天下诸国的大权，必赐给至高者的圣民”，其实“圣民就是普通人；他们是上帝事业的唯一代表”。他说，在普通人掌权的国家里，“根据基督爱的要求，谁也不能高于别人，每人都是自由的，一切财产应当公有”；“一切应是公有的，每人应按需分配”。闵采尔在《布拉格宣言》里，第一次公开阐明了自己的基本宗教、政治观点。
闵采尔从捷克回来后，继续奔走于图林根和萨克森的城乡，积极从事革命活动。大概是1522年底，他去阿尔斯特德镇当牧师。这时，他不仅大胆批判路德，毫无畏惧地攻击教会和诸侯，鼓吹暴力革命，而且着手建立秘密革命组织基督教同盟，为在地球上建立人间天堂努力奋斗，终于变阿尔斯特德镇为下层人民运动的中心。
1524～1525年，德国农民战争终于爆发。这是西欧中世纪历史上一次规模最大的农民起义，席卷了德国大部分地区，有2/3的农民投入了战斗。起义有三个主要中心：士瓦本、法兰克尼亚、萨克森和图林根。
士瓦本地区的农民暴动发生的最早。1524年8月，一支3500人组成的士瓦本农民队伍在汉斯?米勒领导下，揭开了德国农民战争的序幕。年底，闵采尔来到这里予以直接指导。起义队伍写成了《书简》作为自己的纲领，要求用暴力来推翻现存制度。第二年初，士瓦本地区形成六支农民起义主力军，领导人多是闵采尔的追随者。
法兰克尼亚地区的农民起义规模最大，斗争最激烈。这里的农民起义于1525年3月爆发。参加起义的人除了农民外，还有城市市民和骑士。起义者攻占了封建主的几百个城堡和修道院，尤其是盖尔领导的“黑军”特别善战。法兰克尼亚的起义队伍也制定了《海尔布琅纲领》。
农民战争的另一个中心是图林根和萨克森，这里是宗教改革的策源地，民众基础好。1525年3月17日，米尔豪森的平民和矿工推翻贵族政权，成立“永久市政会”（由一个团体永久执政）。闵采尔不是新政权负责人，但以牧师身份经常出席市政会议，在对外联系上发挥重要作用。由于起义军军纪太差，又没有好的装备，所以只坚持了两个月就被打败，而闵采尔本人则因受伤而被俘，后被处决。5月25日，米尔豪森投降，缴纳罚款，取消永久市政会，并入萨克森的领土，从自由城市降为诸侯城市。6月，图林根和萨克森的农民起义失败。
德国农民战争爆发以后，马丁?路德发表《忠告和平》指出：诸侯和教皇缺乏正义感的统治是农民暴动的根源，农民的许多要求是正确的，如要求有权选举牧师，但是他也批评农民的有些要求过高和过激，最后要求双方“和平磋商，调解争端”。4月底到5月初，他到处讲道号召农民安静，千万不能暴动。
德国农民战争最终以失败告终。然而，农民战争动摇了天主教会势力。在新教各邦，不少教产落入诸侯或城市贵族手里。战争也打击了贵族，使之日趋没落。由于受农民暴动和其他不利因素的影响，德国的工商业日渐衰落，社会经济发展受到了严重阻碍。
（第四节） 三十年战争
在欧洲历史上，第一次大规模的战争当推1618～1684年在德国发生的三十年战争，这场战争是1555年奥格斯堡宗教和约以来欧洲宗教改革进程的结果。它由神圣罗马帝国的内战引发，把欧洲的主要国家全都卷入进来，而且带有浓重的宗教色彩，对欧洲的历史进程产生了深远影响。
战争分为四个阶段，分别是捷克阶段、丹麦阶段、瑞典阶段和法国—瑞典阶段。
