嘉祐六年（1061），这年朝廷的人事变动十分频繁。三月份，宰相富弼以母丧为由辞官居丧。闰七月，曾公亮从枢密使之职升任宰相，韩琦升为首相（宰相之首），司马光知谏院，王安石任知制诰。这样的人事阵容是相当强大的，改革派的精锐力量都进入了国家的中枢机构。
这年包拯已经六十三岁了，也就在这年的四月二十七日，仁宗皇帝将正式成为三司使的包拯再次升任为枢密副使，并且封了包拯的妻子董氏为永康邵夫人。
当时中书省与枢密院合称“二府”，中书省的宰相、参政和枢密院的枢密使、副使都是一朝的执宰之臣。包拯也自此踏上了他的仕途巅峰，成为了北宋朝廷的最高军事长官之一。
而包拯却上疏仁宗皇帝坚决辞让，不愿就职。仁宗皇帝则在批复中对包拯大加赞赏，称赞包拯公正严明，三司使一职仍不能充分体现他的作用，认为包拯还有更大的潜力可以发掘。坚决要求包拯赴任。
包拯能够进入“二府”也得到了改革派大臣的热烈欢迎。那些保守派官员和贪官污吏们自然就很不高兴了。有的朝臣甚至私下相谈，说：“包拯进入‘二府’，大家就别想安宁啦，天下就不太平了……”
包拯在枢密副使任上共一年零一个月，期间包拯没什么奏章上奏，军事上也没什么大事发生。不过却有两件事值得一提。
第一件，便是包拯为预防宦官专权而制定了一套规章制度。其实，在景祐二年（1035），朝廷为了纠正刘太后重用宦官的错误，就曾颁布明文规定：宦官升官需要30年时间，素有效劳，超过10年没有提升的，可以报请仁宗皇帝批示。也就是说，宦官需要40年时间才可能有所提升。然而，随着时间流逝，到了庆历年间之后，仁宗皇帝也逐渐忘了先前的规定，而开始重用宦官，宦官们也更加溜须拍马，迎合仁宗皇帝，怂恿仁宗皇帝追求享乐。包拯便率领枢密院恢复景祐年间的规定：宦官入官，必须满30年后才能允许考核；有较大的功劳，而且没有过失的，才能允许升迁；升迁之后，必须20年后才能再次进行考核。这对限制宦官和外戚专权起了很大的作用。
第二件事，便是包拯在任期间率领枢密院完成的一部重要文献汇编——《机要文字》。这部军事档案汇编共1161册，规模巨大。为巩固边疆、加强国防提供了文字参考。
包拯在枢密副使任上第八个月时，正是包拯的寿辰，仁宗皇帝特意派人给他送了亲笔写的祝寿信和礼物。仁宗皇帝在信上写道：“抱峻清之节，济沈远之谋。眷秉轴于宏庭，省梦熊之嘉月。方宠政途之望，特将私馆之颁。续而寿祺，昭予礼遇。”对包拯大加赞赏，也彰显了君臣二十余年的关系之密切。
不管在怎样的环境之中，得宠也好，失宠也罢，包拯都会努力干好自己的本职工作，这大概也是包拯给自己定下的最低标准。很多史学家认为这也是仁宗对他进一步认识并且再次升任的一个根据。包拯“刚直、干事、干净”当时就获得朝野多数人的赞扬。就连他的反对者也称他“清节美行，著自贫贱，尝言正次，闻于朝廷”。
