在弹劾王逵的过程中，包拯的职位已经经过几次变迁。庆历六年（1046）秋天，包拯出任京东转运使。
而就在这一年，全国各地都发生了不同程度的旱情。当时的灾情之大，使得从当时的东京（开封）到南京（商丘）沿汴河一代，各县都可以说是颗粒无收。而包拯正是在这种情况下就任京东转运使的。
当时，陈州（今河南淮阳）一带的灾情十分严重，据说很多百姓都只能剥树皮食草根度荒，很多人都逃荒而走。而当地官员却一直没有任何上报，包拯便亲自前往陈州察看到底灾情如何。
包拯在去往陈州时，还发生了个小故事，据说，在包拯路过归德府（今商丘）时，有一天包拯夜间出访，在当时的永定乡竟遇到了一群歹徒在殴打百姓，包拯当即上前制止。而当地的百姓听说包拯来了，方圆数里的百姓都连夜涌来，他们向包拯痛斥了歹徒的罪行。原来那伙歹徒的头目竟然是当朝宰相的远方宗亲，号称“南霸天”。他在这一带欺压百姓，无恶不作。包拯问清事情来龙去脉，拿到证据，当即怒铡了“南霸天”。当地百姓为了感激包拯，自发地捐款盖起了包公祠，并将永定乡更名为包拯庙乡。
而在距离今天包拯庙乡25千米的虞城县界沟镇北面的包河上，有一座建筑样式古朴、格调典雅的高台，名为“包拯晾米台”。在这里，还流传着另外一个关于包拯赈济灾民的传说。相传，皇祐二年（1050），大雨一连下了几天，虞、亳一带坑满河平。不久，汴河济阳一段堤坝决堤，奔涌的洪水瞬间淹没了周围数个村县，流民无数，灾情严重。包拯便奉旨运粮沿河赈灾，没承想就在半路上遇到暴雨，赈灾队伍无处避雨，导致粮米全部被淋湿。包拯为了防止粮米淋湿后发霉，便在驿站附近建造晾米台晾米。可是暴雨之后，河水再次猛涨。就在河水即将淹没晾米台时，包拯振臂一呼“晾台长也”，晾米台竟就在瞬间升高。之后，即使洪水上涨，晾米台都会随之而涨。不久，粮米都晒干了，济阳周围的百姓也都因此得救。
洪水过后，灾民们为了纪念包拯便将晾米台加固名为“包拯晾米台”，并把“汴河”更名为“包河”。
当包拯终于来到陈州之后，发现当地的百姓早已经缺粮断炊，而当地的官吏们为了虚报政绩、讨好上级，以利升迁，便隐瞒了灾情，置人民生命于不顾，甚至继续逼迫百姓们交皇粮，使得陈州当地民不聊生，流民无以计数。包拯当即大开粮仓，向百姓放粮赈灾。并将相关不法的官员收押牢内，等待处置。
包拯立即向仁宗皇帝上疏《请免陈州添折见钱疏》，在奏折中反映了陈州粮食歉收、农民缴不上皇粮的严重灾情。并请求仁宗皇帝特降诏书，令陈州百姓按大小二麦的市价缴纳现钱，或直接缴纳大小二麦。这一请求得到批准，使得陈州百姓在大灾之年可以不再受“折变”之苦。
包拯在京东转运使任上时，还曾巡察各地，访问一些贫困的冶铁户，并根据实情申报到转运司，豁免了这些冶铁户所欠的官铁，同时又鼓励有能力的人参与到开炉冶铁的工作中，以发展冶铁生产。
庆历七年四月（1047年4月），包拯又改任陕西转运使。陕西是当时的产盐之地，由于盐是生活必需品，所以，在当时，盐是作为官卖品，禁止民间贩卖的。每年官府都要派出士兵运送盐到各州，然后再有当地官府自行准备场所贩卖。而“兵少盐多”，运盐衙门负担沉重，很多士兵都在运盐的路上受伤，死亡，逃跑。于是，便有规定当地百姓，家中每有一贯家产，就要搬运两席盐，致使民怨沸腾。包拯便奏请朝廷实行通商的办法，由商人沿途贩盐，减轻官府和百姓的负担。
在地方上，包拯十分重视体察民情，要求朝廷注重让百姓休养生息，能够安居乐业。而这两年在地方上担任转运使的经历，也使包拯更加深切地了解到了社会的现状。包拯回朝后向仁宗皇帝详细条陈《七事》，建议仁宗皇帝应当“明听纳，辨朋党，惜人才，不主先入之说”，同时“去刻薄，抑侥幸，正刑明禁，戒兴作，禁妖妄”，“不横赋，不暴役”，这样才能安民、安天下。因为包拯所言都合情合理，切中时弊，所以大多都被仁宗皇帝采纳。包拯还特意奏上《进魏郑公三疏札子》，希望仁宗能以唐太宗善纳魏征之谏的故事为鉴，兼听明视。
庆历八年（1048），包拯又转任为河北转运使。还未赴任，便被提升为三司户部副使，掌管全国赋税、户籍等事。
