明神宗朱翊钧十岁时即位，在明代帝王中在位最久，长达48年。神宗20岁时，生长子朱常洛，其母是妃子王氏。神宗24岁时，所宠爱的妃子郑氏生皇子朱常洵，神宗进郑氏为贵妃。当时，皇后余姚人王氏没有子嗣，立长子朱常洛还是立贵妃的儿子朱常洵就成了朝廷和宫中争论的中心。这场争论持续了数十年，一直困扰着神宗万历年间的后宫和朝政。这就是万历年间驰名历史的国本之争。这场国本之争牵连甚广，后宫后妃美人和朝野百官无不置身其间。围绕着所谓的皇储国本，阴谋在四处潜伏着，势力一次次地重新分化组合。明代的门户之祸从这时兴起，并日渐泛滥成灾。这场国本之争的中心是神宗的爱妃郑贵妃和她的儿子朱常洵，其高峰和热点便是所谓的《忧危竑议》案。
郑氏是大兴人。最初，郑氏不过是一位宫女，在万历初年时进入后宫当差。郑氏风华美艳，被神宗看上并临幸以后，封为贵妃。万历十四年，郑氏生皇三子朱常洵，进封皇贵妃。朱常洵降生的第二个月，国本之争便告开始。当时，神宗宠爱郑贵妃，而冷遇皇长子的母亲王妃。朝臣尊奉有嫡立嫡、无嫡立长的祖传原则，主张立皇长子朱常洛。但神宗宠爱郑贵妃，一直避谈太子之事。长子已经五岁，却没有一丝册立的意思，郑贵妃的儿子出世，神宗爱幸有加，朝臣们便不得不犯嘀咕：皇上是不是有意立郑贵妃的儿子？郑贵妃是不是依恃着皇上的宠爱谋划着立自己的儿子为太子？
辅臣申时行会同群臣进言，请求皇上早立长子为太子，以慰众望。申时行的奏疏中说：“早建太子，所以尊宗庙重社稷也。自元子诞生，五年于兹矣，即今麟趾螽斯，方兴未艾，正名定分，宜在于兹。”申时行接着举出前朝早立太子的先例，说英宗是两岁立太子，孝宗是六岁，武宗才一岁，成宪具在，没有什么可以再推脱的；长子已经五岁，宜于在春月吉旦，敕下礼部，早建储位。神宗不愿意立长子为太子，但又不好直接拒绝，于是批复敷衍，“元子婴弱，少俟二三年举行”。
朝臣当然不肯轻易放过，知道皇上敷衍，是为了废长立幼。户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈上书一针见血，“贵妃虽贤，所生为次子，而恭妃诞育元子，主鬯承祧，顾反令居下耶？乞收回成命，首进恭妃，次及贵妃”。这不是公然给皇上难堪？神宗如何能接纳所奏，除了大怒，如何下得了台！神宗一怒之下，贬谪姜应辚为广昌典史，沈也调出京师。神宗余怒未消，晓谕阁臣说：“降处非为册封，恶彼疑朕废长立幼，先揣摩上意耳。我朝立储，自有成宪，朕岂敢以私意坏公论耶！”神宗说得冠冕堂皇，以为能糊弄过去，岂料在场的刑部主事孙如法当即反驳说，恭妃生下长子，五年没有进封之典，而贵妃郑氏生下皇子，马上进封皇贵妃，“贵妃能得之于皇子之生之日，而恭妃不能得之五年敬奉之久，此天下不能无疑也！”神宗闻言又是大怒，当即贬谪孙如法为潮阳典史，离开京师。御史孙维城、杨绍程也尽忠进谏，结果一同夺俸。
礼部侍部沈鲤则进奏温和一些，他请求在晋封郑妃的同时，宜并封恭妃王氏。神宗不置可否，只是批硃说，待元子册立时再一并进封。显然，沈鲤懂得火候，进言恰如其分，所以，沈鲤既没被夺俸，也没被贬职。正当朝廷百官和神宗因立储一事相持不下、势同水火时，皇贵妃郑氏的父亲郑承宪却又横生枝叶，引火上身。郑承宪援引宫永年伯王讳的旧例，为其父奏请典。朝臣们正在怀疑神宗以私坏公，偏袒郑贵妃，郑承宪这时奏请典显然不合时宜。礼部毫不客气地驳回奏疏。神宗刚刚宣称自己决不会以私意坏公论，这时当然不宜又为这事与百官对抗，但又不能不有所表示。于是，神宗下旨，给予郑承宪坟价五百两。
礼科都给事王三余、御史何倬、钟化民、王慎德又先后进奏立储。神宗不予理睬。辅弼大臣也奏请建储封王，神宗照旧敷衍。山西道御史陈登云奏请册立东宫，并请将骄横的郑承宪立即治罪。神宗连看都不看。这样，建储之议又拖了四年。时光推衍到了万历十八年正月，神宗临御毓德宫，召辅臣申时行、许国、王锡爵、王家屏于西室，询问册立东宫事宜。神宗知道辅臣的意思，坐定以后，便迟疑地说：“朕知之，朕无嫡子，长幼自有定序。郑妃亦再三陈请，恐外间有疑。但长子犹弱，欲俟其壮大使出。”辅臣立即伏地进奏，说：“皇长子年已九龄，蒙养豫教，正在今日。”神宗默然颔首。
这一次西室会见，辅臣们似乎略约宽心。申时行眉头舒展，一行阁老迈着稳健的步履行走在间有彩画的朱漆游廊中，匆匆浏览着廊外的景致。这时，随着一阵急促的脚步声，司礼监太监奔行了过来，叫住了阁老们，传旨：“已令人宣皇子来，与先生一见。”身为辅臣的阁老们听到宣旨，大喜过望，觉得国本之争似乎可以结束了，储位确定大概十有八九。
申时行等回到宫内。一会儿后，皇长子朱常洛、皇三子朱常洵带到，随着太监走到御榻前，拜见神宗。然后，皇长子立在榻右，神宗牵着他的手，向明正立，好让侍立在旁的辅臣们看。辅臣们注视良久，诚恳地进奏说：“皇长子龙姿凤表，岐嶷非凡，仰见皇上昌后之仁。”神宗听后很欣慰，欢愉地说：“这是祖宗德泽，圣母恩庇，我哪里敢当。”辅臣们趁热打铁，说皇长子春秋已长，应择师读书。并说皇上正位东宫时，年主六岁，却已读书，皇长子这时教读已经是太晚了。神宗无限感叹，说他是五岁就能读书。接着神宗顺手指指皇三子，说这儿也已五岁了，却还离不了乳母。说罢，神宗拉过皇长子，引到膝前，注视抚摩叹惜良久。辅臣们被这一幕父子深情感动了，忙跪伏叩头说：“有此美玉，何不早加琢磨，使之成器？”神宗点着头，欣然地说：“我知道。”申时行等也欣然地跪拜辞出。
西室感人至深的情景令朝臣们激动。朝廷百官欢欣鼓舞，并准备着长子的册典，似乎国本之争已经到此结束。然而，春花凋谢，秋叶飘零，还是没有册立太子的圣旨。大臣们由热望到失望，欢快的心情也随着春花凋谢，秋叶飘摇，心中只剩一片萧瑟。吏部尚书朱、礼部尚书于慎行再也耐不住了，于是，在这一年的十月，率领群臣郑重其事合疏上奏，请求册立太子。国本之争又一次掀起。神宗见奏以后，勃然大怒，下旨将朱、于两位尚书和全体上奏官员夺俸！辅臣申时行迷惑不解，又对此痛心疾首，觉得自己再也无颜立身阁老了，便引疾乞休。大臣王家屏等急忙出面调解。神宗这才消了一些怒气，拿出郑国泰的请求册立疏，对辅臣们说：“明年册立东宫，如果再有奏扰，就到十五岁再谈册立！”
圣旨确立次年册立，群臣们自感有个盼头，谁也不会再从中生事，进奏骚扰。到了第二年十月，平静了整整一年的宫廷又一次活跃开了。万历十九年十月，工部主事张有德率先进奏，请备东宫仪仗。首辅申时行忧心忡忡，次辅许国感叹地说：“小臣尚以建储奏请，我辈不一言可乎？”于是连名具疏，首辅申时行列名榜首。知道以后，连忙写了一份密揭：“臣已在告，同官疏列臣名，臣不知也。”明代宫中规定，阁臣密揭只能由皇上拆看，看后留中。但这份密揭和合议疏却不是以特件送入后宫，而是和诸疏同发，结果密揭为朝臣所知。礼科罗大就上疏痛斥申时行迎合上意，以固辅位。武英中书黄正宾等也上疏弹劾。神宗气血上涌，吩咐杖责黄正宾，将罗大削籍。神宗和百官又一次势同水火，闹腾得不可开交。辅臣王家屏再次充当和事佬，奏请明年再议建储。但没有结果。
万历二十年正月，礼科都给事李献可疏请豫教皇长子。圣旨李献可削籍。大学士王家屏具揭申救，封还御批。神宗大怒，再申前旨。给事钟羽正、舒弘绪、陈尚象等交章申救，结果都被削籍或贬调。科臣孟养浩最后一个上疏，削籍之外又加杖一百，打得昏死过去。大学士王家屏乞求休归。神宗允准。吏部主事顾宪成、章嘉祯等认为王家屏为人忠爱、不宜废置，应立即召回。神宗发怒，令顾宪成削籍，章嘉祯谪调罗定州州判。
国本之争已然非常明朗，神宗为了爱妃及其爱子，宁愿与朝廷百官对抗到底。而忠爱执著的百官们崇尚风骨和气节，他们宁愿为礼义尽忠，也决不能容忍皇上以私害公。宫廷、朝廷于是笼罩在国本之争的沉沉阴云之中。多情的神宗和他深爱的郑妃及其爱子也深受困扰。皇后为国事、家事思虑着。王妃和皇长子迷惑。郑妃品味着皇上的恩爱，谋划着自己和儿子的前途。后宫疑云四布。
万历二十一年正月，辅臣王锡爵归省还朝，密疏神宗，奏请册建东宫，奏得恭敬而委宛。神宗答复说，他本来有今春册立之旨，但近期读了《皇明祖训》，上称立嫡不立庶，皇后尚还年少，如果册立东宫，皇后又复出，岂不是国有二储？今将之皇子并封为王，几年后皇后如果还是无出，再行册立。王锡爵连忙力争说，当年汉明帝取宫人贾氏的儿子，让马皇后收养；唐玄宗取杨良媛的儿子，让王皇后收养；宋真宗刘皇后取李宸妃的儿子，自己收养，最后都继承大统。“与其旷日迟久，待将来未定之天，孰若酌古准今，成目下两全之美？臣谨遵谕，并拟传帖二道以凭彩择。然尚望皇上三思臣言，俯从后议，以全恩义，服人心。”神宗不理会这些，依旧重申前旨。
国本之争就这样又相持了五年。万历二十六年五月，吏料给事戴士衡、全椒知县樊玉衡因指斥吕坤的《闺范图志》，被削籍戍边。国本之争进入白热化。吕坤是由西按察使，他编辑了一部《闺范图志》。郑国泰看到后，觉得很好，能迎合皇上和郑贵妃。于是，郑国泰将《闺范图志》重刻，补上了后妃部分，首列汉明德皇后，最后是当今的郑贵妃。《闺范图志》面世以后，不胫而走，无疑在这国本之争的时候火上浇油。科臣戴士衡立即上奏，指斥吕坤迎合后宫，奏中语侵郑妃，菀枯之形已分。樊玉衡作为全椒知县，也参与到这场争论之中，上疏竟称，“皇上不慈，皇长子不孝，皇贵妃不智，”简直目无圣上和贵妃，全乱了套。
郑贵妃坐镇后宫，耳目很多。她得知戴、樊二人的进奏，泪如滚珠，在神宗面前哭诉。神宗哪里受得了这个？立即下旨，将戴、樊二人治罪，一同削籍戍边。郑贵妃这才稍觉欣慰。吕坤、郑国泰等也约略松了一口气。
然而，大变故却在这时降临了。不知道从什么地方，由什么人编著的一部书秘密传播，轰动京师。此书传入后宫，后宫为之震动，后妃美人们惊得发呆，不知所从。这部书书名《忧危竑议》，是援引历代嫡庶废立的故事，编辑而成。书中详引史事，却刺痛了张养蒙、刘道亨、魏允贞、郑承恩、邓光祚、洪其道、程绍、白所知、薛亨、吕坤。矛头自然是指向郑贵妃及其爱子。
《忧危竑议》轰动京师以后，后宫、朝廷自然无法安静。戚党怀疑此书出自戴士衡之手，由张位密授。被书中言词刺痛了的郑承恩马上反攻，说戴士衡假造伪书，中伤善类；樊玉衡颠倒是非，目无圣上，语侵后宫，是为可恶的二衡。神宗被郑贵妃和郑氏私党郑承恩等所奏激怒，下旨严办严审。御史赵之翰这时进奏说，《忧危竑议》确实是戴士衡伪造，谋主是张位，参与密谋的还有徐作、刘楚光、刘应秋、杨廷兰、万建昆。神宗立下圣旨：“礼部右侍郎刘楚先、都察院右都御史徐作罢职；国子祭酒济应秋降调；吏科左给事杨廷兰、礼部主事万建昆贬谪典史；张位先以密荐杨镐东征失利，这次获罪夺职，并值赦不宥。”
一时间，反对郑贵妃、语侵后宫的朝臣作鸟兽散。他们或被贬职，或被夺俸，或被远流戍边。他们既没有辩解的余地，又不可能申诉蒙冤。这场《忧危竑议》案便疑云重重，不知道其真相究竟如何，是真的出自反郑派朝臣伪造？还是郑贵妃故意抛出此书，借此将反对派一网打尽，以封住众口，早日结束这场争议？不论这场疑案的真相如何，但此案一出，对郑贵妃确实是极为有利。后宫自此平静了两年。国本之争也因此进入低谷。
刀历二十八年，礼部尚书余继登奏请先册立皇长子，然后冠礼致祝，婚礼致醮。大学士沈一贯也奏请皇长子冠婚。这一年，皇长子十八岁。南京礼部侍郎叶向高等也奏请皇长子行三礼。神宗不予理睬，吩咐迁皇长子入住慈庆宫，并申谕内阁，太子册立有期，不许群臣再交章渎扰。刑部主事谢廷不听，继续奏请册立。结果，谢廷谪调贵州，贬为布政司照磨。大学士沈一贯密揭神宗，认为处罚太重。神宗答复说：“谢廷狂妄，少待之，俾天下臣民晓然知出自朕心。”接着，神宗降谕：“皇长子清弱，大礼稍俟之，百官毋沽名烦聒。”
工科都给事王德完无视圣谕，继续烦聒，结果，被送入锦衣卫狱，严刑拷打，追问谁是主谋。郑贵妃的哥哥郑国泰也不甘寂寞，疏请皇子先冠婚，然后册立。科臣王士昌立即反驳。署礼部朱国祚则认为郑国泰故意颠倒其词，背后一定有什么阴谋。郑国泰半年以后破天荒地奏请册储冠婚，惹怒了神宗，下令夺俸。礼科右给事杨天民、王士昌等也因进言立储被谪调贵州。
万历二十九年，大学士沈一贯动之以情，晓之以理，忠恳进奏，深深地打动了神宗。神宗念到“子复生子，孙复生孙，坐见本支之盛，享令名集完福矣”，不禁潸然泪下。神宗当即下旨，近日举行册典，但过不多久，神宗又以典礼未备，想改期册立。沈一贯封还圣旨，力争不可。于是，皇长子朱常洛在这年十月十五日，终于册立为皇太子。国本之争到此似乎结束。
但郑贵妃还在，后宫神宗独宠郑贵妃的局面依旧，《忧危竑议》案依旧还没有结束。太子册立后的第三年，即万历三十一年十一月，京师又突然出现飞书，名《续忧危竑议》，凡三百余言，说神宗准备更易太子，动摇国本。书中怒斥郑贵妃。一夜之间，其书贴遍宫门、巷衢，后宫为之失色。“东宫不得已立之，而从官不备，寓后日改易之意。其特意用朱赓。赓者，更也。内外官附赓者，文则戎政尚书王世所，巡抚孙玮，总督李汶，御史张养志；武则锦衣都督王之祯，都督佥事陈汝忠，锦衣千户王名世、王承恩，锦衣指挥佥事郑国贤。又有陈矩朝夕帝前，以为之主。沈一贯右郑左王，规福避祸，他日必有靖难勤王之事。带领科都给事中项应祥撰，四川道监察御史乔应甲刊。”
这一飞书令举朝失色，神宗不免大怒，吩咐厂卫严加搜捕，务得造书主某，并责令项应祥、乔应甲回奏，讲明这是怎么回事！项应祥、乔应甲慌忙进奏申辩，说这是奸人诽谤，世上哪有奸书谤人自署其名之理？两人于是无事。那么妖书令朝野震动，搅翻了后宫，究竟是何人所为呢？有的说此书出自清流之手，想倾覆沈一贯。有的马上辩解，说认定此书出自清流之手，是想诬陷清流领袖郭正域，因为郭正域见忌于沈一贯，这是一个阴谋。沈一贯听命于郑贵妃，这飞书是出自反郑朝臣之手，还是郑贵妃指人所为？这又是一个谜。不过，这场《续忧危竑议》案一出，拷掠牵连，众多立储甚力的朝官遭受荼毒，惨不忍睹。
此案的详细经过和结局，宜在《帝王外朝纪实》中详谈，在这里从略。《胜国宫词》中有这样一首：
国本轻摇心魄寒，夤缘宵小釁多端。
熏天煽及黄扉老，愿托同宗有万安。
明神宗万历年间，由于郑贵妃的存在，宫中一直没有平静过，大案迭起，异常热闹。继争国本和《忧危竑议》案之后，又相继发生了廷击案、红丸案、移宫案。廷击案发生在万历四十三年。这一年五月，蓟州男子张差持梃闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门太监李鉴，直到前殿檐下，被内官韩本用执获，交付东华门守卫指挥朱雄。严刑拷问之下，供出是郑贵妃宫监庞保、刘成指使。神宗不愿追究，先杀张差弃市，后杀庞保、刘成于禁中。红丸案发生在万历四十八年，这年七月神宗去世，太子朱常洛即位，为明光宗。不久，光宗染病，得痢疾。郑贵妃内侍崔文升进大黄药，服后病情加剧，一昼夜泻三四十次。鸿胪寺官李可灼进红丸两颗，名称仙丹，结果，光宗服仙丹即死去，在位仅29天。移宫案事涉杏选侍。这便是驰名历史的明宫三案。
东、西李选侍是光宗时的两位选侍，都姓李。当时，宫中称为东李、西李。东李为人仁慈，寡于言笑，地位在西李之上，但宠幸不及西李。崇祯皇帝朱由检是光宗的第五个儿子，其母刘氏早死，少年的他先由西李抚养，后来西李怀孕生女，便由东李抚养。天启元年，光宗长子朱由校即位，为明熹宗，东李进封庄妃。天启时魏忠贤、客氏专权用事，嫉恨东李刚直持正，裁损许多宫中礼节，东李愤愤不已，忧郁而死。
两位李选侍中，东李以仁、直见长，西李则敢作敢为，以大胆果敢著称，因而也更有名。移宫案就是因西李而起的。此案紧连红丸案，宫禁为之震动，后宫阴云四布。
光宗即位时已经39岁，很宠爱美貌的西李。西李曾抚育过光宗的长子和五子，即后来的熹宗与崇祯帝。光宗泰昌元年八月即位，旋即染病，卧床不起。光宗传偷礼部：“选侍李氏（西李）侍朕勤劳，皇长子生母薨逝后，奉选帝旨，委托抚育，视如亲子，厥功懋焉，其封为皇贵妃。”
钦天监奉旨，选择九月初六行册立皇贵妃札。西李不满足于贵妃，对光宗说，请世封皇后，光宗没有答复。光宗病势可危，主事孙朝肃、徐世仪、御史郑宗周上书辅臣方从哲，请求立即册立皇太子，并将太子移住慈庆宫。光宗召阁部九卿重臣，宣到病榻前，对她们说：“选侍数产不育，止存一女。”说罢，传旨让皇长子朱由校出见。接着，光宗又说：“皇五子亦无母，亦是选侍抚育。”又令皇五子出来拜见，光宗当着宰辅的面如此这般，意思很明显，是让皇子和大臣知道，西李如同皇子之母，视如皇后。
不久，光宗又召大臣到乾清官，晓谕大臣要速封选侍。西李前已有旨，封仅次于皇后的皇贵妃，这次速封，是重申前旨，并不是进封皇后。礼部侍郎孙如游试探说：“臣部前奉圣谕，上孝端显皇后、孝靖皇太后尊谥，加封郭元妃、王才人为皇后，皆未告竣，宜俟四大礼举行之后。若论皇储保护功，则选侍之封惟恐不早，即从该监之请，未为不可。”就是说还是宜在钦天监选定的九月初六日。光宗默许。
第二天，光宗再次召大臣到乾清官，依旧晓谕封西李为皇贵妃。光宗话音刚落，西李便披帏而立，大呼皇长子朱由校。皇长子朱由校在西李的咄咄呼声中奔入乾清宫。西李旋奔出。皇长子跪在光宗的病榻前，乞求说，要封西李为皇后。光宗默然不语。几天后，光宗去世。西李仍住在皇帝、皇后寝宫的乾清宫。西李想借年仅十五岁的光宗长子朱由检掌握朝政，坐镇乾清宫，进而统驭后宫。但大臣们不答应。
给事中杨涟对大臣周嘉漠、李汝华进言说：“宗社事大，李选侍非可托少主者，急宜请见嗣主，呼万岁以定危疑，随拥出宫，移住慈庆为是。”两人深有同感，走告辅臣方从哲。杨涟率先奔进后宫，太监们执棍拦阻。杨涟怒斥说：“皇帝召我等至此，今晏驾，嗣主幼小，汝等阻门不容入临，意欲何为？”太监们不知所措，只得让开，诸臣这才进入。
痛哭一番以后，诸臣请求拜见皇长子。西李将皇长子留在暖阁，不能出。青宫旧侍王安哄骗选侍，抱持而出，众人连忙叩头，山呼万岁。皇长子呆在那里，不知道是怎么回事，嘴里却只是说：“不敢当！不敢当！”群臣奏请进诣文华殿，王安拥长子而行，阁臣大学士刘一燝掖左，勋臣张惟贤掖右，涌入文华殿。内侍李进忠三次奔来，传西李的命令，召皇长子回宫，并喝斥诸臣说：“汝辈挟之何往？”杨涟怒叱李进忠，拥着皇长子登舆。
到了文华殿，皇长子西向坐定，群臣行大礼拜见，并请长子即日登基。皇长子不同意，吩咐初六日即位。接着，大臣们拥皇长子入慈庆宫。大学士刘一燝进奏说：“今乾清宫未净，殿下暂居此。”吏部尚书周嘉谟也说：“今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可轻易。即诣乾清宫哭临，须臣等到乃发。”皇长子点头同意。
杨涟这时对随行的太监们说，外事缓急有诸位大臣，调护圣躬却在诸内臣，责任重大，当好自为之。王安勇跃称诺，答应一定尽职尽责。众人这才退去。大臣们合议，还是得即日正位，让内官进奏，皇长子不允。众人便一身朝服，一片花花绿绿地在殿中坐等。少卿徐养量、御史左光斗唾骂杨涟不该阻止今日即位，情绪汹汹。杨涟心中恐惧，吩咐锦衣校尉戒严内外门禁。
吏部尚书周嘉谟联合众臣合疏进奏，请求西李移出乾清官，迁往别宫。御史左光斗更是一针见血，“内廷之有乾清宫，犹外廷之有皇极殿也。惟皇上御天居之，惟皇后配天得共居之，其余嫔妃虽以次进御，遇有大故，即当移置别殿，非但避嫌，亦以别尊卑也。今大行皇帝殡天，选侍既非嫡母，又非生母，俨然居正宫，而殿下乃居慈庆，不得守几筵，行大礼，名分倒置，臣窃惑之。”接着，左光斗明白指出，说：“殿下今已十六岁，内有忠直老成的内官辅佐，外有公孤卿贰，哪里乏人，还须乳哺而襁负照顾？伏请即早决断，如果借抚养之名而行专制之实，那武则天之祸就不会太远了。”
皇长子觉得有理，发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，既云尊卑难称，著礼部再议。给事中暴谦贞大唱反调说：“大宝将登，上有百灵呵护，下有群工拥戴，何用此妇人女子！且闻选侍并非忠诚爱国，万一封典得行，专权用事，恐怕难以抑制。”好在宫中忙乱，没人理会，这一番话因而没有引出风波，人们只是关注着乾清宫。
西李接纳心腹李进忠的密谋，邀皇长子和她同宫。王安忿然宣言，并奉旨逮杨涟、左光斗。杨涟在宫门遇见李进忠，询问选侍何日离宫。李进忠摇手说：“李娘娘怒甚，今母子一宫，正欲究左御史武氏之说！”李涟怒叱说：“误矣。幸遇我。皇长子今非昨比，选侍移宫，异日封号自在。且皇长子年长矣，若属得无惧乎？”李进忠默然无语。
科道官员惠世扬、张泼从东宫门出来，大惊失色，说今日选侍垂帘，下旨逮捕左光斗。杨涟立即驳斥说：“没有这事！”宫禁一时人心惶惶。谁也弄不清是如何变局，皇上是亲近选侍对付朝臣还是倾向于朝臣疏远选侍？一个个狐疑满腹。
过了几天，选侍还是住在乾清宫，逍遥自在，根本没有移宫之意。杨涟便直言上奏，说：先帝过世，人心惶危。都说选侍假借保护之名，阴图专权之实，估请殿下暂居慈庆宫，拔另宫先迁出选侍，然后再奉驾还宫；祖宗宗社最重，宫闱恩宠为轻；如今登极已在明日，哪有天子偏处东宫之礼！这移宫一事，臣等进言在今日，殿下也当实行在今日。杨涟呈上奏疏后，拜见方从哲。方从哲认为不要操之太急，到初九、十二也为时不晚。杨涟坚持说：天子没有重返东宫之理，选侍今天不移宫，他日也未必移宫，这事不可迟缓。内侍从旁说：难道不念及先帝当年的旧宠？杨涟大怒，说：国家事大，岂容姑息，你辈也敢这般放肆！叱声嗡嗡，回荡在宫禁殿阁。
皇长子派人扶出杨涟，吩咐司礼监审查盗藏诸侍，收捕李进忠、刘逊。遣西李出乾清宫，移住仁寿殿。西李移宫已成，大臣们又于心不忍，反过来替西李说话。御史贾继春进奏说：天地大德叫生，圣人的主德称孝，先帝命诸臣辅皇上为尧舜，尧舜之道，孝悌而已；可是，父有爱妾，为子当终身敬养，尊仰不忘；先帝和郑贵妃恩爱三十余年，天下纵然侧目，但笃念皇祖，一切涣然冰释；殿下何不取法先皇，多作谅解？纵云选侍原非淑德，夙有旧恨，这也是妇人女子素有的常态；先帝弥留之际，曾亲向诸臣谈及选侍，称选侍产有幼女，顾念情重，欷歔落泪；草本都会为之感动，何况我辈臣子？伏请殿下委曲调护，使李选侍得终天年，幼女不至有什么意外。左光斗也温情脉脉，说选侍移宫以后，当存大体，捐其小过，不能株连蔓引，使宫闱不安。
熹宗传谕内阁，讲明个中原委。原来，熹宗小时，西李盛气凌人，气死了他的母亲——当时身为侍女的堇氏，然后由她抚养。这事令熹宗抱恨终天，因而要追究清楚。先皇病重时，选侍又威胁熹宗，一定要传封皇后，熹宗心里很不愿意。后暂住慈庆宫，选侍随即差李进忠、刘逊，命将每天的文书章奏，先送选侍，然后再选送御览。因此，熹宗质问说：祖宗一直家法甚严，可从来没听说有这等规矩？如今奉养选侍入哕鸾宫，正是仰尊皇孝遗爱，没有什么不可。至于李进忠、刘逊是盗库首犯，事干宪典，并非出于株连。
原来真相如此，大臣们松了一口气，辅臣方从哲读了上谕，大惊失色，这才明白是怎么回事。但方从哲觉得将这些宫闱内幕公之于众，似乎不妥。于是，方从哲密揭封进，说：“皇上既仰体先帝遗爱，不宜暴其过恶，传之外廷。”熹宗不理会这些，照旧中谕颁示中外。此事传扬出去，南京御史王允臣马上指责方从哲，说：陛下移宫以后发一道上谕，不过像常人一样表明心迹，你宰相却大胆封还，是何用意？司马昭之心，路人皆知！方从哲不过是想隐秘宫闱，没想到受到这等呵斥，身为阁老的他真是哭笑不得。熹宗刚即位时，委任倚重司礼太监王安。后来，魏忠贤当政，西李再见天日，天启四年，西李封康妃。宫禁真是疑案重重。
