原则是根据尿液或前列腺液细菌培养结果选择敏感抗生素。但当治疗初期细菌培养未及时回报或无条件时，应及时选用足量、高效的广谱抗菌药物，以控制病情发展。目前多用头孢类抗生素，临床可用伏乐新，每次1．5g，每日2次，溶于100ml液体中静脉滴注。或先锋V号，每次1.0g，每日2次，静脉滴注。
如不适宜应用此类药物者，可用磺胺甲基异恶唑（SMZ）与磺胺增效剂（TMP）的复合片剂，如复方新诺明，因在前列腺中能达到较高浓度，可作为口服的首选药物。用法：每日2次，每次2片（每片含TMP80mg、SMZ400mg），口服。经治疗若细菌对该药敏感，症状好转，可继续用30天，以防转变为慢性。
对于不能用复方新诺明者，可用庆大霉素3～5mg／kg·d，或妥布霉素3mg／kg·d，分3次肌肉注射，再加氨苄青霉素1g静脉点滴，每6小时一次，治疗一周，以后根据细菌培养和药敏试验选药，病情好转后可改用口服药物，如氟哌酸，继续治疗30天。
