无论施用有机肥料或无机肥料都能增加土壤养分。无机肥料大多易于溶解，施用后除部分为土壤吸收保蓄外，作物可以立即吸收。而有机肥料，除少量养分可供作物直接吸收外，大多须经微生物分解，作物方能利用。
施肥能改善土壤的水热状况。一般有机质都有吸水和保水的能力，特别像腐殖质这一类亲水胶体，保水能力更强。土壤中的腐殖质和黏土粒结合形成团粒，在团粒内部有许多毛管孔隙，也能保存很多的水分，能被植物利用。由于腐殖质是棕黑色的物质，土壤中腐殖质含量多，土壤颜色较深，可增加吸收日光热能，有利于提高土温。同时，腐殖质保水能力强、比热较大、导热性小、土壤温度变化慢，有利于作物生长。
施肥能增加生理活性物质。增施有机肥能促进微生物的活动。由于微生物活动的结果，除了增加土壤中的矿物质营养和腐殖质以外，还能产生多种维生素、抗生素、生长素等，从而促进根系发育，刺激作物生长，增强抗病能力。
施肥与土壤性能关系非常密切，能否处理好两者的关系直接关系到农作物生产的好坏。这是因为：施肥必须有针对性。因为大多数营养元素，土壤（或大气）已能充分供应，只有在土壤对某一养分供应不足时，才需要施肥，如果盲目把所有的养分元素都施入土壤，就会造成浪费，甚至造成作物中毒。肥料施入土壤后会发生一系列变化，会在不同程度上影响肥料效果，不考虑土壤的情况，比如在水田中施用硝态氮肥，必然会降低肥效等，也就谈不上真正的合理施肥。
