忽必烈建元后，北方诸王掀起的此起彼伏的反抗和叛乱，是困扰元朝统治的一个障碍。其中海都为首的西北诸王之乱，是元朝初年最旷日持久的战乱，这次战乱不仅贯穿整个忽必烈朝，而且一直绵延到成宗在位期间，前后长达近半个世纪。忽必烈在位30多年中，与分裂势力和叛乱势力进行了十分激烈的斗争。在军事上对叛乱势力的坚决镇压，对巩固元代多民族国家的统一起了很大作用。
忽必烈与八思巴的会见
八思巴（1235～1280），法名洛卓绛称伯让波（智幛吉祥贤）。藏传佛教萨迦派的第五世祖师，名字意为“圣者”。元宪宗三年（1253）奉皇弟忽必烈之召，会见忽必烈，与后者建立了密切的关系。忽必烈即位后，八思巴被尊为“国师”、“帝师”。
佛教自7世纪传入吐蕃，9世纪中叶，因遭到吐蕃王朝达玛赞普“禁佛”的打击，一度衰落。吐蕃王朝瓦解后，西藏社会陷入分裂状态，奴隶制也逐渐向封建农奴制转化，10世纪后半期，佛教又开始复兴。11世纪中叶，随着封建农奴制的发展，各地农奴主的统治地位日益巩固，彼此间的争夺加剧，他们也各自同佛教势力建立了密切关系，藏传佛教也因而形成了不同的派别。当时，影响较大的有噶当（“噶”，藏语意为“佛语”；“当”，意为“教授”或“教诫”，“噶当”意为一切佛语——经律论三藏都是对僧人修行全过程的指导，该派在藏北当雄西南建热振寺）、噶举（藏语意为“口授传承”，该派支系最多，噶玛噶举、蔡巴噶举、帕竹噶举是其较大的派系，其中噶玛噶举派首创活佛转世制度，有黑帽系和红帽系两个活佛转世系统）和萨迦（藏语意为白土，因其寺建在灰白色土地上得名）等派。
有确切记载的西藏僧俗代表人物与蒙古统治者建立联系的当始自窝阔台的儿子阔端，但中外藏学家中也有人提出这种联系的建立可能开始于成吉思汗时期。
无论如何，萨迦派与蒙古上层的联系确始于阔端而政治关系的确立则完成于忽必烈。
窝阔台即位后，将河西地区赐给了次子阔端。阔端驻于凉州，负有向藏族地区发展势力的任务。阔端招降了金朝巩州总帅汪古人汪世显，任命来降的临洮吐蕃人赵阿哥潘为叠州安抚使，控制了甘、青、川边界的藏区，为向西藏发展势力打下了基础。元太宗窝阔台十一年（1239），阔端派遣多尔答等率兵人藏，军至藏北彭城，四出抄掠，焚毁了热振寺和杰拉康寺，杀死了五百多僧人。征服了西藏地区，使所有“木门人家”都交纳贡款。东从贡波以上地方，西至尼泊尔，南至扪地区一带，所有王城都被元军征服，收归在元朝国法压制之下，遵从元帝之命，并派遣使臣朝觐元都。
继武力征服之后，他又遣使入藏，征聘当地有影响、有威望的人士，以便通过他们更好地治理和控制西藏。使者入藏，在广泛地了解情况后，向他作了汇报，他决定首先征聘精通佛教经典的大学者萨迦派第四代祖师萨迦·班智达·贡噶坚赞，阔端遣使带着皇帝的诏书前往迎请，萨班在与其周围重要人物商量后，决定前往。
1243年，萨班与其两个侄子八思巴和恰那多吉随使者上路，一路上讲经传法，1246年八月到达凉州。此时，正值大蒙古国选举大汗的忽里勒台召开之际，阔端不在凉州。第二年一月，萨班一行才得以谒见阔端，他为阔端讲经说法，治病禳灾，很受器重。阔端说：“汝携带如此幼小之八思巴兄弟及侍从一起前来，是眷顾于我。汝以头来归顺，他人以脚来归顺，汝系因我召请而来，他人则是因恐惧而来，此情吾岂能不知！八思巴兄弟先前已习吐蕃教法，可仍着八思巴学习之，着恰那多吉学习蒙古语言。若吾以世间法护持，汝以出世间法护持，释迦牟尼之教法岂有不遍弘于海内者欤！”实际上，阔端在学习佛法的同时，更重要的是向萨班劝降。萨班受到的礼遇，使他确信依靠蒙古贵族将有利于萨迦派的发展。因而在这里萨班已经代表西藏各派势力同蒙古贵族进行了谈判，并决定西藏归附蒙古。条件是蒙古国在西藏调查户口，编造清册，征收赋税，任命达鲁花赤；西藏各派僧俗人士，仍可继续任职，从而确定了蒙古贵族依靠萨迦派控制西藏的方针。
1251年，蒙古诸王、大臣的忽里勒台选举蒙哥为蒙古国大汗。蒙哥任命其弟忽必烈总漠南军国事。萨班归降蒙古的决定并没有得到全体藏地上层人士的认可，甘、青和川西的一些部落还没有完全归附，西藏的一些教派上层也在进行抵制。蒙哥一方面遣和里解统吐蕃等处蒙古、汉军，与两淮、四川等处蒙古、汉军，“皆前征进”；一方面利用萨迦派上层与阔端的关系继续对各派上层进行劝降活动。
十一月，萨班死，八思巴继为萨迦派教主。
宪宗二年（1252），蒙哥下令在汉地、斡罗斯和吐蕃等地清查户口。八思巴以萨迦派教主的身份写信给西藏僧俗上层，一方面通报萨迦·班智达病逝的消息，一方面通报蒙哥即位和清查户口的有关情况，并遣格西多吉周和松布等与清查使者同往。以便向吐蕃上层解释详情，避免惊惧，保证括户顺利进行。
在清查西藏户口的基础上蒙哥依照在其他征服地区的先例对西藏地区也实行了分封，将止贡划归自己、察巴分给忽必烈、迦萨分给阔端、噶玛分给阿里不哥，旭烈兀则得到了帕竹派地区。
忽必烈受命征云南。夏，驻军六盘山，遣使凉州迎请萨迦·班智达。八思巴与阔端子蒙哥都至六盘山会见忽必烈。忽必烈留下八思巴，与之结成施主和福田关系。这是八思巴与忽必烈的第一次会见，它对八思巴的一生产生了重大影响，为萨迦派与元朝统治者的合作奠定了基础。
当时，忽必烈的军营中已经有一些本封地的察巴噶举派僧人。但是，他们知名度不高，影响不大。当时，南宋军队在边界上坚壁清野，对忽必烈自临洮进军四川不利，他决定取道甘、青、川藏区，对南宋实行战略包抄。为了顺利地通过藏区，他需要一位威望高、影响大的藏族上层人士的协助。于是他邀请在凉州的萨迦派教主八思巴和噶玛噶举派教主噶玛拔希到军营中会见。
八思巴大约在该年冬天至忽必烈军营，向忽必烈介绍了西藏的历史、宗教情况。在王妃察必的鼓励下，忽必烈开始接受佛教。
宪宗三年（1253）新年，忽必烈接受了萨迦派的密法灌顶，在察必的支持和调停下，与八思巴结成了施主与上师的关系。而噶玛拔希却迟迟未到。
在忽必烈南伐大理时，八思巴在凉州主持了其伯父萨迦·班智达灵塔开光仪式。当忽必烈自云南北返时，他再一次到军营中会见其施主，并追随忽必烈到达汉地。忽必烈对年轻的萨迦派教主八思巴远道来投十分重视，“颁给八思巴一份称为‘藏文诏书’（扎撒博益玛）的文书，肯定八思巴作为他的宗教上师地位，重申自己皈依佛法，担任佛教的施主”。
宪宗四年（1254）夏，八思巴前往朵甘思（指今西藏那曲专区东部、昌都专区北部、四川甘孜藏族自治州北部、青海玉树藏族自治州一带地区），可能为迎请传戒上师和宣谕藏文诏书。不久，又返回忽必烈营地，并见到了忽必烈自大理带回的佛牙舍利。
宪宗五年（1255）新年，八思巴向忽必烈敬献《新年吉祥祝辞》，称忽必烈为“尊胜人主”，祝愿他“胜于各方”。至此，忽必烈与八思巴之间特殊的宗教与政治关系正式确立。同年噶玛拔希也曾晋见忽必烈，但他拒绝了忽必烈请他长期留在身边的要求，并转而到漠北投靠蒙哥和阿里不哥。后来，在阿里不哥与忽必烈争夺汗位之际，他因涉嫌支持阿里不哥受到了忽必烈的惩罚，从而失去了依靠最高统治者发展本派势力的机会，八思巴便成为忽必烈身边唯一重要的西藏宗教和政治势力的代表。
这一年夏天，八思巴到河州（今甘肃省临夏回族自治州临夏县）接受比丘戒，完成了成为一名正式佛教僧侣的全部仪式，然后又返回忽必烈营帐。
宪宗七年（1257），忽必烈与蒙哥兄弟间矛盾公开化，忽必烈被解除了兵权，不能参加对宋战争；阿兰答儿、刘太平等开始检查陕西、河南钱谷出入，忽必烈处境困难。为了趋吉避凶，忽必烈需要宗教保佑，二月，八思巴为他举行了称为“烧施”的宗教活动，三月，写了《五天女赞》，为忽必烈禳灾祈福。夏季，八思巴朝拜佛教四大名山之一的五台山，以一个佛教徒的眼光，写诗赞颂五台，在西藏佛教界影响甚大。冬，忽必烈亲自朝见蒙哥，兄弟释嫌，重归于好，忽必烈处境改善，八思巴的地位也相应提高。
宪宗八年（1258）春夏之交，忽必烈受蒙哥之托，在开平主持释道两教关于《老子化胡经》真伪的辩论大会，除汉地儒生、道士、佛教僧人外，还有吐蕃、河西、大理等地僧人参加，八思巴也参加了这一“汇集了当时大半个中国的释、道、儒三家精英的学术大会”。他以自己广博的知识、雄辩的口才，向道士问难并使之辞穷，从而使佛教理论在这次辩论中战胜了道教，道士十七人依约被罚削发为僧。这场辩论对忽必烈尊崇佛教无疑也产生了重大影响。自1254年到1260年，八思巴多数时间在忽必烈军营或王府，从事佛教理论的研习修持，为忽必烈及其诸妃、诸子祈福禳灾。当忽必烈自湖北返回燕京时，他也自开平到达那里。
显然，他也是忽必烈争夺最高统治权的支持者之一。
中统元年（1260），元世祖忽必烈尊八思巴为“国师”，“授以玉印，统释教”。至元六年（1269），八思巴献上所创新字（八思巴蒙古文），七年（1270），忽必烈再次请求八思巴向他传授灌顶时，改玉印为帝师印，又封八思巴为“皇天之下，大地之上，梵天佛子，化身佛陀，创制文字，护持国政，五明班智达帝师”。
帝师是皇帝和皇室成员的老师和精神支柱，也是全国佛教僧人的领袖，位在诸王之上。帝师嗣位，要赐封诏玉印，宣谕天下；新君即位，要对帝师降诏褒奖；颁发给帝师的诏书为专用的“珠诏”，帝师至京师，用皇帝出行仪仗之半为前导，百官郊迎。
帝师代表佛教保佑皇帝，为皇室作各种名目的佛事，如为呈帝和皇室成员祝延圣寿、禳灾祛难、祈祷国泰民安，等等。在思想文化方面，就忽必烈个人而言，他既利用汉儒在汉地实行汉法，也利用藏传佛教为巩固其统治服务。忽必烈非常重视八思巴所创的蒙古新文字，新字一经进呈，他立即下诏在全国推行。
新字是以藏文字母为基础创制的一套拼写符号，采用竖行自左至右的书写方式，“它可以用来拼写蒙古、汉、畏兀、藏等语言，所以实际上是供元朝统治下的各民族共同使用的一套拼音字母。它的创制可以说是在元朝统一中国的历史条件下，我国历史上第一次打算统一各民族文字字形的尝试，也是第一次用一套拼音字母来记写汉语的尝试。对元朝将众多的民族统一为一个大帝国和消除或减少民族间语言文字上的隔阂具有重要的政治意义”。
名家回眸
忽必烈与八思巴的历史性会见和他们之间宗教、政治关系的确立对元代的统治、统一多民族国家的巩固和发展都具有重要和深远的影响。
忽必烈与阿里不哥之争
1259年，蒙古帝国的蒙哥汗在合州钓鱼台战死了，他的死引发了以阿里不哥为代表的守旧派和以忽必烈为首的“汉法”派的汗位之争。阿里不哥是拖雷的第七个儿子，宪宗七年（1257）蒙哥亲征南宋时，留幼弟阿里不哥守和林，剥夺了忽必烈的兵权，并对他所管的河南、陕西民政、财政进行审查。在与忽必烈的矛盾暂告缓和后，迫于右翼统帅塔察儿军失利，才又命忽必烈统右翼军。九年（1259），蒙哥死于合州（今四川合川）钓鱼城下，蒙古国再一次出现了汗位空缺。此时，术赤、察合台兀鲁思同大蒙古国的离心倾向逐渐增强，窝阔台后裔的力量严重削弱，未来的一场汗位争夺战将在拖雷诸子间展开。
拖雷正妻唆鲁和帖尼在世的三个儿子以忽必烈为长，时正在征南宋东路军中；旭烈兀为次，在征叙利亚、伊拉克军中，幼子阿里不哥在都城和林。在蒙哥与忽必烈的矛盾冲突中，阿里不哥与蒙哥政见一致，因而蒙哥亲征前，让阿里不哥统率留下的军队和斡耳朵，把兀鲁思交给了他，并把自己的一个儿子玉龙答失留在他那里。于是，在拖雷家族中便形成了以阿里不哥和忽必烈为首的两派政治势力，作为蒙哥在朝中的代表，在汗位的争夺上阿里不哥具有明显的优势。但是，此时的忽必烈已羽翼丰满，特别是他身边聚集了一批具有丰富统治汉地经验的儒臣，并得到了一部分握有兵权的以史天泽为代表的汉人世侯的支持，他们的支持也就意味着他还有以汉地财富为后盾的雄厚的经济实力。儒臣们既已选定忽必烈为其政治代表，就一定会不遗余力地支持他参与这次最高统治权的争夺，并给这次汗位之争带来了不同于以往的政治色彩。
蒙哥死讯传来，漠北的阿里不哥和驻军鄂州（今湖北武昌）的忽必烈都积极进行争夺汗位的活动。阿里不哥及其支持者们以居守和林的优越地位，以监国和忽里勒台召集者的身份，向四方遣使，发布敕令，要求诸王、那颜们到斡难、怯绿连之地，为蒙哥举哀发丧并参加忽里勒台；命脱里赤为断事官，行省事于燕京，按图籍号令诸道，并括漠南诸道兵；命阿兰答儿乘传调兵，浑都海出兵据关陇，刘太平、霍鲁海（霍鲁怀）办集粮饷，图谋秦蜀，以形成有利形势，钳制忽必烈。
九月，忽必烈自末哥（木哥、穆哥，拖雷第八子）所遣使者处得知蒙哥病逝的消息，坚持挥军渡江，进围鄂州；同时遣大将霸都鲁（拔都突儿，木华黎孙）趋岳州，接应自云南北上的兀良哈台。这时，宋将吕文德自重庆援鄂，宋军城守益坚。十一月，忽必烈妻察必遣使军中，密报阿里不哥所为，要求忽必烈速回。忽必烈立即召集诸将，商讨对策。郝经上《班师议》，建议“断然班师，亟定大计，销祸于未然。先命劲兵把截江面，与宋议和，许割淮南、汉上、梓夔两路。定疆界岁币。置辎重，以轻骑归，渡淮乘驿，直造燕都，则从天而降，彼（指阿里不哥）之奸谋逆志，冰释瓦解。遣一军逆蒙哥罕灵舆，收皇帝玺。遣使召旭烈、阿里不哥、末哥及诸王驸马，会丧和林。差官于汴京、京兆、成都、西凉、东平、西京、北京，抚慰安辑，召真金太子镇燕都，亦以形势。则大宝有归，丽社稷安矣”。忽必烈采纳了郝经的建议。恰值此时，南宋权臣贾似道因不敢与蒙古军交锋而遣幕客宋京前来约和，“愿割江为界，且岁奉银、绢匹两各二十万”。所提条件大大超出忽必烈的期望，于是忽必烈立即与贾似道约和，以霸都鲁、兀良哈台率部分军队留驻前线，自己与塔察儿、合丹、也松格等各军北归。
