金军退去后，南宋朝廷又得到喘息的机会。这时候，农民起义的浪潮越来越猛，镇压农民起义又成了朝廷要解决的头等大事。
绍兴五年春，岳飞再次被高宗召见，被封为“武昌郡开国侯”，迁官荆湖南北襄阳府路制置使、神武后军都统制，并受命前往湖南镇压杨幺起义军。
南宋政府一再地派兵镇压洞庭湖这支农民军，也一再派人招降，都没有什么效果。南宋统治者将其视为心腹大患，千方百计地要将这支队伍除掉。在这样的情形之下，岳飞要出马了。
杨幺军占据的地盘不大，实力有限，约有五六万人。他们对付官军的策略，是“陆耕水战”。起义军依凭洞庭湖之险，春夏水涨，官军不能出兵，则耕种田地；秋冬水落，官军发动攻势，则收藏粮食，然后出战。主要是以己之长，攻彼之短，避免陆战，力争水战。
因此，岳飞制定了以攻心为主、武力为辅的原则。他派出一些士兵扮做商人，混进起义军中，诱捕了数百人。岳飞对这些人没有杀害，而是劝说他们投诚，还给每个人发了赏钱。又让他们回去劝说别的义军也放弃抵抗。这数百人回营之后，自发地宣传岳飞的仁德，杨幺的军心有所动摇。
杨幺军却依然墨守旧规，三十多个水寨各自为守，各自为战，不能最大限度地集中兵力，集中指挥。此外，荆湖路一带恰好逢大旱之年，湖水浅涸，严重地影响了吃水甚深的船只的行驶。在官军的包围和封锁之下，杨幺叛军的处境日益危困。
不久义军将领黄佐投降了岳飞，并接受军令。黄佐率部攻破义军的营寨，杀死不少义军，夺取粮食、船只等，将整个水寨焚毁无遗。不久，又有一批头领投降，杨幺义军的实力大为削弱，但杨幺本人仍企图凭借地利，负隅顽抗。有人又向岳飞献计，说大船非一丈深的湖水不可通行，应开闸放水，并可用千万束青草撒在湖面上，以阻遏船的行驶。岳飞立即采纳，下令用巨筏堵塞鼎州附近湖面的各个港汊，选择水浅之处，派官军用小船挑战，以秽言詈骂，引诱义军出战。
杨幺等引水军出战，船只护板中的翼轮果然被腐枝烂草缠住，使这些主力战舰进退两难，无从发挥威力。
岳飞指挥牛皋、傅选等将乘机急攻。杨幺义军情势危急，企图突围，在各个港口又遇官军巨筏的拦截。官军在巨筏上张挂牛皮，遮挡矢石，用巨木撞坏敌方一些战船。义军大败。杨幺也被活捉，随即被枭首。
由于岳飞坚持以攻心为上，攻兵为下，故战斗并不是很激烈，杀人不多，而持续六年的一方割据政权终于土崩瓦解了。
对于被俘的起义军将士，牛皋主张进行斩首，但是宽大为怀的岳飞阻止了牛皋，并对牛皋晓之以礼，动之以情。说得牛皋心服口服，避免了一次涂炭。为了增强军队力量，同时也由于起义军本来就是高举抗金义旗的，岳飞便从义军中挑选了几万名身强力壮的兵士，编入本军之中，其余起义军分给米粮，让他们各自回家种田生活。
杨幺起义军是因为官府的丑恶腐败与横征暴敛引起的，是一场正义的农民起义。但是，在岳家军平定杨幺义军后，荆湖路一带再未出现类似规模的起义。经过一段时期，生产又有所恢复，社会矛盾也有所缓和，岳家军在此后的抗金战争中，终于有了一个安定的后方。
