与犹太人决裂后，后方的稳定始终是穆罕默德关心的一大问题。白德尔战役后，他乘胜驱逐了卡伊努卡犹太人部落。表面原因是一个穆斯林与犹太人发生口角时，杀死了一个犹太人，结果他本人也被犹太人当场杀害。这件事大约发生在白德尔战役后一个月的时候，它表明麦地那穆斯林与犹太人之间的矛盾日趋尖锐。穆罕默德率军包围了卡伊努卡部落，围困15天，迫使其投降，然后没收其全部财产，将他们驱逐到叙利亚的埃兹日阿特。
麦加人在白德尔败北，经由麦地那附近的商道受阻，但作为麦加氏族贵族主要经济来源的商业活动不能中断。据说，一次古莱氏人又派一个由艾布·苏福扬等人率领的商队假道伊拉克去叙利亚经商。穆罕默德闻讯后派人在纳季德高原一个名叫凯尔岱的地方截获了他们的货物。
麦加古莱氏人不甘心前一年的失败，扫清商道上的障碍更是当务之急。于是他们便于公元625年初，教历第3年10月，集合3000人来攻打麦地那。这时，艾布·苏福扬已取代在白德尔战役中死亡的艾布·贾赫勒担任首领。据说，这3000人中有700人身着盔甲，共拥有马200匹，骆驼3000峰。但由于他们随军携带大批辎重物资，还有许多人的妻妾同行，行进速度十分缓慢。他们抵达麦地那附近以后，就在该城东北伍侯德山一带的平原上安营扎寨，掠夺庄稼，想以此迫使麦地那的穆斯林走出城来。穆罕默德得知麦加方面派兵向麦地那进攻的消息以后，准备固守城中，以逸待劳。但后来又为他部下求战的精神所打动，改变主意，出城迎战。穆罕默德率领1000人的队伍出发了，但由于内部对这次出击的意见分歧，中途有300人退回城内，尽管出师不够顺利，然而由于战士们的勇敢和穆罕默德的指挥，开始时穆斯林还占着优势，并杀进了敌营。但奉命掩护其左翼的弓箭手们，见自己的人马杀进敌营后，不听指挥，擅自离开战斗岗位冲下山来抢夺战利品。这时，哈立德·伊本·韦立德率麦加骑兵攻击失去掩护的穆斯林军左翼，结果麦地那方面阵脚大乱，一些人四处逃散。正在这时，又听到穆罕默德阵亡的讹传，穆斯林军更是一片混乱。虽经穆罕默德和一部分穆斯林奋力抵抗，但已无法扭转战局。在这次战争中，穆斯林有70多人阵亡，其中包括穆罕默德的叔父哈木泽。穆罕默德本人也多处受伤。然而，麦加人由于内部意见不一，力量不足，没有实行追击和攻城。所以，正如伯纳·路易所说：“在这场战役中穆斯林军并没有受到实际的挫折。”
伍侯德战役中穆斯林军之所以不能像白德尔战役那样取胜，主要是因为麦加军队在城外安营扎寨，做好了准备，等待穆斯林出城应战；而麦地那穆斯林则意见不一，削弱了自己的力量，战斗开始后有些人又不服从指挥，擅自离开岗位。《古兰经》记载说：“你们奉真主的命令而歼灭敌人之初，真主确已对你们实践诺言；直到了在他使你们看见你们所喜爱的战利品之后，你们竟示弱、内争、违抗（使者的）命令。”（3：152）
另外，据传说，在伍侯德战役中，曾有犹太人与麦加方面串通。这次战役之后，犹太人又对穆斯林的失利拍手称快。于是穆罕默德派阿里带兵包围纳迪尔犹太人部落达20多天，将他们从麦地那赶到海巴尔，没收其全部土地和椰枣树。
为了迅速消除伍侯德战役后笼罩着穆斯林的低落情绪，巩固麦地那阵地，穆罕默德不断鼓励信徒的士气，继续出征，他说：“你们不要灰心，不要忧愁，你们必占优势，如果你们是信道的人。如果你们遭受创伤，那么，敌人确已遭受同样的创伤了”；并说：“不得真主的许可，任何人都不会死亡；真主已注定各人的寿限了”，“有许多先知，曾有些明哲和他们一同作战，那些明哲没有为在主道上所遭遇的艰难而灰心，懈怠，屈服。真主是喜爱坚忍者的。”（3：139—143，145—146）
穆罕默德继续带领其信徒出征。有一次，出现了一件虽非多么重要但却引起异常波动的事情，其经过是这样的：穆罕默德每次外出旅行前，其妻子们要进行抽签，谁抽中了，他便带夜班随行。教历第5年，穆罕默德带人攻打贝尼·穆斯台赖格部落，阿伊莎抽中了签，与穆罕默德同行。返回的路上，她在休息日寸从驼轿中走出来去解便，而牵驼的人没有发现她的离开，休息后，未等她回来，就随队伍出发了，阿伊莎掉了队，由最后过来的一位年轻的穆斯林护送她赶上了队伍，结果引起一场风波。①穆罕默德曾就这件事与家属和亲戚中的长者商议解决办法。阿里见穆罕默德忧虑重重，不得安宁，曾劝他在澄清阿伊莎无罪之前暂时与她断绝关系。阿里说：“在讨妻子上，真主没有亏待你，除阿伊莎外，女人不是很多吗？你问问阿伊莎的佣人白力拉，他会讲实话”。这使阿伊莎和阿里自此结下了不解之怨，并在以后演出了他们之间的一场战争。
①参见《布哈里圣训实录精华》，第127页，中国社会科学出版社，1981年版。
几天之后，穆罕默德以安拉降示启示的形式证明自己的妻子是清白的，他说：“造谣者确是你们中的一伙人。你们不要以为这件事对于你们是有害的，其实是有益的。他们中的每个人，各应当受他所谋求的罪恶；他们中的罪魁，应受重大的刑罚。当你们听见谣言的时候，信土和信女对自己的教胞，为何不作善意的猜想，并且说：‘这是明显的谣言’呢？他们为何不举出四个见证来证明这件事呢？他们没有举出四个见证，所以在真主看来他们是说谎的。”（24：11—13）
公元627年，即教历第5年，新的威胁降临麦地那的穆斯林，艾布·苏福扬指挥着由麦加古莱氏人、贝都因人和埃塞俄比亚雇佣军组成的一支1万人的联盟军来进攻麦地那，不久前被驱逐到海巴尔的纳迪尔犹太部落也有人参加。面对强大的敌人，穆斯林决定保卫自己的城市。这时一名叫赛尔曼的人建议挖壕据守。据说，赛尔曼原为波斯人，后去叙利亚信奉了基督教，以后又到麦地那皈依了伊斯兰教，深得穆罕默德的信任，也深得后世穆斯林的赞扬。穆罕默德采纳了他的建议，动员大量人力挖掘壕沟，派3000人守城。麦地那三面都有房屋和椰枣树相连，唯独城北的荒滩是一个没有屏障的开阔地带，于是就在这里从东到西挖了一条壕沟。联盟军没有料到这一点，对这种他们未曾见过的新奇战术感到惊讶，称其为不光彩的诡计。他们入城不得，于是对麦地那实行围困。经过20多天，城内几乎水断粮绝，人心惶恐不安，古赖萨犹太人也乘机煽惑，麦地那面临重大困难。正当这时，一天夜里，狂风骤起，飞沙走石，毁坏了联盟军不少帐篷和军械。大风过后，联盟军人心涣散，内部出现分歧，加之他们的给养也发生困难，于是不得不解围后撤。事后，穆罕默德告诉信众，这是安拉的保佑，说：“你们应当记忆真主所赐你们的恩典。当时，敌军来攻你们，我就对他们派遣暴风和你们所未见的天兵”，“真主使不信道者未能获胜，愤愤而归；真主使信士不战而胜。”（33：9，25）这次战役，史称壕沟之役，又称联盟之役。
这次战役之后，穆罕默德谴责了那些临阵畏惧退缩的人，称他们是伪信者。同时下决心铲除乘机撕毁协约、背信弃义反对穆斯林的犹太人。穆斯林军将古赖萨部落包围25天，最后600名壮丁被处死，其余的人当了俘虏，被驱逐出境，土地财产全部被没收。关于这件事，《古兰经》记载说：“他曾使帮助他们的那些信奉天经者，从自己的堡垒上下来，并且把恐怖投在他们心里，你们杀戮一部分，俘虏一部分。他使你们继承他们的土地、房屋、财产和你们尚未踏过的土地。”（33：26—27）
这时，此前尚未皈信伊斯兰教的那部分麦地那人都加入了穆斯林公社，承认穆罕默德为其领袖。这就是说，约到公元627年末，伊斯兰教真正成了麦地那独一无二的宗教，麦地那出现了一个以宗教为纽带团结起来的新型社会。随着穆斯林势力的壮大，穆罕默德改变了初期那种各行其道的策略，说：“不信道的人，必入火狱，而永居其中；这等人是最可恶的人。”（98：6）
五、侯德比叶协议与麦加的被征服
鉴于麦地那穆斯林的节节胜利，希贾兹地区的许多部落转到麦地那方面来。穆斯林的力量迅速壮大。这时，穆罕默德获悉麦加方面许多人都不想再战，有人主张与穆斯林讲和，于是他大胆地决定，于公元628年即教历第6年，率领1500余名迁士和辅士前往麦加进行小朝。他们在离麦加不远的侯德比叶被麦加派出的一支武装部队所阻。经过小规模的冲突后，双方派出代表谈判，最后达成协议，其主要内容是：双方休战十年；穆斯林今年不得进入麦加朝觐，他们可自由地参加第二年的小朝，届时麦加古莱氏人将离开麦加，穆斯林可以在该城滞留三天，愿加入双方任何一方盟约的部落，另一方不得干涉；穆斯林应交回古莱氏部落的投奔者，而穆斯林投奔麦加者可以不交回。侯德比叶协议结束了穆罕默德与其同宗的古莱氏人之间、麦地那与麦加之间的战争。表面上好像他没有达到自己的目的，未能朝觐克尔白寺而返回麦地那的穆斯林也感到不满意，但实际上是麦加古莱氏人承认了穆罕默德的地位。他通过平等的谈判，走出了征服麦加重要的一步，《古兰经》的《胜利章》一开头就说：这是“一种明显的胜利。”（48：1）
