中国共产党一贯尊重少数民族的宗教信仰，在延安时期，毛泽东亲自为延安清真寺题字，从1939年开始就成立组织，从事伊斯兰教和回回民族问题的研究。其他解放区也进行了这项工作。当时日本人妄图成立什么“回回国”，激起了全国人民和广大穆斯林的坚决反对。在八年抗日战争中，各族穆斯林做出了巨大的牺牲和贡献，活跃于华北大地的由马本斋（1901—1944年）领导的回民支队，在五年内与敌人作战一百几十次，严重地打击了这一地区的敌人。敌人抓到他的母亲，妄图利用她来劝其儿子投降，但这位革命的老妈妈蔑视敌人的一切威胁和利诱，宁死不屈。朱德总司令赞扬他们是“汉回各族模范”、“母子俩代英雄”。在新疆，维吾尔族等族的人民于1944—1949年在伊犁、塔城、阿勒泰发动了三区起义，建立了以阿合买提江·哈斯木（1914—1949年）为首的革命政权，打击了帝国主义和国民党在新疆的反动势力，配合了全国的解放斗争。
在这个时期，穆斯林学术研究之开展、宗教教育之革新，也日益引起人民的注意。北京的王浩然（1848—1918年）阿訇借1906年朝觐之便，到西亚各国考察教育，第二年就聘请两位土耳其穆斯林创办了“回文师范学堂”；1908年又创办了“京师公立清真第一两等小学堂”，这对以后中国穆斯林的宗教教育产生了深远的影响。1911年他与一些知名的穆斯林共同发起成立“中国回教俱进会”，总部设北京，各省设支部，县设分部，其主要任务就是普及伊斯兰教育，设立中小学，翻译《古兰经》，并出版有关刊物。接着哈德成阿訇等在上海成立“中国回教学会”，创立伊斯兰师范学校，开办阿文补习学校，组织翻译《古兰经》，成为一个影响颇大的宗教学术团体。1929年10月，达浦生阿訇等又创立“中国回教公会”，以培养阿訇、建立学校、医院、图书馆为其主要工作大纲。抗日战争开始后，1937年底，中国回民救国协会发起于郑州，第二年夏天在武汉正式成立。后迁重庆，更名为中国回教救国协会。1943年，又改名为中国回教协会。
在伊斯兰教育改革中各地相继建立了一些新式学校，其中比较著名的有：1925年成立于济南、1929年迁北京的成达师范学校，1927年成立的上海伊斯兰师范学校，1928年成立的万县伊斯兰师范学校，1929年成立的昆明明德中学等。在新疆，原在喀什经文大学任教的阿卜杜勒·卡德尔大毛拉（？一1943年），也在喀什创办了一所新式学校，并亲自编写宗教教育和普通教育的教材。这些学校因受经济和其他客观条件的影响，存在的时间长短不一，但它们在穆斯林教育中确曾起了良好的作用。与此同时，1921年王静斋偕弟子马宏道出国，前者进埃及爱资哈尔大学，后者进土耳其伊斯坦布尔大学，随后又有王曾善自费到土耳其留学，海维谅自费到印度留学。但这些尚属个人行动。1931年至1945年，先后由中国伊斯兰教组织和学校派出50多人赴埃及爱资哈尔大学等著名的伊斯当高等学府学习，造就出一批像马坚、庞士谦、纳忠、纳训这样的学者。他们回国后翻译经典，教授阿拉伯语，对宣传伊斯兰教义，传播伊斯兰思想，增进中阿文化交流起到了积极的作用。这个时期翻译出版的伊斯兰教经典和书籍有数十种，仅《古兰经》就有铁铮、杨仲明、王静斋、姬觉弥合马坚等人的多种译本；此外，还有伊斯兰哲学、文化史、文学著作等等。
伊斯兰教新式学校培养了一批新的阿訇；留学回国的一批造诣较深的学者的出现，促进了伊斯兰教研究。但就全国范围来讲，大量的阿訇还是由经堂教育培养出来的。不过这时各地清真寺大都改变了过去那种只教阿拉伯文或波斯文的做法，采取中阿并重的方针，不少地方建立了中阿兼授的学校。
汉文译著的日益增多，中阿并重方针的实行，对于操汉语的回族等族的穆斯林来说具有重大的作用，对于教外人了解伊斯兰教也有很大帮助。伊斯兰教引起了各方面的重视，1939年以后在中央大学（现在的南京大学）、西北联大（现在的西北大学）和云南大学先后开设了阿拉伯语和伊斯兰教史的课程。
然而，人们也看到，在国民党统治区，穆斯林的信仰和习俗受不到应有的尊重。禁食猪肉是伊斯兰教的教规，1932年国民党改组派的刊物《南华文艺》却故意刊载在这方面污辱穆斯林的作品；北新书局出版了小猪八戒的“童话”；以后北平《世界日报》的附刊又发表了类似的文字，这不能不激起广大穆斯林的反对。
中华人民共和国成立后，人民政府贯彻执行宗教信仰自由政策，一开始就将这项政策载入《中国人民政治协商会议共同纲领》，以后又载入全国人民代表大会通过的宪法。伊斯兰教取得了与其他宗教同等的地位。广大穆斯林群众不仅得到了政治上的自由和经济上的翻身，而且有了获得思想解放的现实可能性。
在人民政府的关怀和支持下，1952年7月由信仰伊斯兰教各民族中的知名人士和学者共同发起筹备，1953年5月正式成立了中国伊斯兰教协会。该协会的简章规定，它的宗旨是“协助人民政府贯彻宗教信仰自由政策，发扬伊斯兰教优良传统，爱护祖国，维护世界和平”。到1987年为止，协会共召开五次全国伊斯兰教代表会议，总结了各阶段的工作，并做出相应的决议。30多年来，中国伊斯兰教协会在中国共产党和人民政府的领导下，在广大教界人士和穆斯林群众的支持下，做了大量的工作，取得了显著的成绩。主要是协助人民政府贯彻民族平等和宗教信仰自由政策，消除历史上遗留下来的民族和教派之间的隔阂，加强民族内部和民族之间的团结；完成宗教制度的改革；团结伊斯兰教界人士和广大穆斯林群众积极参加祖国的社会主义现代化建设；开展与世界各国穆斯林之间的友好往来，增进相互了解和友谊，积极支持世界各国穆斯林的正义斗争；组织中国穆斯林的朝觐和《古兰经》以及其他经书典籍的出版，还公开发行《中国穆斯林》杂志。为了培养具有爱国主义思想和较多宗教知识的阿訇，该会还于1955年创办中国伊斯兰教经学院，1960年又办了四年制的研究班。
不可讳言，中国共产党和人民政府的宗教政策，在执行过程中也曾受到某些干扰，特别是十年浩劫期间的严重破坏。粉碎“四人帮”以后，特别是党的十一届三中全会以来，各级党委和政府抓了宗教政策的贯彻落实，收到良好的效果。全国性的中国伊斯兰教协会恢复活动并进行有成效的工作；中国伊斯兰教经学院重新面向全国招收五年制的本科生，培养具有大学文化水平和较高宗教专业知识的年轻的宗教职业者；同时还向埃及爱资哈尔大学派出留学生。此外，全国各省、市、自治区以及有穆斯林居住的县（市）也成立了地方性的伊斯兰教协会，有些地方，如宁夏、甘肃、青海、新疆、云南、河南、辽宁等省区还成立了地区性的伊斯兰教经学院。正如已故中国伊斯兰教协会名誉主任包尔汗所说，对此“各族穆斯林是满意的。他们的宗教信仰受到尊重，正常的宗教生活得到保护，因而心情舒畅，作为社会主义中国公民的荣誉感和主人翁的责任心提高了。”①
①中国伊斯兰教协会名誉主任包尔汉《在中国伊斯兰教协会成立三十周年庆祝会上的讲话》（1983年5月17日）。
现在广大穆斯林的宗教生活得到保证，各地的清真寺都已开放，有些还修葺一新；在新兴的城镇建起新的清真寺，以满足穆斯林们的需要。现在全国有2.37多座清真寺，在穆斯林人口达数十万的新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐有清真寺240多座；在新疆，有13个民族聚居的喀什，有14万人口，绝大多数为穆斯林，市内共有99座清真寺。滇南穆斯林聚居地沙甸久负盛名，30年代初中国派出的赴埃及爱资哈尔大学留学的5人中，沙甸就有3人。这里现有居民8100人，7座清真寺的30多位在寺阿訇都能自由地履行自己的宗教职责，尽心尽力地培养自己的接班人。第一批留学爱资哈尔大学、1940年回国后在沙甸创办“养正学校”的张子仁阿訇现年已85岁；后起之秀的马开贤阿旬年仅36岁，由他主持的大学经堂1986年已培养出30多位学生，据说这是沙甸有史以来“穿衣”学生最多的一次，他们中有当地的，也有来自内蒙古自治区和海南岛的，多数为男生，也有几名女学生。在宁夏回族自治区，除恢复原有清真寺外，还根据穆斯林的需要建了新寺，银川南关清真寺建得庄严肃穆，融中国民族风格与阿拉伯建筑艺术于一体，堪称穆斯林之杰作。“宁夏伊斯兰文化中心”是我国第一座综合性大型伊斯兰建筑，已于1985年9月16日动工，它包括清真寺，经学院，图书馆，回族，穆斯林博物馆，伊斯兰研究会和大会堂，穆斯林职业培训中心，以及一所穆斯林医院，占地13.5公顷，总建筑面积6万平方米。在黑龙江石油城大庆市，在甘肃新兴工业城市白银市，在青海新城格尔木等地，都新建了清真寺，为穆斯林履行宗教功课创造了条件。随着经济条件的改善，近几年来赴麦加履行朝觐功课的人也逐年增加。自1955年以来，除十年动乱期间被迫停止外，中国伊斯兰教协会每年都派出朝觐团。此外，随着中国穆斯林生活水平的提高，各地还有不少人自费前往麦加朝觐，这是历史上所没有的。
现在中国各民族在政治上一律平等，在经济上共同发展，少数民族在文化教育方面受到特殊照顾。不仅各地设有民族中、小学，中央和少数民族人口多的地方有民族学院，一般高等学校招生时也对少数民族学生加以优待。穆斯林的风俗习惯受到尊重。各地大都设有清真食堂，不少地方建立了专门为穆斯林看病的医院，往返于穆斯林聚居地的列车还专门设有清真餐车或席位。各地为穆斯林服务的机构相继成立。
在民族平等、宗教信仰自由政策的激励下，各族穆斯林正和全国人民一起为建设社会主义现代化强国而努力奋斗。
