由于明思宗性格上的诸多不足，导致他在与清军作战中，决策连连失误，清军得以势如破竹，占领整个东北，进而入主中原。明天启六年，后金天命十一年（1626）八月，努尔哈赤死后，其子皇太极继承汗位，建元天聪，以第二年为天聪元年。皇太极即位后，继续向明朝展开攻势。崇祯二年（1629）十月，皇太极发动了以掳掠奴隶和牲畜为目的的侵掠战争。皇太极亲自领兵，从大安口龙井关越过长城，进攻遵化。明思宗起用孙承宗为兵部尚书，驻守通州。十一月，明山海关总兵赵率教领兵四千援遵化，在作战中败死。满洲兵占领遵化，随即进攻蓟州、三河、通州。蓟辽总督袁崇焕、宁锦副总兵祖大寿自宁远领兵入援。皇太极向明朝施反间计，对俘虏的杨太监透露金国与袁崇焕已有密约，然后放杨太监回京报告。十二月，崇祯帝逮捕袁崇焕，下锦衣卫狱，后来将其凌迟处死。临阵斩将，兵家大忌，况且袁崇焕是冤枉的。即使真的犯了错误，也应该让他戴罪立功。用人之际，求人不得，反而杀人。袁崇焕之死是明朝的一大损失，明思宗之举，令亲者痛，仇者快。崇祯三年（1630）正月，金军占领永平、迁安、滦州，进攻昌黎，被守城明兵击退。三月，皇太极自领大兵，俘虏大批人畜，返回沈阳。五月，孙承宗收复遵化、永平、迁安、滦州诸城，击败金军阿敏部。崇祯四年（1631），孙承宗乘机加强防御，修大凌河城，由兵部尚书梁廷栋主其事。未能完成，皇太极已经于同年八月发起了有名的大凌河围城战。此间，明朝派监兵张春同总兵吴襄等率四万援军开来，结果张春被活捉，吴襄逃跑，全军被歼。十月，副总兵祖大寿杀副将何可纲，此后便投降了后金（后来又逃回锦州），明在关外的精锐部队丧失殆尽。
早在崇祯二年（1629），蓟辽总督袁崇焕斩皮岛（今属朝鲜）守将毛文龙，毛文龙部将孔有德、耿仲明走往登州。崇祯五年（1632），孔有德、耿仲明、李九成等起兵反明，攻陷登州（蓬莱）。六月，孔有德、耿仲明率部泛海降金，皇太极以孔有德为天佑兵都元帅，耿仲明为总兵官。同年十月，明继任广鹿岛副将尚可喜降清。自袁崇焕杀毛文龙，明思宗杀袁崇焕后，明朝辽东将领相继叛降。一度显露转机的明朝边防，又趋于瓦解了。
皇太极即位以来的十年间，对外作战不断取得胜利。蒙古各部相继归附。崇祯九年（清崇德元年，1636）四月，皇太极称帝，建国号为大清，改年号为崇德，以盛京（沈阳）为都城。崇德年间（1636-1643）是皇太极统治的第二个时期。他在原来的基础上，巩固和扩大了在东北的统治，为入关统治全中国作了充分的准备。崇德元年十二月，皇太极发兵亲征朝鲜。次年正月，朝鲜国王李倧投降，从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属，且解除了清朝进攻关内的后顾之忧。皇太极对明朝的军事行动，分为入口（进入关内）之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。第一次入口之战发生于崇德元年五月至九月之间，由阿济格等领兵出战，此战克十二城，凡五十六战皆捷，俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。明兵部尚书张凤翼、总督梁廷栋拥兵不敢出击，清军得以饱掠而归。崇德三年八九月至崇德四年四月，清朝发动第二次入口之战，以多尔衮和岳讬为统帅，分统左右翼伐明。这是一次关内的大规模军事行动。此战清军俘人口二十万四千余。清军最大的损失是扬威大将军岳讬死于军中。但是明朝损失更大，着名的抗清人物孙承宗、卢象昇皆战死。
在关外，明清之间进行了松锦大决战。双方对这场战役都很重视。早在崇德三年，为配合清军入关之战，皇太极亲自领兵攻向宁远、锦州，祖大寿在中后所打败了多铎的军队。第二年，皇太极又领兵围攻松山，旁及连山、塔山、杏山。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。从崇德六年起，济尔哈朗开始令诸军包围锦州。此前，明朝已调洪承畴入卫京师。如今，朝廷正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史，总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。洪承畴于崇祯十四年（1641）十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、自广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八总兵，共十三万军队，开往辽东。当时祖大寿驻锦州，以松山、杏山、塔山三城为犄角。明兵的增援，促使清朝于崇德五年三月把孔有德、耿仲明、尚可喜以及汉军固山额真石廷柱的军队，全部调来增援锦州。崇德六年八月，皇太极见形势危急，事关重大，亲自领兵进战。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。明兵虽号称十三万，能战者只有白、马、吴三总兵所部。洪承畴不愿急战，但明思宗及兵部尚书陈新甲、职方郎中张若麒等皆轻躁促战。洪承畴被迫进兵，结果被清军大败，明军被斩就有五万。第二年正月，副将夏承德以其子夏舒为质，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也因孤立无援，被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。经过松锦决战，明朝军队精锐伤亡殆尽。
崇德七年，皇太极发动了生前最后一次入关之战。这次进军的统帅，是奉命大将军阿巴泰等，两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁长城而入，长驱南下，至山东兖州，计克三府、十八州、六十七县，败敌三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。
崇祯十六年（清崇德八年，1643）八月，皇太极病死，福临即位，以叔父多尔衮等人为摄政，改明年为顺治元年。清建国前后，就已把消灭明朝作为主要目标。但由于当时清朝的力量还不足以取代明朝的统治，因而皇太极时，主要还是作逐步灭明的准备。顺治帝即位后，多尔衮与济尔哈朗随即发动了灭明的战争。当年九月，济尔哈朗率清军攻取中后所和前屯卫，斩明守将吴良弼和总兵官李辅明。驻守中前所的明总兵官黄色弃城逃走。宁远总兵吴三桂领兵驻守，清军不得前进。清军分别招抚吴三桂和陕西李自成农民军，以便南下灭明，被吴三桂拒绝。大顺军经由山西、河北向北京进军，明朝急令吴三桂放弃宁远，入卫京师。吴三桂率领军兵四万、丁口七八万人，撤离宁远。清军闻讯，即修整军器，储粮秣马，准备四月初乘机大举南侵。三月十九日，李自成占领北京。四月初，清军南下。吴三桂急忙率领宁远军入卫京师，三月二十日到达丰润。得知李自成已经进驻北京，他立即退驻山海关。李自成命吴襄写信招降，得吴三桂允诺。吴三桂带领兵民由永平来京，途中得知大顺拘禁了他的父母和爱妾陈圆圆，掳掠明朝大臣，不免怒发冲冠，疑虑反悔；随即返回山海关，击败接防的农民军，举兵反大顺。四月二十一日，吴三桂降清。二十二日，李自成与吴三桂及清军激战，农民军大败。李自成退至永平，二十六日返回北京。二十九日，李自成在武英殿仓促举行典礼，宣布即皇帝位，接受文武官员朝贺。三十日，大顺军撤出北京，经真定入山西，向陕西转移。
五月二日，多尔衮率清军由北京东城朝阳门进入京城。九月，清顺治帝自盛京到北京。十月初一祭告天地，定都北京。明朝的统治为清朝所取代。
三、风起云涌的农民起义与明朝的灭亡
明朝到崇祯帝即位时，朝廷已是风雨飘摇，奄奄一息了。崇祯元年，饿殍遍野的陕西已燃起饥民起义的星星之火，而更大的农民风暴正在酝酿。
天启七年（1627）三月，陕西大旱，澄城知县张斗耀却不顾饥民死活，仍然催逼赋税，敲骨吸髓地榨取农民。白水县农民王二率饥民冲进县城，杀死张斗耀，揭开了明末农民起义的序幕。王二首义点燃了农民战争的星星之火，各地纷纷响应。天启八年（1628），陕西府谷王嘉胤、汉南王大梁、安塞高迎祥等领导饥民起义，张献忠也在延安米脂起义，李自成后来投入高迎祥军中。这一时期最有影响的是王嘉胤义军。
陕北起义震惊了明朝统治者，崇祯皇帝准备利用剿抚兼施的策略，尽快平息农民起义。三边总督杨鹤执行以抚为主，以剿为辅的政策，企图瓦解农民军。在明军剿抚兼施进攻下，陕西战场义军除壮烈牺牲外，不少首领接受了朝廷招安，呈现出时降时叛的复杂局面。为避开明军主力，王嘉胤率军入晋，起义中心转移到山西。王嘉胤牺牲后，王自用联合高迎祥、张献忠、罗汝才各部，号称三十六营，在山西继续战斗，农民起义军由分散状态进入协同作战阶段。义军势力壮大，宣告了明朝招抚政策破产，主抚派杨鹤下台，洪承畴继任三边总督，集中力量围剿起义军。王自用在崇祯六年（1633）作战牺牲，起义军在高迎祥领导下与明军展开了激烈搏斗，损失较大。为保存实力，起义军从山西转入河南。崇祯六年（1633）冬，高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等经渑池县突破黄河防线，转移到明军力量薄弱的豫西，展开了新的战斗。
起义军渑池突围后，在豫楚川陕交界山区流动作战，与明军周旋。明军不得不分兵把守要隘，穷于追剿，陷入战线过长、兵力分散的困境。明将洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，连连受挫，被迫转入西部山区。崇祯九年（1636）夏，起义军被围困在丛山之中长达三个月。高迎祥率部从陕西汉中突围，遭到陕西巡抚孙传庭埋伏，被俘牺牲。
高迎祥牺牲后，起义军逐渐形成为两支劲旅，一支由张献忠领导，活动在湖北、安徽、河南一带；另一支由李自成领导，活动在甘肃、宁夏、陕西一带。李自成，1606年出生于陕西的米脂县。他从小就因欠债，被迫给姓艾的地主牧羊。二十一岁那年，他打伤了地主，逃到银川当一名驿卒。当时，全国到处都有农民起义爆发。1630年，张献忠在陕西米脂十八寨起义，自称“八大王”。李自成也杀死贪官造了反，在他舅舅高迎祥领导的起义军中当“闯将”。1635年，明朝派洪承畴出陕西，朱大典出山东，两面夹攻起义军。斗争的实践教育了起义军，他们深深感到，只有联合作战才有力量。1635年，各路起义军会师于河南荥阳，共十三家，七十二营，在一起共商对敌之策。杰出的农民军领袖李自成提出联合作战、分兵出击的方案，受到大家的支持。
从此，李自成做了“闯王”，他领导着起义军继续和明朝作战。李自成领导的起义军，英勇善战，南征北讨，声威大震，使腐朽的明统治阶级闻风丧胆。他们每到一处，都是砸官府，开粮仓，对官僚、地主坚决镇压，把粮食和财物分给劳动人民。崇祯十四年（1641）一月，李自成攻占洛阳，镇压了福王朱常洵。次年，他又一举攻下襄阳，称新顺王，初步建立了政权机构。张献忠则于崇祯十六年（1643）五月攻下武昌，把楚王投入江中。张献忠在武昌称大西王，初步建立了政权。次年，张献忠带兵入川，八月攻陷成都，在成都称帝，改元大顺，建立大西政权。李自成攻下襄阳后，在政治上提出“均田免粮”口号，争取群众；军事上则改变过去的流动作战战术，建立了各种军事制度，连克承天府、孝感、黄州等地，基本上摧毁了明朝在河南的精兵。李自成已具备了推翻明朝的实力，并确定了先取关中，继取山西，后占北京的策略。崇祯十六年（1643）十月，李自成大军攻克潼关，率十万大军围歼明三边总督孙传庭，十一月起义军不战而进入西安。
崇祯十七年（1644）一月，李自成在西安建立了大顺政权，年号永昌，还颁布了新的历书，铸造永昌钱币，平抑物价，招抚流亡，镇压地主豪绅，废除八股文，选拔官员接管地方政权。这时，李自成的起义军已经是雄兵百万了，开始向明王朝发动了总攻击。起义军进入山西后，取得了节节胜利，消灭了大量的明朝官军，迅速攻下了太原、大同、宣化、居庸关、昌平。三月十七日，起义军包围了明王朝的都城北京，北京明军不攻自溃。十九日，李自成率兵，浩浩荡荡地开进了北京城。众叛亲离的明思宗，只好在煤山（今北京景山）上吊自杀。统治中国达二百七十六年之久的明王朝，终于被李自成领导的农民军推翻了。
崇祯是个年轻气盛、勤于政事、锐意求治的皇帝。但是他志大才疏，能力太差，又性子暴躁，急于求成，对臣下要求过于苛刻，大臣稍有过失就被革职或受到惩罚；他又疑心重重，猜忌大臣，使得人人自危，纷纷弃官而去；他任用奸佞，杀害忠良，自毁长城；面对女真人的疯狂进攻，他心急如焚，慌慌张张，连忙调兵遣将，但却用非其人，使辽东局势日益严峻；风起云涌的农民起义军逐渐逼近京师，大明王朝最终被李自成的农民起义军所灭亡，这在历史上还是第一次。
更为可悲的是，他至死都认为文臣误国，却不承认自己应对亡国负主要责任。一个人犯了错误并不可怕，可怕的是他不敢承认错误。有人说崇祯帝并非亡国之君，却遭到了亡国的命运，其实不然。勤于政事，有意进取，并不能掩盖他治国的失误。一个勤于政事的无能君主，要比碌碌无为的君主给国家造成的危害还大。亡国之君，也不能用李煜、陈叔宝来衡量。昏庸可以亡国，无能同样可以亡国。崇祯皇帝始终自以为是，至死都不能醒悟；在这一点上，他和项羽是同样的可悲。尽管他不愿看到祖宗创下的基业在自己的手里断送，更不想落下一个千古骂名；然而，所有他不愿发生的事情都发生了，大明帝国的巨轮终于沉没了。他别无选择，只有以死来向祖宗和国人谢罪。
十七世纪四十年代的东西方世界，有两位君主遭到了几乎同样的命运：中国的明思宗上吊自杀，英国的查理一世被送上了断头台。但是，两个民族今后的命运却大相径庭：一个走上了崛起的资本主义强国道路；另一个则仍在封建顽固的泥潭中越陷越深，最后才在前者的枪炮声中姗姗觉醒。这是多么具有讽刺意味的事件！难道它不值得今天的国人深思吗？
