高拱确实是超一流的政治良才，尤其擅长用人。在他短暂的几年主政期间，除了用王崇古安定北部边疆之外，他还任用潘季驯治理黄河水患，任用张居正的同年殷正茂平定南方少数民族的叛乱，都取得了很不错的成效。因为在封贡事件中的表现，高拱还免职了兵部尚书郭乾，然后由吏部尚书，军事专家杨博管理兵部的事。与此同时，高拱自己则继续用大学士的身份管理吏部的事，以保持大权在握。这当然是较为畸形的一种格局，不过倒也算是人尽其用。
在高拱的治理下，大明国事继续保持徐阶当政时期稳步上升的势头，史称“隆庆新政”。
和高拱配合搞建设，张居正感觉应该很好。但高拱绝不是一个厚道人。国家治理得差不多的同时，他还要报复自己的私人恩怨。第一号仇人，自然是那个曾让自己首次下野的徐阶。当时，因为被海瑞“忘恩负义”的“大义灭亲”了一把，徐阶已经陷入官司缠身的状况。而高拱要痛打落水狗，继续狠狠地整徐阶。
当了大半辈子老实人的李春芳，居然挺身而出，在高拱的火力下维护自己的老师徐阶。
高拱冷冷一笑，心说：“徐阶虽然下野了，只要他人不倒，就是一股潜在的政治势力，对我存在威胁。当然，这些道理跟你是讲不清的。既然你要维护徐阶，那就和他一起去吧！”
高拱就转而先把火力向李春芳倾泻，指示自己的党羽，多次上书弹劾。看着高拱的功绩和名声都如日中天，李春芳早就有些坐不住。这位忠厚老实人，本来就是因为老师徐阶的急流勇退，才莫名其妙成为首辅。几年来他在这个原本不该属于他的位置上，看到了张居正的意气风发，高拱的东山再起，以及形形色色的建设与斗争。或许现在，该让位了吧。
他一再上书要求辞职。终于在隆庆五年五月，李春芳致仕。高拱成为名副其实的首辅，而张居正再次晋升次辅。
到了这一步，张居正渐渐感到，他和高拱之间的这种亲密战友关系，有向另一方面转换的危险。
直接的原因，自然还是在对徐阶的态度上。对张居正而言，徐阶始终是恩师，是最值得尊敬的人。而高拱则把徐阶看做眼中钉。早在隆庆三四年间，海瑞调任应天巡抚时，张居正便曾写信给徐阶的儿子，希望他们收敛些，在海瑞面前乖些，不要给徐阶添麻烦。后来高拱专权，对徐阶的一些旧政加以改变，张居正隐忍了。他理解高拱要独揽大权的必要，也不愿意为这个跟高拱决裂。哪怕被高拱贬斥的那些徐阶旧党中，有他的同门和好友。
然而到隆庆五年，高拱已经成为事实上的独裁者以后，针对徐阶的打击也愈发严重。徐阶的三个儿子被捕，田产也被充公了。这种情况下，张居正一方面要竭尽全力去保徐阶——他不能坐看恩师遭到太悲惨的境遇。但同时，他又必须在政治上和徐阶划清界限，至少不能让高拱认为他是徐阶一党。因此，张居正开始走一条很艰难的独木桥。稍微失去平衡的结果，就是灭顶之灾。
隆庆五年徐阶生日的那天，张居正给徐阶写了封信，自称“不敢走介，畏行多露”，“鄙怀种种，亦噤不敢言，临楮惆怅而已。”这是张居正对自己情形的真实写照。一方面，他竭力的在调停徐阶和高拱。这种调停当然不是让两者的妥协，只是让高拱不要把徐阶逼的那么狠。在书信中，他经常对人说，高拱是光明正大的人，“宅心平恕”，“必不藏怒蓄恨”，怎么会去存心整徐阶呢？这种策略并非在宽慰徐阶，而是指望传出去让高拱有所收敛而已。
张居正对于徐阶的私人感情，是毋庸置疑的。同时他并不参合徐阶和他人的政治斗争。这样的策略，在嘉靖时代，曾经躲过了严嵩和严世蕃的追查，使得张居正能悠然中立于两派之间。但如今当权的高拱，却是个更加精细与冷酷的人。他对于徐阶的防备，远远超过严嵩。更何况，嘉靖驾崩之夜张居正和徐阶的联手表演，更是他永不能忘却的。
而且，朝中一群阿附于高拱的臣僚，自然要借着踩别人来达到自己晋升的目的。他们并不相信张居正能完全抛开政治立场和权势，仅仅从感情上亲近徐阶。在他们的盯防下，竟然找出了一些所谓的证据：张居正收了徐阶的儿子三万两银子，所以帮徐阶说话。
高拱听到这个消息，半信半疑。于是在大学士的朝房里面，上演了精彩的一幕。
高拱在工作之余，忽然长吁短叹。他对张居正说：“张太岳啊，你有好几个儿子，我却没有儿子，真是悲凉呢。”
张居正同情地看着高拱。这位60岁的阁老，手握大权却没有儿子，在封建时代确实很悲凉。为了冲淡这种尴尬，他开了句玩笑：“儿子多了，也不好养活啊。”
高拱立刻抓住这句话借题发挥：“有徐阶送你的三万两银子，还怕养不活几个儿子么！”
这一个刺激实在太大了。张居正背脊冒出一身冷汗。他立刻变了脸色，指天指地，赌咒发誓地否认这件事。
看着张居正的样子，高拱微微一笑，承认误会。事情算勉强结束了。
在高拱看来，吓唬张居正一下，让他别忘乎所以，也就是了。
而在张居正看来，面对高拱如日中天，只能继续隐忍，隐忍！
后来，因为徐阶已经从政治上被彻底打倒，高拱放了心，也出了气。看着徐阶家破人亡的可怜样，他也生了一点恻隐。加上张居正见缝插针的劝解，高拱终于和徐阶和解。张居正也算帮助老师避免了最坏的命运。
朝廷里面，两个能人共处，即使不带私人恩怨，因为工作上的事情发生分歧，也并不奇怪。而高拱的权势欲望过于强烈，随着他成绩的显现，地位的提高，他的自负也越来越甚，几乎听不得不同的意见，很容易把工作上的分歧上升到政治斗争的高度。这样，张居正渐渐感到，即使工作上的配合也开始有困难了。
比如说，在隆庆五年，给事中李贵和建议在山东地区开凿一条新水道，把胶河和莱河沟通起来，形成直穿山东半岛的水路航道，这样就可避免过去海运需要绕过山东半岛的风险了。高拱对此建议非常欣赏，极力主张开工。而张居正考虑到开挖河道工程浩大，且即使挖通了，缺乏水源，这条运河的持续能力也很担忧。
虽然有这些顾虑，张居正却不敢公然反对。因为他害怕这种反对被高拱当做政治上的对抗。
万般无奈之下，他玩了一个“偷梁换柱”之计，向高拱建议派给事中胡梗去实地勘察，指定开挖河道的规划和预算。这位胡梗，是高拱一系的干将，同时又是一个有才能，肯坚持原则的能臣，高拱当然同意了。等胡梗到山东实地调查后，也得出和张居正一样的结论：连通胶莱河的工程，并不现实。他和张居正商量后，便如实告知高拱，高拱本来是诚心想为国家做事的，既然此事不可行，也就打消了计划。
张居正用自己的聪明机智，避免了一次可能的冲突。但由此事例，也可知高拱的专权跋扈，在当时的朝中，已经造成了怎样的影响。
等到隆庆五年的冬天，内阁中又发生了一次风浪。这一次对峙的双方，一方自然还是高拱，另一方则是高拱和张居正之外的第三名内阁大学士——殷士儋。
殷士儋和张居正、李春芳、王崇古等人，都是嘉靖二十六年的进士，也曾和张居正一起在裕王府上教书，和张居正、高拱都算得上老同事。这个山东大汉为人耿直倔强，说话不招人待见。隆庆三年高拱二次入阁后，殷士儋本想请高拱拉兄弟一把，但高拱想要的是听话的人，他自己正准备收拾倔老头赵贞吉呢，怎能再拉进来一个倔小子？殷士儋看高拱不肯帮忙，倔脾气一犯，就走了太监的门路，终于在赵贞吉被高拱赶走之后，得以入阁。
殷士儋果然是一块又臭又硬的石头，入了内阁后，也不懂得给高拱下矮桩。在讨论是否要给俺答封贡开市的问题上，内阁四个学士，李春芳、高拱和张居正都赞同，就殷士儋反对，这就让高拱很不爽。
后来，高拱狠整徐阶的时候，殷士儋又站出来，帮着李春芳维护老师。等李春芳下台，高拱当上首辅，殷士儋已经处于绝对劣势，他却还是不肯收敛，继续跟高拱抗到底。高拱想要把张四维提拔进内阁作为自己的助手，殷士儋却指示御史郜永春弹劾张四维。这回，高拱终于忍不住了，开始对殷士儋发动进攻。
首先出马的是御史赵应龙，接着高拱部下的大将，都给事中韩楫，率领他手下的一群言官，开始轮番对殷士儋轰炸。弹劾的事由，从鸡毛蒜皮，到捕风捉影，真是漫山遍野，如火如荼。
殷士儋是直肠子山东大汉，哪里受得了这个？很快，他爆发了。
根据明朝的惯例，每月的初一、十五，给事中都到内阁和大学士们见面，大家沟通一下工作，联络一下感情，叫做“会揖”。某一次会揖，都给事中韩楫到了。
这时，殷士儋就对韩楫说：
“韩大人，听说你对我有些不满意啊。这没啥关系，不过，犯不着给别人当枪使啊！”
当着内阁和言官的面，这话也说得太直接了。韩楫一下子愣住了。高拱在一边，脸上也盖不住了。他愤愤地说：“这成何体统！”
这一下子，憋了多少日子的殷士儋，终于找到发泄口子了。他聊起衣袖，指着高拱的鼻子，慷慨地大骂道：“说的就是你，高拱！赶走陈阁老（陈以勤）的是你，赶走赵阁老（赵贞吉）的是你，赶走李阁老（李春芳）的也是你！现在为了提拔张四维，你又要赶走我！好吧，反正内阁永远是你一个人的！”
骂完还不解气，今儿反正脸面撕破了，不如干脆揍他一顿，就算离职也够本了！于是少保、武英殿大学士殷士儋紧握双拳，朝着少师、建极殿大学士、兼署吏部尚书高拱猛扑过去，要把高拱毒打一顿。
张居正不料情形变成这样，赶紧上前劝解，殷士儋给他也一顿痛骂：“张太岳，你少管闲事，等我打死高拱再和你分说！”
看着武二郎一般的殷士儋，张居正也不禁放慢了脚步。幸亏旁边的年轻人多，七手八脚把殷士儋给按住，高拱才免了皮肉之苦。这一场内阁闹剧，也就草草收场了。
经过这一次的武斗，幸免于难的高拱，再次指示御史对殷士儋弹劾。殷士儋也厌倦了，知道比权术自己离高拱差得远。于是他自己一再上疏，请求致仕。十一月，殷士儋辞职退休。
这样，内阁中只剩下了高拱和张居正二人。
张居正对高拱的才能，依旧是佩服的。甚至高拱对徐阶的打击，他也理解，其中除了私人恩怨，很重要的是确保政治权力的绝对把握。
因此在可能的情况下，张居正愿意寻求在高拱领导下共同建立功业。然而，高拱的独裁作风，却越来越不给他这样的机会。
其实这也怪不得高拱。一山难容二虎，庸才可以臣服良才，良才可以臣服天才，两个水平相当的天才在内阁共事，却总是少不了相互猜忌和提防。
毕竟，真正掌握大权的，同一时刻只能有一个人。
张居正曾经在回忆中，把自己和高拱关系，比作西汉著名宰相萧何曹参、丙吉魏相这样的好搭档，又说他与高拱是“生死之交”。在隆庆五年十二月高拱60大寿的时候，张居正还撰写文章，将隆庆皇帝比作周成王，将高拱比作周公，将自己比作召公，说“即余驽下，幸从公后……公每降心相从，宫府之事，悉以谘之，期于周、召夹辅之谊，以奖王室”然而这个比喻，却又可以说一语成谶。因为根据历史，周公辅佐成王时，召公其实是很不满的。张居正也正是如此。才能与自己相当的高拱，在首辅位置上，而且对于他人的反对意见，抱着超出必要的警惕。自己既然不甘心一辈子给人打下手，那么，迟早必然与高拱有一场战斗。
尤其前后目睹高拱在短短两年内，从内阁赶走了四个大学士，张居正对于“和平共处”更是不抱丝毫幻想了。是的，殷士儋说的没错，高拱认为内阁首辅是他自家的。然而我却对这个职位也有兴趣哩。
那么就靠着手段来决定吧。
张居正明确了这一点。他从徐阶对严嵩的斗争中吸取了经验，又从高拱对徐阶的“反攻倒算”里吸取了教训。现在，他要准备自己来发动这一场斗争了。
但在斗争之前，他还必须隐忍。徐阶千锤百炼的这一秘诀，务必等到最好的战机，然后寻求一击毙命。在这之前，是要全身心的去迎合高拱的。
进入隆庆六年（1572），先后驱逐了陈以勤、赵贞吉、李春芳、殷士儋的高拱，其飞扬跋扈更甚一层。甚至，在最初秉持的节操，也开始渐渐淡化，以至于公然收受外来的供奉。在朝廷上，从来有这样的惯例：你的权势越大，越可能招来更多的打击。高拱便是如此。
隆庆六年三月，尚宝卿刘奋庸上疏，提了五个建议。第一条是皇上要保重身体；第二条是皇上要总揽大权；第三条是皇上要勤俭持德；第四条是皇上要自己看奏章；第五条是皇上要重用忠良之臣。
这五条看似平淡，其实却有玄机。第一、三条倒也罢了。第二条和第四条，分明是说皇上你不要把大权都交给某些人了；而第五条要皇帝用忠良，那么言下之意，现在用的，就不是忠良了。总而言之，这封看似套话的奏章，一半是在暗中喷高拱的口水。
随即，给事中曹大野又上疏，弹劾高拱的“不忠十事”。高拱麾下的言官随即迎战。在给事中涂梦桂等人的弹劾下，刘奋庸和曹大野都被贬官远谪。
有人认为，这攻击是张居正向高拱斗争的前奏。不过从史料前后来看，就算他们真是张居正指使的，张居正也一定做好了精心准备，绝不因为这一次的弹劾，就暴露己方的实力。或者说，不管张居正是不是这次弹劾高拱的主谋，至少当时朝中大部分人，包括高拱都认为不是。在高拱看来，张居正还算是一个百分百的能干副手，以及百分之五十的良友。
不过，张居正肯定不甘于这个评价的。在满朝文武因为高拱的威势和才气，或唯唯诺诺，或心怀不满时，只有张居正不动声色的站在高拱身侧，认真完成他交代的任务，帮助他治理帝国。在张居正心中，却是竭力搜寻着可能对自己有利的战机。
徐阶老师，你教给我的，我总会用到。
张居正开始分析整个朝廷上的形势。高拱是内阁首辅，又是吏部老大，双料实权派。高拱的门生故吏遍布朝廷，皇帝也是高拱最忠诚的学生。
自己呢，在高拱面前，实在显得太薄弱了。
然而张居正并不着急，他仔细分析着，过去二十年内阁斗争的案例，一幕幕经过眼前。
当年，首辅夏言脾气太直，得罪太监，而严嵩利用太监传递对自己有利的话，终于取得嘉靖皇帝信任，整死了夏言。
后来，徐阶老师在对抗严嵩时，以其人之道还治其人之身，也是通过拉拢太监进言，逐步取得了均势。
再往后看，高拱之所以二次入阁，虽然出自“邵大侠”的谋划，但也和太监陈洪的推波助澜有直接关系。
甚至，那个招高拱恨的殷士儋，之所以在高拱的阻挠下还能进入内阁，也和他走了太监门路有关。
张居正舒了一口气，他把眼光投向宫中，准备寻找自己未来的同盟军。
功夫不负有心人，还真给他找到一个。他的名字叫冯保。
明朝出著名太监，什么王振、刘瑾、魏忠贤，个个如雷贯耳。相比之下，冯保名头不如这几位，却是个非常奇特的太监。通常太监家境不好，粗通文墨便已经算很难得。而冯保多才多艺，不但精通经史，还精于乐理，擅长演奏，喜欢绘画，兼营文物收藏。总之是个素质很高的太监，正和张居正的胃口。
更让张居正高兴的是，冯保平生有一个仇人，恨之入骨。这个仇人就是高拱。
冯保和高拱有什么仇呢？
原来明代的太监机关中，负责帮皇帝批改奏章的司礼监权力最大，等于是皇帝的机要秘书。而冯保就在司礼监中待过。之后，他又成为了东厂提督太监，兼御马监管事太监。也就是同时掌握着特务机关和武装部队。
这种情况下，冯保决心要取得人生的最大成功——回到司礼监，担任掌印太监，也就是负责给公文盖章的印把子太监。
正在冯保的雄心壮志将要实现之时，高拱却插了一杠子：他把御用监管事太监陈洪给安插到了这个宝座上。这并不奇怪，毕竟当年高拱重回内阁，是靠陈洪出了大力气的。
冯保面对这不公平的一幕，又气愤，又无奈，只好继续等待。
不久之后，陈洪卸职，这回该轮到冯保了吧？不！高拱又出现了，他把尚膳监的太监孟冲扶持上位，冯保还得等！
一次还能忍，这么接二连三下去，也欺人太甚了吧！冯保因而恨高拱入骨，把高拱当做了自己进位的最大障碍。
张居正与冯保商定，遇到事情由冯保出面，张居正在私下出谋划策。两人不公开联系，总是私下交流感情。
高拱对于冯保和张居正的勾结，或许略有耳闻，据说还因此专门责问过张居正。但在张居正的笑脸下，还是搪塞过去了。在隆庆六年四月，高拱又把前礼部尚书高仪引入内阁，任文华殿大学士。高仪和李春芳、陈以勤等人一样，都是出名的老实人。高拱让他入阁，显然是作为一颗听话的棋子。
一切都尽在高拱掌握。
张居正清楚，只要隆庆皇帝在世，那么短期内撼动高拱便很难。因为隆庆皇帝对高拱的感情太深了，他又不是嘉靖那样好猜忌，容易被诱导的人。那么，不用急于求成好了。反正隆庆皇帝身体并不太好。等他驾崩之后，应该有别的机会的。
这个机会，来得比预想的快得多。
在不断的政治战争中，穆宗皇帝终于感觉厌倦，在隆庆六年五月骤然逝世，年仅36岁。他年仅十岁的儿子朱翊钧即位，就是万历皇帝。
