远东国际军事法庭适用英美法系的审判程序，《起诉书》宣读完后，按程序要首先由被告自己陈述有罪或无罪，承认有罪则进行判决，而宣称无罪则进入庭辩程序。因而审判长韦伯首先询问荒木贞夫是否承认自己有罪，荒木贞夫害怕自己说错，因而回答说：“此事请出辩护人给予答复。”
韦伯审判长对此严正声明必须由他本人亲口回答并将记录在案。荒木贞夫想说自己无罪，但想到自己担任官职尤其是陆相时的所作所为，又不能不心慌，因而吞吞吐吐、含糊其辞地“支捂”着。
看他的闪烁其词，韦伯审判长直截了当地质问他承认自己到底是有罪还是无罪，荒木贞夫才毫无底气地回答说：“无罪。”
没有证据，顽固的荒木贞夫是不可能承认自己的罪行的。于是检察官提出大量证实荒木贞夫所犯罪行的人证、物证，在桩桩铁证面前，荒木贞夫胆战心惊地只得垂下了头。1948年11月12日，荒木贞夫作为远东国际军事法庭宣判的25名甲级战犯之一（其他三名甲级战犯在审判阶段死去，因而未最终宣判），他第一个走进军事法庭的审判厅，接受审判结果。
审判长韦伯当庭宣布了对荒木贞夫的《判决书》。《判决书》中指出，荒木贞夫是日本对内从事政治支配和对外从事军事侵略之陆军的热心提倡者。他在实际上是，并且被承认是陆军侵略活动的显著指导者之一……不管他在有无政治地位的时候，他都协助和极力倡导牺牲邻国来富裕日本的军部政策。他不仅同意并积极支持日本陆军在中国'满洲'和热河地区所采取的政策，即使上述地区在政治上脱离中国，设立由日本控制的政府，并将其经济置于日本的完全支配之下。
综合荒木贞夫的种种罪行，远东国际军事法庭认定证据确凿、事实清楚，依法判处其无期徒刑。当他从耳机中听到“判处荒木贞夫无期徒刑”的宣判结果后，先是怔了片刻，仿佛不能相信这个事实似的。过了一会儿，才颤抖着双手，摘下耳机，向审判长韦伯和参加远东国际军事法庭审判的11国的国旗鞠了一躬，然后，拖着沉重的脚步，躬着背，被宪兵带下了审判厅。
其实，远东国际军事法庭在对荒木贞夫定罪量刑时，仅一票之差，否则就会通过对他施行绞刑的判决。
荒木贞夫在法庭宣判后，被押入巢鸭监狱服刑。1955年，因病获得假释。1966年11月2日，荒木贞夫在奈良县十津村大肆进行反共演讲时，因病猝死，终年89岁。
