直到午后5时许，暴徒才慌忙四散。刘青黎、陈懿恭等4名议员受伤，学生伤40余人，教职员亦有受伤者，各校代表在议场与各议员互相慰问。因重伤被送入平安桥法国医院的学生有4人（樊远明、严汉昭、宋藏瑚、晏长政）。据当时记者报道：“学生受伤，有打中眼眶骨血流满面者；有脑后击破流血不止者；有横腰被扁担打伤甚重者。最可伤者，有数生年仅十三四或十四五亦遭此毒手。”成都《民视日报》6月17日的消息还说：“前日受刀伤之学生，业已毙命。”又据成都发往北京《晨报》的函件和川东学生联合会的通电都说，在这次搏斗中有3名学生被打死。6月13日，数十名暴徒还“蜂拥入文庙街电政局，借捕拿学生为名，抢去什物多件，并打伤局内人员数名。”事后，成都卫戍司令部又借口保护学生，派兵监守各学校，检查进出学生。
反动军阀刘成勋和反动政客熊晓岩是这次流血事件的主谋。他们做贼心虚，却贼喊捉贼地混淆视听。熊晓岩公开致函成都卫戍总司令部，诬学生“竟出强暴行为，将烨居宅及所有物，完全捣毁”。要求“将督队来者王右木和学生代表刘度等13名逮捕，依法究治。”熊晓岩还指使其御用的《四川日刊》尽造谣诬蔑之能事，煞有介事地渲染所谓“捣毁熊宅事件”。
面对反动派的残酷镇压，王右木愤慨万分，一面号召团员振作精神，不怕牺牲，坚持斗争；一面组织慰问活动，扩大社会影响，争取各界的声援。他把自己的安危置之度外，继续镇定地指挥战斗。在这紧要关头，有的教职员产生动摇情绪，他就在高师附中召集教职员和学生代表开紧急会议，鼓励教师学生再接再厉，坚持不懈。他那果敢、坚毅、沉着和富有鼓动性的讲演，以及不怕牺牲的英勇行动给与会者增添了无穷的力量。
会后学生联合会在工业专门学校开评议会，有13校代表到会，议决案有三：（一）控告熊烨诬蔑罪；（二）催熊烨解职归案；（三）争取学款独立，仍积极进行，催促省署议会径行解决，否则誓死不休。还在6月12日，学生联合会就曾发布公启，澄清了熊宅事件的真相，揭露了熊晓岩的无耻面目，表示了不达目的誓不罢休的决心。《公启》说，在人民处于万恶军阀积威之下，省议会副议长熊晓岩“为军阀作走狗，权势逼人”，“本会为国家除害，为人民谋福，牺牲一切，在所不惜。”6月13日，当学生们看到《四川日刊》的造谣新闻之后，更是怒火万丈，即刻派代表前去质问，“词甚激烈”。成都高师还致函《四川日刊》编辑部，斥责他们“言论之含带臭味，自丧人格”。痛快淋漓地揭露了“娼妓式的报馆，捏造黑白，颠倒是非的罪状”。四川学生联合会机关报《四川学生潮》也专门发表号外，标题是：“警告《四川日刊》”，无情地痛斥了《四川日刊》的反动行径。号外说，“熊晓岩敢于无法无天蹂躏教育，举凡四川的父老兄弟诸姊妹都可以打他，举凡中国和世界关心教育的人都可以弹劾和指教他”。
四川学生联合会又书呈省公署，要求“押令晓岩立交出8代表并请（将晓岩）依法重办，以伸正气”。6月14日，教职员联合会亦举行全体大会，决议全力支持学生的正义行动，并于15日致函学生联合会称：“前日议会之变，诸君惨遭毒打，断胫折臂，血肉横飞，同人等悲愤填膺。旋于昨天开教职员联合会全体大会，此次惨殴学生，蹂躏议会，其主谋者为谁，当交法庭严行审讯，惩治祸首。至于教育经费独立，本会仍当积极进行，贯彻始终，决不稍存退缩。惟在成都行动，已失自由，电局不发本会通电，各印刷社不印本会稿件，本会当另筹对付方法。但兹有一言，当再为诸君誓者，学生界此次牺牲，如此惨痛，教育经费不独立，同人等决不能腼颜再入省立教育界为人师表。”针对《四川日刊》的恶意诬蔑，教职员联合会致函成都《民视日报》予以回击。6月20日，四川省教职员联合会又致电全国各报馆，详述了争取教育经费独立的目的以及6月12、13日事件之真相，最后表示：“同人等力竭声嘶，未得良果，又目睹青年学子折肢断臂，悲愤填膺，惟有坚持到底，不愧初心。并冀全国各界人民，主持公道。”
6月12、13日事件，不仅激起广大师生的无比义愤，而且引起社会各界对反动当局的不满和对学生运动的同情。当天到会各议员回寓后，部分议员就在议员公寓发表声明，公正地阐明了暴徒殴打学生和议员的实情，并将声明油印散发。6月13日，成都各主要街道商店、居民纷纷关门闭户，抗议暴徒殴打学生的无耻罪行。6月17日，成都《民视日报》特为此事发表题为“学生：议会”的短评。短评说，“厕身教育者，如楷鱼穷鸟，而犹不得舌敝唇焦之代价，其心何甘，罢课以争，正也。学生与教职员，有联带之关系，誓为后援，以求达教育经费独立之目的亦不得谓不是。”“惟××蜂拥入议会，狼掣虎吼，肆逞凶横，青青子矜，惨被捕杀，噫嘻惨矣，谁无子弟，如手如足，而俾其横遭惨剧如此，终当有任其咎者矣。”由此可见社会舆论之一般。
为了进一步发动群众，全川学生联合会派省一中的李开灼（即李硕勋）和欧阳本义专门到被封建老朽陆绎之控制的省女师，向女学生宣传争取教育经费斗争的意义，希望她们组织学生会，参加学联，并肩战斗。女师学生深受感动，在雷兴政（即雷晓辉）的带领下，同陆绎之展开斗争，并组织女师学生会。雷兴政还参加了召开全川教育经费独立大会的筹备工作。
反动派镇压学生运动的消息很快传遍了全川。重庆师生获悉后立刻沸腾。首先响应者是以陈愚生为总干事的全川教育改进会。他们声明，“学款独立，乃教育生死关头，肉税抗不交出，至激成都罢课，望各方早为觉悟，否则誓当集合七千万人，声罪致讨。”6月18日，重庆中等以上教职员联合会召开全体大会，议决八项：（一）电成都教职员联合会，请求坚持到底，渝会誓为后盾；（二）通电各军师旅，请将肉税克日交出，并限二日内作答；（三）快邮各县教育会、教职员联合会、学生联合会，请其奋起；（四）定于6月20日各校教职员学生在商会聚齐游行；（五）由各校分区讲演；（六）公推代表赴成都与教育界联络，一致行动，并请成都联合会赶派代表来渝，共筹进行；（七）各校暂垫洋二十元作为活动经费；（八）公推起草人员拟通电。6月20日，川东师范和省立第二女师等校举行游行并沿街讲演。22日渝中各校一律罢课，并在商会举行大会。斗争口号是：（一）力争肉税；（二）解散第三军；（三）解散省议会。会毕举行声势浩大的示威游行。同日，全川教育改进会、重庆中等学校教职员会、重庆商学联合会、川东学生联合会联名致电上海、北京、广州各机关、各法团、各学校、各报馆及四川同乡会。电报说：三军军长刘成勋破坏教育经费独立，“明令该防区抗不支出。各学校学款无着，教职员和学生前往质问。屡拒不见。并暗结省议会副议长熊烨……竟纵兵杀戮学生，当场死3人，重伤40余人。成都文电不通，异常危迫。似此凶暴惨无人理，全省学校忍无可忍，已一律罢课，庶可急救。”同时上述几个单位还举行联席会议，决定派代表6人，每组2人分三路向成都进发，沿途宣传联络活动。
王右木非常重视四川各地区革命斗争的开展和全川革命运动的配合。他给当时在南充的袁诗荛、张秀熟写信说，“要多多散布革命种子，建立川北据点。”袁诗荛、张秀熟等人按照王的指示，在川北积极开展革命工作。1922年6月29日，张澜先生在南充发表唁电，声援教育经费独立运动。指出“川中兵满为患，民不聊生，凡百事业，皆遭阻废”，把矛头直指封建军阀。川北各学校也一致通电，力主教育经费独立，声援省城斗争。
川南重镇泸县是四川早期革命运动的一个重要基地。1921年10月恽代英同志来川，到泸县主持川南师范的改革，和萧楚女、李求实等同志一起点燃了川南革命斗争的烈火。王右木对恽代英十分敬佩，1922年6、7月问，他曾专程“去泸州会恽代英。”在争取教育经费独立运动中，川南各校多次发表庄严声明，并一致行动，发挥了重大作用。
为了进一步扩大影响，使教育经费独立运动成为更广泛的社会活动，王右木还在工人群众中做了大量的工作，发动工人群众支持学生运动。6月下旬，《四川日刊》造谣说四川劳工会反对教育经费独立，并质问高师校。为此，成都劳动自治会郑重声明，“此次争取教育经费独立一事，诚为一种正义之要求，而关于吾川教育前途之点，不谓为不大。”这充分证明了广大的工人群众是和学界师生站在同一条战线上的。
为了团结一切可以团结的力量，扩大斗争的联合战线，王右木还在同无政府主义思潮坚决斗争的同时，对无政府主义者做耐心地说服教育工作。他曾主动约集当时无政府组织的代表座谈过一个通夜，最后达到了在反帝反封建斗争中进行合作的协议。许多无政府主义者参加了教育经费独立运动，有的还在斗争中摈弃了无政府主义，转变为坚强的马克思主义者。
四川的教育经费独立运动不仅得到全省各阶层人民的同情和声援，还得到全国舆论的大力支持。上海的《申报》、《时事新报》、《时报》，以及北京《晨报》等有影响的报纸都用显著的版面较为客观地报道了斗争情况，在全国人民中引起一定的反响。特别是各地的四川同乡会反应更为强烈，他们得知消息后，立即举行集会，发表通电，声讨反动军阀的罪行，支援本省人民的斗争。例如北京法政专门学校川籍学生的声讨电说，“成都学生为教育经费独立请愿，横遭惨杀，逖听之余，曷胜愤慨。似此残酷，岂共戴天。”“希即秉公主张，协力进行，同人誓作后盾。”北京医专和工专的川籍同学也致电说：“希即努力奋斗，务必揭发此次暴乱主谋者，严加社会制裁，同人誓为后盾。”
如此巨大的革命风暴，斗争的旗帜如此鲜明，社会基础如此广泛深厚，在四川人民斗争历史上的确是前所未有的。为了正确地领导运动取得胜利，社会主义青年团还决定在成都召开全川教育经费独立运动代表大会。童庸生、李开灼、欧阳本义等具体领导大会的筹备工作。筹备就绪就通知全川各地学校的教师学生，派代表到成都开教育经费独立代表大会。大会如期召开，并取得完满成功。
面对这全省性的斗争风暴，反动当局被迫让步，省议会终于通过拨肉税为教育经费独立专支的提案。被无理拘捕的学生代表也获得释放。反动军阀在强大的革命运动的压力下也不得不表态“赞成”教育经费独立。但反动军阀的假意表态，并不等于斗争的胜利。“历时数月，各县之交出肉税者，始仅六十余县。”因此罢课持续到“暑假期满”。学生联合会和教职员联合会以肉税未完全交出，是教育经费独立之目的未达，遽尔开学则与宣言抵触，曾致函校长团，主张继续罢课。这时刘湘已经通电下野，刘成勋就任四川省省长。省署当局“以肉税虽未完全交出，然其余县份，已严电催交”，训令各校定期开学，同时由全川教育经费收支处拨给各校现金共三万六千元，以作6月份欠薪，并允此后开学复当源源接济。刘成勋亦被迫公开表示“个人当完全负责维持经费。”至此，全川的教育经费独立运动基本上达到了目的，取得巨大胜利。因此，省内各校相继开课，长达四五月之久的罢课斗争遂告一段落。
有组织、有领导的全省规模的教育经费独立运动使反动当局大为震惊。尤使他们感到威胁的是，这次运动“是有党派支使的”。他们把攻击矛头集中地指向王右木，在街上到处张贴传单，说王右木以马克思主义“麻痹”青年，专和政府“捣乱”。预谋将王右木逮捕。成都高师亦按反动当局的旨意，将王右木解聘。王被迫离开成都，先到泸州去会恽代英，然后赴上海，两三月后又由上海回成都，带回《中国共产党第二次全国大会宣言》。党的二大提出彻底反帝反封建的民主革命纲领，给中国人民指明了争取解放的道路。王右木返川后，在中共二大精神鼓舞下，更以崭新的姿态投入了新的战斗。
