佛教是福州宗教文化的主要组成部分，寺院星罗棋布。鼓山涌泉寺在明永乐六年（1048）和嘉靖二十一年（1542）先后两次毁于火之后都很快得到重建。清康熙五十三年（1714）赐藏经四橱，乾隆七年又赐经多卷。康熙皇帝所赐御书匾额至今犹悬在寺门之上。明末清初该寺有《大方广佛华严经疏论纂要》一百二十卷及名僧语录著疏等刊行。怡山西禅寺也曾烧毁，北宋天圣年间重建，至明宣德三年（1428）又重建，成为榕城名刹。灵山开元寺为南朝大刹，清初毁于火，顺治十三年（1657）重建。屏山华林寺建于宋乾德三年（965），初名“越山吉祥禅院”，明正统年间改称“华林寺”，除大殿仍为宋初遗构外，其他殿宇多系清代重建或重修。雪峰崇圣禅寺也是重建于明宣德年间。清末，达本禅师中兴该寺。
此外，北峰林阳寺、象峰崇福寺、旗山石松寺、院埕佛日圆明院等佛宇梵刹，明清时期香火极盛，寺貌也焕然一新。
清代晚期，福州佛寺同海外建立了密切的关系。光绪三年至七年（1877—1881），西禅寺监院微妙禅师到泰国、马来亚、菲律宾等地弘法，募得巨款重建西禅寺。妙莲和尚于光绪九年接住鼓山涌泉寺住持后到南洋各地募化，在马来亚槟榔屿创建极乐寺，作为鼓山涌泉寺廨院。光绪十八年，西禅寺贤慧禅师等到印度、新加坡，得到华侨资助，在新加坡建双林寺作为西林寺廨院，自任住持。雪峰崇圣禅寺达本禅师于光绪二十七年赴南洋槟榔屿募化，回国后接收福州圣泉寺、古田吉祥、保福、极乐三寺为雪峰廨院。
明清时期福州道教式微，影响力远逊于佛教。规模较大的道观仅存于山的九仙观、乌山的道山观等寥寥数处，出家道观修行的道人日益减少，而民间为人作斋醮的道场诸法事的“道士”却十分吃香。可见，富于道教色彩的民间信仰在福州十分盛行。东岳泰山庙、妈祖庙、临水宫及大王庙等是福州常见的宫庙，香火很盛。还有不少宫庙为福州城乡所特有，如闽侯洋里仙洋、新见，荆溪永丰、仁洲等地的闽越王庙；奉祀蛇王的南屿蕉府行宫、荆溪永丰青竹境、洋里张际龙颜寺；祀奉猎神陈六君的大湖后井六君殿；供奉明抗倭名将林位的祥谦兰圃都督府等。其中名气最大者当推青圃灵济宫。
灵济宫位于青口镇青圃鳌峰山顶。始建于五代末，祀奉南唐江王徐知证、饶王徐知諤。明永乐十五年（1416），永乐帝背疮肿痛，御医束手无策，颁诏天下求医施治。青圃青草医曾神孙应诏入京为皇帝治病，调理六十余日，帝安然康复。于是御赐“神医”之号，并赐宴赏谢。曾神孙担心被留在宫中，祸福难卜，就推说医术为南唐江、饶二王神授。永乐帝为感“二王”救命之恩，敕建灵济宫于青圃鳌峰山，御制灵济宫碑亭，每年委派朝中大臣到灵济宫行春秋大祭。从此灵济宫香火历久不衰。
明清时期，福州有许多信奉伊斯兰教的人从事牛羊业、饮食业等商业活动。在福州西门外井边亭一带至今还有明清穆斯林墓葬。
此外，西洋基督教于第一次鸦片战争及五口通商后传入福州，先后在观巷、铺前顶、澳桥下、三保、茶亭、仓前、东门、西门、后洋里、后屿、马尾等地设立教堂。
天主教传入福州则始于明天启五年（1625）。意大利传教士艾略儒随相国叶向高来闽。宫巷“三山堂”是福州最早的天主堂。明清之际，与艾略儒同时在闽的传教士有阳马渃、穆尼各、毕方济等人。初，毕方济与唐王朱聿键友善，聿键登基改元隆武后，降旨劝民皈依，并发帑重建宫巷天主堂，并御书“上帝临汝”匾额。清同治二年（1863），宫巷天主堂被改关帝庙，天主堂另建于泛船浦，沿用至今。
八、福州文化影响台湾
闽台一衣带水，明清时期，福州与台湾文化交流更加密切。明代陈第随军到台湾，经实地考察撰著《东番记》，是为记录台湾地理、民情著作之嚆矢。清初统一台湾后，福州人入台任官者甚众。甘国宝及何勉、何思和父子，曾任台湾总兵，为守卫台湾、维护社会治安做出贡献。据统计，至甲午日军侵台前的两百余年间，大陆在台任教职者共644人次，其中福州人192人次，占近30%。薛士中、黄佾、陈楷任海东书院主讲，林绍年任仰山书院山长，梁上春、郑鹏程、蔡征藩等多人掌教崇文书院。
清乾隆末年，闽县人郑光策向陕甘总督福康安和福建巡抚徐嗣曾上陈治理台湾12条建议和处理台湾善后事宜策略，皆被采纳。嘉庆十年（1805），侯官人谢金銮任台湾嘉义县教谕，编著《蛤仔难纪略》，通过长乐人梁上国上奏，被清廷接受而成立噶玛兰厅。
许多在台任职的福州人，为台湾编修史志。长乐人林谦光任台湾府学教授，编撰《台湾纪略》、《澎湖纪略》；谢金銮除编著《蛤仔难纪略》外，还撰《续修台湾县志》；福州人施景琛定居台北后，曾撰《鲲瀛日记》；侯官人刘家谋任台湾县教谕，撰写《海音诗》和《台湾竹枝词》，具有很高的文学和民俗价值；马清枢创作《台阳杂兴》30首，继沈葆桢之后，把福州“诗钟”活动和“折枝诗”创作传播到台湾，遂使台湾结社联吟风靡全岛，影响深远。福州人为台湾的教育发展与文化传播作出重大贡献。
福州的宗教与民间信仰，也都传到台湾，产生广泛而深远的影响。以佛教为例。台湾的佛教兴起于明末郑成功时代，至19世纪末期，形成月山系、观音山系、法云寺系、大岗山系四大法脉。前三者都与福州鼓山涌泉寺密切相关。
光绪九年（1883），福州鼓山涌泉寺理明禅师游历台北县五股乡境后，约师兄宝海禅师同来搭棚潜修佛法。三十四年，恰本圆、觉净师徒来访，宝海鉴于理明已圆寂多年，遂邀他共同开山建寺。不久，宝海亦示寂。本圆、觉净师徒十易寒暑，建大雄宝殿、寮房、斋堂，定名观音山凌云禅寺，成为观音山系的大本山。本圆禅师（1882—1947）是台湾基隆人，俗姓沈，16岁出家于福州鼓山，后遍访国内名山古刹，历时10年。民国12年（1923），他主持传戒时，福建省长萨镇冰将军赠“果证菩提”匾相贺。觉净禅师是台北彰化市人，光绪三十三年依本圆禅师出家于福州鼓山涌泉寺，宣统二年（1907）任知客，至民国3年他才回台湾，任凌云寺监院。
光绪二十四年（1898），福州鼓山涌泉寺善智、妙灿两禅师赴台湾弘法，信众甚多。翌年发起在基隆、东郊眉山建灵泉寺，历时三载，规模初具，但两禅师先后示寂。后基隆人善慧禅师（鼓山景峰禅师之徒）从福州返台，继续兴建，使天王殿、大雄宝殿、开山堂、灵塔等工程次第完成，形成台湾月眉山系的大本山，也是台湾第一个具有丛林规模的禅刹。
作为台湾佛教法云寺系大本山的法云寺，位于苗栗县大湖乡山中。民国元年，台湾地方绅耆倡议在此建寺，恰逢从福州参学归来的妙果禅师（台湾桃园人，福州鼓山涌泉寺觉力禅师之徒，曾亲近鼓山良达禅师多年）经此，计划遂定。于是妙果禅师返鼓山涌泉寺礼请觉力禅师赴台，经过三年努力，建成法云禅寺。觉力禅师为开山祖师，信徒日见增多。
