国民党七全大会产生的中央委员会，实质上是蒋经国两年来“改造党务”的结果，体现了吐故纳新的宗旨，也标志着国民党向蒋经国时代转变的初步完成。七全大会后，“改造委员会”被撤销，作为“改造委员会”骨干的唐纵，以“中央委员”的身份跻身于太子派行列。虽然高出毛人凤一头，但相比过去的起点（唐纵是六届中央执行委员，毛人凤什么也不是），毛人凤跨的步子更大，七全大会后，蒋氏父子还让毛人凤参加了所谓《加强大陆地区对敌斗争工作案》的起草，这又意味着毛人凤对“大陆工作”的独特地位，仍是郑介民的“大陆工作处”无法统揽的。
毛人凤坚实而又无法摇撼的卓越地位，激起了毛派分子的无比兴奋，就连有叛主之嫌的叶翔之也大生悔意，暗中托人传话，流露出了重归故里的乡恋情结。毛人凤大度、热情地表示欢迎，一来惜其有才；二来毛人凤需要有人在郑介民身边卧底。于是隔阂消去，叶翔之又成了毛人凤的股肱。
七全大会解决了新老交替的接班问题。随后，亲美势力又成为蒋氏父子必须扫清的障碍，第一个目标选择了台省主席吴国祯。
1952年10月30日，是蒋介石的65岁寿辰，因为倡导“战时生活运动”，奉行节俭，老蒋携夫人跑到台北附近的一个别墅里”避寿”，临时打电话邀吴国祯夫妇前来吃饭，当天还留他俩过了夜。翌日，吴国祯囚台北有约会，婉言谢绝宋美龄的再三挽留，告辞下山，突然发觉开车的司机不见了，派人找也没找到，只得从老蒋的车队里借一个驾驶员救急，说来也巧，那天吴国祯的夫人黄卓群闹肚子，开了几分钟，非要下车方便不可，司机便把车子停在一个老百姓的家门口，等到吴国祯夫妇方便完回来时，发现那位司机脸色惨白，一问，才知有人在汽车前边的两个车轮以及后边的一个车轮上动了手脚，如果不是车子停得早，开到前面的拐弯处，车轮必然滑出无疑，届时，吴氏夫妇连同司机便会掉下深渊，跌得粉身碎骨，而看起来竟像是一次普普通通的“交通事故”。吴国祯当下醒悟，知道蒋氏父子向自己下毒手了。
1953年1月，美国政府易主，对台政策发生变化；2月2日，美国总统艾森豪威尔明确表示支持老蒋；3月，鉴于后台老板的变化，吴国祯自请辞去台湾省政府主席以及“行政院”政务委员的职务。
蒋经国为什么首选吴国祯开刀呢？说来话长，早在大陆时期两人就结有疙瘩，当年，小蒋到上海搞限制物价、金融管制和“打老虎”运动，吴国祯是上海市长，没有很好地支持小蒋。运动失败后，小蒋对吴有怨言。到台湾后，吴国祯仗着美国人的支持，占据台省主席的高位，客观上走到了与小蒋对立的前沿，两人经常发生矛盾。比如，小蒋总揽全台特工，搞“保密防谍”，搞“整肃”，大抓“共谍”、“共嫌”，弄得风声鹤唳，吴国祯时常以“民主政治”，强调“法制”为由加以阻挠。1950年的“王哲甫案件”就是一个例证。王哲甫是台湾火柴公司的经理，总公司原设在上海，董事长姓吴。上海解放前夕，总公司迁往台北，但吴董事长没有跟来，仍留在大陆，并制作了一部电影叫《民国四十年》，对蒋介石多有不恭之词。对此，蒋氏父子十分愤怒，命毛人凤调查。调查中，毛发现王哲甫与吴的关系密切，便以通共罪把王抓了起来，交司法审判，拟准死刑。谁知，吴国祯知道后，出面阻挠，并以省政府主席兼保安司令的名义下令放人。毛人凤不敢做主，请示蒋氏父子，最后迫于美国人的背景，做出妥协，把死刑改成了七年有期徒刑。但这口气小蒋一直鲠在喉头，不吐不快。
到了1952年，台湾进行第二次县市长选举，蒋经国为操纵选举，赶在投票前抓人，其中有市县参议会的一些议员，吴国祯身为台省主席，挺身出面于涉，说话很不客气，很可能这就是促使蒋经国早下决心的主要因素。
在这个问题上，毛人凤表现出了鲜明的坚定性，毫不犹豫地站在小蒋一边，尽管对吴国祯的谋杀事件内幕没有详尽的披露，但由蒋经国指使，毛人凤的保密局动手似成公论。
1953年7月27日，美国被迫在板门店签字，朝鲜战争宣告结束。与此同时，又把台湾纳入自己的战略体系，正酝酿要搞一个所谓的《中美共同防御条约》。1954年春，台湾即将召开“国民大会”，美国政府换汤不换药，依然在控制台湾政权上做文章，示意老蒋多容纳一些亲美分子进入“政府”，其中包括允许“第三势力”归队参政，老蒋表面上答应，暗地里却反其道而行之。
不久，“第三势力”的代表梁寒操，经陈诚批准，抵达台北，住在招待所里。第二天一早，发现衣服、书籍全被偷掉，十分狼狈。这件事是蒋经国指使毛人凤干的。目的是给“第三势力”一个警告——回台湾来，莫要说性命，就连随身物品的安全也靠不住！为此，“总统府秘书长”王世杰跑到蒋介石面前大叫大嚷，一边骂“小人无耻”，一边催老蒋赶快批准让顾盂余、张君劢等来台湾参政，蒋介石本来就积怨在胸，怎容得下王世杰如此嚣张，盛怒之际，把王世杰的秘书长职务撤了。
王世杰是岛内亲美势力的代表之一，但从历史渊源上看，又属于新政学系，跟张群一党。为此，张群、吴铁城等联袂去找老蒋说情，老蒋开始拒见，后来见了，非但不宽恕王世杰，反而指着吴铁城骂，国家的事都坏在你们这班人（指政学系）手里，一气之下还摔了一只茶杯，最后，几乎要把吴铁城赶出大门。吴铁城回家后，情绪激烈，无法入睡，多吃了几片安眠药，居然一命呜呼！
美国驻台大使见老蒋敢撤王世杰的职，马上呈文向华府报告，说这是小蒋干的好事，如果由他任性下去，岂非第二个“铁托”？美国政府本想趁“国大”召开之机，进一步扩充岛上的亲美势力，自然无法容忍这种势头发展下去，于是一边对老蒋施加压力，让他履行让“第三势力”归队参政的承诺，一边又怂恿呆在美国的吴国祯对蒋经国发动攻击。未几，吴便在美国发表电视演说，第一次公开了自己辞职的原因（指谋杀事件），并指斥台湾没有民主，是一党专政。台湾方面毫不示弱，由“立法院长”张道藩出面，列举吴国祯包庇贪污，营私舞弊，苟取巨额外汇（清查王世杰的罪过时，发现王批过一笔巨额外汇给吴国祯）等罪状十三条。接着，隔海对骂升级，吴国祯索性发表《上总统书》直指蒋经国大名，说他是台湾政治进步的一大障碍。应该送到美国留学。同时又批评蒋介石“自私之心较爱国之心为重，且又故步自封，不予任何人以批评建议之机会”。
吴国祯一闹，影响很火，引起了美国朝野对蒋氏父子的反感。老蒋怒不可遏，厉斥吴国祯“在一个外国之庇护下空论及滥言民主与自由”。为此，还迁怒于宋美龄（因为吴当初以赴美讲学的名义要离开台湾，老蒋不答应，美国方面施加了压力，宋美龄同意放行），据说他把宋美龄叫到房里，狠狠地扇了一记耳光，宋美龄又惊又气，回身便走，老蒋跟在后面追赶，追了几步，见卫兵站在门口，才愤然作罢。此后，宋美龄飞到美国一住就是半年。
这就是轰动一时的所谓“吴国祯事件”。它暴露了台湾内部的政治斗争，也暴露了美国与台湾当局的深刻矛盾。但这一次蒋介石没有退让，以总统令的形式，宣布免去吴国祯的一切职务。国民党中央随之作出开除吴国祯党籍的决定。同时，暗中还加快了扫除亲美排蒋势力的步伐，矛头直指孙立人。在这个过程中，毛人凤紧随“主流”，发挥了重大的作用。
1954年3月下旬，“国民大会”在台湾召开，蒋介石当选为第二届“总统”，“副总统”是陈诚，“太子派”的俞鸿钧为“行政院长”，唐纵兼任台湾省政府秘书长。7月，蒋介石下令组成“国防会议”，性质等同于“总统的最高决策机构”。“国防会议”主席由老蒋自任，秘书长是周至柔，实质性负责的是副秘书长蒋经国。“国防会议”下属的常任机构有“国家动员局”和“国家安全局”。“国家安全局”的职能，翻版于原先的“总统府资料室”，按照老蒋的意愿，仍由蒋经国兼任局长。这时，恰值宋美龄从美国回来极力反对小蒋当“国安局”局长，并且搬出“后台老板”，声称：美国人不赞成蒋经国总揽特工。那么，位归何主呢？宋美龄马上建议，让郑介民干，同时强调，这也是美国人的意思。接着，便有了下面的一幕。
1954年10月某日，郑介民接到老蒋打来的电活，要他立即到总统的士林官邸来。郑介民驱车前往，在官邸的客厅里，看见蒋介石、宋美龄、蒋经国在座，三人面色不悦，好像刚刚发生过争论。蒋介石见郑介民来到，用手一指沙发，要郑坐下。郑坐定后，宋美龄第一个发言：“总统要成立国家安全局，经国当局长，美国不同意，我认为还是你任局长好。”郑介民连忙站起身来推辞：“我身体不好，请总统另选别人。”蒋介石说：“好，好，你任局长也好。”蒋经国板着脸，没有说话。郑介民告辞出来，宋美龄送到门口，对郑说：“你做局长辛苦，我介绍一人帮你的忙，他是军统老同志阮清源。”郑捣蒜般地点头称好。可是真到了人事安排的实质性阶段，蒋经国利用“国防会议”的权力，指定亲信陈大庆当“国安局”副局长，郑介民无从抵制，只好委屈阮清源，去“国安局”淡水训练班当了班主任。宋美龄很不高兴，结果弄得郑介民“猪八戒照镜子——里外不是人”。
“国家安全局”成立后，局址设在台北市圆山附近的剑潭，建制是一个办公厅、四个处以及人事、联络、预算、监察、资料、技术、研究、总务八个室，外加一个电信总台。郑介民新官上任，开山的第一“斧”就是改制，即把“保密局”改名为“国防部情报局”；把“内政部调查局”改名为“司法部调查局”。同时还标定工作上的界限与分工：“司法部调查局”主内，专门从事台湾省的“保安防谍”业务，在台北、基隆、台中、台南、高雄各重要城市设立“保防站”。“国防部情报局”主外，专门负责大陆与海外工作。根据这个分工，原“保密局”在台湾岛内所有的秘密保防组织，都必须向“司法部调查局”移交；反过来，原“内政部调查局”设在香港、澳门和大陆从事特务活动的秘密组织，也全都向“国防部情报局”移交。
形式上这个分工与移交是对等的，骨子里却把毛人凤剥夺得只剩下门面了。试想，三年前郑介民接替毛人凤主持大陆工作时，毛人凤就料定郑介民不会有好的收场。三年下来（其实不到两年），郑介民碰得头破血流，本钱蚀光。反过来，再拿烂摊子“掉换”毛人凤的精兵强将，即“保防家底”，手段比三年前的剥夺还要恶劣。其一，当时大陆工作是台岛战略转变的主战场，上峰重视，实力可观。尽管蕴涵着碰壁的趋势，毕竟不是人人看清楚的。其二，丢弃“大陆工作”的主持权，毛人凤还有退居其他阵地的出路，尤其是岛内的保防工作。相比现在的剥夺，一方面把毛人凤苦心经营的家底抽去；另一方面又把赤条条的毛人凤揿在“主外”的“钉板”上，备受熬煎。对此，毛派分子愤愤不平，竭力怂恿毛人凤从中作梗。
不久，又听到一个更荒唐的决定，即“第三势力”垮台后，在塞班岛培训的人马以及整个情报、通信交通网必须予以接管，按照过去的惯例，毛人凤一直分管这方面的工作，理应负责到底。但郑介民却不顾这一事实，宣布由国民党中央委员会第二组（简称“中二组”）接管，因为“中二组”的主任由他自己兼着。由此可见，郑介民是下决心不让毛人凤在特工圈里“居大称肥”了。
面对僚属袍泽的愤愤不平，毛人凤不急不躁。其实，他心里明白，郑介民这两个“剥皮抽筋术”根本奈何不了他。说说道理，不多不少，整整四条：第一，毛人凤身为中央候补委员，地位之高，堪胜以往；第二，蒋经国暂时丢失特工大权。通过“国防会议”，居高临下地控制特工，毛人凤不管在哪里，总是担纲人物；第三，毛人凤浸润特工行当二十余年，盘根错节，私蓄庞大，已是无需“老大”名义的“老大”；第四，也是最重要的，即蒋氏父子的无比信任，他们交办的事情以及附带的权力，莫要说郑介民无从干预，就连过问的资格都没有。修炼到这个分上，毛人凤不再有争锋的情趣。反过来，看看郑介民的机关算尽，倒想起了一句老话叫“聪明反被聪明误”。
事实也的确如此。就在毛人凤被屏离“大陆工作”的主导地位以后，有些相关的事，老蒋仍然要他办，因此毛人凤也有了不拘泥于名分的“自由”，他去大陆“销账”，并不在乎是否有“越界”之嫌。比如，前一个时期，老蒋突发思乡之幽情，凄切得茶饭不香。毛人凤知道了，派人偷偷潜入奉化溪口，把蒋母之墓、“慈庵”故庄、丰镐房旧居、妙高台风光全部拍摄下来，洗印成照片，拿给蒋介石，只看得老头子热泪纵横。又如，1953年底，老蒋突然想念起戴笠在大陆的遗属（解放前夕，戴笠的儿子戴藏宜没能逃往台湾，受到人民政权的惩罚，被判处死刑。留下妻子郑锡英带着三个儿子回到衢州城内花龙巷娘家，而后迁往上海），嘱令毛人凤一定要把郑锡英等弄到台湾来定居。毛人凤密派黄铎潜入上海，与隐藏在我公安部门的内线接上关系，“顺利”地替郑锡英及两个儿子（一个儿子被送到青浦托人照料）办好出境手续。郑锡英化名为沈凤英，在黄铎的陪伴下，经九龙抵广州，再过境到香港。1954年1月，郑锡英与两个儿子到达台湾。老蒋得知后，十分高兴，马上安排接见合影，此外还把戴笠的长孙戴以宽送到美国留学。
这两桩事，显然讨了老头子的欢喜，但于“大陆工作”参与的程度还欠分量。不久，毛人凤亲自安排了一个“重量级”的行动，即密派段云鹏再次进入大陆（这也是老蒋十分关心支持的），一面恢复原有潜伏组织的活动，一面继续发展新的组织，从中挑选可造之才，送香港受训，再派往大陆，建立秘密交通点和秘密通讯台。与此同时，段还负有暗杀毛泽东、周恩来等中共领导人的特殊任务。段云鹏离开台湾前，发誓要杀身成仁，报毛人凤的“知遇之恩”，看来决心不小，并且还与毛人凤约定了密写通信和其他的联络方法，完全是单线式的“独家专营”。
1954年6月，段云鹏到香港，即去张某处找老友叙旧，张某由此知道了段要进入大陆的动向，马上通过公安部长罗瑞卿发出指示：“立即严密布置，防止走漏消息，对段务在必获。”并部署公安部队调用两个团在边界堵截，发现段立即抓捕。
起初，段想以偷渡的方式潜入大陆，但领路的“黄牛”夜间在九龙粉山岭边界踏勘时，被港英警察发现抓走，无法成行。于是改用公开方式，由保密局香港站替段办好身份证及进入内地的手续。段化名张仁，是九龙“大轮行副经理”，专程去广州与和冒行洽谈“生意”
