此后，徐阶开始有了变化。他似乎察觉到周围涌动着险恶的波澜，随时会有灭顶之灾。那“怀二之心，牢至于今”的圣谕，肯定是严嵩的票拟，他明显感到严嵩对自己的不信任。而严嵩此时正权势熏天，自己定要倍加小心。从圣上廷杖和自己见解一致的杨思忠，并把杨思忠“斥为民”一举看来，显然怒气未消，在警告自己。经过连日苦思，徐阶收起锋芒，更少言语。他本来对嘉靖宠幸方士，热衷斋醮不以为然，但此后他积极起来。撰写青词原来是不屑为之，而今他也热衷起来了。严嵩不是靠撰写青词获圣上宠幸的吗？倒不如如法炮制，先稳住脚跟。
所谓青词，即方士斋天时烧化给上天的表文，因需撰写在专用的青藤纸上，所以叫做青词。严嵩学富五车，写的青词深得嘉靖嘉许，所以宠幸不衰。徐阶呢，这探花不是浪得的虚名，现在也参与撰写，哪有写不好之理？
徐阶是有备而来，积累平生学问，撰写的青词居然一写一个准，很快就取得与严嵩并驾齐驱的效果。见徐阶态度转变，那嘉靖渐渐又恢复了对他的信任，并赐他尚方银币，赐他斋天专用的大红金彩仙鹤罗衣。与此同时，严嵩那儿徐阶的脚头也勤快了，常借各种由头去内阁请教。
徐阶的努力渐渐奏效，再次取得了嘉靖的信任，得以以礼部尚书的身份入值西苑的内阁大臣值班室，以备嘉靖随时垂询，成了一员不是阁臣的阁臣。就在此时，徐阶迎来了惊心动魄的庚戌之变。
嘉靖二十九年（公元1550年），是为庚戌年。此年八月，俺答率蒙古铁骑，控弦策马，突入内地，突破古北口明军防线，取道通州绕道昌平，以排山倒海之势，兵临北京城下，分兵占领西山、黄村、沙河、大榆河、小榆河。京师危如累卵，百姓惶惶不可终日！朝中大臣惊慌失措，就连嘉靖也有朝不保夕之感。尤其是嘉靖身边的那些太监，他们在京郊广置田产，安置在那里的家人亲戚，或被杀，或被虏，财产尽失，便围着嘉靖哭诉，把本就焦虑不安的嘉靖的心绪扰得越来越乱，理不出一点头绪。
定下神来，嘉靖想，眼下之急是加强京师防御。即命兵部尚书丁汝夔统率京营军御敌。奉旨后丁汝夔清查军队，以便派兵。这一查吃惊不小，名义上十万余营军，实际上仅五万余人，竟有一半是虚额，顶了名额，吃了军饷，人却都散在那些太监府中、达官衙内、豪绅家中当差呢，甚至还有在外经商的，兵备废弛啊！无奈的丁汝夔边向皇上报告实情，边下令五万营军出城驻扎。嘉靖见营军御敌毫无胜算，便下令各镇边兵入援勤王。
东直门御马厩的八个太监，被突入的鞑靼俘去了，俺答命他们做信使，带回了求贡书。切莫以为俺答要求向大明进贡什么，这求贡实际上是索取，求贡书是俺答开出的退兵条件，自然是狮子大开口。
嘉靖收到求贡书，便在西苑紧急召见严嵩、徐阶。他手指求贡书问严嵩：“严爱卿有何高见？”那严嵩答非所问：“那只是一群饿贼，皇上不必担心。”徐阶对严嵩轻描谈写的回答十分不满，便接口说：“贼寇兵临京师，肆意抢掠，杀人如麻，已不能以饿寇视之了。”嘉靖点了点头，又问严嵩：“求贡书爱卿看到了不曾？”严嵩又是答非所问：“那是礼部的事。”一脚把球踢到徐阶这儿来了。转过脸来，嘉靖问徐阶：
“徐爱卿有何主意？”“事自然是礼部的事，但一切由皇上圣裁。”“朕这是与你们商议，尽说无妨。”见嘉靖如此说，徐阶便回道：“兵临城下，如果要战，仓促之间准备不足。眼下只能使个缓兵之计，假作同意求贡，抓住俺答求贡书只有汉文，没有蒙文，不符惯例，今后难以作为依据，要他退出长城，用蒙文文书求贡，与俺答耗时间。这期间如勤王兵到，就开战；勤王兵不到，就只能答应他们的求贡。”嘉靖说：“如果勤王兵几日内不到，就答应俺答的求贡，皮币珠玉都给！”徐阶说：“俺答的胃口只是皮币珠玉事就好办，只怕是给了不撤，继续讨索，还得有个准备。”嘉靖听后一惊，说：“爱卿可谓深谋远虑！”过了几天，勤王兵至，嘉靖下旨开战，而俺答呢，已经抢掠了不少财物，准备撤离了。
皇城之下开战，胜了犹可，败了主帅就有性命之忧。战是不战，丁汝夔求教严嵩。严嵩说：“在边镇上战败你还可掩饰，在皇上眼皮底下战败，皇上岂能不知？风险甚大，俺答饱掠以后，自然会撤。”
丁汝夔采纳了严嵩的主张，按兵不动，后被嘉靖推出斩首，到了那时，丁汝夔方知上了严老儿的当。庚戌之变就以兵部尚书的被斩，落下了帷幕。
励精图治徐阶运筹帷幄借刀杀人严嵩枉费心机
俺答退军，京师解严，京城上下都松了一口气，百姓扶老携幼回归故里，商家店铺也卸门板开始营业。
但是，庚戌之变突显的一片乱象，使徐阶心忧。他不禁想起了年少时在广富林曹府的一段经历，那时曹安、顾念祖曾谈及的明军弊端，诸如大将吃空饷、兵额不满员、将怀观望之心、士有懦怯之病，都得到了应验。兵部尚书丁汝夔被处死了，却死得很冤。明明是首辅严嵩阻他出战，而且说：“我在，必不会令公死。”谁知见嘉靖震怒，严嵩不敢发一言，把丁汝夔卖了。事情未查清楚，就先斩兵部尚书，这就叫赏不公，罚不明。兵部侍郎保定巡抚杨守谦死了，他从保定率军勤王，明明是上司不让出战，却被判以“失误军机罪”，临刑叹曰：“臣以勤王反获罪。谗贼之口，实蔽圣听！”他终于明白，皇帝身边有“谗贼”，可是为时已晚。
大将军仇鸾却深获信任。自从与严嵩联手害死夏言之后，一武一文，两人呼应，什么事都得心应手。仇鸾打了败仗，可以“掩败不闻”，包括仇鸾买通俺答，朝廷毫无察觉。但是瞒不过一个人，那就是徐阶。徐阶任职吏部时，不耻下问，在十三行省清吏司中，很有一些相知，与他信息相通，所以他掌控仇鸾的不少劣迹。仇鸾镇守大同，俺答大举入侵，仇鸾惶恐没有对策，竟向俺答行贿，奉送大批金银珠宝，请俺答高抬贵手。俺答收到重金，向大同城头射了封信，双方订了“城下之盟”，俺答引兵扑向蓟镇（今河北迁西县西北），仇鸾知晓却隐而不报。
蓟镇守军大溃败，俺答终于逼通州，袭昌平，兵临北京。追究起来，庚戌之变，仇鸾问斩天经地义，但也被掩盖了。掩盖的手段是“孔方兄”，“孔方兄”从何而来，就从克扣巨额军饷得来，用来向权臣特别是严嵩进贡。对外要进贡俺答，对内要贿赂权臣，哪得需多少“孔方兄”？部队的粮饷自然少得可怜，这种军队饥寒交迫，士气全无，更是不堪一击。身为礼部尚书，且又入值西苑，徐阶深感自己也有些责任，就向嘉靖建言，请求下军营勘察，以谋强军对策，嘉靖一口答应。
徐阶单骑转悠巡察了一圈京营，查看卫军名册，册上有名有姓的兵丁十万余，但各营禁军操练时，人数仅五万余。就是这五万余人中，又有不少在内外各提督府、将官府、大臣家中服役，晚上都不宿军营。到军械库查看甲仗储存的情况，又发现兵器锈蚀，甲仗霉腐，不能用的太多太多。同时又从守库吏那里了解到，京师戒严时，各地勤王的军队向军械库领取补充，监库的太监竟然索要“常例（领取费）”。徐阶听后，跌足长叹！更为惊人的是，戒严期间，兵不足员，成国公朱希忠无法交代，又恐被皇上发现遭到谴责，就不停地调动兵员，一会儿将守东门的士卒调往西门，一会儿将守南门的士卒调往北门，大街上川流不息，制造兵员充足的假象。
结果是营军得不到休息，极度疲乏，都破口大骂。此等将帅，这种军队，如何能战？所幸俺答不知内情，如果真攻起城来，北京不陷落才怪！各镇奔赴京师勤王的五六万军队开拔得急，未带粮草，嘉靖下令给这些军队补给，但由于补给不到位，成了饿军，以致仇鸾的士卒，开始在民间掠食。
凡此种种，真是罄竹难书，徐阶震惊了。他知道仇鸾正得宠，又有严嵩护着，所以决定暂不动他，只是把勘察到的种种乱象和弊端呈报嘉靖。嘉靖也大为忧虑，忧虑的结果是变本加厉地虔诚斋天，祈求上天的庇护，同时也密嘱徐阶思量除弊的举措。
接下来的事就证明，徐阶暂不动仇鸾是明智的。大礼议已使正直朝臣伤筋动骨，文臣气节销蚀，谄媚成风，但正直刚烈的臣子永远不会绝迹。有个叫徐学诗的，敢说话，与叶经、谢瑜、陈绍都为虞人，号称“上虞四谏”。先前叶经、谢瑜、陈绍都弹劾过严嵩，未获成功。徐学诗胆子比徐阶大，动起严嵩来了。
嘉靖了解明军诸多弊端之后，在命徐阶思考对策的同时，下旨众臣议“制敌之策”，也算是总结经验教训吧。众臣们多少知道些弊端的所在，可谁敢说真话呢？大多奏陈一些空话、套话，什么圣上天纵英明啦，什么俺答不战自退啦。这时徐学诗愤怒了。北京差点儿丢掉，大明险些垮台，怎么还不痛不痒说官话？他是不要命了，就弹劾严嵩，大抵是攘外先必治内，治内必贤臣当道。现在那个严嵩，当了十年首辅，又奸又贪，而且胃口一天比一天大，勾结贵戚，庇护边将，公然卖官，索讨贿赂，致使这些文武官员，为了返本拼命盘剥百姓，大肆贪污军饷，而且举有实例，严嵩收总兵官李凤鸣两千金，让他复出镇守蓟州，收受衰老不堪的总兵官郭琮三千金，让他专督漕运……同时还列举其子严世蕃“凶狡成性”的罪行，他向圣上陈述，凡指斥其父子罪状的，过后都借其他的由头，或牵入其他官员的过失，或借用考察官员政绩的名头，堂而皇之予以削官罢职。
倒别说，嘉靖读了这奏章，倒是“颇感动”，朝臣都讲鸡毛蒜皮，这个倒敢讲真话，勇气可嘉，看来严嵩该下台了。谁知严嵩气数未尽。他在嘉靖身边还有一个“知己”，那就是真人陶仲文。他在斋天与嘉靖闲谈时说：“严嵩这个人精忠报国，从不结党营私，所以很孤立。这个徐学诗，不过是为他三个被罢职的同乡泄私愤罢了。”真人的话比娘老子的话还中听，于是嘉靖血管里那刚有点温度的血液顿时冷却，徐学诗的下场是先下大牢，后削职为民。
在观察情势这一点上，徐阶胜出了。但他也为徐学诗的事儿扼腕，多么正直敢言！可惜出局了。他不动仇鸾，更不去触动严嵩，因为不是时候。他倾注心力的是如何整顿明军，提高战斗力。平心而论，徐学诗的做法是治本，徐阶的做法是治标，两者一比，高下立判。但徐阶想的是，与其治本丢官甚至丢命，不如治标稳住位子，做点实事。类似的举措，徐阶的做法后人有评曰审时度势，有所为有所不为，有人诟病，说他是滑头。
徐阶在府中厅堂不断地徘徊着，深思熟虑之后，坐下挥笔疾书，向嘉靖报告了整顿军队的八项举措。
徐阶提出的八项措施，并不针对任何人，只是就事论事，说事不说人，所以权贵勋戚包括严嵩父子，抓不着把柄，而嘉靖也觉得可行。这些措施说起来比较繁冗，却也不得不说，要言之，一是严禁文官和军队统帅贪奸，把查实抄没的赃款直接拨给边军，补充军饷；二是军队整顿完成之前，各边镇不可轻易出战，以坚守为主；三是边地粮荒，粮价昂贵，军费贬值，军民饥馑，常有逃亡，用“平输法”往边镇运粮，麦熟时在产粮区平价收购数十万石，运往边地，扣去运输费用，粮价还低于边镇，安定军心；四是陕西军队善战，大同军队善牒，可见各军都有所长，应扬长避短；五是裁冗汰弱，在各营中淘汰老弱病疾者数万人，省下军饷用于操练，用于奖赏，使“能者自劝，怯者自奋”；六是不凭资格选将，以骁勇善战的将领取代论资排辈的勋戚；七是给边将自主权，自行选兵，自行练兵，“居则自守一方，出则自当一面”，避免了观望、盼望救兵的陋习；八是强调京兵“瘦身”，练成“精兵”。还有一条就是除掉仇鸾，徐阶没有写上，因为条件不成熟。直到两年后，徐阶才付诸行动。
这八项措施上奏，嘉靖喜笑颜开，更兼皇上刚斋完天，心情也好，深感关键时刻，真能了解实情且又能提出切实可行措施，为自己解忧的，倒是这个松江小个子徐阶。嘉靖当即袍袖一挥，连严嵩这个首辅也不知会，命太监起草圣旨，不通过内阁票拟，直接从皇宫中发出“密令行之”。
徐阶的八项措施不事张扬逐步实施尚未见效，而镇守边镇的仇鸾，又因俺答要求在边地开市贸易，唯恐朝廷不允又要开战，惶惶不可终日。俺答竭力主张开市，严嵩与之密切配合，可兵部主事杨继盛以为，俺答兵临城下之耻未雪，他说开市就开市，岂不“示弱辱国”。上书提出“十不可”。奏疏打动了嘉靖，命仇鸾等会同商议杨继盛的奏疏，看看是否有理。仇鸾外战外行，在俺答大兵前只会股栗，但内战却是内行，他对嘉靖说：“这等人根本没见过鞑靼的铁骑，不懂得俺答的厉害，所以说话轻飘。”结果自然是把杨继盛打入牢里，贬官了事。
徐阶是支持杨继盛的，但他仍然按兵不动。他明白，仇鸾像座冰山，寒冷时坚不可摧，但只需稍一解冻，就能一击即垮。他要待气候的转暖。
俺答见明军孱弱不堪一击，大明朝廷中也无能臣，益发觉得明室可欺。在明朝同意边地开市之后，鞑靼铁骑更为明目张胆地把集市当做掠场，恣意掠取财物。大同、弘赐堡、双沟、团山、张家堡一带烽火连天，纷纷告急。
局势危急，朝中大臣敢讲话的多了起来。仇鸾不是说开市可稳定局势吗？怎么更乱？
