说起这座双凤寺，还有一个不寻常的神话传说。在东晋时期，与谢安、王羲之等齐名的河南高僧支遁禅师，喜欢周游各地。那时他正好在此地建寺，有一天傍晚，他突得抬头看见东方有一道祥云飘来，在云朵中射出光芒万丈。他预知必有吉事发生，第二天他便带着寺中弟子沿着前一天看见祥云的地方，出去四处寻找。
结果在一片被四面河水环绕且郁郁葱葱的竹林里，他发现了踪迹。就命弟子们拿来镐铲工具将那里挖开，果然得到一件宝物，传说是秦朝黄石翁《双凤福地记》石碑一块和一石盒。支遁后打开石盒，见石盒里躺着一对玲珑剔透的石龟。那对石龟被打开后，一见着光，便轰地一声巨响，升腾起一朵祥云，化为一凤一凰在祥云里翩翩起舞。又过了一会儿，四周群鸟纷纷向这对凤凰聚拢过来，簇拥着凤凰在空中不停地盘旋后，栖落到一座木桥上。后人便把这座桥命名为栖凤桥。
高僧支遁颇感惊讶，他把自己遇见的这个奇事上奏给了晋成帝，晋成帝当即下诏书，把这块宝地赐名为“双凤”，还命在掘地得龟处兴建寺院，御赐《双凤寺》匾额一块。得到御旨的支遁就开始在双凤筹建双凤寺，没想到又有神奇的事情发生。在他掘出神龟的地方，竟然出现了一口深井，井中吐出木材源源不断，正好用来建造寺院。
这不过是人们想像中的美丽传说而已，作为后人已无从考证一千多年前的事。然而，在魏晋时代老庄的玄学极盛行，佛教僧侣有的也加入了清谈的行列，佛经也成了名士们的清谈之资，而支遁几乎是这种风气的代表人物。因而支遁一生交往的名士很多，名士也喜欢和他来往，并且非常推崇他。
