魏良辅自小开始学习北曲，因不及北人王友山，乃钻研南曲。他出生地南昌，春秋时属楚国之地，汉高祖时，因为此处多豫章木，故而称豫章郡。当地盛行弋阳腔，而他却厌鄙弋阳。1517年秋，朱宸濠借口明武宗正德帝荒淫无道，集兵号十万造反，大军浩浩荡荡地打下九江，攻入江西。失去家园的魏良辅，为避战乱，流寓至太仓南码头。
在当时的南码头有许多驻军，其中有部分人通晓音律，魏良辅常与他们切磋技艺和商讨乐理。太仓卫南关的驻军尚武，西关的驻军善曲，过云适恰好是善唱南曲的度曲家，魏良辅知道自己有很多方面不及他，便常常以研究心得去请教。每次度曲过云适说行就行，说不行就不行，多次反复，不厌其烦。
周贻白先生在《中国戏剧史长编》一书中说：“魏（良辅）不过一后起的歌人，因其有一副天赋过人的好嗓音，并兼通音律，参合其他腔调的长处，把‘昆山腔’唱得更加婉转曲折，于是一般人皆捧为圭臬。其实，这里面还不知埋没多少无名英雄，过云适之得见记载，已属万幸了。”他又说：“过氏对魏氏之创昆山腔实居于指导地位，说不定魏之‘能谐声律’，也和过氏有关。”
不仅仅是过云适指导过魏良辅。当时吴中一带还有几位老曲师，如袁髯、尤驼等，都比魏良辅这个后起之秀的资格老。陶九官、周梦谷、滕全拙等歌人，在艺术上也各有造诣。魏良辅都虚心地向他们请教过。据张大复《梅花草堂笔谈》载，昆山人陆九畴善于唱曲，很想与魏良辅一比高下。然而登上戏坛，亮开嗓子一唱，发觉自己不如魏良辅，立即甘拜下风。到后来众师都“皆瞠乎自以为不及也”。
他还向安徽寿县发配至太仓的善弦索、北曲的戏剧家张野塘请教。当时张野塘正在军中服役，对魏良辅的求教欣然应允，两人结为挚友。自从遇到张野塘以后，魏良辅就再没有出去卖唱或做串村走巷行医的江湖医生，他专心致志和张野塘“镂心商曲”。一个红极一时的艺人突然间销声匿迹，歌台舞榭听不到他的歌声，看不到他的影子。此时，形容他“足迹不下楼”也不为过，而他更是“十年不下楼”，由此可见魏良辅下工夫之深。
后来，魏良辅将自己的女儿许配给张野塘。魏良辅在过云适、张野塘等人的协助下，吸收了当时流行的海盐腔、余姚腔、双凤山歌及江南民歌小调的某些特点，对流传于太仓昆山一带的戏曲唱腔进行加工整理，将南北曲融合为一体。既将南曲“收音纯细”，又将北曲“转无北气”，从而改变了以往那种平直无意韵的呆板唱腔，形成了一种格调新颖、唱法细腻、舒徐委婉的“水磨腔”。
“水磨腔”的“以文化乐”终于使昆腔在无大锣大鼓烘托的气氛下能够清丽悠远，旋律更加优美。同时，魏良辅对伴奏乐器也进行了改革，为了使演唱更富有感染力，将笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等乐器组建“江南丝竹”乐队，用来伴奏昆腔的演唱，获得成功。这时候在他身边还聚集了善洞箫的苏州张梅谷，善笛子的昆山谢林泉，以及培养了优秀歌手张小泉、季敬坡、戴梅川、包郎郎等一批人，形成了一个志同道合的艺术沙龙。
就连魏良辅的弟子梁溪人、潘荆南等人也带动了流行风潮，“荆南游处必锴以箫管合曲，一时竞相传习，世谓度曲之工始于玉峰，盛于梁溪。”以至于当地有谚语说，“无锡莫开口，谓能歌者众也”。戏曲界都尊魏良辅为“昆曲鼻祖”、“曲圣”，说：“昆山之旅以太仓魏良辅为祖”，联合国教科文组织宣布保护的中国昆曲，实际上就是魏良辅创制的昆曲“水磨腔”为基础的昆剧艺术。
