第三次的高峰会最后发表了一篇宣言，涵盖所有的问题，并由与会的各国领袖签署。据第一位研究中共与苏共冲突的西方学者唐纳德·赞格瑞尔教授的分析，这篇宣言等于是苏联的一大胜利。宣言主要以苏联的基本立场为主，不过文字却很含糊、不清楚。这篇宣言能够顺利发表，完全是因为当时在北京监控全局的毛泽东，接受了代表团团长刘少奇的建议。当时中共所面临的抉择是，妥协或是和苏联正式决裂。但从以后的发展来看，虽然刘少奇在宣言上签了字，但并没有改变毛泽东对苏联的看法，即赫鲁晓夫和苏联内外的很多人，都已经变成了“现代修正主义分子”。
1963年7月，邓小平再度前往莫斯科，这也是他最后一次访问莫斯科。他率领一个人数不多的党的1963年7月，邓小平率领中国共产党代表团前往代表团，和由意识形态专家苏斯洛夫率领的苏联共党代表团，商讨莫斯科宣言所提到的所有理论问题，以及双方在1960年前后所争执的一些问题。双方都对对方有非常不满意的地方。中共对苏联特别不满的有两点，第一，苏联在1961年到1962年之间，收容了从新疆逃往苏联领土的5万名中国难民。第二，赫鲁晓夫在1962年中印战争前后，公开批评中国。在苏联方面，特别不满意中共先是公开指责苏联在1962年10月古巴“导弹危机”中的行为是“冒险主义”，接着又嘲笑苏联是“投降主义”。
会谈开始之前，双方各自发表冗长的文件和声明，充分而且有针对性地表达自己的立场和观点。然后，双方在会谈中进行激烈的辩论。苏联方面甚至明确表示，他们和邓小平代表团会谈的重要性，比不上当时同时在莫斯科举行的，苏联与美国和英国进行的有关部分禁止核试验条约的谈判（实际上，这个会议的主题本身就是对中共的挑衅）。赫鲁晓夫本人确实曾经举行晚宴招待邓小平和他的团员们，但那是在会谈举行了五天，而双方又没有准备让步之后。双方也没有决定下一次会谈的日期。这等于是会谈破裂。而事后也证明，这也标志着中苏两党26年正式交往的结束。
“文化大革命”期间，流传着一个故事，说毛泽东否决了邓小平起草的这份中国人在会议前公布的文稿。这个故事可能有相当的正确性。但即使真的如此，也不能表明毛泽东已经不信任邓小平了。毛泽东经常对别人起草的文件感到不满意，而且如果他对邓小平的能力有任何怀疑的话，绝对不会派邓小平去对付苏斯洛夫，甚至赫鲁晓夫本人。不管如何，在这次的莫斯科会谈之后，毛泽东对邓小平的表现甚感满意。最不寻常的是，毛泽东还特地到机场迎接从莫斯科回国的邓小平，并且指定邓小平为一个写作小组的组长，准备对中苏共冲突的原因和过程发表详细的公开报告。
这个报告在1963年9月到1964年7月之间分九次发表（简称“九评”），而且颇具说服力。
在国内，从1961年到1965年，邓小平在两项事务上特别活跃：拟订经济复苏计划；策划及组织一场运动，专门处理在“大跃进”之后普遍存在于党内的腐败、缺乏纪律和道德败坏现象。
负责经济复苏计划的主要有四个人，刘少奇、周恩来、陈云和邓小平。这项计划的主要内容是逐步取消“大跃进”在制度上的大部分创新措施，以年度计划取代五年计划，同时把投资重点从重工业转移到轻工业和农业（这是毛泽东在1956年春提出的一条重要建议）。
邓小平对这项计划的实质内容做出相当大的贡献，尤其是在农业和工业方面，他主要是配合其他人的工作。他制定的每一项有关经济和教育活动的文件，都是在党的一位高级领导人监督下进行起草的；他同时还负责协调三个为检查各项政策而成立的三委员会的工作。
到了1961年年底，这几个人和这三个委员会已经制定出八个重要的政策文件以及几套规定草案。毛泽东召集了几次工作会，审议这些文件和规定。会上，这些文件和规定大体都获得通过。但在其中一次会议上，毛泽东和邓小平发生了冲突。关于冲突的原因有几种说法。有人说，毛泽东批评了邓小平调查北京郊区几个人民公社后所做的报告。还有一种说法，说毛泽东对身为总书记的邓小平对这些会议的一些“安排”
很不满意。第三种说法是，在毛泽东还未过目之前，邓小平就安排通过一项或多项文件。不管哪种说法是准确的，反正毛泽东都很生气。他质问说，是哪个“皇帝”敢于擅自做出这些安排？不过，邓小平并未因此而靠边站，或是被要求进行自我批评。毛泽东一定是对他能够在短短几个月内，领导几个特别委员会提出一套完整的长期计划，留下很深刻的印象。
这项计划几乎全面推翻了“大跃进”的所有政策。
在农村，虽然人民公社作为一级单位仍然保留下来，但被剥夺了绝大部分的权力。地方上的主要经济单位是生产队，每个生产队大约由30个农村家庭组成（原来的人民公社平均有4000户农家）。土地所有权都归生产队。生产队负责管理队员的生产工作，并且给予队员们适当的报酬。人民公社社员收入一律平等的制度已经取消，并且再度允许个人拥有一小块自留地。在一种已在全国部分地区普遍建立、以实现农业集体化为最终目标的政治体制下，生产大队有权和社员签订合约，允许他们从事非农业性的生产劳动。
到1965年，全国的粮食产量达到1.95亿吨，恢复到1957年（“大跃进”的前一年）的水平。
在工业方面，毛泽东在1960年提出的且一直实行的工业管理制度被取消。薄一波起草了一个包括六十条规定的管理规划，邓小平做了一些补充，把它变成了一个详细的法规，重新采用责任制和专业制度，重新确定了工资制度。工业的投资比例予以削减，很多亏损的工厂都被勒令关门。因此而被裁员的工人多达几百万人，他们全部被遣送回农村地区，这也有效减少了政府必须取得足够粮食供应城市居民的压力。工业比农业晚一些进入不景气，最不景气的一年是1961年。但恢复的速度却比农业要快得多。到1965年，大部分工业产品的产量已经是1957年产量的两倍多，新建了一批工业企业。在原油产量大增的前提下，这些新的工业企业迅速发展成具有相当规模的大企业。
邓小平本人对经济发展的看法，在1958年到1962年之间也发生了很大变化。在1959年10月，他还很热心地在文章中称赞群众运动是一种最好的方法：
我们的基本工作方法就是：领导和群众相结合，一切工作走群众路线，放手发动群众，有领导地展开轰轰烈烈的群众运动，把群众的智慧和意见集中起来，依靠群众的力量来贯彻执行党的方针政策……看不见群众的……积极性……总认为，群众的觉悟不够，群众运动是靠不住的……认为，在革命中固然需要群众运动，但是在建设中，那就是另外一回事了。这种看法……是错误的。
然而，1962年7月，他在共产主义青年团的一次代表大会上，又提出了一个不同的观点：
生产关系究竟以什么形式为最好，恐怕要采取这样一种态度，就是哪种形式在哪个地方能够比较容易比较快地恢复和发展农业生产，就采取哪种形式；群众愿意采取哪种形式，就应该采取哪种形式，不合法的使它合法起来……刘伯承同1962年2月6日，邓小平在“七千人大会”
上讲话。
志经常讲一句四川话：“白猫、黑猫，只要捉住老鼠就是好猫。”这是说的打仗。我们之所以能够打败蒋介石，就是不讲老规矩，不按老路子打，一切看情况……现在看来，不论工业还是农业，非退一步不能前进。你不承认这个退？农业不是在退？公社不是在退？第一步恢复粮食，第二步恢复经济作物，同时把农具和牲畜慢慢地恢复起来……过去我也讲过，我们的运动太多，统统是运动，而且统统是全国性的，看来这是搞不通的。
这种改变，导致他和毛泽东之间产生了隔阂。毛泽东一向认为，除了在社会主义生产关系之下，生产力不会获得最好的发展；而且，从1958年开始，毛泽东就主张，社会主义生产关系应该从国家和集体所有制扩展到管理制度和分配制度。在管理制度上吸收工人与农民参与管理，在分配制度上实行非物质奖励和平均分配。对于这两点，邓小平都和毛泽东有不同的看法。
邓小平在重振党的士气上，看法也跟毛泽东不同。
他们唯一一致的看法是，一定要消除“大跃进”所造成的消极影响和后果。但他们对于造成消极影响和后果的原因，以及应该采取何种方法来解决这个问题，则又各有不同的看法。毛泽东认为，这个问题的根本原因，在于很多党员的社会主义价值观念太过薄弱；邓小平则认为，根本原因在于严重的政治与经济问题。
毛泽东想通过让党的干部参加体力劳动和接受农民的批评，来教育他们。邓则认为，只有在地方干部接受了由上面派下来的工作组的调查，而且确定必须要对他们进行惩处之后，农民才能发挥这一作用。他还认为，乡以上的干部在成为改造者之前，首先要加强自身的改造。
1963年5月，在农村展开了一项社会主义教育运动。这场运动的根据是一份文件，后来这份体现毛泽东指示精神的文件被称为《前十条》。但很快就发现，地方的干部并不愿意组织农民组织来监督他们自己。因此9月间，书记处发布了第二项文件，也就是《后十条》，把教育的方式从自下改造转变成自上改造。
毛泽东在当时并没有表示反对。但他继续把这场运动看作进行社会主义价值观教育所必需的，并且盼望有一天，农民组织会能成为进行这场运动的主要机构。
在这时候，刘少奇也插了一手。他的妻子王光美在天津附近的一个人民公社里住了5个月，刘少奇本人也在河南的一个公社待了两个星期。他们两人一致认为，大多数的地方官员都是贪污邓小平和刘少奇在一起。
腐化的，而农民本身也好不到哪儿去。所以，不能太倚赖农民们来纠正地方干部的行为。刘少奇因此草拟了第三份文件《后十条》修正案，并在1964年9月，以中央委员会的名义发出。对于这场教育运动对领导者和被领导者可能产生的影响，这份文件持很悲观的看法。所以，刘下令从各城市派出大批工作组，对地方干部的恶行进行全面深入的调查。根据这项命令，对很多农村地区的人民公社的干部进行了彻底的调查，结果造成了对成千上万名官员干部进行整肃。
《后十点》修正案只实施了4个月。经过1964年12月和1965年1月中央工作会议上一场激烈的辩论后，毛坚决主张由另外一个文件即《二十三条》
来取代它。这就基本上又回到了《前十条》，只是增加了几段措辞严厉的论述，即这场运动应当被看成是“社会主义和资本主义两条道路的斗争”，它的对象是“公社……甚至省级机关和中央部门中反对社会主义的人”。从这些内容来看，毛发出了一个信号：他已经开始觉察出在他的同事当中出了修正主义分子和阶级敌人。
