崇祯十七年正月庚寅初一，李自成在西安称王，僭越地取国号为“大顺”，改元“永昌”，改名自晟。追尊他曾祖以下的祖先，都追加谥号，奉李继迁为太祖。设天佑殿大学士，让牛金星担任。增设六政府尚书，设立弘文馆、文谕院、谏议、直指使、从政、统会、尚契司、验马寺、知政使、书写房等官职。任命乾州人宋企郊为吏政尚书、平湖人陆之祺为户政尚书、真宁人巩焴为礼政尚书、归安人张嶙然为兵政尚书。恢复五等爵位，大封功臣，刘宗敏以下9人封侯，刘体纯以下72人封伯，封子爵的有30人，男爵的55人。制定军规。凡有骑马扰乱队列的斩首，骑马奔入庄稼地的斩首。登记在册的步兵40万人，骑兵60万人。兵政侍郎杨王休任都肄，从横门出发，行至渭桥，锣鼓声震动大地。命令弘文馆学士李化鳞等起草檄文飞马传谕远近，指名斥责皇帝。这一天，大风夹着尘土，四周充满黄雾。听说事变情形后，皇帝非常震惊，召集大臣们商议。大学士李建泰请求统率军队，皇帝答应了。
当时山西自从平阳失陷后，河津、稷山、荥河都陷落了，其他的府县都望风归顺。二月，李自成渡过黄河，攻克汾州，夺取河曲、静乐，进攻太原，抓住晋王朱求桂，巡抚蔡懋德死于此役。向北夺取忻州、代州，宁武总兵周遇吉战死。李自成先派一支流动作战的军队进入故关，夺取大名、真定后北进。他亲自率领大部队挨近边境向东进犯，攻破大同，巡抚卫景瑗、总兵朱三乐战死。李自成杀代王朱传火齐，代王的宗族几乎被灭尽。进犯宣府，总兵姜镶投降，巡抚朱之冯死亡。再进犯阳和，由柳沟迫近居庸，总兵官唐通、太监杜之秩投降。
三月十三日焚毁了昌平，总兵官李守钅荣死亡。当初，起义军想侦察京城虚实，往往暗地里派人载运贵重的货物，到京都贩卖，又让人冒充官府的各类属吏，刺探机密。朝廷有什么计划决策，立即从几千里外飞马回报。到起义军抵达昌平，兵部派骑兵侦察故军，起义军就引诱他们投降，结果没有一个返回的。当起义军流动骑兵到达平则门时，京城的人还不知道哩。十七日，皇帝召集群臣询问敌情，没有人回答，却有人哭泣。不久起义军围攻九门，城门外原先设立的三个大营的人马，全部投降起义军。京城长期缺乏粮饷，登上城墙守卫的人不足，就用内侍去补充。内侍独揽守城防务，众官员都不敢过问。
十八日，起义军的攻势更急，李自成驻扎在彰义门外，派投降的太监杜勋缒入城中见皇帝，要求禅让帝位。皇帝大怒，呵斥他退下，下诏亲征。黄昏时，太监曹化淳打开彰义门，起义军全部进了城。皇帝走出皇宫，登上煤山，望见烽火连天，叹息说：“苦了我的百姓啊！”徘徊了很久，回到乾清宫，下令护送太子及永王、定王到外戚大臣周奎、田弘遇的府第，用剑击杀长公主，催促皇后自杀。十九日丁未，天还没亮，皇城失守，敲钟召集众官员，没有人来。于是又登上煤山，在衣襟上写下遗诏，在山亭用丝巾上吊，皇帝于是驾崩。太监王承恩吊死在旁边。
李自成头戴毡笠身穿月白色衣衫，骑着黑花马，进入承天门。伪丞相牛金星，尚书宋企郊、喻上猷，侍郎黎志升、张嶙然等骑马跟随。李自成登上皇极殿，占据御座，下令大力搜索皇帝皇后，限令众官员三日后朝见。文臣自范景文、勋戚自刘文炳以下，殉节的有40多人。宫女魏氏跳河自杀，跟从的有200多人。象房里的大象都哀吼流泪。太子投奔周奎家，进不了门，两位王爷也无法躲藏，先后都被抓来了，都不屈服，李自成把他们关在宫里。长公主晕厥后又苏醒了，抬了出来，命令刘宗敏找人治疗。
随后，才知道皇帝皇后已驾崩，李自成命令用宫中的门扇抬出去，用柳木棺盛殓，停放在东华门外，路过的百姓都掩面哭泣。三天以后的己酉日，天没亮，成国公朱纯臣、大学士魏藻德率领文武百官入朝祝贺，都穿着白色衣服坐在殿前。李自成不出来，起义军争相戏弄侮辱众官员，用槌打他们的背，摘掉他们的帽子，有的把脚放到大臣脖子上，开心取乐，众官员恐惧地趴在地上不敢动弹。太监王德化呵斥官员们说：“国家灭亡、国君去世，你等不想法殡葬先帝，却呆在这里！”说完就哭了，内侍几十人都哭，魏德藻等人也哭了。顾君恩把这些情况报告李自成，就改殓了皇帝皇后，让他们穿上皇帝皇后的饰有雉羽的礼服，还在棺材上加盖了苇棚等等。大学士陈演劝李自成即帝位，没有答应。封太子为宋王。释放在刑部、锦衣卫关押的囚犯。
李自成从占领西安起，开始建立官吏制度，到这时更把朝廷的官制全改了。“六部”改叫“六政府”，“司官”叫“从事”，“六科”叫“谏议”，“十三道”叫“直指使”，“翰林院”叫“弘文馆”，“太仆寺”叫“验马寺”，“巡抚”叫“节度使”，“兵备”叫“防御使”，知府州县长官分别叫尹、牧、令。召见朝廷官员，李自成面向南而坐，牛金星、刘宗敏、宋企郊等在李自成左右一起就坐，按官职品级叫名字，分成三等授给职务。起义军又按保甲制编排户籍，命令五家供养一个士兵，大肆奸淫掳掠，百姓忍受不了残害，吊死的随处可见。征缴各个皇亲国戚、文武大臣的钱财，金银收够了就杀了他们。焚烧太庙里的先帝牌位，把明太祖的牌位迁到帝王庙内。
此时起义军已攻陷保定，李建泰投降，京畿辖区内的府县全部归附。在山东、河南普遍设立官署任命官吏，所到之处没有敢违抗的。起义军到淮地，巡抚路振飞派兵抵抗他们，起义军于是撤离。李自成认为自己真的得了天命，牛金星率领起义军三次上表劝他即帝位，便接受了，下令拟定登极的仪式，选择吉日。当李自成登上御座时，忽然看见一个身高数丈的穿白衣服的人，手执宝剑怒目而视，御座下面的龙爪和龙颈上的长须都动了起来，李自成惊恐不安，急忙跑下御座。铸造金印及永昌钱币，都没有成功。得知山海关总兵吴三桂起兵，就谋划回归陕西。
当初，吴三桂奉旨入京救援，到了山海关，京都就失陷了，他犹豫不进。李自成劫持他的父亲吴襄，写信招抚他，吴三桂打算投降。到了滦州，听说爱妾陈沅被刘宗敏抢走，非常气愤，急速回到山海关，打败了起义军。李自成大怒，亲自率领十余万士兵，把吴襄押在军中，向东进攻山海关，另派部将领兵从一片石跨到关外。吴三桂害怕，向大清乞降。四月二十二日，李自成率兵20万，在关内布阵，从北山绵亘到海边。我大清军队针对起义军布阵，吴三桂居于右翼边缘，出动全部精锐士卒去拼搏作战，杀死数千士兵，起义军也奋力战斗，包围圈冲开了又重新合上。战斗持续了很久，大清军队从吴三桂阵地右侧突然出击，冲击起义军的中坚部队，万马奔驰腾跃，飞箭密如雨点，天刮大风，飞沙走石，像冰雹一样袭击贼兵。李自成正挟持太子登上高冈观战，发现是大清的军队，急忙赶马下冈逃走。我军追击四十里，起义军大溃败，自相践踏而死的人无从计算，尸横遍野，沟水都被染红。李自成逃往永平，我军去追赶他。吴三桂先赶到永平，李自成杀死吴襄，逃回京城。
当时牛金星留守京城，降官们去谒见他，十分恭敬地行门生的礼节。牛金星说：“现在谣言正盛，各位应深居简出。”从此投降的人开始惊惧，大多潜逃躲藏起来。李自成回京后，把拷打官吏索取的黄金及宫中库藏的黄金、器皿都熔铸成饼，每个饼重千金，大约有几万饼，用骡车载回西安。二十九日丙戌在武英殿越分称帝，追尊七代祖先为皇帝皇后，立妻子高氏为皇后。李自成戴着皇冠，摆设仪仗接受朝拜。牛金星到南郊代皇帝行祭天之礼。当晚焚烧了宫殿和京城九座城门楼。次日早晨，挟持太子、两位王子向西逃走，派伪将军左光先、谷可成殿后。五月二日，大清军队进入京都，下令安抚百姓，为明朝皇帝皇后发布去世的公告，议定谥号，派将领和吴三桂一起追击李自成。当时福王已在南京代行处理国政，大学士史可法统率军队征讨起义军。李自成到达定州，我军追上了，同他交战，杀死谷可成，左光先伤了脚，由士兵背着逃走了。李自成向西跑到真定，增调人马来攻打我军，我军再次打击了他。李自成中了流箭伤势很重，向西越过敌关，进入山西。正巧我军东撤，李自成于是纠合溃散的人马，跑到平阳。
李岩是原来劝李自成不要滥杀以收揽民心的人。攻陷京都后，他保护着懿安皇后让她自尽。又只有他未对士大夫进行拷打掠夺，牛金星等人十分忌恨他。定州战败后，河南的州县大多叛离起义军，李自成召集将领们议事，李岩请求率兵前往。牛金星暗中告诉自成说：“李岩英勇果敢，有远大的谋略，是不会久居人下的。河南是李岩的故乡，给予他大量军队，必定无法控制他。‘十八子’的谶语，该不会是指李岩吧？”趁机诬陷李岩想反叛。李自成让牛金星与李岩宴饮，杀害了他，起义军因此都人心离散。
李自成回到西安后，又派士兵攻陷汉中，招引总兵赵光远投降，进占保宁。此时张献忠派兵抵抗，起义军于是撤回。八月建成祖先的宗庙，李自成准备去祭祀，忽然浑身寒颤不能前去举行祭礼。李自成当初因为李岩的建议，假装仁义，到李岩死后，他又屡次战败，便依旧强横凶暴刚愎自用，伪尚书张第元、耿始然都因小有抵触而被处死。制成铜铡，官吏犯了受贿罪，立即用铡刀斩杀。百姓偷一只鸡的也处死。陕西人非常恐惧。
清顺治二年二月，清军进攻潼关，伪伯爵马世耀率60万部队迎战，战败死去。潼关被攻克，李自成于是放弃西安，由龙驹寨奔武冈，进入襄阳，再逃到武昌。我军分两路跟踪追击，连续在邓州、承天、德安、武昌紧逼敌人，穷追到起义军的老营，大败他们8次。在这时，左良玉率部东去，武昌空虚无人。李自成驻扎了50多天，起义军尚有50余万人，改江夏为瑞符县。不久被我军追逼，部众大多投降，也有的逃散了。李自成败走咸宁、蒲圻，到达通城，逃进了九宫山。秋天九月，李自成留李过守寨，自己率领20名骑兵到山中掠取食物，被村民围困，不能逃脱，于是自缢而死。也有人说村民正在修筑堡垒，发现起义军人少，争相上前攻打，起义军人马都陷进泥沼中，李自成头部遭受锄头袭击而死。剥下他的衣服，发现龙衣金印，死者瞎了一只眼，村民这才大为惊讶，认为是李自成。当时清军派认识李自成的人去查验尸体，已朽烂不能辨认。抓获李自成的两个叔父伪赵侯、伪襄南侯及自成的两个妻妾，得到金印一枚。又抓获伪汝侯刘宗敏、伪总兵左光先、伪军师宋献策。于是在军中杀了自成的叔父及刘宗敏。牛金星、宋企郊等人都逃亡了。
李自成的侄子李过改名为锦，同各起义军首领一起事奉高氏而向明总督何腾蛟投降。当时唐王在闽地立国，赐予李锦名字叫赤心，封高氏为忠义夫人，称他们的军队叫“忠贞营”，隶属于何腾蛟麾下。永明王在位时，李赤心被封为兴国侯，不久死去。
神医留巨着——李时珍
李时珍，字东璧，蕲州人。喜欢阅读医书，由行医的人托名神农所着的《神农本草经》药书，记载了自神农氏所传的各种草药只有365种，南朝时梁国人陶弘景着的《本草经集注》所增加的药物种类也如同原来的数目，即365种。唐朝时苏恭等人所撰《新修本草》，又增加了114种药物。宋朝时刘翰着的《开宝本草》较唐《本草》，又增添了药物120种。到了掌禹锡、唐慎微这些人的时候，所着《嘉佑补注本草》《经史证类备急本草》，先后又增加补充药物共计有1558种，当时认为所收集的各类药物已经是齐全完备了。
李时珍
但是各种草药的品种类别既繁多，其名称又很杂乱。有的把一种药误分为二三种药，有的把两种或多种不同的药混为一种药。李时珍对此很不满意。于是他广泛收求采集，删去繁杂重复的，补充上阙漏的。经过30年，阅读了800多种书籍，三易其稿，最后才成这样一部完备的书，定名为《本草纲目》。增加了374种药物，整理修改后分为16部，共52卷。首先标出每种药物的正名为纲，其次附上各家的注释为目。再次用集解的方式把这种药的产地、形状、颜色等特征详细写出。再其次说明它的气味，主治的病症，并附上主治药方。《本草纲目》写成后，正准备献给朝廷时，李时珍突然去世了。不久以后，明神宗朱翊钧皇帝下诏修编国史。购买各个地方的书籍，李时珍的儿子李建元带着父亲遗留下来的奏章及其《本草纲目》来到朝廷进献，神宗皇帝赞许奖励了他，并下令印行全国。自此以后，士大夫家里有了《本草纲目》。李时珍任楚王府的御用医生，儿子李建中，任四川蓬溪县知县。
厉行改革——张居正
张居正，字叔大，江陵人。从小聪敏过人，15岁成为诸生。湖广巡抚顾磷认为他的文章非同一般，说：“这是可以主持国家大事的人材。”不久，张居正参加乡试中举人，顾磷解自己的犀带送给他，并且说：“你日后当腰佩玉带，这犀带不配玷辱你。”嘉靖二十六年，张居正成为进士，改选庶吉士。每天采求国家的典章制度和各种掌故。徐阶等人都很器重他。任他为编修，因急事请假回家，不久回到职上。
张居正这个人，长脸形，眉目清秀，胡须长至腹部。勇于任事，素以豪杰自许。然而性格深沉，胸有城府，人莫能测。严嵩为内阁首辅时，妒忌徐阶，和徐阶友好的人都躲开徐阶不相往来。张居正却行为自如，严嵩也器重他。升任右中允，掌管国子监司业的事务。与祭酒高拱关系很好，互相勉励将来能够担当宰相的大业。不久又回去管理春坊，升任裕王府讲读。裕王很善待他。王府中的太监也无不和张居正友好，而李芳更是经常向他请教书中的义理，广泛地联系到国家的大事。不久升任右谕德兼侍读，进侍讲学士，负责翰林院的事务。
徐阶代替严嵩成为内阁首辅以后，全心信任张居正。世宗去世，徐阶草拟遗诏，拉张居正和他共同谋划。不久升为礼部右侍郎兼翰林院学士。一个多月以后，与裕王府原来的讲官陈以勤一齐进入内阁，张居正任吏左侍郎兼东阁大学士。不久充任《世宗实录》总裁，进升为礼部尚书兼武英殿大学士，加少保兼太子太保，这时距离他担任学士五品官仅仅一年多。当时徐阶以前朝老臣任内阁首辅，和李春芳都能屈己礼贤下士。张居正最后人阁，惟独他以宰相的身份自居，见到九卿傲慢得很，没有延请接纳过什么人。问或说出一句话总是很中肯，所以人们特别害怕他，尊重也超过其他的宰相。
