初平六年中秋，董卓到达了洛阳，可是他真的被眼前的景象惊呆了，洛阳西边多了一片比洛阳小不了多少的空地，几十万人在那里不知道忙着什么。洛阳城中的道路也被改变了许多，主要街道被拓宽可不少，道路边上都铺上了大理石。洛阳的店铺多数已经没法经营而远赴他乡。新任命的谏议大夫祢衡也没得到机会做忠臣。因为小皇帝已经在半月前的一次大婚演练中彻底倒下了。皇宫的工程已经彻底停止，王允为了追查惊驾的犯人而抓了上万人，可是到现在他也没能抄出多少钱物，也没能抓出主凶。现在朝中的清流还在高谈阔论，蔡邕也在不停的写着诏书，只是这些诏书叫做欠条更合适些。朝廷已经给州牧、刺史，太守发过几百道这样的诏书了，最多的人恐怕已经收到过不下十次。汝阴太守刘备等还因为抗旨被革职，据说还要被赶出宗籍，只是因为新宗正刘虞没有到任，所有还没有正式下文。董卓现在也不知道该怎么办了，为了保护人才，这次董卓没有带文士回来，董系的官员现在都在雍州与凉州。董卓现在连个参谋都没，他又是个不会直接干事的主，没办法，董卓只有也病了起来。
在之后的几个月中，皇帝的大婚没有举行，卫冕国丈董承虽然带回了西凉第二次大捷的捷报，可是没有皇帝与丞相的朝廷没有任何办法理事。这种状况一直持续到了腊月。因为那天小皇帝清醒了过来，他急忙召见了董卓及几个大臣，让董卓继续全面接掌朝政，并且杀王允等多位逆臣。随后董卓秘密接掌了包括玉玺在内的所有大汉权力。在混乱的诏书中加杂了几十条更加混乱的内容。其中一条是让河东大贾卫家以一半财产为代价，换十年全汉朝免税。刘备接替刘繇为扬州刺史。孙坚接替刘虞为幽州刺史。陶谦为冀州牧，袁绍为兖州刺史，公孙瓒为徐州牧，刘表为豫州牧，曹操为交州刺史，钟繇为雍州刺史，荀彧为凉州牧，韩遂为司州刺史，士燮为并州刺史，刘岱为荆州牧，袁术为青州刺史，天下十三州中只有益州没有变，刘璋为益州刺史，比他老子低了点官爵，被董卓秘密收了汉中地。为了安抚刚刚获胜的吕布兵团，董卓除了拿出了高官厚禄外还专门铸造了一百万枚银元，每个重一两，正面为董卓头像，背面为凉州大捷纪念，并著有特殊字符作为编号。可是对于大捷的十万将士这些钱还是少了些，为了能让将士安心，董卓给传圣旨的王粲道手书，告诉银元只铸造一百万枚，具体价格要三年后董卓亲定。之后董卓在洛阳大开杀戒，王允等三十多个官员及数百宫人，及参与皇宫及御林苑工程的头面人物三千多砍掉了脑袋。他们的罪名是惊驾，不是鼓动皇帝建设。这些人的家眷及主要人员的三族两万于人被发往了敦煌、西海两郡，董卓给吕布送去了两张大地图，地图上标有原来的西域长史府及很多根据商人们记忆画出的区域，其实很多地方商人们并没有去过，只是其中有部分他们参与了，他们都很荣幸的承认那地方是自己和画师的成果。这个地图很大，大的使大汉王朝占据不到三分之一。图是这些年董卓精心准备的，总共三份。董卓让传旨的人给贾诩送去了封信，信是董卓亲笔写的，写的很认真，很详细，只是大汉朝没有几个人认识。接到信件几天后，西征大军又分兵了。
王方、段煨分别带领五千人马防御新收郡县。吕布为西路总元帅，分别派出了李傕、董璜、郭汜、樊稠、华雄、五路人马以二郡为中心分头攻击。前三路分别攻击西南，正西、西北，后两路分别攻击正北和东北，也就是说华雄带的一万人马是从往东北方向包抄袭击与牛辅军团会战的羌胡。吕布带领手下十几员战将留当地没有动，贾诩他们在当地要重新整编出五万骑兵作为远征的主力，这次征伐与以往要有很多不同，从装备及规模上都要有所变化。董卓命定吕布精选十将军，训练十支三千以下的兵团，他们的任务是去没有补给的更远的地方，为了能够成军，为了他们能够生存并战斗下去，他们的装备与训练都需要改变。没有让吕布立即就走其实还有其它原因，最少他需要等到王允的家眷的到达。大汉天下说王允不该杀的也许会有，但一定不会太多。只有一个人没有杀他的理由，那就是董卓，这七年王允做的所有坏事都是董卓暗中受意的，而且获益的人也正是董卓。虽然王允的狠毒超过了董卓的预期，可对于那个性格的王允的任用不正是董卓的初衷吗？董卓需要为王允的家眷找个好的归宿，王允的干闺女貂蝉，及干女婿吕布当然该算作最好的选择，只是后来董卓才知道他们生活的并不太好，因为这家人当初对貂蝉很差。
在众多的乱命过后，大汉朝又发出了几道正常的诏书，做为对过去七年的总结，也作为对以后的准备。汉初平六年腊月，汉帝及太师董卓带百官发罪己诏。痛陈前几年的过失，并宣布董卓为丞相总领百官以补前失。停三公、九卿特权，以后一律改发饷银，朝廷以后再不设置万石高官。丞相领年俸禄五千。尚书四千五理朝中事物。增强御史台设置左右督查御史检查百官及天下两千石以上官员，督察御史同尚书。设置学士、大学士，建议大夫等言官，可以建议朝政及天下官员得失，归尚书令统管。丞相主管六部事物，协调御史及学士。为了防止以后丞相独大，六部以外的权限需要皇帝特殊授权。调整后的吏部尚书依然是鲁肃、兵部荀攸、户部顾雍、刑部法正、工部刘晔、礼部孔融。只是这六部几乎掌控了朝廷的所有职权，只是尚书饷银没有增加，其他的都大了很多，每部都配备了两个以上的侍郎及员外郎。由于人员缺乏，从各地征召了不少人才。为了警惕过去的教训及开辟未来，第二年改为建安元年。
