我国之所以实行特别行政区制度，其理论依据是党和国家第二代领导核心邓小平同志为了和平解决台湾、香港和澳门问题而提出的“一个国家、两种制度”的科学构想。“一国两制”，是指在当代历史条件下，通过一个国家、两种制度的和平方式实现国家统一的制度安排。邓小平说：“我们的政策是实行‘一个国家，两种制度’，具体说，就是在中华人民共和国内，十亿人口的大陆实行社会主义制度，香港、台湾实行资本主义制度。” 《邓小平文选》第3卷，人民出版社1993年版，第58页。
“一国两制”构想是我党在十一届三中全会以后逐步形成的，它最早是针对台湾和大陆统一的问题提出来的，但是这一方针却最早在解决香港回归祖国问题上得到运用、发展和完善。黄文放：《中国对香港恢复行使主权的决策历程与执行》，香港浸会大学出版社1997年版，第28页。 从1982年9月到1984年9月，两年间中英双方进行了22轮会谈，签署了中国政府与英国政府关于香港回归祖国的《联合声明》，从此香港进入了回归祖国的过渡期。而后邓小平在会见香港特别行政区基本法起草委员会委员时的讲话中指出：“对香港澳门、台湾问题的处理就是‘一国两制’，这是个新事物”，“是中国提出来的，这就叫中国特色”。《邓小平文选》第3卷，人民出版社1993年版，第218页。在解决香港问题的实践中，“一国两制”的构想又得到了丰富和发展。继解决香港问题之后，我国政府按照“一国两制”的模式与葡萄牙政府就澳门回归问题也进行了多轮会谈，于1987年签署了关于澳门回归祖国的《联合声明》。全国人大根据宪法和“一国两制”方针制定了香港和澳门两个特别行政区的《基本法》。自从1997和1999年香港和澳门分别回归祖国后，“一国两制”也就从构想变成了政治现实。
（二）特别行政区制度的主要内容
1特别行政区的法律地位
特别行政区在中国整个行政区划里属于省级行政区域，是一种特殊的省级区域，属于“特别地方”，既不同于一般的省和直辖市，也不同于一般的民族自治区，它具有特殊的法律地位。当然，特别行政区与一般地方都是国家统一的多民族大家庭的有机组成部分，是单一制国家下的一级地方政府，不能行使国家主权，不能脱离成为独立国家，其权力来源都是中央授权，是派生权力，而不是原始权力。全国政府与它们的关系是中央政府与地方政府的关系，而不是联邦制下联邦政府与邦政府之间的关系。
根据香港、澳门两部特别行政区《基本法》第1条、第12条的规定，可以从以下三方面来表述特别行政区的法律地位：首先，特别行政区是中国统一的单一制国家不可分离的组成部分。这说明特别行政区不能行使主权，没有脱离国家独立的自决权力。这是由中国单一制的国家结构形式所决定的。即使在联邦制国家，各组成邦、州也没有这样的权力，否则就国将不国了。其次，特别行政区是享有高度自治权的地方行政区域。这说明特别行政区是一级地方行政区域，特别行政区政府也是一级地方政府。特别行政区在中国各种地方行政区域中是享有权力最大的一种，即“高度的自治权”，这正是它不同于一般地方的特别之处。下文对特别行政区享有的权力将有详细分析。但是，不管它享有的自治权的“度”有多高，这些权力都是由最高国家权力机关及全国人大授予的，不是特别行政区固有的。再次，特别行政区直辖于中央人民政府。这表明特别行政区是省一级的地方政府，可以直接与最高国家机关沟通，由中央政府直接处理有关事务；表明特别行政区独立于各省、自治区、直辖市和中央各部委，从而充分保证特别行政区高度自治权的实现；还表明特别行政区可以直接以自己的名义参与全国性事务的管理。
2特别行政区的高度自治权
根据《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》的规定，香港特别行政区和澳门特别行政区享有的高度自治权包含以下几项内容：
第一，行政管理权。特别行政区享有行政管理权，依照该法的有关规定自行处理特别行政区的行政事务。这些行政事务包括：特别行政区的经济、财政、金融、贸易、工商业、土地、航运、民航、教育、科学、文化、体育、宗教、劳工、社会服务等事项。 参见《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》第五章和第六章。
第二，立法权。特别行政区享有立法权 参见《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》第17条第1款。，有权就特别行政区高度自治范围内的一切事务（除外交、国防以及其他属于中央人民政府管理范围的事务以外）立法。特别行政区享有的立法权是全国人民代表大会通过基本法授予的。特别行政区行使立法权时是否符合《基本法》的规定，是否未超越国家的授权，应当由中央来监督。
第三，独立的司法权和终审权。特别行政区享有独立的司法权和终审权 参见《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》第19条第1款。。独立的司法权即“特别行政区法院独立进行审判，不受任何干涉”。特别行政区享有终审权，即意味着特别行政区的诉讼案件以该区终审法院为最高审级，该特别行政区终审法院的判决是最终判决。两部《基本法》未将终审权收归中央，而将之授予特别行政区，足见在“一国两制”的方针下特别行政区享有的自治权的程度之高。
第四，自行处理有关对外事务的权力。这些权力主要包括 参见《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》第七章。：参加外交谈判、国际会议、国际组织的权利；签订国际协议的权利；与外国互设官方、半官方机构的权利；签发特区护照和旅行证件的权利。
二、特别行政区制度的特点和优点
（一）特别行政区制度的特点
1区域地位的复合性
这一制度的区域地位特殊。从法律上讲，香港、澳门都是中华人民共和国不可分离的部分，是中国一个享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府。作为地方行政区域，管理本地事务的权力由国家授予，国家通过基本法授权特区享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。基本法对特区行使自治权作了一定限制，即中央对特区权力运作进行监督和控制。中央通过任命控制特区行政长官和行政机关的主要官员，通过立法备案及否决权行使法律监督权，通过审查方式规范特区司法的工作范围。国家享有外交和国防以及其他主权国家事务的管理权。
但是特别行政区又不是一般的地区行政区域。与其他单一制国家的地区相比，它与中央的关系，由法律确定，享有的自治权由中央一次性授予，自治权的范围更广、程序更深，这些特征显示它更象联邦制国家的成员邦。而且特区有些权力甚至高于联邦制国家的成员邦。这也就是为什么称我国为“中国特色的单一制国家”或带有复合因素的单一制国家的原因。这种寓政治、经济、法律等自治权于一体的制度自治的地方，在世界上实属罕见。
2制度实施的差异性
