对于新上任的小布什政府准备取消国家安全委员会内的反恐小组以及根据地区来重新组织情报部门，克拉克表示反对，并警告说，这样做会削弱一直在进行的反恐努力。克拉克特别警告说：“如果我们低估了‘基地’组织对我们的挑战，或过高地估计对那些对我们友好而温和，但‘基地’组织对其有威胁的政府的稳定性，我们将犯重大错误。”
克拉克一再强调“基地”组织是对美国国家安全与在全球利益的最大威胁，他希望国家安全委员会的有关人员与专家马上就“基地”组织的恐怖主义威胁进行分析与评价，并特别希望最高委员会能够参与讨论这个问题。为此，他在备忘录中向赖斯建议说：“我向你建议，请最高委员会马上讨论‘基地’组织问题，并讨论下列有关问题，如‘基地’组织的威胁程度问题，以及最高委员会是否同意‘基地’恐怖网络组织在许多地区对美国已构成第一级的威胁？或这个分析只是反应过度？我们能否不需要新的重大启动而继续进行操作？或我们只是根据平常的情况处理这个问题？”
克拉克给赖斯的这份备忘录传递的信息非常清楚：首先，它强调“基地”恐怖组织是对美国的最大威胁；其次，它要求赖斯对这个问题予以高度重视；再次，它建议赖斯能够马上采取行动处理这个急迫的问题，包括要求有总统参加的最高委员会会议讨论这个问题。但赖斯对克拉克的备忘录显然不重视，对他请求最高委员会马上召开会议讨论“基地”组织恐怖主义威胁的建议也掉以轻心。她告诉克拉克，最高委员会不会讨论这个问题，除非低一级的副部长阶层的委员会对这个问题有所意见之后，最高委员会才有可能参与讨论。赖斯最后要克拉克与她的副手哈德利联系，让哈德利来安排处理这个问题。
赖斯上任后，在反恐问题上，她倚重自己的副手斯蒂夫·哈德利。对于赖斯来说，这样做不仅能够使她回避自己不熟悉的反恐领域，而且也使她能够有更多的时间关注于自己熟悉而看重的其他领域，比如她一直擅长的俄罗斯以及欧洲政策问题等等。一位长期与赖斯共事的白宫前高级官员曾经这样评价刚刚上任后的赖斯：“她非常聪颖，能够迅速掌握各种新事物，做事井井有条，而且她的自信心非常强。然而从另一角度来看，她私下里一直在为自己在国际事务上没有积累一个非常广的背景而感到苦恼，尤其是在她所不熟悉的领域。她对俄罗斯、对欧洲问题都相当在行，然而仅此而已，问题恰恰出在这里。”赖斯对于自己在国际事务问题某些领域里背景的模糊非常清楚。2000年6月，当时作为小布什竞选外交政策顾问的赖斯在接受采访时曾经承认自己“一下子掉入了不熟悉的领域，不得不去理解以前并不在自己研究和擅长领域之外的世界问题”。而在那些她所不熟悉的领域中就包括中东、中亚，和南亚地区正在日益猖獗的恐怖组织，特别是“基地”恐怖网络组织的问题。
小布什总统的副国家安全顾问、赖斯的副手哈德利对召开国家安全委员会副部长级别的会议讨论反恐问题也不积极，迟迟没有做出安排。2月份过去了，3月份也过去了。只到4月间，哈德利才安排召开了第一次国家安全委员会副部长级的会议，参加会议的除了哈德利与克拉克，还有国防部副部长沃夫威尔兹、副国务卿阿米塔吉、中央情报局副局长麦克拉夫林等人。但这次会议对“基地”恐怖主义组织与反恐问题没有形成任何意见与决议，而且从此再也没有了下文。赖斯接任总统国家安全顾问之职后，对克林顿总统的国家安全顾问伯格通报给她的有关本·拉登与“基地”恐怖网络组织的信息不予重视，对克林顿政府其他人员、尤其是国家安全委员反恐小组的反恐协调员克拉克的警告与建议置若罔闻。她非但没有将克拉克建议的召开国家安全委员会最高委员会会议列入日程表，反而改组了现存的国家安全委员会反恐班子，将克拉克的职位降了半级。赖斯完全没有做任何提高重视恐怖主义等级的工作，将对付恐怖活动排在其议事日程的次要地位。赖斯及其领导的国家安全委员会不重视反恐工作，完全忽视了美国正日益面临的恐怖主义威胁，使美国的国家安全处于看不见的危险之中。
三瞄准伊拉克
2001年1月30日下午3时35分，刚刚就任总统10天的小布什在白宫形势厅主持召开了国家安全委员会最高委员会第一次会议，讨论国家安全委员会的运作与新政府的外交政策等方面的问题。参加当天会议的除了小布什，还有副总统切尼、国家安全顾问赖斯、国务卿鲍威尔、国防部长拉姆斯菲尔德、财政部长奥尼尔、参谋长联席会议主席谢尔顿、中央情报局长特尼特、白宫办公厅主人卡德，以及他们的副手。
小布什首先说明他对新政府的国家安全委员会的组织机构以及如何运作的一些想法与要求。他明确告诉与会的每个人，国家安全委员会由赖斯负责，她将主持召开国家安全委员会最高委员会的所有会议。小布什说：“康迪将主持所有的会议。我将经常与你们见面，但我要你们在这里争论问题，然后，康迪将向我汇报。她是我的国家安全顾问。”
在指定赖斯负责主持今后国家安全委员会最高委员会的会议之后，布什开始将话题引向中东地区的问题。小布什说，前克林顿政府在中东问题上的政策是错误的，必须予以改正。他说：“如果以巴双方不想要和平，我们是没有什么办法迫使他们的。”小布什表示，中东地区的局势很糟糕，“在目前的情况下，我不认为我们能够在该地区起多大的作用。我想，我们应该从该地区混乱的形势中退出来。”
在就中东以巴形势发表一番意见之后，小布什然后面向赖斯问道：“康迪，我们今天讨论什么问题？我们的议事日程是什么？”
赖斯是有备而来，她马上回答小布什说：“总统先生，我们今天主要讨论伊拉克是怎样正在怎样破坏中东地区的稳定形势。”赖斯指出，伊拉克可能是决定整个中东地区未来形势的关键。随后，她请中央情报局长特尼特介绍伊拉克发展大规模杀伤武器的情况。
在特尼特运用卫星拍摄的图片详细介绍伊拉克发展大规模杀伤武器期间，小布什没有讲什么话，他一边听，一边点头，表示肯定。赖斯也没有发表什么意见。等特尼特介绍完毕，小布什指示说：“我们需要知道更多有关伊拉克的情况，特别是他的毁灭性武器。”在会议结束之前，小布什给与会的每个最高委员会成员分配了任务。他要鲍威尔制订一个新的制裁萨达姆政府的计划；要拉姆斯菲尔德与谢尔顿将军考虑使用美国军队对付萨达姆政权的可能性；要特尼特进一步加强对伊拉克的情报工作；同时要求奥尼尔考虑怎样从财政上压迫榨干萨达姆政权。
参加这次会议的财政部长奥尼尔敏锐地感到，小布什上任后召开的首次国家安全会议，就全盘改变了从尼克松、基辛格到克林顿以来美国历届政府多年来的国家安全与中东外交政策重点——将努力在中东调停解决以巴冲突而改为主要对付伊拉克萨达姆政权，将萨达姆政权视为对美国的主要威胁。
本来，克林顿总统的国家安全顾问伯格在向赖斯进行工作交接时，建议她注意本·拉登与“基地”组织对美国的恐怖主义威胁，国家安全委员会反恐协调员克拉克向赖斯进行工作汇报时，也一再提请她关注美国日益面临的恐怖主义威胁，并希望她能够马上召开国家安全委员会最高委员会会议，认真讨论这个问题。但赖斯将这些建议完全抛在脑后，她在出任总统国家安全顾问的第一次最高委员会会议上只字不提本·拉登与“基地”组织的恐怖主义威胁，却安排会议集中讨论所谓伊拉克问题，将萨达姆政权当做美国国家安全与利益的主要威胁，从一开始就将新政府的外交政策引错了方向。
2月1日，国家安全委员会在白宫形势室召开第二次最高委员会会议，这次会议由赖斯主持，继续集中讨论有关伊拉克与后萨达姆政权时代的问题，包括如何制裁伊拉克，以及对付萨达姆政权及其垮台后的政治与军事计划。赖斯首先发表开场白，说明当天要讨论的内容，以及各部门首脑在会议上应该谈些什么。
国务卿鲍威尔代表国务院第一个发言，他企图说明国务院将准备对伊拉克采取的新的制裁策略。但鲍威尔的发言开始没有多久，强硬派的国防部长拉姆斯菲尔德立即打断他的话，说“制裁是可以的，但我们真的需要考虑的是对付萨达姆。”拉姆斯菲尔德接着从更广泛的角度说明美国搞掉萨达姆的目的，以及期待改变现政权后会出现一个愿意与美国和西方合作的新政府。拉姆斯菲尔德强调说：“设想一下在没有萨达姆之后，该地区出现一个与美国利益一致的政权将会是什么情况吧。它将改变该地区以及这个地区之外的一切。”
对于要搞掉萨达姆政权，将伊拉克改变成一个符合美国国家利益的新国家，赖斯的观点显然是与拉姆斯菲尔德的主张一致的。她考虑得更多的是如何达成这个目标。她在发言中没有明确提出要计划入侵伊拉克，而是笼统地说明应如何重建1991年海湾战争以后的军事联盟。赖斯认为，在军事上对付萨达姆政权比在经济上对它进行制裁更有效果，对伊拉克周边地区国家也更具有威吓性。小布什完全同意这个意见。
在这次会议上，主张继续对伊拉克进行制裁的以鲍威尔为代表的温和派的意见受到了压制，拉姆斯菲尔德与赖斯等人主张在政治与军事上以强硬手段对付萨达姆政权的意见占了上风。参加这次国家安全委员会最高委员会会议的有关人员后来评论说：“从会议一开始，我们就力图建立反对侯赛因的理由，并企图找到我们能够将他干掉并将伊拉克改变成为一个新国家的途径。好像如果我们达到这个目的，（中东地区的）一切问题都会迎刃而解。当天的会议就是要找到实现这个目标的方式。这就是那天会议的基调。布什总统说：‘好吧。给我找到如何达到这个目标的办法。’”
2月5日，在新政府上台后的不到20天之内，赖斯又主持召开了小布什政府的国家安全委员会成立以来的第三次最高委员会会议，这次会议同样是讨论伊拉克问题，主要检讨对伊政策、对伊外交状况、对伊制裁与武器核查执行情况，以及对伊拉克采取公开军事与隐蔽行动的选择性。在讨论中，赖斯曾特别要求与会人员检视讨论伊拉克禁飞区的情况，包括设立禁飞区的目的是什么？它的成本与风险？它的益处是什么？小布什在会上表示担心对伊拉克禁飞区的执行情况，以及美国飞行员在禁飞区执行任务时的安全问题。
这次会议后不久，小布什政府以萨达姆政权破坏联合国禁飞区决定，对执行禁飞决定的美国飞行员构成威胁为由，派出美国与英国的军机，对伊拉克境内、包括巴格达附近的雷达与指挥通讯中心进行大规模的袭击轰炸。这是继1998年以来对伊拉克军事设施的最大一次袭击轰炸。在对伊拉克军事设施进行大轰炸之后，美国军方参谋长联席会议的一名高级将领向赖斯汇报了轰炸情况，赖斯然后向小布什进行了汇报。法国、俄国等国家对美英军机无端轰炸伊拉克表示了关切与抗议。
3月1日，赖斯再次主持召开国家安全委员会最高委员会会议，讨论伊拉克的大规模杀伤武器问题与联合国对伊拉克进行制裁问题。会上，鲍威尔曾为伊拉克大规模杀伤武器问题与国防部长发生激烈争论。赖斯没有参与他们之间的争论。但她的态度是倾向于拉姆斯菲尔德的，主张对伊拉克萨达姆政权采取更强硬的政策。由于国务卿鲍威尔与国防部长拉姆斯菲尔德这两位重量级人物在会议中为伊拉克政策问题争论不休，这次会议没有达成任何结果。
3月下旬，小布什政府上台刚刚两个月，拉姆斯菲尔德搞出一个有3页纸的备忘录，标题是“考虑使用美国武力时的指南”，列出了一些有关对伊拉克采取军事行动的问题，供布什总统参考。小布什对这个备忘录很有兴趣，反应不错，希望他的国防部长进一步搞出一个针对伊拉克的更详细的军事计划。
很显然，在小布什政府上台后的头一两个月内，赖斯领导的国家安全委员会将伊拉克问题、尤其是解决萨达姆政权问题列为新政府国家安全与外交政策的优先目标。新政府的对外政策与军事方针，都以悄悄地围绕削弱与推翻萨达姆，改变伊拉克政权这个目标服务，其它一切事务都是次要的。
四推行单边主义政策
在将推翻萨达姆政权确定列为新政府外交政策的中心任务之后，小布什不再过多过问国家安全与外交事务，将这些事情交由赖斯领导的国家安全团队去处理，他本人则以主要精力处理国内事务，在朝野内外、全美各地，大张旗鼓地推动他在竞选中竭力鼓吹的大规模减税政策。
赖斯主持的国家安全团队在集中精力悄悄准备解决萨达姆政权时，并没有把外交政策的重点放在显示新的主动性上，而是简单地全面否定前克林顿政府的外交政策。赖斯在2000年总统竞选中曾多次猛烈抨击克林顿的国防与外交政策，几乎将其批评得一无是处。她上台就任小布什政府的国家安全事务顾问之后，所做的否定克林顿外交政策的第一件事是首先将美国对中东和平进程的干预调停搁置下来。克林顿在台上时，曾耗费巨大精力推动中东和平进程。特别是在他第二个总统任期后期，他为了在美国历史上留下重重一笔，几乎倾尽全力促进以巴进行和平会谈，以达成中东地区的永久和平。但赖斯与小布什却认为，克林顿在中东问题上所做的一切都是徒劳的，因此，他们拒绝派遣特使到埃及参加危在旦夕的以巴和谈，并撤消了罗斯担任了8年的中东特使这一职位。在赖斯出任总统国家安全事务顾问3个月后，国家安全委员会仍然没有一个负责中东事务的主管。当中东暴力冲突日益加剧局势几乎失控时，赖斯迫于国内外的批评与压力，不得不建议小布什派中央情报局局长特尼特作为特使匆忙前往中东斡旋。但由于小布什政府采取偏袒以色列的政策，根本忽视巴基斯坦领导人阿拉法特的存在，而且企图将其完全排除在中东和平进程之外，使中东暴力冲突越演越烈。
