从满清入关以业的第一个皇帝顺治开始，康熙、雍正、乾隆、嘉庆等皇帝都崇信佛教。清朝一如元明两朝，重视藏传佛教。与此同时，中央政府还正式制订西藏地区的政管理制度，使西藏政教分明，加强了中央政府对西藏的管理。
清廷上下崇黄教——清代佛教
清朝一如元明两朝，重视藏传佛教。与此同时，中央政府还正式制定西藏地区的行政管理制度，使西藏政教分明，加强了中央政府对西藏的管理。
清代佛教的分期
清代佛教发展在不同的时期有不同的特色。按时间顺序大概分为三个阶段。
1．入关以前
早在努尔哈赤称汗王以前，满族统治者就从明王朝那里接受了佛教，改变了其崇信萨满教的传统习惯。在努尔哈赤建立“后金”的前一年即明万历四十三年(1615)，就在赫图阿拉老城城外兴建佛教寺院，这些寺院历时三年建成，一共七座。
努尔哈赤称汗王之后，除了继续兴建赫图阿拉老城城外的寺庙外，还在周围地区也兴建了一些寺庙。皇太极即汗位后，继承其父的佛教政策，在其不断的扩张的过程中，仍然对佛教多有保护，并继续修建和修复寺庙。这时候皇太极已迁都沈阳，所以在沈阳及其周围修建和修复了一些寺庙，始建于天聪二年(1628)的慈恩寺就是沈阳这时候的代表寺院。同时皇太极还在自己的皇宫(沈阳故宫)修建了佛殿。
随着大金国疆域的不断扩大，皇太极于1636年即位称帝，并把国号改为清，改年号为崇德。在皇太极做皇帝的8年中在沈阳修建了不少寺庙和佛塔。较为著名的有建于崇德元年(1636)的实胜寺和建于崇德八年分别坐落于沈阳东西南北四方的四塔与四寺。在这一时期，皇太极还同藏传佛教的领袖达赖和班禅进行接触。达赖和班禅是藏传佛教黄教派宗喀巴的两大弟予，明中叶以后，成为藏传佛教的领袖。五世达赖时，藏区政治领袖巴汗迥旺波迫害黄教，所以达赖便求助于蒙古族一支的顾实汗。顾实汗于崇德六年(1641)末率兵进藏，征服了全藏区，任命达赖为藏区宗教领袖，本人则为行政上的统治者，是统辖全藏区的汗王。一年后，顾实汗、五世达赖、四世班禅经过商议后，遣使到达盛京(沈阳)，拜见皇太极，贡献礼物、丹书，尊称皇太极为“曼殊师利大皇帝”，受到了皇太极的隆重接待。次年皇太极即派人回访达赖，称其为“金刚大士达赖喇嘛”。双方有了第一次接触。
沈阳实胜寺坐落于沈阳市和平区皇寺路，又称皇寺、黄寺，为清入关前盛京最大的喇嘛寺院。建于清崇德三年(1638)，清雍正四年(1726)重修。现存寺院为两进院落，中轴线上为山门、天王殿、大殿等建筑，两侧有钟鼓楼、玛哈噶拉楼、经堂和僧房等，总面积5500多平方米。大殿为五间歇山式，顶黄琉璃瓦绿剪边。玛哈噶拉楼为二层歇山式，原藏金制玛哈噶拉佛．楼因此而得名。楼下有喇嘛塔，保存完好。
2．从入关到鸦片战争
1644年，清兵在吴三桂的帮助下击败了李自成，进入了山海关，进驻了北京城，顺治皇帝也驻进了紫禁城。从清人关以来的第一个皇帝顺治开始，康熙、雍正、乾隆、嘉庆等皇帝都崇信佛教。其中顺治帝有过出家的打算，康熙帝保护佛教，雍正帝直接参与僧争和自比和尚，乾隆帝不仅组织译经和刻经，还把一些寺庙(如北京西山碧云寺的罗汉堂)里的佛像塑成自己的模样，而且他们都接待过西藏黄教活佛达赖或班禅。到鸦片战争前，中国佛教又达到一个鼎盛时期。
3．从鸦片战争到清朝灭亡
1840年鸦片战争爆发在列强的压迫下，不断的割地和赔款，中国由此进入到半殖民地半封建社会。这个时期大清处在一个动荡不安的年代，由于不断的战争，不少寺庙被毁，加之列强势力的不断扩大及西方传教士的不断涌入，基督教、天主教和东正教在中国都有了很大的势力，佛教在中国逐渐衰退。在这其间只有晚清著名学者杨仁山在南京一手创办起来的金陵刻经处值得一提。
清朝对喇嘛教的政策
清朝对喇嘛教的政策有一个由否定到提倡鼓励喇嘛教发展过程。蒙古人原信仰萨满教，自元初以来，信仰喇嘛教。明代时，阿拉坦汗更将其奉为国教。清代蒙古的宗教信仰，唯有喇嘛教占居绝对的优势。蒙古人的日常生活中对于婚、丧、吉、凶、福、祸的观念，几乎无一不与喇嘛教有关。清初，满族统治者对喇嘛教是持否定态度的，皇太极时曾多次谕旨诸贝勒、大臣，“国中不得私立寺庙，其私为喇嘛僧及一切巫士左道俱禁之”，并指责“喇嘛等以供佛为名，潜肆贪奸，直妄人耳。蒙古诸人深信其忏悔起生等语，以致有悬转轮、结布藩之事，嗣后俱宜禁止”。但是，天聪八年(1634)，皇太极击溃察哈尔部林丹汗以后，该部墨尔根喇嘛，奉元代八思巴喇嘛献给忽必烈的用千金铸成的“喇哈噶嘛”佛像前来归顺。当时，皇太极为了笼络蒙古各部，敕旨于盛京(今沈阳)城西建寺庙供奉。崇德三年(1638)八月，筑庙告竣，皇太极亲赐额名“莲花净土实胜寺”，用满、蒙、汉和图白忒藏文铭刻石碑二通，以记其事。并亲自率领内外王、贝勒、三顺王和八旗的官将，至实胜寺叩拜，敬献礼品。从此．清朝统治者为 了利用喇嘛教来安抚蒙古，便由否定喇嘛教，逐渐转向提倡和鼓励其发展。 清朝皇帝与喇嘛教封建领主之间的政治联系，是从青海和顶特部顾实汗图鲁拜琥于崇德五年(1641)进军西藏，确立了黄教派的统治地位以后开始的。 喇嘛教为释迦牟尼佛教的别支，有红教、黄教二大派。17世纪30年代初，西藏喇嘛教因争夺五世达赖坐床，红教与黄教两派之间进行激烈的斗争。当黄教与红教激烈斗争的时候，五世 达赖、四世班禅和顾实汗等审时度势，为取得清朝政府的支持，遂派遣以顾实汗之孙伊拉古克三呼图克图(鄂齐尔图汗之第三子)为首的使团，前来盛京与清朝统治者联系。崇德七年(1642)，伊拉古克三到达盛京，受到皇太极的盛情欢迎。伊拉古克三向皇太极敬献了五世达赖、四世班禅致清廷的信。此时，清朝统治者正值逐鹿中原，进行统一全国的征战之际，为了取得蒙古封建主的大力支持，解除后顾之忧，正想借助黄教的力量来安抚蒙古地区。次年五月，当伊拉古克三等使团返回西藏时，皇太极除向达赖、班禅等馈赠金银、珍宝和锦缎等财物外，还在密旨中许愿：“我将取大刀合罕之大都城矣，容先理竣世事，再使请二圣喇嘛，拜活佛而恹宏法教可也”。
顺治初在统一蒙古各部时，“尚有喀尔喀一隅未服，以外藩蒙古唯以喇嘛之言是听，因往召达赖喇嘛”。恰此时，“喀尔喀三汗奏请发使者，请达赖喇嘛”，于是，清朝政府通过顾实汗护送五世达赖喇嘛来京晋见。顺治八年(1651)，世祖福临派遣恰噶喇嘛和喜饶喇嘛入藏参拜五世达赖和四世班禅，在西藏各寺庙熬茶、布施，并敦促五世达赖赴京。顺治九年(1652)，达赖喇嘛率侍从3000人，取道青海、内蒙古于十二月到达北京。世祖福临曲尽优渥，隆重接待达赖等一行，“谒于南苑，宾之于太和殿，建西黄寺居之”。次年，当达赖等一行离京返藏时，清廷赏给达赖黄金550两，白银11000两，缎1000匹和珠宝、玉器、骏马等礼物，并赏赐金册、金印，又册封五世达赖为“西天大善自在佛所部天下释教普通瓦亦喇恒喇达赖喇嘛”尊号。五世达赖受封后，确立了他在西藏的宗教和政治地位，其政治影响遍及于蒙古各部。蒙古封建贵族争派遣使者，纷至拉萨，向达赖喇嘛叩拜布施，熬茶诵经。从而使黄教统治者与蒙古封建贵族之间的关系更为密切。礼亲王昭梿在《啸亭杂录》中指出：“国家宠幸黄僧，并非崇奉其教以祈福祥也。视以蒙古诸部敬信黄教已久，以障藩靡。正《玉制》所谓‘易其政，不易共俗’之道电。”此一语道破了清朝政府利用黄教的目的。
在清朝政府提倡尊崇黄教的政策影响下，至清末，漠南(内蒙古)各地兴建寺庙有1000余座，漠北喀尔喀(外蒙古)蒙古地区有747座，青海、甘肃、四川、新疆等蒙古和藏族聚居地区也有五、六百座寺院。这些寺院的在庙喇嘛人数，大庙多达2000人，小庙少则10余人。
清朝政府为了鼓励蒙古人出家当喇嘛，《理藩院列例》等规定，免除喇嘛的兵役、赋税和差徭等。每个蒙古阿拉特牧民家庭都要有一名以上的男性成员去寺庙剃度当喇嘛。据清代后期漠北喀尔喀地区各寺庙统计，共拥有在庙喇嘛人数为105577名，约占蒙古人男性总数的44％。各地喇嘛在庙人数最多时，几乎占蒙古人口总数的1／3左右。
金陵刻经处
金陵刻经处在南京闹市区淮海路与延龄巷交界处，始建于同治五年(1866)。金陵刻经处是晚清著名学者杨仁山先生一手创办起来的。杨仁山，名文会，祖籍安徽石埭(令石台县)。他自幼颖悟，淡泊功名，早年立志习孔、孟、老、庄诸子之业，并学天文、舆地、历算、音韵等。他还精通多国语言，早年曾以参赞身份，随外交家曾纪泽出使欧洲各囡。因此在他的身上，既体现着深厚的中华传统文化根底，也洋溢着西方近代科学文化的精神。晚清著名学者梁启超、谭嗣同、章太炎等都同他有密切的交往。谭嗣同的《仁学》，就是在杨仁山南京的寓所里写成的。
杨仁山27岁那年，因感染时疫，始真正接触佛法。此前曾有一老尼授他一册《金刚经》，但怀归展读，卒难获解。病愈后，他检读《大乘起信论》，爱不释手，竟连读五遍，遂窥得其奥旨，并对佛教产生信仰，从此广求佛经，研究佛学，与佛教结下了不解之缘。
同治五年(1866)，杨仁山移居南京，参与成丰兵火后的城市建设工作。当时江南久历兵瑟，加之太平天国的狭隘宗教政策，使佛教典籍损毁殆尽，甚至连最普通的《无量寿经》和《十六观经》也难以觅得。这使他深感只有佛典广为流通，方能弘扬佛法，普济众生，遂与志同道合者十余人募捐集资，创办了金陵经书处(即金陵刻经处前身)，经营刻经事业。
刻经处草创时期，设写手1人，到手7人，主僧1人，香火2人。发起人中，以曾创扬州砖桥“江北刻经处”的江都郑学川赞助最力，而杨仁山“乃就金陵羌次，擘画刘经。日则董理工程，夜则潜心佛学，校勘佛经之外，或诵经念佛，或静坐作观，往往至漏尽就寝”。金陵刻经处初设于北极阁，继迁至杨仁山位于常府街的家中，后又转迁至花牌楼(今太平路)一带。光绪二十三年(1897)，杨仁山又把在延龄巷的住宅60多间并宅基地6亩多无偿捐给刻经处，作为永久刻印经像、收藏经版、流通佛经的庄严场所，为弘扬佛法、推动佛教事业的复必作出了巨大贡献。
金陵刻经处正式成立后，杨仁山对各类佛教典籍更是热心搜求，并先后从日本和朝鲜等国寻回了《中论疏》、《百论疏》、《唯识述记》、《因明论疏》、《华严三珠章》等约300种国内早已散佚的隋唐佛教著述，加以刻印流布，使得三论宗、慈恩宗、华严宗等佛教宗派教复明。在杨仁山的精心策划下，金陵刻经处还先后刊刻了《大藏辑要》，选佛典465种，计3300卷，另印刷佛像10万余张。鲁迅先生在为其母祝寿时也曾在这里捐资刻印过《百喻经》。
出于弘扬佛法的考虑，杨仁山还为金陵刻经处规定了“三不刻”例，即：疑伪者不刻，文义浅俗者不刻，乩坛之书不刻。这是金陵刻经处长盛不衰的根本原因。由于金陵刻经处刊印流通的经书有不少是我罔古代失传的佛典，加之刻版采用了经文与注疏会合的方式，且划分段落，添加句读，并经严格校勘，各方信士皆誉其为“最精善之佛典版本”，与别处寺院直接从《明藏》、《龙藏》翻刻者相比，真有霄壤之别。
此外，佛像版雕工精湛也是金陵刻经处的一大特点。金陵刻经处现藏的《西方极乐世界依正庄严图》、《慈悲观音像》、《灵山法会》等18种佛像雕版，均是杨仁山于同治、光绪年间参照《造像量度经》等资料，延请南京著名刻丁潘文法、甘国有、姜文卿精心刻制完成的。尤其是由群像构成的《灵山法会》，人物形象多达97人，画面几无虚隙，但却层次分明，章法严整，人物神情各不相同，艺术价值甚高，堪称我国佛像版之绝品。
金陵刻经处以佛学研究为基础，以印经、讲学为事业，一个多世纪以来，栉风沐雨，几度兴衰而慧灯不熄，对振必佛教、推进中外文交化交流作出了重大贡献。
顺治皇帝出家之谜
清世祖顺治6岁登基做皇帝，24岁驾崩，一生笃信佛教，有关顺治皇帝出家五台山的事，也成为清初三大谜案之一。笔者认为顺治皇帝虽然剃发但并未出家，现将有关史料说明如下：
