不过，佐藤并没有接受牟田口廉也中将的要求。佐藤的后勤补给线被蒙巴顿的空军掐住，雨季也使仅有的一两条丛林小道变得更加难行，补给上不来，他的士兵们半饥半饱、怨声一片。于是，佐藤将牟田口的电报扔在一边，他下令全师团作放弃阵地撤退的准备。
6月初，佐藤亲自率领师团主力，带着1500名伤病员开始退却，只留下宫崎繁三郎带一支小部队执行截断英帕尔至科希马道路的任务。留下这点兵力来执行这样艰巨的任务，无非是应付一下牟田口而已。
而且，佐藤撤出科希马战线的行动，也没有对一直在英帕尔以北至科希马以南地区同第31师背靠背进行作战的第15师团作出通报，结果使这个师团一下子陷入被英军南北合围的危险境地。此时，该师团的山内正文师团长正发疟疾卧病在床，代替他指挥的师团参谋长是个新手，在官兵中威信不足，指挥的也不是很好。于是，友邻部队的撤离使这个师团雪上加霜。
牟田口廉也中将得知第31师团擅自撤出科希马战线的消息后，急派军参谋长久野村赶去制止。久野村在伏米内迎面碰上了撤退途中的佐藤，他指责佐藤擅自撤退违犯军令，同时向佐藤传达了军部的新指令：“你团要和第15师团的南翼接上，转而加入进攻英帕尔的战线。”
但是佐藤的脖子却一梗，说道：“我师团在毫无希望得到补给的目前情况下，难以执行军部的指令。”说罢，他就甩开了久野村，率领自己的人马继续后撤。
久野村回去后向牟田口报告，牟田口怒不可遏，当即决定撤销佐藤的职务，由河内槌太郎接任师团长，并决定由柴田卯一接替卧病不能视事的山内正文任第15师团的师团长。
对此，服部卓四郎在其后来的书里这样写道：“前此，第33师团长柳田中将已被罢免，现在又换了两位师团长。在大战过程中更换全部师团长，这种不祥事件，在日本陆军史上向无此例。”
实际上，第31师团放弃科希马就等于断送了日军最后一拼的企图，日军在“英帕尔-科希马”战役的结局毫无疑问就是以大溃败收场了。
河边正三中将和牟田口廉也中将远在500公里外的仰光指挥，他们有日本艺妓陪伴，宴席不断。当前线的告急电报纷纷到来的时候，牟田口廉也就命令：“如果你们的胳膊断了，就用你们的牙齿；如果你们停止了呼吸，就用你们的灵魂进行战斗！”
英军接到科希马战线的日军有撤退迹象的报告后，立即展开了反击，英军盯上了乌科鲁尔。乌科鲁尔是日军第31师团撤回缅甸的必经之地，现在由日军第15师团的部分部队负责把守。拿下了乌科鲁尔，就会卡住这股日军的退路，进而全歼他们。蒙巴顿命英第2师和英印第7师陆续向马奥集中，然后夺取乌科鲁尔。
在科希马之战中，乌科鲁尔是英军大规模强攻的焦点。此处与科希马和英帕尔距离几乎相等，原是日军发动英帕尔整个战役的一个兵力集结地。当得知日军第31师团撤退消息后，蒙巴顿一声令下，英军部队由科希马蜂拥而下，他们与从英帕尔向前突进的强大部队同时出发，并在预定时刻与其会师。
这两支队伍好比钢钳的两只钳牙，于6月22日在科希马公路的109里程碑处将日军钳住。被钳的是日军第15师团和其在乌科鲁尔的印度傀儡军的一个旅，好几支日军纵队正沿着各条通道，向亲敦江逃窜。
6月25日，进攻科希马的日军第31师团那些忍饥挨饿、疾病缠身的官兵开始沿着一条山谷小路向乌克鲁尔撤退。在路上深可陷足的泥浆里漂浮着日本兵的尸体，四下里零乱丢散的装备是他们溃败的见证。
当英军沿着铁定公路向亲敦江追击推进时，他们见到了战败者的全部情景：到处是赤脚露体的尸体，士兵像骷骸一样躺在泥地上；行驶中遭到轰炸的运输车和烧毁的坦克；被精疲力竭的士兵扔得满地都是的枪支弹药等军事装备。
英军第33旅旅长刘易斯·皮尤后来回忆当时日军的狼狈情形时说：“我旅置身于那些随带着大量伤病员撤退的日军部队及其最近的目的地——乌克鲁尔之间。敌军已不存任何希望，他们得不到食物，得不到药品，什么也得不到了。他们衰弱不堪，嘴里塞满了野草。”
英印第7师的先头旅迅速向乌科鲁尔逼近，他们绕过敌人，从西南面发起攻击。英印第7师的师主力第33旅则奇迹般地穿过云层包围的马奥一松桑山峰，从北面发起攻击。已经弹尽粮绝的日军毫无抵抗能力，他们立即就溃散了。
乌科鲁尔被英军占领并且日军第31师团遭到截击，这终于促使牟田口廉也中将下了决心，他决定停止“乌”号作战。
同样是6月25日，牟田口廉也中将用试探的口气对方面军司令官河边正三说：“在万一停止进攻转入防御时，根据我军现状，我认为退到从印缅国境线上的亲敦江西岸高地经莫莱西北高地至铁定一线，较为合适。”
河边正三之前就不想同意牟田口廉也执意要发动的“乌”号作战，他认为这一作战过于冒险，而且驻缅方面军的主要任务是看守好缅甸，没有多余的力量打入印度境内。现在，牟田口廉也打不下去了，河边正三就以方面军的名义，向此时已迁到马尼拉的日本南方军总司令部和东京大本营提出了请求停止“乌”号作战的报告。
日军南方军总司令官寺内寿一大将接到河边正三的报告后，随即与东京进行了联系，东京大本营经几次磋商后同意了他们的请求。
7月2日午夜，寺内大将发布了停止“乌”号作战的命令，并要求由驻缅方面军向第15军进行传达。为了好听一些，该命令将这次行动冠以“退却作战”的名义。而日军所谓的“退却作战”，实际上就是一场真正的大溃败。
日军第15军各师团残部开始全线撤退了。日军的悲惨之状，据日方自己记载：“这次‘退却作战’是日军战史上未曾有过的艰苦作战。各师团处于艰苦环境中，将士由于长期苦战和补给断绝，早已疲惫不堪。众多的伤病员即使用全部兵力也不能抬着护送，而且处于第一线上的人员也大都患有疟疾、痢疾和脚气病，医药用品的补给却毫无准备。”
“由于道路的泥泞崩坍，车辆完全不能行动。而且时值雨季顶峰，横在我军道路上的曼尼普河、雅纳河、尼瓦河和亲敦江几条大河自不待说，所有河床干道也都泛滥，洪水奔流。至于我军渡河器材、设备则廖廖无几。”
“有些部队伤病员徒步先行，行动困难的大部分选择了自杀的办法。徒步的病人，在沿途的密林中力尽而倒下的人、被浊流吞没下落不明的人不计其数。这一切真是鬼哭啾啾，凄惨万分。”
盟军的情报人员获悉了日本南方军总司令部下达的全线撤退命令，他们很快便发报告给战区总部。蒙巴顿接到电报后立即指示斯利姆的第14集团军的7个师开始全面追击作战。
按照牟田口廉也中将的部署，日军的“总退却”分为两个阶段：第一阶段是向亲敦江退却，第二阶段是向明京山脉退却。
牟田口廉也要求各师团残部应在7月底之前，撤至并占据亲敦江西岸及加包山谷的耶沙皎一线，然后进行第二阶段退却，渡过亲敦江，退到明京山脉，进入新的防御阵地。
蒙巴顿认为日军已经失去战斗力，为争取在印度境内全歼日军第15军，他遂令斯利姆派部队抢占亲敦江上的各个渡口，并让进攻加包山谷的第81师抢先绕过日第33师团残部背后联络线上的吉灵庙和加里瓦。
英军在日军官兵的拼命抵抗下遭受到严重打击，他们并没有抢先占领亲敦江各渡口。但是，这次进攻使牟田口廉也所计划的第一阶段退却目标迟滞到了8月中旬。
直至8月20日，日军溃退至亲敦江边。此时亲敦江因暴雨和山洪，江面宽度已达1500米以上，而且各渡河点均暴露在英军炮火和飞机扫射轰炸之下。日方材料称：“当时我军有5000多名重伤病员呻吟在各渡河点，8月25日，我军就在这种情况下开始渡河退却。
“经过第31师团和第15师团后卫部队拼死战斗，以及渡河战斗队的奋战，终于在8月30日夜半，使最后一兵渡至亲敦江东岸。几乎每一个侥幸逃脱的日本兵，每念及此次逃亡，都心有余悸。”
一位日本兵后来还写了一本的书，书中描述了这次死亡征战的历程。这名日军所在的第7大队渡过亲敦江出征时有700余人，回到原出发地的只有22人。
他还在书中这样写道：“9月下旬，第15师团余部向明京山脉、第31师团余部向实皆及曼德勒退却，军纪和士气陷入了最坏状态，并由于丧失了通讯器材，军司令部与师团司令部的联系不时断绝。第33师团抗击腹背之敌向山脉地区退却，英军一部出乎意料地继续向亲敦江东岸渗透，第33师团早已损失惨重，此时更有被孤立的危险。军部无法援救他们，只好信凭该师团的奋斗精神，期待他们靠自力突破敌人包围，向后撤退。”
斯利姆中将的第14集团军各主力师虽然跟踪追击打到了亲敦江西岸，但遭到日军有力阻击，也没有能达成全歼日军第15军的目标。日军撤退的各师团最终在8月下旬渡过了亲敦江回到了缅甸。
日军为了不给缅甸当地人留下日军惨败狼狈逃窜的印象，还特意在江西岸短暂修整了一下。他们把伤病员在夜间偷运回后方，至于还有战斗力的士兵则在换洗了衣服后，收集了还能携带的武器，把枪械擦亮，在白天排着整齐的队伍大张旗鼓地渡过亲敦江撤回缅甸。结果，一些缅甸人看见日军昂首挺胸的回来，还以为他们是刚刚打了胜仗。
在日军撤退到亲敦江东岸后，当时英军并未打算过江追击，他们也已经准备撤退了。可是，当时日军军部都已无法掌握各师团和各部队的情况，撤回缅甸的第15军也在忙于整理部队。于是，英军的追击部队抵达亲敦江后，日军认为英军大概要渡江杀过来了。
日军第15军此时的大部分士兵都是伤员病患，平均每个师团只有3000人还能战斗，而且枪械火炮损失严重，有的师团只剩下600条步枪。因此，军部与南方军命令第15军自行决定是守是撤。而第15军己经狼狈不堪，部队根本没有什么斗志了，便下令放弃亲敦江阵地，直接退到了泰缅边境山区。
就这样，日军第15军完成了所谓的第二阶段撤退。后来，他们在泰缅边境山区与英军对峙到了战争结束。
英军对日军放弃亲敦江阵地并无心理准备，英军撤退前还发动了一次小规模的骚扰炮击。然而，他们在这次炮击中不见日军有丝毫反应，于是感觉诧异的英军派了一些侦察部队渡江前去察看一下，竟发现亲敦江东岸日军早跑光了。
英军发现日军撤退的十分仓促，连一些大炮都放弃了，于是，他们决定乘机占领亲敦江东岸地区。但由于英军并未携带大量渡河器材，只好花了几天的时间就地伐木结筏。
至此，英军意外地获取了亲敦江东岸平原，英帕尔战役也随之宣告结束。
★英帕尔战役的影响
9月初，日军第15军在亲敦江西岸已没有一兵一卒，半年前他们越过亲敦江发起的英帕尔战役，就这样以彻底失败而告终。
日军在开始发动进攻时约有10余万人，结果有5.3万多人在战斗中死亡或失踪，并且他们败退回了进攻的出发地。英军阵亡约1.2万余人，负伤2.8万多人。双方的伤亡和损失可以说是都很巨大。
日军之所以在英帕尔惨败，原因是多方面的，但其中最重要的原因就是忽视后勤保障。日军在进攻前，片面强调“就粮于敌”的传统补给思想，对后勤保障问题不仅计划不周，而且准备不足。
在战役中，日军忽视了后勤、弹药、油料与干粮的准备，另外，他们还忽视了一个基本的军事常识，那就是能可靠地在战争中为军队运输物资任务的动物应为骡马。此次，日军把大量的猴子、山羊和水牛用于部队输送，结果战斗一打响，受到枪炮惊吓的牛、羊以及猴子背着日军的弹药四处乱窜，造成了大量物资流失，这更加大了其后勤危机。因为战场上如果跑了一头牛，那么日军一个中队一星期的口粮弹药就没有了，这些牛、羊、猴子的逃跑给日军造成了不小的麻烦。
“由于对后勤供应需要的估计不足，由于对英军部队战斗素质的估计过低，导致了日军的毁灭。”英军在战后总结这场战役时写道。
而日军在战后总结这次场战役失败的教训时也承认，对后勤保障重视不够是造成这场劫难的重要原因，他们在英帕尔是打了一场“忽视后勤的无谋之战”。
英帕尔会战是第二次世界大战中的一次著名战役。西方和日本的军史学家评价这是日本历史上在陆战中遭到最惨重失败的一次战役。
英帕尔会战后，作为日军驻缅方面军主力部队的第15军也已不再具有一个战役兵团的战斗力。从此，在印缅战场上，盟军转入了总进攻的战略阶段。
这是第二次世界大战中的一场惨烈战斗，狂妄自大的日军在东南亚战场遭受到了灾难性的挫败。
