征和2年（公元前91年），六十六岁的汉武帝体弱多病，开始宠信方士，认为身体不适是有人暗中施法诅咒自己。遂下令酷吏清查“巫蛊”。酷吏诬陷忠良，严刑逼供，导致数万人含冤致死，甚至波及东宫，太子被杀。
“巫蛊案”是西汉时期重大的历史事件。当时，许多方士、巫师聚集在长安，一时之间，巫蛊之术盛行。蛊，即蛊惑，是一种诅咒之术。所谓“巫蛊”，就是巫鬼之术或诅咒之术。通常以桐木制作小偶人，上面写上被诅咒者的名字和生辰八字等，然后施以魔法和诅咒，将其埋放到被诅咒者的住处或附近。当时的人深受迷惑，如果想害一个人，让他患病死掉，就用木头刻画成此人的模样，然后在他身体扎上针，埋在地下，再施以恶毒的诅咒。行此术者都相信，经过这样的魔法，被诅咒者的灵魂就可以被控制。
公元前130年，汉武帝的第一个皇后陈阿娇因为嫉恨卫子夫得宠，而自己遭到冷落，铤而走险，使用蛊惑之术诅咒汉武帝。结果行为暴露，被汉武帝废除，打入冷宫，永无翻身之日，孤老而终。受此事影响，汉武帝晚年总是害怕有人暗中诅咒他，经常派人搜查，在皇宫表面的富丽堂皇与警卫森严的背后，嫔妃们为了争宠，常常互相攻击，而最具杀伤力的攻击就是让皇上相信，某人的宫中埋有木偶。当时，一些人利用汉武帝这种心理，不知害死多少无辜的人。
卫太子刘据，是卫皇后为汉武帝生下的长子。刘据出生时，汉武帝已经三十多岁，自然异常高兴。元朔元年（公元前128）三月，卫子夫被立为皇后，没多久立刘据为太子。太子性格“仁恕温谨”，经常体察民情，深得民心，对汉武帝常年对外用兵很不支持，经常劝谏武帝减少与外族的战事。武帝却说这样做是为太子将来安享太平。由此，武帝对太子很不满，认为他跟自己不相似，遂渐转向宠爱其他儿子，尤其是李夫人所生之子刘鹊。皇后和太子由此感到宠爱递减，心中不安。汉武帝理解皇后母子的心情，为了安抚他们，对大将军卫青说：“汉家建国匆促，加上四夷侵扰中原，朕不变更制度，则后世无所遵循；不出军征发，则天下不能安定，如此不可能不使民众加重负担。如果后世有人仍然继续沿袭这样的政策，那么就是在重蹈秦亡的覆辙了。太子性格稳重好静，一定能够安定天下，是我放心的继承人。要寻找守业的君主，难道还有贤于太子的吗？”安慰归安慰，不受宠爱已经成了不争的事实，一些主张严刑峻法的官员经常攻击太子，特别是卫青死后，攻击逐渐增强。
公元前91年，汉武帝疾病缠身，被这种木偶与诅咒的“蛊惑”纠缠得不能自拔，后妃们的谎言与揭发，星象异常，边疆急报突变，这一切都使得汉武帝越来越相信，自己的病和国家的危乱是因为木偶。为此，汉武帝命令江充到处挖地寻找木偶，一旦发现，便大开杀戒。酷史江充利用他的猜疑心理，制造了一次规模最大的巫蛊案。
有一天，江充向皇上禀报，说他在太子的东宫中发现许多木偶，武帝大为震惊。消息一传出，天下人也震惊了。江充的意思再明白不过了：太子急于登基当皇上，用诅咒的方法希望使父亲早点死去。太子真的会诅咒自己的父亲吗？为什么江充会在东宫发现木偶？
原来，江充与太子早已结怨。有一次，江充凭着武帝对他的信任，见太子家车马在驰道上行走，就没收车马，并上报武帝。太子请江充宽恕，江充不给面子，两人矛盾就此产生。
江充一直担心太子报复，正好利用这次搜查“巫蛊”的机会先下手为强。他听从丞相刘屈氂的安排，接受调查“巫蛊”一案的指令后，开始将矛头引向皇宫中的卫太子和卫皇后。江充亲自带人入宫搜查，最后果真在太子宫中掘出桐木人和写有咒语的帛书。其实，那些巫偶是江充指使胡巫及宫人预先设置的。
本来太子的地位就受到威胁，江充的指控和诬告更让太子胆战心惊。太子一直生活在全能的父亲阴影里，面对这种情形，一时迷失了方向，他找到老师石德商议对策。石德劝刘据诛杀江充，他说：“先前，公孙贺父子、两位公主都受陷害被杀。现在江充又来对付东宫。皇上在甘泉宫养病，不会清楚这是江充布置的，只会认为我们真在诅咒他，我们无法洗清自己。与其坐而等死，不如动手杀掉江充。难道太子忘掉前朝秦始皇的太子扶苏受冤屈而死的事情了吗？”听了老师的劝告，太子还是想面见武帝，陈情辩白。江充早就做好安排，太子根本见不着武帝。江充不断诬陷太子，并且说太子要造反。见不着皇上，刘据醒悟了，决定采纳了石德的话，起兵自卫。征和二年七月壬午日，刘据派人以汉武帝使者名义诱捕了江充等人，然后调用宫中卫士，向百官宣布江充谋反。把江充斩首示众，又用烈火烧烤与江充联手的胡巫。汉代最严重的政治****终于爆发，一起并不太大的事情终于酿成太子造反的后果。太子杀掉江充后，马上派人包围了丞相府，捉拿幕后指使江充的刘屈氂，不料刘屈氂先一步逃走了。刘屈氂派右丞相直奔甘泉宫向武帝告变。
武帝听到报告，认为太子要篡权夺位。当即下令丞相刘屈氂率正规军杀回长安，并且下诏命朝中二千石以下官员都由刘屈氂统帅，讨伐太子。并遣使收缴卫皇后玉玺，皇后卫子夫含愤自杀。武帝来至长安城西的建章宫，亲自指挥讨伐太子。下令以牛车作为防卫工事，避免短兵相接，用弓箭尽可能多地杀伤士众。并且紧闭城门，以防太子逃走。
太子手中没有正规的军队，只有长安宫中的卫队以及他释放的长安官狱中的数万囚犯，散发兵器后组成的杂乱军队，与刘屈氂指挥的正规军对战。他曾派人去调任安指挥的北营军马，但任安接受调令后紧闭营门，拒绝出兵。任安是卫青旧部将领，尽管没有出兵，武帝认为他首鼠两端，后来还是杀了他。临死前他曾给好友司马迁写信求救，但司马迁无能为力。太子的仁善深得长安市民之心，杀江充的举动得到许多人的支持，很多市民参与了太子的军队。但厮杀五天，最终被击败，不得不逃离长安，汉武帝下旨严令各地缉拿。
太子带着家人逃亡至湖县，被朝廷派出的密探发觉，遭到地方官吏的围捕。他不想忍受被捕的屈辱，自杀而亡，汉武帝的两个小皇孙也在战乱中被杀死。
事变之后，李夫人依仗皇上的宠爱，肆无忌惮，与李氏亲信密谋夺权。将军李广利是李夫人的兄长、昌邑王刘骼的舅父，又与丞相刘屈氂为儿女亲家。征和3年（前90年），武帝命李广利率兵出征匈奴前夕，刘屈氂与李广利合谋立昌邑王为太子。这一密谋被内者令郭攘听到，及时密报武帝，同时举报丞相夫人因为丞相曾遭武帝谴责，抱怨诅咒武帝。武帝明白真相，等待机会一到，就将他们全部诛灭。征和3年，刘屈氂的行为终于暴露，武帝将李氏家族全部消灭，刘屈氂被腰斩东市，妻子暴尸华阳街。同时李广利满门抄斩，李广利也在前方投降了匈奴。随着李氏集团的剿灭，江充陷害太子的罪行一一暴露，武帝彻底醒悟。汉武帝明白太子发兵只是由于惶恐，并没有其他意图，内心有所悔悟。于是下令族灭江充全家，又将江充的同党苏文焚死在横桥上。为了哀怜太子的无辜，在刘据自杀去世的地方修建“思子宫”与“归来望思之台”。至此，巫蛊案结束。天下百姓听说后，都为太子刘据哀伤。思子宫和归来望思之台，后来也成为诗人吟咏的对象。
