以爆炸点为中心，林栗吩咐工人在直径25英尺的地方用考古学家的工作方式进行挖掘。林栗先通过金属过滤网筛选垃圾，然后用磁性手套扒摸有用的东西。管状炸弹是很简单的装置，它的组成包括两个接线头的电镀的管子，一个爆炸装置和一些爆炸物。确定炸弹类型后，林栗想知道炸弹是怎样点火的。进一步考察地点后，林栗找到了4节15V的电池，说明凶手是用6V电池作为动力开关装置引爆炸弹的。最后在残留物中，林栗发现一个小的电流板的残片，从外表看不像是本田车子上的。此外，林栗还搜集到10来颗米粒大小的银灰色金属粒，它们的表面形状不规则，经鉴定为金属锌；另外，还有一个密封性能很好的不锈钢罐，其盖子被炸掉了。罐内有残液，闻起来有股酸味，经分析，其成分主要是醋酸。其后找到的不锈钢罐盖子与一个开关装置相连。
现场收集到的林晓婷的手机成了碎片，公安法医认为其手机为一个引爆器。将手机改造成炸弹引爆器其实并不复杂，所需要的器材在很多电子商店里都能买到，整套系统除手机外，只需要炸药、导线、一块电池、一个开关和一个引爆装置。当凶手在某个具体时间用另一部手机或固定电话给林晓婷的炸弹手机打电话时，手机铃声或振动所引起的电流便会激活炸弹电路，爆炸装置就会被引爆。稍微先进的手机还可以改造成定时器，届时它会延时自动引爆。正是手机爆炸，引爆了车内另一个爆炸装置。
公安法医认为，引爆方法很简单，凶手站在很远的地方，通过向林晓婷的手机打电话，引爆手机，手机爆炸后，触动了车内另一个炸弹的开关，于是引起第二次爆炸，而第二次爆炸更加猛烈。
由于巨大的爆炸声以及两次爆炸连续发生，几乎没有人听出发生过两次爆炸。连当时最靠近事故发生位置的许雅玲也说，她没注意到是发生了两次爆炸。
林栗采纳了公安方面对手机爆炸原因的推断和分析，但否定手机爆炸引发第二次爆炸。他认为两个爆炸没有关联性，并对第二次的爆炸原因进行了分析；锌粒和经过精确计算浓度的醋酸，预先放在密封罐中进行反应，两种物质慢慢地反应产生的氢气在罐中不断积聚，一但密封罐的盖子承受不住内部的氢气压力，盖子就会掀开来，将盖子上面的金属开关接通，只要有火星溅到，就会引发爆炸。也就是说，引爆这样的炸弹装置，只要有火花点燃，根本不需要手机会炸弹引爆。至于手机会被炸得粉碎，可能是另一种爆炸，只不过两种不同的爆炸巧合地发生在一起。
接着，林栗对这些炸弹的威力为何如此之大作出了解释，并提供了一个他认为相似的装置：空的电镀管重20磅，放3~6磅的高效炸药不成问题。公安方面通过对手机及装置的指纹提取，发现了外科医生的指纹。由于指纹的证据相当有力，外科医生涉嫌犯罪被公安抓了起来。
开庭后，一审判决书很快出来了：被告人外科医生目无国法，为杀死他人实施爆炸行为，危害公共安全，造成一人死亡、一人轻伤、一人轻微伤、两辆汽车毁损的严重后果，其行为构成爆炸罪，犯罪手段特别残忍，危害后果特别严重，应从严惩处，依法判处死刑，剥夺政治权利终身。
外科医生被判定有罪以后，觉得很冤，委托林栗重新对这次爆炸进行调查。
到底是谁做的呢？警方没有给出结论。负责这个案子的古树青说，公安局认为凶手已经抓到，不管动机还是证据都说明了外科医生是这次爆炸案的精心策划者，甚至连古树青也这么认为。
但林栗认为，这显然不合逻辑。车是林晓婷的，外科医生作为她的合法丈夫，使用她的车辆再正常不过，留下指纹实属平常，没想到却成了他的罪证。
关于爆炸装置上的指纹的问题，外科医生一脸冤屈，他说他的确摸了摸那些奇异的装置，但他以为是林晓婷加了什么特殊的东西，能让汽车跑得更快，所以没有特别在意。因为车子是林晓婷的，车上所有的一切都与他无关，他不能随便动林晓婷车上的东西。
“林晓婷有没有注意到这些东西？”林栗问外科医生。
“没有。她的小车放在修理厂保养时我注意到了，但是，我以为本来就是车上有的东西。”
“是修理厂加的吗？”
“我不清楚。”
“你还发现什么情况吗？”
“我老婆自从和我结婚以来，晚上总睡不好。由于睡不好，她白天经常出现疲劳、沮丧或情绪紧张等症状，加上她又经常一个人开车到外面，甚至整夜不回家，于是她要我为她开了一些类似扑尔敏等具有镇静作用的药物。”
“你们结婚多久了？”
“3个月了。”
外科医生指出，镇静剂如扑尔敏、安达可辛和苯巴比妥等药物经中枢神经系统调节心理，一般来说，镇静剂能够在不减弱思维过程的情况下消除沮丧感、集中感、不安感和情绪紧张激动等，还可以治疗失眠。服用这类药物后，15~30分钟内就能被吸收，药物发挥作用后能维持3~6小时，有的效果长达12小时。
同时，这类药物会使人表现出冷淡、消极的情绪，使得身体各部位的动作协调涣散，并出现睡意。驾驶员服用这类药物后1小时，驾驶能力就会显着下降，反应迟钝，注意力分散，视觉受损，出现困感、瞌睡、四肢无力、全身疲软、目眩头晕等症状。
难道这些装置是趁她不注意的时候被放在车内的？林栗想道。但随着林晓婷的死，已经很难确定这种装置是何时放入车内。
有目击者说，爆炸现场对面的酒店面前曾停着一辆黑色没有牌号的小车，爆炸发生后，黑色小车匆匆驶离了现场。
林栗想，关键是没有人注意到那辆黑色的车辆出现，而且警方没有继续调查下去的意图，明显打算不了了之，找一个替罪羊就行了。
“我怎么会害她呢？她那么漂亮，她那么性感，身材那么好，即使她一时失足，在肉体上背叛了我，只要她认真悔过，我照样会和她过日子。更何况我已经是癌症晚期的人，何必要把她害死呢？如果她真的对我没有任何感情的话，和和气气地分手，不是也挺好吗？我为什么要炸死她呢？”
外科医生说的很有道理，可惜，警方对他的话并没有足够重视，仍然认为他有杀妻的嫌疑，择日将起诉他。
这期间，黑白骷髅案有了很大的突破。由于得到古树青的支持，林栗和古树青两人专程到了幽灵沟的死亡洞，在发现人体胆结石的地方取了土壤标本。林栗还从周围环境采集到一些碎烂的黑色物质，他发现这些黑色的物质与烧过后的炭黑完全不一样：如果有足够的氧气，且温度达到着火点，炭黑可以继续燃烧，直到完全变为二氧化碳气体为止，可这种黑色物质烘干后无论如何不能点燃，用肉眼无法辨认其中有什么成分。林栗在不远的地方找到几个500毫升的玻璃瓶子，标签已脱落，经过潮气长期的浸润，黑色物质腐烂和氧化变成空中的尘埃。他小心地将少量水倒在一个瓶中，并将另一个洗净的空瓶放在洞中一个月，同样处理后作为对照分析用。结果，他检测出了3种离子——氯离子、硝酸根离子和硫酸根离子，并发现瓶子内壁有大量硝酸根离子。
林栗立刻想到这是浓硝酸。液体化学药品通常贮存在细口瓶，只有像硝酸盐类的固体化学药品才会装在广口瓶中。他又找到两片金属钥匙，上面腐蚀得很厉害，这使他想起有一次钥匙掉进酸液里，后来捞出来就是这种样子。
林栗回去，在实验室内反反复复查了很多资料，又做了很多实验。联系到他之前发现的人体结石，他渐渐明白了其中的作案原理，让他吃惊的是，案犯有着深厚的化学知识，这显然超出了刘洪天的能力范围。
那么，这个凶手会是谁呢？根据这些线索，警方逐渐把嫌疑对象范围从人群中缩小。凶犯对当地的地理环境很熟悉，可以肯定凶手是墉湖镇的人，或者是在这里工作很久的人，而且学过专业化学知识，至少懂得浓硝酸的特性。这样，要找的凶手可能从事化学职业或与化学职业有关的职业。
通过古树青对墉湖镇周围进一步的摸底调查，曾在墉湖中学教化学的胡博学渐渐进入了警方的视线。
10多年前，胡博学辞职下海到广东深圳打工，2年后成为一家公司的老板，专门生产精细化工原料，公司创办资金达30万。
他家10多年前很穷，他在乡中学教书的几年时间不可能积攒到几十万的资金。2年的打工，即使不吃不喝，也不可能一下子积攒到这么多的钱。况且，在胡博学打工期间，母亲体弱多病，妹妹在学校读书，他家里不可能给他一笔大额资金开公司。
那么，创办公司的资金从哪里来的呢？
在胡博学工作过的乡中学，林栗找到他原来住的楼房。楼房为红砖构造，两层楼，上下楼隔着一层木板，隔音效果很差。胡博学住在楼下，住在胡博学楼上的是个有着25年教龄的老教师。胡博学走了之后，他仍然还在这个中学教书。在介绍胡博学的情况时，老教师说胡博学给别人的第一印象是很少与别人打交道，他的婚姻失败之后，有几次考研究生，也未考上，所以，胡博学对人生感到很悲观，爱情不如意，婚姻失败，事业看不到前途，于是渐渐迷上赌博，以致经常很晚才回房睡觉。
当问到胡博学和林晓虹的事的时候，这位老教师说：“他们一起生活也才一年吧。胡老师在一次火节上认识林晓虹后，就喜欢上了林晓虹。由于他博学多才，很快便博得林晓虹的好感，从此两人一来一往，很快便结了婚。可是，结婚不久，林晓虹与一个叫陈财旺的小伙子有来往。胡老师觉得这太丢他的脸了，因为陈财旺是个农民，要钱没钱，要地位没地位，无论如何都不能与他相比。这事对胡老师刺激很大，胡老师认为妻子红杏出墙，是对他极大的侮辱，于是，一咬牙，他选择了离婚。”
说到最后，老教师叹道：“胡老师真是不值，被别人玩弄了感情也不知道。”
“除此之外，他有什么其他的爱好吗？”
“经常在半夜听到他放爱情歌曲，而且开的音量很大，我有时不得不故意用木棍敲击楼板，以制止他这种影响别人休息的行为。”
“他放的什么曲子？”
“放得最多的是一首相同的歌，歌名我不知道叫什么，但里面的歌词我几乎能背出来。”
“什么歌词？”
“想要问问你敢不敢，像你说过那样的爱我；想要问问你敢不敢，像我这样为爱疯狂；像我这样为爱痴狂，到底你会怎么想……”
“刘若英的歌。”林栗脱口而出。
“他们开始交往时，感情很好。我记得很清楚，刚结婚时，胡老师在婚礼上对林晓虹说，‘人生道路上的风雨雷电，虽然能夺去我的生命，但无法将我对你的一腔真爱夺去；凄惨无情的秋风，可以改变季节的容颜，却无法抹掉我对你的缕缕思念。只要有海水，只要海水是咸的，我对你的情感，永远不会枯淡’。只可惜，这样的婚姻关系没走多远，两人便开始了无休无止的争吵。上级领导担心这会给学生带来很大的负面影响，便找胡老师谈话，并把他调到下面一个更偏远的山区小学。”
“后来呢？”
“胡老师变得沉默寡言了，对什么人也不说话。说实话，我很同情他，在教学上，他是一个顶尖的教学人才，可是感情问题却毁了他。”
通过和老教师的谈话，林栗推测胡博学自认为抱有满腔才华和热血却不被人理解、不被人重用，那种孤独的滋味让他难受，由于才华得不到释放，情感得不到宣泄，长期单调枯燥的生活使他日益孤独。唯一能让他摆脱这种困境，且对未来有一线期盼的，是拥有一个真正懂他爱他的人。然而，这个愿望也未能实现，于是，他心底里产生了某种报复，一种极为可怕的报复。
但是，这种报复是否与12年前的爆炸案有关呢？
