孙洪伊在入内阁之前，就一直是主张以冯国璋压制段祺瑞的，所以有所耳闻的段祺瑞很反感他。再加上他本来就是个自负，争强好胜的人，不肯为人之下。入阁后，他一直看不惯徐树铮的专横，对段祺瑞也无丝毫好感。这便使他成为黎元洪所需的“人才”——反对段的“人才”。孙洪伊一看有总统撑腰，再加上生性中的自负、好强，便有恃无恐地处处与徐树铮短兵相接。而徐树铮是谁？他可是段总理的大红人呀，怎能受别人之气。于是两个人事事针锋相对，直至闹成水火之势，使黎、段两个后台人物也赤膊上阵了。段祺瑞最后下定破釜沉舟的决心，要将孙洪伊赶出内阁，也借机教训一下黎元洪。可孙洪伊态度强硬，坚决“不辞职，不出洋，不外调”。段祺瑞这回又开始“歪鼻子”了。府院之争已进入了僵化阶段。软弱的黎元洪此时已无心再战，急得焦头烂额，无奈中只好搬出另一位“元老”徐世昌来出面调停。徐的办法是让孙、徐同时下台。可段祺瑞是不做赔本生意的，而且徐是他的臂膀，辞徐，就得再搭上一个丁世峄，一道辞，黎元洪答应了，忍痛赶走了对他赤胆忠心的丁世峄。府院政潮的第一回合以黎元洪的败北而告终。
虽然表面上一切已趋于风平浪静，可黎、段双方的交恶依然如故，且各自高筑壁垒：黎抓住“国会”不放，段靠着“督军团”不松。双方背后还都靠着不同的外国主子。更大的政潮眼瞅着即将席卷而来。
1917年初，第一次世界大战发生了一系列戏剧性的变化。德国严重威胁到了美国的对外投资，美与德绝交。同时，美要黎元洪政府与他们步调一致，与德绝交。黎靠着美国主子，自然言听计从。而段祺瑞却一直苦于政权不稳，财政上捉襟见肘等压力。所以，当日本高唱着“日支亲善”的口号，极力拉拢扶植他时，他便顺势投怀送抱，做了日本人的“走狗”。日本当时也主张与德绝交。并鼓动段对德宣战。段为了获取日本的经济援助和军事援助，也为了推行他的武力统一政策，积极响应，主张参战。这一举动使美国发现日本在华影响已威胁到了美国的在华利益。于是，美国来了个一百八十度的大旋转，在对德问题上从绝交转向反对绝交。黎当然也跟着翻转过来。于是，在对德的外交政策上的不同政见使府院政潮再次高涨，乃至“铺天盖地”而来。
同年3月，内阁通过了段的主张，通过了对德绝交案和《加入协约国条件节略》的电稿。可黎元洪却不肯盖印，将此事搁下了。段气冲冲地去兴师问罪。当黎见段只把自己当成盖印机器，无丝毫尊重可言时，便如火山爆发一般，冲着段大发雷霆。段没料到黎会有此举，先是一愣，随后便又耍起袁世凯那学来的以退为进的招数来。段便于当天不告而辞，回天津去了。黎元洪本想趁机扳倒段祺瑞，换个总理。可无论他请到谁，什么大军阀也好，什么“元老”也好，谁都不愿做，谁都不愿跳这个火坑去得罪段祺瑞。同时，日本人和各省军阀又纷纷要求黎留住段。黎元洪又没辙了，那就只有再次认输了。他让冯国璋请回了段祺瑞。段一回京，中国外交部立刻宣布与德绝交。这第二回合，段又成了赢家。
黎元洪本以为事已至此，可以松口气了。可段祺瑞却不，他还要走他最关键的一步：对德宣战。这致使黎、段关系进一步恶化了。
就在众议院举行全体委员会审查对德宣战案前一两天，出了个“公民团”，强烈要求对德宣战。而会议当天，“公民团”则聚集在国会附近，强迫议员接受他们的传单、请愿书，否则即拳脚相加。而且“公民团”还包围了国会，扬言不将参战问题解决不许议员离开。这使得议员们仿佛又看到了当年选正式大总统时袁世凯的那帮“公民”，如此相像，如出一辙。可这次“公民团”的目的却未能达到，议员们十分反感，最终决案并未通过。相反，这次“公民请愿团”大闹众议院的真相很快大白：完全是段祺瑞和皖系军阀策划的闹剧。所谓“公民”，实则是花钱雇来的三教九流。这一下，全国舆论哗然，纷纷指责段祺瑞。而国务院内部的部长们也在一天之内纷纷递交辞呈。整个国务院只剩下段祺瑞一个人了，名副其实的“孤家寡人”。
但他每天仍旧到国务院办公，在“一人内阁”里安闲自若。他认为，有督军团的支持，参战案在国会通过并不成问题，他还从容地对人说，等国会通过了参战案，再着手组织国防内阁。在他看来，一切都不成问题。他一连用三道咨文催促众议院从速通过对德宣战案。不过，段祺瑞这次把问题想得太简单了。
督军团于5月12日在倪嗣冲住处举行紧急会议，倪建议大家在这种非常时刻先不要离开北京，继续对国会议员施加压力。第二天，督军们以同乡关系或地方长官身份分别设宴招待议员，为维护段内阁和对德宣战案做疏通工作。15日，督军团联名在外交大楼招待全体国会议员。但是，自从“公民团”闹事以后，议员们普遍对督军团冷落了，对他们的招待反映冷淡。
18日，一条爆炸性的消息披露出来，据在北京出版的英文《京报》报道，日本政府决定借与中国1亿日元，条件是用来聘用日本武官和管理人员主持中国军火工业，用日本武官训练中国参战军。这条消息一经披露，立刻在全国引起强烈反响，段祺瑞在国会所作的中日间绝无秘密外交的证词被彻底戳穿。
督军团干政，“公民团”闹事，中日秘密借款协定，都成为各方面攻击的目标，使段祺瑞在政治上陷入了孤立。国会中的反段势力腰杆硬了起来，他们也由一盘散沙转而团结起来反段，局势对段祺瑞极为不利。
19日，公众院开会时，议员褚辅成提出动议：“对德宣战一案原是以总统的名义咨交国会的，为什么三次催请表决的咨文以国务院名义？国务院发出公文，应由国务会议决定，但现在仅有总理一人而未举行国务会议，故此项来文不合手续。在内阁未改组前，本案不应予以讨论。”这个动议以多数票赞成获得通过。这样，国会就把参战案搁置下来。
国会中的“研究系”眼见维持段内阁和参战通过已经无望，就支持督军团解散国会的努力，希望在未来的新国会中占据主导地位。“研究系”的一些智囊人物与督军团一起策划，决定呈请总统解散议会。于是由倪嗣冲活动，孟恩远领衔，二十二位督军和代表联合签名要求解散国会，该呈文由段祺瑞派人转交总统府。
眼看段祺瑞的处境越来越不利，黎元洪的胆子大了起来。他的幕僚们兴高采烈，一致认为段已经焦头烂额，这是倒段的天赐良机！此时，黎元洪也认定段祺瑞的气数已尽，于是留下呈文不发。有人问他，督军团一定要解散国会怎么办时，黎元洪坚定地表示了他的“三不宣言”，即“不怕死、不盖印、不违法”。
各省督军见事情远非想象的那么容易，再在北京待下去也没意思，于是在21日全体离京，赴徐州再谋良策。
5月23日，黎元洪下达了命令：“国务总理兼陆军总长段祺瑞免去本职，外交总长伍廷芳暂行代理国务总理。”随后又发布派陆军部次长张士钰暂代陆军总长，王士珍为京津一带警备总司令，江朝宗、陈光远为副司令的几道命令。
段祺瑞怎么也没想到黎元洪敢免他的职。一怒之下，他决定去天津。
段祺瑞任陆军总长后，即拥有一个卫队营。该卫队有步兵四个连，两个机枪连，一个骑兵连，一个侦察便衣连，分驻铁狮子胡同东口海军部对过和陆军部西隔壁两处。段祺瑞决定离开北京去天津，便召来卫队营的杜营长，嘱他去前门车站务车。黎元洪好像知道段祺瑞要出走，已采取措施阻止他离开北京，省着他到天津再弄出麻烦来。当杜营长带两排人到车站找站长时，车站站长对他说：“刚刚接到总统府的电话命令，不经总统批准，任何人不得开行专车。”杜营长哪听这一套，带人强行备好一二等车各一的专车后，向段祺瑞报告。段祺瑞一改午睡的习惯，午饭后即带几名差人前往车站，同行还有二十名便衣卫队分乘两辆汽车直奔前门车站。
段祺瑞刚上了专车，吴光新便赶来陪他一起去天津。吴光新是段祺瑞的妻弟，时任长江上游总司令部司令，乃段祺瑞的亲信加亲戚。两人在车上寒暄了十分钟，吴光新问道：“怎么还不开车？”随员答：“杜营长已去找站长了！”一会儿，杜营长、站长和几个车站工作人员跑了过来，吴光新问站长：“你为什么不赶快开车？出了事故你负得了责任么？”站长答道：“总统府电话指示，没有总统的命令，谁也不能擅自开走专车。”吴光新接过来说：“他是胡说八道，你给我赶快开车！”这时，杜营长马上掏出手枪抵住站长的胸口威胁说：“你到底开不开车？”站长吓得赶快大声叫道：“开车！”又对身边的车站职工说：“快打电话向总统府报告，专车不开不行，总理大怒之下，不开车就要枪毙我，专车已经开走了！”
段祺瑞离京前发表通电，不承认黎元洪的解职令。通电说：“查共和各国责任内阁制，非经总理副署，不能发生效力。以上条件，未经祺瑞副署，将来地方、国家因发生何等影响，祺瑞概不负责。”电文署名仍为“国务总理段祺瑞”(章伯锋，李宗一主编．北洋军阀．第3册．武汉出版社，1990．108页)。
黎元洪免段职后，提议由李经羲任国务总理。26日，国会两院通过这项任命，但李经羲不敢开罪督军团，因而未赴任。
段祺瑞到天津后，督军们开始活跃。28日，张作霖通电要求解散国会和段祺瑞复职，否则就与北京政府断绝关系。29日，倪嗣冲首先脱离中央，陕西陈树藩、河南赵倜、浙江杨善德、山东张怀芝、黑龙江毕桂芳、直隶曹锟等也先后宣布“独立”。“研究系”议员也对黎罢免段祺瑞之举进行坚决抵制。5月31日，汤化龙辞去众议院议长，“研究系”议员也纷纷南下。
黎元洪想在段祺瑞陷入困境时顺水推舟拆了他的台，没想到段祺瑞能有这么大的能耐，一下子不知所措。李经羲躲在天津租界中不敢露面，黎元洪再三派人催请，他提出必有张勋保护才能就职。此前，已有人多次向黎元洪献策，要他请张勋率军队进京维持大局，张勋也表示过愿意支持总统，此时的黎元洪已经别无选择了。
5月31日，黎元洪向张勋发出邀请电，请他到天津与李经羲联袂来京，共同维持大局。次日，黎元洪又发出请张勋进京“调停国事”的总统令。
黎元洪没有想到，他的这一做法招致了一场更大的风波。
接到总统要他北上调停的命令，兴高采烈的张勋一拍桌子：“好，看老夫的了！”他立刻调拨人马准备出发。以“拱卫京师，调停大局”为名，
张勋于6月7日亲率步、马、炮兵共十营约五千人及随员一百多人由徐州动身，8日浩浩荡荡行抵天津。
张勋是个背景较为复杂的军人。他对清王朝的覆灭耿耿于怀。为了表达他对清王朝的忠心，进入民国后，他仍留着那条长辫子，他的部队“定武军”也都一律留辫子，因此，他的军队被人称为“辫子军”，张勋本人则被人讥为“辫帅”。在民国初年的军阀中，张勋算是比较特殊的一个，他与黎元洪、段祺瑞关系都不很融洽。当年，他曾为袁世凯出力，袁世凯也让他三分，因此他一向骄横傲世，目空一切，以军界前辈自居，根本不把段祺瑞、冯国璋之类放在眼里。
张勋一心想复辟清王朝，对袁世凯称帝表示强烈不满。袁世凯死后，张勋认为清王朝复辟有望，曾发表要求“定孔教为国教”的通电，并以团结北洋军人、国民党人、西南地方势力为由，在自己的势力中心徐州多次召开会议，图谋争取实力派人物支持他搞清王朝复辟活动。在第二次徐州会议上七省同盟扩大为十三省；随后又一次徐州会议中曾主张“取缔国会”“淘汰阁员”，俨然成为又一政治中心，随着北京政权黎、段冲突加剧，政局动荡，张勋认定机会来了，紧锣密鼓地加紧复辟的准备工作。
5月21日，黎元洪下达免段令的前两天，督军团的大部分成员乘车南下，云集徐州。23日，在张勋主持下，举行了第四次徐州会议。这次会议有各省督军和督军代表，段祺瑞的代表徐树铮和曾毓隽此时也赶来参加。听到黎元洪免段令后，会议立刻像炸开的锅，倪嗣冲首先站起来顿足大骂，主张要推倒这个以北洋派为敌的总统，他表示：“我首先要起兵发难，望诸位随后响应。”张怀芝随声附和：“我们与会各省要一起行动，由京奉、津浦、京汉三路进攻北京，一定要取缔国会，让黎元洪下台！”张勋看着情绪激愤的军人们，认为时机已到，于是说出了他的心里话：“我们一定要推翻黎元洪，解散国会。可是，现在国家乱成这样，事情都坏在民国身上，不如我们光复清室、重振皇统，国家一定会好起来。”
督军和代表们对复辟“大清”并无兴趣，他们各有各的小算盘，大家知道张勋早有复辟清室的想法，听他的这种高谈阔论也不是一回两回了，但平时都装聋作哑。可这回，督军们没有冷淡张勋，反而表现出一定的热情来。张勋最不放心的是段祺瑞的态度，他特别向徐树铮询问段的态度，段祺瑞的这位小师爷当场表示，段虽然不能公开支持复辟，但只要达到解散国会和驱黎的目的，一切在所不计。
张勋自以为自己是鹬蚌相争而得利的渔翁，6月8日上午率部队威风八面地开到了天津。到津后，他本人没有急于进京，只是令其部下继续进军北京。6月9日，定武军先头部队开进北京。此时的黎元洪见张勋来者不善，十分恐慌，但为时已晚。张勋在天津向黎元洪提出实行责任内阁，解散国会等调停的条件。
黎元洪在武力威逼之下，只得答应张勋的条件，但代总理伍廷芳拒绝副署。黎元洪见伍廷芳不肯退让，只好于12日下令免去伍廷芳的代总理，改由步兵统领江朝宗暂代。13日，由江朝宗副署，发布解散国会令。同时，黎元洪还发布通电，解释他解散国会的苦衷，通电中说：“自打免段令下后，各地不断发难，各路军队逼近北京，人心浮动，谣言四起，闻有组织临时政府和复辟之说。安徽张督军此次北来，力主调停大局，以解散国会为前提，如不满足其要求，他将不再负调停之职，各省军队将自由行动，亡国之祸，即在跟前。元洪筹思再三，为保存共和政体，保护北京人民，保持南北统一大计，迫不得已，才有本日国会改选之令。”(政府公报．1917．6．14)无可奈何之神情，也已跃然纸上！
这一天，张勋也通电全国：“大总统已颁令解散国会，本人将复命进京，共谋国家大局。”14日，张勋同新任国务总理李经羲组织责任内阁，并通电呼吁独立各省取消独立，暗中却在加紧准备复辟活动，让部下万绳栻密电各地复辟积极分子急速进京。清朝遗老遗少，热衷于复辟的康有为等人，部分见风使舵的军阀，此时也纷纷向北京赶来。
6月28日，康有为从上海抵京，下车后即被张勋迎至其宅。当晚，张勋、康有为与沈曾植、王乃徵、张镇芳、雷震春等在张宅举行会议，会议决定实施复辟的计划。
