秦皇岛劫械轰动了全国。冯国璋控制之下的北京政府要求张作霖将所劫枪械如数交还北京，张作霖当然不予理睬，制造出种种借口，一会儿说因“南征”需要，为减少周转时间，只好先留用后报告；一会儿说枪械本属国家，谁都可以用，奉军当然也有权使用；还说袁世凯当政时，中央向东北借过武器，至今未还，此批枪械正可偿还等等。总之，他和北京耍起了赖皮。冯国璋奈何不得他，最后只能不了了之。
劫械之后，徐树铮立即专程从北京去奉天，与张作霖商谈进一步合作的问题。他以在未来总统选举中推选张作霖当副总统为条件，要求张作霖迅速出动奉军“南征”，以武力作为恢复段祺瑞内阁的后援。刚从秦皇岛劫械尝到甜头的张作霖慨然应允。不过，他同意调奉军入关参加“南征”，并非真要同南方军队作战，而是打着自己的小九九。张作霖想的是：一方面以武力支持段祺瑞；另一方面则借此提高自己的地位和权力。即使当不上副总统，也起码可捞个“东三省巡阅使”的头衔，为他做东北王打基础。
和徐树铮达成协议后，张作霖一方面命令张景惠率先遣队立即从廊坊进驻北京近郊丰台，一方面加紧调集后续部队进关。在调兵遣将的同时，张作霖又致电北京政府，要求恢复段祺瑞内阁及设立东三省巡阅使，等等。接着，张作霖又在京奉线上的军粮城设立了南征奉军总司令部，由他本人亲任总司令；任命徐树铮为副总司令，负责全权指挥南征奉军，任命杨宇霆为参谋长，丁超为参谋副官。该总司令部辖有第二十七、二十八、二十九师主力及新编的混成旅各部，共5万人左右。
在张作霖大军压境的形势下，代理总统冯国璋等人终于被迫作了让步，同意段祺瑞重新组阁。1918年3月23日，新的段祺瑞内阁正式组成。这是段祺瑞的第三次复出。为了支持复职的段祺瑞，张作霖命南征的奉军陆续南下，开赴湖南、湖北、河南、陕西等省，摆出了与南方军队大战一场的架势。
段祺瑞第三次组阁，是徐树铮拉奉反直的成果，徐以段阁后台自居。这时的徐树铮野心很大，想做直隶督军，以控制北京政府，把直隶督军曹锟升为两湖巡阅使兼湖北督军。不料，消息传出来，曹锟认为是调虎离山，因此消极起来，要从前线撤回直军。前线总司令吴佩孚也电请调回直隶休整。张怀芝率领的第二路军在湘东被南军打败，又怕他的山东督军被人抢走，坚持要辞职。前方战事又陷入停顿状态。由于主战派的两个大将不听调动，徐树铮打算单独依靠奉军，停止援川计划。在汉口设奉军前敌总指挥部，把奉天六个混成旅摆在湖南战场上。5月9日，徐树铮不经张作霖的同意，擅自以奉军副司令的名义，调第二十七师师长孙烈臣、第二十八师师长汲金纯、第二十九师师长吴俊升到长沙布置奉军入湘作战。这个行动引起了张作霖的极大反感。张作霖不能容忍徐树铮这种独断专行的行为，公然视奉军为己有而任意调动，张作霖召回了三个师长，并且借口边防吃紧，要调回已经开到湘东的奉军。
这时，陕西督军陈树藩向段祺瑞致电告急，陕西民军的声势日益强大，临潼被民军占领，西安岌岌可危。1918年3月，段祺瑞派镇嵩军统领刘镇华由河南率兵“援陕”，才打通了西安到临潼的交通线，刘镇华被任命为陕西省长。陈树藩又率兵进攻民军，在固市被围，突围后退守新市，因此，段祺瑞又商请张作霖派奉军一个旅援陕，张任命许兰洲为援陕司令，率领一个旅开往潼关。
6月13日，各省督军和督军代表在天津召开会议，讨论总统的问题。主和派幕后活动者陆建章从上海来到天津。陆是陆军上将、原陕西督军、直系重要将领。冯国璋利用陆建章说服曹锟重回到直系这边来。把天津会议变成有利于冯、不利于段的局面。皖系早已把陆建章当作危险人物，陆到天津后，徐树铮写信请他到奉军司令部一谈，陆建章自恃为现任将军，又是北洋派的前辈，没有怀疑徐会下毒手。14日，陆去奉军司令部，徐树铮请他到花园密室谈话，被徐的卫士将陆击毙。徐将陆建章打死后，立即指使国务院秘书长方枢拟一道命令，内称：“前据张怀芝、倪嗣冲、陈树藩、卢永祥等先后报称：陆建章近在山东、安徽、陕西等处勾结土匪，煽惑军队，近复在沪勾结乱党。兹据奉军副司令徐树铮电称，陆建章由沪到津来营煽惑，当经拿获枪决等语。陆建章着褫夺军官、军职、勋位、勋章，以昭炯成”。此道命令送冯盖印，吓得冯心惊胆战，被迫盖印发表。一个高级军官枪杀现任将军这是骇人听闻的凶杀案。善有善报，恶有恶报，1925年徐乘专车由北京去天津，途经廊坊，冯玉祥指使张之江将徐树铮杀害，此是后话。张作霖闻知徐在奉军司令部枪杀陆建章非常不满，致电指责徐利用奉军司令无辜杀人。
7月31日，督军和督军代表们又在天津开会，讨论总统和南征问题。曹锟、张怀芝、张作霖、徐树铮、倪嗣冲、田中玉、龙济光都亲自参加了会议。在讨论总统问题时，张作霖建议徐世昌为大总统、段祺瑞为副总统。据《曹汝霖一生之回忆》中张作霖对徐、段二人的评价，“对合肥(段祺瑞)谓，他虽有刚愎之性，但用人不疑，对人诚实，不用权术，故门生故旧人才众多，无一不乐为之用，对东海(徐世昌)则谓，有容人之量，而短于现代之才。他的学问深，但理论不切于时势，也许我们没有他的学问，故不易了解。”张作霖是不甘居人下的人，徐树铮在要张派兵进关时，曾许愿给张可以当副总统。所以张也想当副总统。现在，徐树铮通过倪嗣冲的嘴，建议副总统暂时不做决定，留待对南方作战有功者居之。徐树铮又许给曹锟做副总统，这样一来，曹锟觉得皖系说话不算话，以前只要求他不反对对南方作战，并不要求他亲自出马，现在又变卦了，如果不亲自出马，那么，副总统就当不成了。
在对南作战问题上，张作霖建议以奉军为各路战线的总预备队，随时可以开到需要增援的地方，各省军阀则要求以奉军为前方主力，这个问题也没有解决。
这次天津会议，虽然有张作霖参加，而且各方重视，但是什么问题也没有解决。会后，张作霖留在天津。张景惠向张密报：从3月25日段内阁复活起，徐树铮代领奉军军费550万元，奉军实收到180万元，其余370万元被徐树铮用在编练参战军和安福国会选举上了。经查确有此事。张作霖对徐树铮擅自调动奉军和在奉天司令部枪杀陆建章早已心怀不满，现在又查出他挪用奉军的军费建立皖系的军事武装，张作霖怒不可遏，立即解除了徐树铮的奉军副司令的职务，由孙烈臣接任，并且要和徐算账。奉军参谋长杨宇霆也受了牵连，知情不报，也免去参谋长职务，杨不敢回奉天，在北京赋闲了三年。段祺瑞知道此事，立即要徐向张作霖认错，并保证在短期内归还这笔款项。至此，张作霖和徐树铮的政治蜜月宣告结束。
张作霖并非真的想同南方军队真枪实干。他虽然嘴上高喊支持段祺瑞政府的“武力统一”，但并不是真心实意为之效率。在撤了徐树铮职务之后，张作霖对派奉军南征似乎也有些后悔了。由于他一直高唱主战的调子，言犹在耳，一时不便改口。为了找借口撤军，他开始大造中俄边境形势日趋紧张的舆论，同时，又向北京政府提出一系列对方难以接受的条件，如大批补充南征奉军的军费和武器装备等。
在张作霖与徐树铮发生冲突之后不久，所谓的新国会选举和总统选举基本结束。北洋派老官僚徐世昌成为各派妥协的产物，当选为新总统，而有心想当总统的段祺瑞，却不得不和冯国璋一起下野。副总统一职因各派达不成协议而暂时空缺，张作霖的“副总统’’梦也因此化为泡影。北京政府为了安抚张作霖，于1918年9月5日宣布特任张作霖为“东三省巡阅使”。这个“巡阅使’’虽然不及“副总统”荣耀，但有总揽东三省兵马的大权，张作霖还是比较满意的。
不久，张作霖心满意足地带着新铸造的官印回到奉天，同时以抵抗苏俄的赤化为由，将南征的奉军悉数撤回关外。1918年底，张作霖又在奉天督军署召集奉天省文武官员，举行东三省巡阅使的就职典礼。
张作霖第一次卷入北京中央政府事务和奉军第一次入关，虽然没有完全达到目的，却也收获颇丰。除了捞到不少枪械和“东三省巡阅使”的官衔外，他还从中尝到了参与全国性事务的甜头，积累了宝贵的经验，为他以后多次染指关内奠定了基础。不过，这次入关也出现了张作霖未曾想到的新情况，即引起了日本的不满。
日本之所以决定支持张作霖，是希望他在东北保护日本的侵略利益，并不是要他插手关内和全国的事务。在北京政府里，日本主要支持段祺瑞和通过段祺瑞的皖系为自己效劳，无须张作霖插手。日本甚至担心，张作霖染指关内，有可能牵连东三省，导致东三省的不稳定进而有损于日本的侵略利益。1918年底，日本不但一再敦促奉军撤回关外，而且向张作霖正式发出了不可插手关内事务的警告。日本驻奉天总领事赤方正助向张作霖提交的一份警告说：“东三省与日本有密切关系。有责任维护东三省和平秩序的人擅离职守，还把他的军队派到中国中心地区，这是不必要的。这个事实可能既妨碍了中国的统一，也与维护东三省的秩序相抵触。我敦促您制止此类举动。”从这份警告可以看得很清楚，日本是将张作霖看成对日本有着特殊利益的东三省的看门人，不允许他好高骛远。可是，张作霖却不甘心独居关外，他要以东三省为基地，向全国范围渗透扩张奉系势力。尽管在许多问题上，张作霖与日本达成一致，互相勾结和利用，但在这一点上，双方观点南辕北辙。
对于日本的警告，张作霖当时既未反驳，也未接受，暂作冷处理。他一方面继续尽力讨好日本人，一方面依然我行我素。
张作霖捞到个“东三省巡阅使”的封号，名义上成为整个东北的最高统治者，但实际上并没有完全成为“东北王”，因为吉林省还处在半独立状态，但回过头来收拾孟恩远，彻底吞并东三省的时机已经成熟。
1919年6月，张作霖向吉林起事。首先唆使吉林士绅何守仁等，分别向北京政府及东三省巡阅使控告孟恩远在吉林纵兵殃民，归纳出所谓的八大罪状。接着，张作霖一方面以东三省巡阅使的名义发文给孟恩远，指责他擅自招兵买马，致使吉林纸币贬值，财政发生混乱，要孟恩远辞职；另一方面又将吉林士绅的所谓告状信转给北京政府，请求将孟恩远免除职务，任命自己的部下、二十七师师长孙烈臣继任吉林督军。
北京政府当时仍在皖系军阀的控制之下，对于张作霖的请求，虽不敢不作考虑，但又担心按张作霖的意思撤换吉林督军，会遭到吉林的反抗，北京又难以用强力迫使吉林就范，令出而不行，有损于中央政府的威信。更重要的是直系军阀，尤其是掌握好几个省实力的直系将领强烈反对更换吉督，北京政府不得不慎重对待。北京政府先请与东北有过关系的元老赵尔巽和张锡銮出面，专门到关外进行调解，希望能找到一个可行的折衷方法。然而，赵尔巽和张锡銮抵达奉天后，张作霖表面上装出无所谓的样子。暗中却向他们施加压力。反观吉林方面，也不肯作出任何让步。孟恩远说：“我虽年老，对前途无大奢望，但要我在某方面的压力之下辞职，这是断然办不到的，我有一师和五旅亲兵，自信还有点抵抗力。”如此针尖对麦芒，调解自然是毫无效果的。
派人调解失败之后，北京政府不得不最终接受张作霖的要求，下令调孟恩远为“惠威将军”，免去他的吉林督军职务。对于继任者，北京政府稍稍作了一些调整，任命黑龙江省督军鲍贵卿到吉林任职，而让孙烈臣继任黑龙江省督军。
北京政府这样做，主要考虑到鲍贵卿为人宽厚，且手中无兵，可以此安抚吉林诸将，减少阻力，同时也考虑到，无论是鲍贵卿，还是孙烈臣，都是张作霖的人，张作霖都不会反对。但是仍遭到吉林方面的强烈反对。孟恩远本人态度强硬，拒绝服从命令自不必说，他部下的那些师长、旅长更是异常激愤。尤其是孟恩远的女婿、此时已改任师长的高士傧和担任旅长的高俊峰，决心拼死进行反抗。他们联络了吉林军队的其他将领公开发表“独立宣言”，强烈要求北京政府收回成命，限二十四小时答复，否则便进行武力对抗。他们同时将吉军主力调到吉林、长春一线，准备作战。
张作霖早就料到吉林方面不会任他拿捏，最后的武力摊牌必不可免，他立即着手准备武力讨伐。张作霖首先宣布成立吉林讨伐军，以新任黑龙江省督军孙烈臣为总司令，然后将奉军主力分为东、西、南、北四路，从不同的方向逐次向吉林推进。为了使军事行动合法化，张作霖同时致电北京政府，请求发布对吉林的正式讨伐令。张作霖还采取了惯用的分化瓦解政策，一方面宣布吉林此次对抗中央的罪魁祸首是高士傧，包括孟恩远在内的其他人都是受高士傧胁迫，将打击面缩小，同时暗中对吉林的部分将领进行收买，减少对立面。
正当两军对峙，如箭在弦一触即发的关键时刻，发生了“宽城子事件”，形势突变，张作霖竟轻松地摘下了吉林这个熟桃子。
宽城子，即长春的旧名。所谓的“宽城子事件”，实际上是日本一手挑动起来的。当时，吉林方面为了对抗奉军，将大批军队调到长春附近，其中高俊峰率领的第三旅就驻扎在长春北郊二道沟火车站站内一片空地上。该部为禁止非本部人员进入驻地，在营帐周围划了一条警戒线。几天后的一个下午，南满铁道日籍职员船津藤太郎，欲经过吉军营地，吉军哨兵以警戒线内不允外人进入为由，加以劝阻，船津不听，与吉军士兵发生争吵乃至斗殴。结果，船津的头部被打伤。他不甘心，便跑到附近日军铁道守备队报告，日军守备队大队队副住田中尉等人听后，立即率领三十多个全副武装的日军，赶到吉林军队营地，要求吉军将打人的士兵交出来。吉军不允、双方遂发生枪战。枪战时，日军又陆续增至百名。战斗持续了一个多小时之后，日军才退回驻地，吉军也东退二十里。此次交战，日方死19人，伤17人，中国官兵死12人，伤14人。此即“宽城子事件”的大致经过。
