地皇三年（22年）四月，王莽在损兵折将之后，又派太师王匡（与绿林军王匡同名）、更始将军廉丹将兵10余万人，气势汹汹地扑向东平（今山东东平东）一带。樊崇闻讯，准备迎战。为了与王莽军相区别，义军用朱红涂眉，因此被称为“赤眉军”。王莽军所过烧杀抢掠，无恶不作，当时流传一首民谣，表达了人民对官军的痛恨：“宁逢赤眉，不逢太师；太师尚可，更始杀我！”
王匡和廉丹到达东平后，正值索卢恢在无盐（今山东东平东南）起兵，以响应樊崇领导的赤眉军。这年冬天，王匡和廉丹先攻取无盐，杀害起义人民1万多人。
当时赤眉军董宪等数万人，正驻扎在梁郡（郡治今河南商丘南），王匡及廉丹乘胜引兵进击，双方大战于成昌（今山东东平东南）。结果官军大败，士卒死1万余人。王匡战败后逃走，廉丹及校尉汝云、王隆等20余人被杀。赤眉军取得这一辉煌的战果，沉重地打击了王莽在东部的统治。
王莽又派国将哀章率军与王匡余部会合，妄图继续镇压赤眉军。但是官军数战不利，已经无法挽回败局。于是，樊崇率赤眉军10余万人，还军围攻莒县。又转战东海、楚、沛、汝南、颍川、陈留、鲁城、濮阳等地。最后，赤眉军发展成数十万人的队伍，并控制包括今山东、江苏、安徽、河南的一部分地区。这对驰骋中原的绿林军来说，在客观上无疑是有力的支持。
绿林军分兵转移后，不久又会合，并与舂陵兵联合反莽。地皇三年（22年），新市兵、平林兵与舂陵兵西击长聚，攻破唐子乡（今湖北枣阳北），杀湖阳（今河南新野东南）尉，又乘虚攻取棘阳（今河南南阳市南）。接着，刘、刘秀率军北上，准备进攻宛（今河南南阳市），途中与王莽军甄阜、梁丘赐相遇，两军战于小长安聚（今河南南阳市南），结果兵败被迫退守棘阳。甄阜、梁丘赐引10万精兵乘胜追击，将辎重留在蓝乡，企图将起义军消灭在沘水（今河南泌阳县境内）一带。
更始元年（23年）正月，义军在夜袭蓝乡，缴获官军全部辎重之后，舂陵兵与下江兵便发起攻击。他们斩杀甄阜和梁丘赐，歼灭官军2万余人。这时，王莽军严尤、陈茂见主力军大败，准备率军退至宛城据守，却在清阳（今河南新野北）与刘、刘秀发生激战。严尤、陈茂战败，起义军进围宛城。
同年二月，起义军拥立刘玄为帝，改年号为“更始”，以王匡为定国上公，王凤为成国上公，朱鲔为大司马，刘为大司徒，陈牧为大司空，其余将领为九卿将军。当时，南阳豪强所支持的刘没有取得政权，并在拥立问题上反对刘玄称帝，这就在更始政权内部埋下了不和的种子。
更始政权建立后，义军士气更加高涨。他们分兵两路：以主力进攻宛城，以便西进关中；又派王凤、王常、刘秀北上，于三月间攻占昆阳（今河南叶县）、定陵（今河南舞阳东北）、郾（今河南郾城南），缴获许多物资和粮食，支援围攻宛的主力。
王莽得知甄阜、梁丘赐被杀，更始政权建立，更加慌成一团。这年五月，他派大司徒王寻、大司空王邑到洛阳，调发州郡精兵42万人，南出颍川（今河南禹县）与严尤、陈茂的余部会合，妄图一举消灭起义军。他们首先纵兵包围昆阳城，一场决定性的战役开始了。
当时，昆阳城中的义军只有八九千人，双方力量对比非常悬殊。面对占压倒优势的王莽军，起义军决定由王凤、王常守城，派刘秀、宗佻和李轶等13人，乘黑夜自南门突围出城，到郾和定陵调发援军。
王莽军仗着优势兵力，将昆阳围成数十重。他们挖掘地道，使用冲车、楼车攻城，对昆阳发起猛烈攻击。但是义军坚守城中，官军久攻不破。
同年六月，刘秀发郾和定陵的援军赶到，并亲率步骑千余为前锋，在距离官军四五里远的地方摆下阵势。王寻、王邑派数千人迎战，都被义军击败。
义军初战告捷，愈战愈勇，士气更加旺盛，于是，刘秀组成敢死队3000人，从昆阳城西突击敌人中军兵营。这是王莽军指挥机关所在地。义军出其不意，攻其不备，打得官军措手不及。王寻、王邑亲自率军万余人迎战，命令其余各部坚守阵地，不得随便行动。但是王寻、王邑出师不利，军阵大乱，义军乘势猛打猛冲，锐不可当，遂将王寻杀死在乱阵之中。
昆阳守军闻讯，擂鼓呐喊，奋勇地杀出城外。两支义军里应外合，杀声震天动地，官军丢盔弃甲，溃不成军，被杀者不计其数。又逢风雨大作，滍水暴涨，夺路逃命的官军，纷纷跳入滍水，溺死者数以万计。王邑、严尤、陈茂等人，渡滍水逃走，遗弃辎重无数。
昆阳大战给予王莽致命的打击，各地起义浪潮更加高涨，新莽垮台指日可待。与此同时，刘和刘秀在攻宛及昆阳大战中，战功卓着，威名益盛，他们与更始政权的矛盾也随之加深。结果在昆阳战后，刘及其部将刘稷，在宛同时被杀。刘秀因一时无力反抗，只好暂时隐忍，并亲自赶赴宛城，向刘玄表示“谢罪”。
昆阳大战之后，绿林军兵分两路：一路由王匡率军北上进攻洛阳；一路由申屠建、李松率军西进长安。这年九月，西进的绿林军破武关，从宣平门攻入长安城，得到城中人民的响应。王莽躲入未央宫渐台，被商人杜吴杀死，至此新莽政权宣告垮台。
另一支北上的绿林军，也在这时攻克了洛阳。随后，刘玄自宛城迁都洛阳，并派刘秀到河北镇抚州郡。更始二年（24年）二月，刘玄又将都城迁往长安。他到长安后，日夜欢饮，生活腐化，不过问政务。又大封刘氏宗室，排挤绿林军首领。在这种情况下，樊崇率领的赤眉军，攻入了长安。
原来，更始迁都洛阳之时，正是樊崇移师濮阳（今河南濮阳南）之日。当时，刘玄曾派人招抚赤眉军，樊崇亲带首领20余人，前往洛阳与更始取得联系。但是，刘玄只封樊崇等人为列侯，却无意与赤眉军合作。因此，赤眉军只好与更始分道扬镳。
樊崇回到濮阳，即率军入颍川，并且分兵两路，转战颍川、河南、南阳一带。一路由樊崇、逢安率领，先攻取长社（今河南长葛东北），又南下宛（今河南南阳市）；一路由徐宣、谢禄、杨音率领，在攻占阳翟（今河南禹州）后，又引兵攻梁（今河南临汝西），击杀河南太守。他们长期转战各地，起义军产生“思欲东归”的情绪。为了不使部众离散，樊崇率赤眉军西向，进攻质变的更始政权的巢臼长安。更始二年（24年）冬，赤眉军由樊崇、徐宣等人率领，分两路经武关（今河南淅川西）、陆浑关（今河南伊川西）挺进关中。翌年正月，两路赤眉军在弘农（今河南灵宝北）会师，更始先后派陈茂、李松（非绿林军李松）率军堵截，都被赤眉军击败。
赤眉军到达弘农时，队伍发展到30万人。他们重新整编队伍，以1万人为一营，共编成30营。每营设三老、从事各一人。当时，因有人建议立刘氏宗室，以便于号召，加以长安迫近，也要求建立自己的政权。更始三年（25年）六月，赤眉军到达郑县（今陕西华县）时，遂立刘氏宗室的后裔、15岁的牧童刘盆子为帝，并以徐宣为丞相，樊崇为御史大夫，逢安为左大司马，谢禄为右大司马，其余将领为列卿、将军。更始政权倾覆在即，内部矛盾进一步激化，绿林军首领申屠建、陈牧、成丹先后被杀；王匡、张印遭到李松、赵萌的进攻。当赤眉军进至高陵（今陕西高陵）时，王匡和张卬退出长安，投奔赤眉军，并联合进攻东都门。同年九月，赤眉军攻入长安，刘玄投降，不久即被缢杀。
赤眉军推翻更始政权之后，一方面亟待解决粮食缺乏问题，一方面要对付刘秀的围剿，面临的局势十分严重。
刘秀自从被派往河北镇抚州郡，便在那里独立地发展自己的势力。更始元年（23年）十月，刘秀以破虏将军行大司马事的职衔，持节到达河北。他所到部县，考察政绩，平遣囚徒，废除王莽苛政，恢复汉制等，甚得吏民的支持。但是，当时河北形势复杂，刘秀到达邯郸时，原汉朝宗室刘林，立卜者王郎为帝，并派兵攻占幽、冀等地。刘秀北上蓟县（今北京）活动，王郎即以重赏购捕刘秀。而另一个汉朝宗室刘接，又在蓟县起兵响应王郎。刘秀在河北立足困难，被迫急忙逃出蓟县。他南下饶阳，又经下博，来到信都（今河北冀县）。刘秀受到不肯降附王郎的信都太守任光的欢迎，和成卒正邳彤举郡归附，还有昌城豪族刘植聚兵数千人迎附，巨鹿大姓耿纯率宗族宾客2000余人投靠，使刘秀得以纠合一支数万人的队伍。后来，又有上谷（郡治今河北怀来东南）太守耿况、渔阳（郡治今北京密云西南）太守彭宠派兵帮助，使刘秀的军事力量得以加强。更始二年（24年）五月，刘秀破邯郸，斩杀王郎，消灭王郎的割据势力。
刘秀的势力不断发展，引起更始的不安。刘玄派人封刘秀为萧王，命令他罢兵回长安。但是，刘秀以河北未平为理由，拒绝执行刘玄的命令。
从此刘秀与更始分道扬镳，在河北独立发展自己的势力，并进行一系列建立政权的活动。
继消灭王郎割据势力之后，刘秀开始在河北镇压农民起义军。他先后在邬、馆陶（今山东馆陶）大破铜马军；又在蒲阳击败铜马余部、高湖和重连两支农民军。刘秀对起义军进行改编，壮大自己的力量，将队伍发展成数十万人。接着，又在射犬（今河南武修西南）击破大肜、青犊起义军。后来，又在元氏（今河北元氏西北）、右北平（郡治今辽宁凌源）、安次（今河北安次西）、渔阳（今北京密云西南）等地，击败尤来、大枪、五幡等农民军。这些镇压活动，使刘秀不断扩张自己的势力，占据河北广大地区。25年，刘秀在鄗（今河北高邑东南）称帝，建元为建武，改鄗为高邑。同年九月，刘秀派人诱劝坚守洛阳的绿林起义军将领朱鲔投降，随后即占领洛阳，并在那里建都。这就是历史上的东汉政权，又称为后汉。
与此同时，刘秀派邓禹率兵围安邑（今山西夏县西北），从更始手中夺得了河东之地。不久，赤眉军占领长安，关中豪族结为营堡，以坚壁清野对抗义军。一时长安粮食断绝，几十万赤眉军无以为生，不得不撤离长安。建武二年（26年）春，樊崇率义军西向，自南山转战陇东一带。这时，邓禹奉命西进长安，乘机占领长安，并准备镇压赤眉军。
九月，赤眉军在陇地转攻城邑，遭陇西割据势力隗嚣的阻击，又在阳城番须途中遭遇大雪，士兵冻死不少，只好返回关中。当时，邓禹派兵在郁夷（今陕西宝鸡东）袭击义军，结果被义军击败。赤眉军再度占领长安，邓禹乘虚引兵袭击，又遭到义军的痛击。
十二月，关中发生饥荒，豪民坚壁清野，赤眉军被迫引兵东归。当时在义军回归途中，刘秀已作好截击的部署。他派侯进屯新安（今河南渑池东），派耿弇屯宜阳（今河南宜阳西），形成南北夹击的局面。建武三年（27年）正月，刘秀派冯异设伏兵于崤底，赤眉军遭到重大损失。之后，樊崇率余部向宜阳进击，又遭刘秀亲率六军截击。赤眉军最终没有突出重围，10余万部众都降附了刘秀。这年夏天，樊崇准备再次起兵，但事泄为刘秀所杀，赤眉起义终告失败。
新莽末年爆发的以绿林、赤眉为主的农民大起义，前后坚持10年的斗争，最终推翻了王莽残暴的统治。由于起义军本身的局限，他们既高举反莽的旗帜，又拥立汉家宗室为帝，表现反封建的不彻底性。加上各地起义军分散独立作战，未能联合起来共同对付豪族地主，因此必然为觊觎帝位的豪强地主所利用，成为他们改朝换代的工具，导致最后失败的结局。尽管如此，这次农民起义沉重地打击了封建地主阶级和残存的奴隶制度，或多或少推动了社会生产的发展。
名家回眸
在王莽统治的10余年间，由于政局动荡，社会经济凋敝，给人民带来了深重的灾难。再加旱灾及蝗灾连年不断，饥民数量剧增，饿殍遍布四野，青徐地区甚至出现人相食的惨状。这就使西汉末年的社会矛盾进一步激化，农民起义相继爆发，并汇成声势浩大的绿林和赤眉的大起义。
