1 担任军事首脑
由于国内敌人已经从阴谋活动转为组建军队和开辟战场，一场内战已不可避免。列宁希望托洛茨基担任军事部门的首脑。这回他得到了斯维尔德洛夫的支持。托洛茨基试图推辞，可是列宁反问道：
“那么你推举一个人。说吧！”
托洛茨基考虑了一阵以后，也就答应了。
托洛茨基是否对于搞军事工作有过一些准备呢？当然没有。他甚至没有在沙皇军队中服过役。在适合当兵的年岁里，他是在监狱、流放和国外流亡中度过的。1906年法庭剥夺了他的一切公民权利。托洛茨基只是在巴尔干战争中，在塞尔维亚、保加利亚以及后来在罗马尼亚待的那几个月，才对军事有过一些研究。不过这种研究本质上还是着眼于政治，并不是军事。
托洛茨基的工作调动正好与迁都发生在同一时间。中央政府决定迁往莫斯科这当然是对彼得格勒的一个打击，故而遭到绝大多数人的反对。带头的是季诺维耶夫，他刚好在这之前当选为彼得格勒苏维埃主席。同他站在一起的还有卢那察尔斯基。卢那察尔斯基在革命胜利后不几天即辞去政府职务，理由是不愿意承担毁坏（假想的）莫斯科圣巴兹尔教堂的责任。现在他回到了岗位上，可是却又不愿意离开作为“革命象征”的斯莫尔尼了。另外一些人的理由比较实际。大多数人主要担心这会给彼得堡工人以不好的印象。敌人也放出谣言说，政府已暗中允诺将彼得格勒让给威廉。而托洛茨基同列宁则认为，把政府迁往莫斯科不仅可以确保政府的安全，也可以确保彼得格勒的安全。能够一举占领革命首都，又可以消灭其政府，这对德国和协约国无论如何是一个很大的诱惑；而仅仅只占领一个没有中央政府的饥饿的彼得格勒，那可是另一码事了。
2 迁都莫斯科
最后抵制终于失败，中央委员会大多数成员赞成迁都。于是3月12日（1918年）政府迁往莫斯科。为了减轻似乎正在贬低十月革命首都的印象，托洛茨基在彼得格勒多待了一个星期。离开彼得格勒时，铁路的行政事务使他在车站上耽搁了几个钟头，这时怠工现象已减少，但仍相当严重。他是在被任命为军事人民委员后的第二天才抵达莫斯科的。
带有中世纪城垛和众多金色圆顶的克里姆林宫现在成了革命专政的堡垒，这似乎有点怪诞离奇，不可思议。不过，斯莫尔尼从前是个贵族女子学校，也不是为了工农兵代表而兴建的呀。1918年3月以前，托洛茨基从来没到过克里姆林宫，对整个莫斯科（只有一个例外，这就是1898—1899年寒冬托洛茨基在那儿度过了6个月的布蒂尔斯基转运监狱）也不熟悉。如果作为一个参观者，倒可以静静地欣赏克里姆林宫的古迹。伊凡雷帝的宫殿和多棱宫，可是革命者却不得不在此长期住下去。相反的历史两极和两种不相容的文化每日每时互相撕摩，既令人惊异，又十分有趣。每次经过尼古拉耶夫宫旁的木块铺砌的通道时，托洛茨基总要朝那炮王和钟王瞟上一眼。透过钟缝和炮口可以看出当时莫斯科的野蛮和愚昧。要是哈姆雷特王子来到这里，他定会重复他那句台词：“时间的长线早已扯断，啊，为什么非要我来给它结上？”
游戏宫对面的骑兵楼，革命前是克里姆林宫官员的宿舍，整个底层全被一位品衔高的司令官占用。现在被分成几部分，列宁和托洛茨基分住在走廊两边，合用一个餐厅。当时克里姆林宫的伙食很差，没有鲜肉，只供应腌牛肉、面粉和带有砂粒的麦米，但红色的大马哈鱼子酱很丰富，因为它已经停止出口。大家都记得，一成不变的鱼子酱曾经大大丰富了革命初期的生活。
3 与列宁相处的日子
每天，托洛茨基同列宁都要在走廊里碰到好多次，不是列宁去找他商量事情，就是他找列宁，每次都要谈十来分钟，甚至一刻钟——这对他们来说已是很长时间了。列宁在这个时期很健谈，当然那是在他感兴趣的范围内。新鲜事层出不穷，又有许多完全陌生的事情等着他们去做，因而必须不断改造自己也改造别人，以适应新的形势的需要。列宁对于托洛茨基和他的家庭非常亲切和关心。列宁常常在走廊上拉住托洛茨基的孩子，同他们一起嬉笑一番。
当有一些原则问题，或者因各部门的扯皮而变得重要的问题需要进行讨论时，列宁总是事先打电话给托洛茨基，让托洛茨基先行了解讨论的内容。现在流传的列宁和托洛茨基分歧的传说，绝大部分是属于捏造。当然，不同意见有时也是有的。但往往通过电话，三言两语地交换了意见以后就取得了一致；或者根本不用讨论，各自思考了一阵，很快得出了相同的结论。当他们俩对问题看法一致时，决议一定能够获得通过。有时，列宁担心自己的草案可能遭到多数人的反对，于是就打电话给托洛茨基说：
“这个会你一定得参加，到时候我让你第一个发言。”
于是托洛茨基就在会议开始时讲上几分钟，而列宁在他讲话时则必定一再说：“对！对！”，这样就差不多等于通过了。倒并不是别人不敢反对他们。那个时候根本不存在像如今这样的长官意志和那种担心说了几句不该说的话，或者投了不该投的票就会带来灾难的恐慌。这种官场上的奴颜婢膝越少，领导的权威就越高。在他同列宁意见不一致时，他们之间就会发生争论；而在意见一致时，讨论往往就很简短。在会上，如果他们事先没有来得及就某一问题进行细谈，就用写条子的方式交换意见，而这时又发生了分歧，列宁就设法将这一问题推迟讨论。有时他们有不同意见的小条子写得很风趣，列宁读它时笑得整个身子都摇晃起来。列宁很喜欢开玩笑，特别是疲劳的时候。这是他的一种孩童般天真的性格。在这个最最勇敢的人身上却有着许多天真的成分，实在是令人惊奇。托洛茨基最喜欢看他怎样竭力忍住笑，换上一副严肃神态主持会议的情景。这时他的颧骨由于感情的克制而往往显得更加突出。
后来，托洛茨基的全部工作——不单是军事工作，还包括党的工作和写作等等，都放在军事人民委员部中进行，这个部设在克里姆林宫的外面。骑兵楼里仅成了托洛茨基的住所。谁也不会到这里来，有事都是到部里找他。没有人想到托洛茨基的家来做客，因为大家知道他太忙了。他通常5点下班，而7点又要到部里去参加晚上的会议。局势稳定下来以后（那是很久以后的事）他才能利用晚上研究点理论，写些东西。
现在托洛茨基主要是通过电话同列宁联系。列宁打过来，他又打过去，一天要打好多次，讨论各种各样的问题。有些部门常向列宁告红军的状，于是列宁就打电话给托洛茨基。5分钟以后，列宁又打电话来说：能不能接见一位农业人民委员部或是监察部的新领导人选，并谈谈自己的看法？一个钟头以后，列宁又问托洛茨基是否注意到关于无产阶级文化的理论争论，打算不打算驳斥布哈林的论点？接着又问：南方战线的军事部门能不能匀出一部分卡车，帮助把粮食运到车站？而隔了半小时，列宁又向托洛茨基打听是否了解瑞士共产党内的分歧？他在莫斯科时几乎每天都是这样度过的。
国内战争使他摆脱了人民委员会的工作。他总是在火车或汽车里过日子。每次一出去就是几个星期，甚至几个月，这使托洛茨基与政府事务完全脱离了关系，即使在莫斯科逗留的短时间里，也无法再插手那些事情。但是，一些重要问题是必须由政治局讨论决定的。有时，他被列宁召请，专程来参加政治局会议，有时则相反，是他从前线带回很多重要问题，通过斯维尔德洛夫召集政治局特别会议来加以研究。那几年他与列宁的通信主要是国内战争中的各种问题，有时是一些短笺，有时又是很长的电报，主要是补充先前的谈话，或是为以后的谈话做准备。尽管这都是简单的公文式的书信往来，但它最好不过地揭示了布尔什维克领导人之间的真实关系。托洛茨基曾准备将这些内容广泛的通信，加上必要的注释予以公开发表。这对于斯大林派历史学家们的作品将是一个致命的反击。
马克西姆·高尔基曾经生动地记叙过列宁对托洛茨基的军事工作的评价（且不说列宁本人数百次对托洛茨基的嘉奖）：
“他（列宁）用手拍了一下桌子，说道：
‘能找出另外一个人能在一年的时间里组建成这样一支几乎是模范的军队，并且赢得军事专家们的尊敬吗？我们就有这样的人！我们什么都有，我们能创造一切奇迹！’”
高尔基说，就在这次谈话中，列宁告诉他：
“是的，是的，我知道。有人对我们之间的关系编造了一些谣言。现在谣言很多，尤其是关于我与托洛茨基的。”
今天，把不顾事实和逻辑制造的关于托洛茨基同列宁的关系的谎言当成官方的正式东西来加以宣扬，如果列宁还活着的话，他会说些什么呢？
