康熙认定，平叛战争中的最主要敌人是吴三桂，湖南是主要战场。他曾说其他战场报捷“朕不为喜……吴三桂乃贼渠，惟破岳州、澧州方可喜耳”。因此，自战争爆发以来，康熙帝一直把主要精力投入湖南战场。
康熙始终在思考如何夺回湖南这一问题。为此他确定了一项新的作战方案，以迂回包围的策略代替在湖南战场发动正面进攻的方法。康熙认为，吴三桂长期占据岳、澧等地，主要军粮来自于长沙、衡州，只有攻下长沙，断绝吴三桂叛军的粮道，才能最终打败吴三桂。他在给岳乐的谕旨中指出了攻取长沙的重要意义：“一以断贼饷道；一以分贼兵势；-以扼广西咽喉；一以固江西门户。”而且，由于陕西发生叛乱，“川贼必通杨来嘉、洪福二贼，窥我郧襄，扰我南邓，侵我荆州后路，揆其大势，进兵湖南，断不容缓”。因此，康熙于十四年（1675年）正月二十九日命岳乐“将江西要地速行整理，稍有就绪进兵湖南”。同年九月，湖广总督蔡毓荣也提出与此相同的一套作战方案，他上疏说：若楚省大兵由荆、岳各路前进，而江西我军亦由袁州诸路会期进攻，使贼三面受敌，首尾不能相顾，则我兵之势合而贼兵之势分，一举而战功立奏也。而这时康熙帝的作战谕旨早已发下，且详细得多。
正如康熙所料，吴三桂企图利用王辅臣在陕西的动作，举兵进攻荆州、襄阳等地。他在长沙、醴陵、萍乡等地驻守七万大军，以挡岳乐江西之师；又分兵七万守岳、澧诸水口，扼荆、岳大兵咽喉，以抗拒江北之师；又暗地里派出兵马占据彝陵（湖北宜昌）东北之镇荆山，纠王会、杨来嘉、洪福等袭击谷城、郧城、均州、南漳，以逼襄阳，并企图与西北的叛军相会。而他亲赴荆州上游之松滋，居中调度。康熙四处调兵，坚守荆襄，并命简亲王喇布带兵进驻江西，急命岳乐从江西进兵湖南。岳乐于康熙十五年（1676年）二月攻占袁州后，又收复萍乡县，开始向湖南发起进攻。至此，康熙已将六名大将军中的三名投入湖南战场。吴三桂明白此情，急忙调集18名将军、10余万兵力，死守长沙。康熙料到吴三桂将亲援长沙，而这样就会减少他在岳、澧等地的力量，所以曾命荆、岳大将军王、贝勒等“饬勒兵马，时加侦探，乘机进剿”。然而，尚善与勒尔锦分别于三月初九和三月十八日渡江之后，进展非常缓慢。勒尔锦于三月二十九日再次进攻太平街又告失败，便“退兵荆州”。因而使康熙皇帝失去一次收复失地的大好时机，迂回包围计划一时未能实现。康熙事后惋惜地说：“若大兵数路并进，吴逆断无如许伪将贼兵随处备设壕桩，以与大兵相抗，其灭亡可翘足而待矣。”
诸王贝勒踟蹰不前，丧失了稍纵即逝的战机，严重影响了对湖南的收复。为了改变这种被动局面，康熙在平定王辅臣之后，破例任命署前锋统领穆占为实授都统，佩征南将军印，出征湖南。穆占，满洲正黄旗人，姓纳喇氏，是叶赫贝勒金台石的后代，初任侍卫兼佐领，后以功升授满洲副都统、署前锋统领。自进入陕西与叛军作战以来，每与敌战，他都是身先士卒、勇往直前。康熙帝因而对他委以重任，并从陕西、河南、荆州等地调来精兵供他驱使，其所统之兵与安亲王岳乐的大军在数量上不相上下。这是一支机动部队，无防守之责，专门担负进攻任务，“其应设镇守官兵调遣机宜，与各将军、总督、提督等议行”。康熙对穆占寄予最大希望，出征前，特召来京，面授机宜。
穆占并没有让康熙帝失望，他排除各种干扰，统率大军奋勇杀敌。康熙十六年（1677年）二月初三，穆占率兵进抵长沙外围地区，作了将近一个月的准备工作。三月初一，穆占率所部向长沙发起猛攻。前锋部队经浴血奋战，已攻到长沙城下，后续部队也进抵长沙城下，收复长沙已指日可待。恰在这时，安亲王的军队，不成队形，以武力干扰穆占军后路，不仅使穆占无法攻城，而且造成重大伤亡。吴三桂为摆脱在湖南三面被围的困境，于四月率众往衡州，派遣三万大军至湖南南部的宜章，企图向广东东昌发动攻击，并分兵侵犯江西南安州（大余），窥视两粤。康熙一面命令将军莽依图、觉罗舒恕分别守韶州（今广东韶关市）、南安，协助湖南战场；另一方面令穆占会合简亲王喇布举兵攻打衡州、永兴，“遏贼后路，如此则可减缓粤东的压力，而粤西欲降者亦可乘间来归”。穆占领命，在击败郭应辅等、收复茶陵州及攸县之后，乘胜南取郴州、桂阳，召降桂东、兴宁、宜章、临武、兰山、嘉禾、永兴等城，吴三桂进攻广东的阴谋被打破。随着平叛战争不断地取得胜利，新收复之地增多，但简亲王一再讨价还价，只防守江西咽喉的茶陵、攸县、安仁等地，不愿分派部队驻守他处。穆占不得不把自己的兵力分散于新收复之地，自己在郴州设营，以都统宜里布驻永兴。四月，敌人进攻永兴，他遣护军统领哈克三、前锋统领硕岱赴援。六月，吴三桂集中马宝、王绪、胡国柱等优势兵力强攻永兴，战斗惨烈异常。都统宜里布、护军统领哈克山等战死，前锋统领硕岱率兵入城死守，浴血奋战，情况十分危急。康熙帝为此忧虑不安，“现于词色”。直到敌人得知吴三桂的死讯而撤去，战局才转危为安。
简亲王和穆占均不敢丢下驻地驰援永兴，事后双方相互指责。康熙则居中调解，劝他们“彼此和衷”，并对永兴失利一事进行了总结，指出：敌人大举进攻永兴，“有必死之形”，清军“兵势太分，以致失利”。他进一步概括说：“凡摧寇破城，必审量己力，可击则击之，如贼众我寡，即宜调集诸路合为一军，壮其声势，以图攻剿。倘株守新复城池，以已经驻镇，惮于旋师，迟留疑畏，于大事殊无所济。”七月初二，康熙再次重申了集中兵力作战的重要性，说：“满兵之势贵聚，聚则处处攻战始克不利”“满兵关系重大，利战则战，利守则守，宜合全力以破贼众。若将所复贼弃之空城固执分守，似乎不可”。对于穆占的内疚心情，康熙帝极为了解，并鼓励他：不要因为永兴失利“冒昧妄动”，要“鼓舞人心，振扬军威，以图克济”。如果破贼成功，“前罪自当涣释”。
康熙重视广西的郁林、湖南的郴州、永兴等地，他说“今赖皇天之眷佑，祖宗之威福，群臣尽力，将士用命，前后恢复闽海、两粤，以至湖南岳阳诸处，擒斩巨魁殆尽，望风归正不可胜数，剩余之敌势如破竹，解吾民之倒悬，行有日矣”。于是，他令各路大将军、王、贝勒等：“剿抚兼施，贼有悔过投诚者，免罪叙述录用，将此恩意，概行晓谕。”正、二月间，湖南战场上出现了节节胜利的大好形势。吴三桂在长沙的部队偷偷地逃掉了，岳乐立即率部入城，并乘胜南下，恢复湘潭。察尼指挥大军进攻湘阴，湖广提督桑峨、固山贝子彰泰攻占华容、石首二县。勒尔锦派兵渡江，收复宜都、澧州、常德府等地。简亲王喇布派前锋统领希佛乘夜袭取了衡州，随后又攻占了耒阳。吴三桂的手下纷纷率众投降。
湖南既已恢复，康熙着手进兵四川、云南、贵州。他对各路大军的方位与任务作了重新部署。命勒尔锦回驻荆州，调度荆、岳、彝陵（宜昌）、襄阳等处军务，进兵湖北归州（秭归）、巴东等地，扑灭山贼，收复兴安，以配合陕西军队进占四川；察尼向辰州、沅州方向发动攻击，调度澧州以南军务，并攻占进黔要路辰龙关；岳乐向宝庆府、武冈州一线发起攻击，攻取另一进黔门户枫木岭；喇布与穆占合兵收复永州等地，并调拨精兵每佐领三、四名，在希佛率领下奔赴将军莽依图军前，前去支援广西，以开辟新的入滇路线。岳乐进攻武冈枫木岭，因广西巡抚傅宏烈切断了敌人的粮道，进展顺利，八月，清军收复武冈。攻取辰州辰龙关之战较为激烈，康熙十九年（1680年）三月，清军方才攻克辰龙关，守关叛军逃窜，陈州伪知府、伪将军等率众投降。进军川、云、贵的条件成熟。
康熙十八年（1679年）初，岳州被清军收复，湖南大局已定，清廷便决议进攻四川。以大将军图海为首的驻陕满族将领，被上次的保宁之战吓怕了，不敢出战，汉族将领宁夏提督赵良栋勇猛有谋略，毅然要求进兵四川。他于四月上疏说：“今湖南既定，宜取汉中、兴安，规四川。臣愿精选所部步骑五千，独当一路。”康熙帝览奏大喜，命令图海等人就此疏再作商议，希望图海能出兵四川。不料图海等仍取消极拖延态度，先是强调“栈道、益门镇各口，逆贼来犯，据险为营”，不能进兵；后又借口“贼毁偏桥，无路可通，竟尔却还”。康熙对此极为气愤，他质问图海：“如此懦怯易退，何时乃得破贼？”又经一再督促，图海于八月起草一个九月初八四路进兵收复汉中、兴安的方案，亦因将领意见不一，未能贯彻执行。康熙帝面对此情此景，决定以绿旗营兵将为主，平定汉中、兴安，收复四川。
同年十月初十，康熙遣内阁学士禧佛、郎中倭黑带着皇上的敕令赴陕西，向将军张勇、王进宝、提督赵良栋、孙思克宣读皇上旨意：“各率所属绿旗兵平定汉中、兴安，恢复四川。”“尔等官兵前进，则满洲大兵，亦即相继进剿，接运粮饷，不至匮之。”龙安府（四川平武）伪总兵投降。赵良栋率绿营兵从龙安南下，于康熙十九年（1680年）正月十一日进抵成都二十里铺，伪巡抚率众迎降，成都克复。康熙奖其功，提升赵良栋为云贵总督，加兵部尚书，仍领将军。赵良栋分遣游击冶国用等收复雅州府、象岭、建昌诸卫，又向东攻占叙州，平定纳溪、永宁诸县。与此同时，王进宝于正月十三日经过激战占领了保宁府（四川阆中），敌守将王屏藩自杀，伪将军吴之茂被擒获。正月十八日，又收复顺庆府（南充市）。在赵、王胜利进军中，康熙派建威将军吴丹、将军鄂克济哈率领满兵，作王进宝、赵良栋的后续部队，“转饷源源不绝，相随而行”。汉将自成一军，仅用三个月时间就收复了四川绝大部分地区。
在四川战场上，康熙帝之所以重用绿营汉兵，实在是与满军将领不得力、无法打开局面有重大关系，并非根本改变“满汉合兵”制。因此，在进兵云贵前夕，他又按“满汉合兵”制作了军事部署。康熙十九年（1680年）二月初一，为迅速收复云贵，康熙帝重新安排四川战守，将五路进兵合为一路，命“将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋等同进取吴丹、鄂克济哈于顺承郡王军中，简精名马兵，将之前行”。在四川战场上吴丹实际上成为了主帅，赵良栋反而退居第二位，王进宝以“疾病”为理由请罢。康熙命王进宝回固原治病，由其子王用予暂时统率其部队，驻扎保宁，进剿云贵时随军前进。
康熙二十年（1681年）正月初一，在平定两广之后，赖塔从广西最西部的西隆州出发，击败何继祖，攻占石门坎隘口，恢复安隆所。二月初二在贵州西南的黄草坝，赖塔又击败詹养的两万部队，打通了进入云南的门户。二月十二日，赖塔收复云南曲靖府。十五日，从曲靖府起行，相继收复马龙州、易龙所。十六日，收复杨林城、嵩明州，进抵云南首府昆明。这条从广西出发经黄草坝的进滇路线，正巧是当年清军追赶南明永历帝所走过的道路。赖塔谨遵谕旨，取得辉煌的战功，康熙对此极为满意，曾说：“平定云南，赖塔之功最大。”继赖塔之后，一直观望不前的贝子彰泰，也率部向昆明挺进。两路大军在归化寺安营，于二月十一日大败出城作战的吴军万余人，然后进围昆明。云南、贵州的少数民族痛恨吴三桂的暴政，对康熙帝优待少数民族的政策极为欢迎，大力支援清军，协助解决军饷，推动了胜利的早日到来。康熙特嘱大将军贝子彰泰，奖励各族，“毋致有误军饷”。
在四川方面，康熙重新起用王进宝，命他“驰赴保宁，兼守汉中”，以平息谭弘父子的骚扰。并将满洲将军吴丹和鄂克济哈调离，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路，以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。康熙令其驰赴赵良栋军前“会商剿贼”，力争将吴军伪将马宝、胡国柱、夏国相等就地消灭，防其归援云南。当康熙得知胡国柱等逃遁消息之后，于三日二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等：“于接到命令之日起，即各统官兵速行蹑击，勿令得援云南。”赵良栋从三月起“追剿胡国柱于观音崖”，五月，收复泸州、叙州（宜宾市）、永宁（叙永）。七月，攻占西昌，乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱一路逃窜，在无路可逃的情况下自杀。马宝逃至姚安，向清军投降。夏国相逃至广南，也因无路可逃而投降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵进抵昆明。至此，广西、贵州、四川三路进滇之势已成。
十月初八，彰泰等遵照康熙帝的指示进抵昆明城下驻扎下来，随后开始了全力攻城。二十日，会议令赵良栋破南坝之贼，取双塔。良栋于二十二日夜指挥军队，亲冒矢石，攻占南坝，夺取玉皇阁，进逼新桥。敌人死守新桥。赵良栋伏马兵于南坝两岸，分步兵为三队，营壕墙外，持大刀督阵。二十五日夜二鼓，攻桥，双方展开了殊死搏斗。伪国公郭壮图亲搏战，三进壕墙，而清军伏兵也三次冲出击杀敌人，贼败走，赵良栋夺桥追至三市街。贼兵见清兵猛勇，人心始乱。这时，彰泰令诸军悉进，在桂花寺大败吴军。二十八日夜，吴三桂的孙子吴世璠、郭壮图及其子郭宗汾自杀。二十九日，伪将军线绒等率众出城投降。
至此，为时八载的平叛战争胜利宣告结束。康熙帝接到捷报后，激动不已，挥笔写下《滇平》诗，以“回思几载焦劳意，此日方同万国欢”之句，抒发他长期辛劳获胜后的喜悦心情。
八年平叛战争，是清朝统治阶级内部分配权力的斗争，是中央政府与地方割据势力之间的殊死斗争。在平叛过程中，康熙帝进行了正确的指挥。为了及时了解前方情况，康熙帝特别命令兵部于原有的驿站之外，特设笔帖式驰报军情，每四百里设笔贴式一员，拔什库一名，担任汇报军情工作，有了笔帖式，清廷的前线战况及皇帝的谕旨均可在一昼夜里送达千里以外的地方，发挥了使用畜力交通的最高效能。另外，为平叛，康熙帝还提高了绿营兵的地位，提拔重用汉族人将领。如果没有汉兵参加，平定三藩是不可能的。相反，吴三桂虽然打着反清复明的旗号，但由于他与其他藩王对境内人民残酷剥削和压迫遭到人民反对。吴三桂迎清兵入关追杀永历帝早已遭到汉族人的唾弃，之后又出尔反尔，所以根本得不到任何同情，加上内部矛盾重重，军纪败坏，失败是不可避免的。
康熙平定三藩之乱，是清朝前期的重大事件。三藩平定，康熙将官吏选任大权收归中央，划一军队编制，原来各自独立的吴、耿、尚、孔等部队，除吴部调往边境驻防外，其他均编入八旗，同时于荆州、福州、广州增设八旗驻防，广西、云南派驻绿营兵。清朝中央统治的权力得以集中和加强，清王朝进一步实现了国家的统一。另外，将三藩财产没收归官，充作军饷，清除滇、粤、闽等地方积弊，为清朝整顿边区，巩固疆域创造了有利条件，并为社会经济的恢复奠定了基础。
