罢官的挫折，并未影响姚莹的壮志。他在当时写的《与刘明东书》中说：“造物者能厄人之遇，不能厄人之心。古人君子虽极颠连困苦，而秉志坚定，百折不回。仆于古人，何能为役？然穷困愈甚，乃见理愈明，觉确然有据，故倔强自好之气，亦愈不为人屈。盖此心不为穷达所系久矣，造物其如人何？”更何况是在“平素不合之上官，方耽耽欲投石于井”的情况下，“幸得洁身而行，不为缪辱”，说明自己的清廉，使他们实在抓不住什么把柄，只好在公务方面作文章。事既不实，又有何愧疚？而罢官后百姓的热情接济、代偿夙债，临行时“又送者相随数十里，至于舟中甚众，”更是最大的欣慰。“政声人去后”。这才是最令人感动的。
然而，老父的突然去世，却打乱了内渡后遵旨入京引见的计划，只好暂居福州，为父“守制”（停官服丧）。按理，应回乡安葬亡者之后“守制”，但扶柩归里，耗费甚大，一时无从筹措，只好从简。在封建时代，父丧不能安葬，是做儿子者最大的不安。“守制”三年，举家生活又将如何料理？这些都不能不令姚莹倍感焦虑。
天无绝人之路。这年（1823年）秋，姚莹的乡试座师赵慎畛由广西巡抚升任闽浙总督。赵对姚莹这个门生一向颇为欣赏鼓励。他任官广东时，姚莹正好游粤，有过接触。后虽分手，仍保持联系。赵至福建做官，眼见门生处于困窘，即慷概解囊，资助其归葬，并挽留姚莹在闽。姚莹难违恩师盛意，便由兄扶柩还乡，自己与家属留闽，但监于忌恨者仍在窥伺，深恐因而影响恩师。恰巧漳州方知府调任台湾知府，方素知姚莹的才干，特邀他为幕僚，随其赴任。姚在得到赵的谅解后，便于当年冬再去台湾。台湾士民闻姚复至，“争以鼓吹来迎”。
倘说前此任官台湾，是姚莹成为“台湾通”的开始，那么，这次以知府幕友身份入台，便使姚莹对台湾的研究更为升华而成熟。这是因为：当初集中考虑到的多是面临的县、厅具体政务，现在不仅是知府的幕僚，且不时因赵慎畛的咨访而充当总督事实上的顾问，因而更多着眼于台岛全局，更多集中于体制和政策，因感赵、方的知遇而知无不言，以往所建议而未被采纳者，均和盘托出，得为采纳，付诸实施。
后来，姚莹就他前番在台任官和此番去台充幕期间的调查、见闻施设与论议，汇编为《东槎纪略》五卷。他说：这本书“述海外岩疆所以安危之要及近时贤执政之所兴革、论建”，“事皆纪实，言归切要”。吴德旋为该书作序，称姚莹“夙留意经世之学，不为詹詹小言”，“后之从事台湾者，必取其言以为鉴”。作为一部有价值的关于台湾事务的专书，它既是姚莹的“经世”成果，也奠定了姚莹的“台湾通”的地位。
1825年，姚莹“守制”期终，向方知府告辞内渡，经故乡而入都引见。1826年初，得引见，奉旨：“以获盗功，改为降二级调用。”又依时例，捐复原官，归部铨选。因次年春末便可当选，故索性在京等待。期间，与魏源、龚自珍、张际亮、汤鹏等过从甚密，切磋世务，探讨学问，彼此间赠答诗文甚多，结成深厚的友谊。不幸的是1827年初，母亲张氏在福州病故。姚莹闻讯，忙告丧假，赶回福州。
本来马上便可选得官职，重入仕途，再展抱负。然而突来的不幸，使他又开始了三年的“守制”。经济的困难，尤如当年父丧之时。念及慈母的抚育教养和近年的随之奔波流离，痛心疾首的心情比当年丧父时还重。这时，恩师赵慎畛已调任云贵总督。方传遂已升福建汀漳龙道，闻姚莹之窘，又延请他去漳州入幕，以为生计。次年秋，他便将家眷打发还乡，以节约开支。
这一时期的姚莹，除继续为贫困所笼罩外，更因岁月磋跎而焦急。他在《与李永州书》中透露当时的心境说：“仆幼贫贱，备极艰苦，甫欲见伸即重遭困踬”，连遭罢官、丧父、丧母的打击，虽“坎坷而不知悔”，仍“期有所振厉”，但“人生无多岁月耳”，及此壮盛之年，不得有所施为，“更历数年，境遇之穷益甚，精力尚堪用乎！1830年春，“守丧”期终，姚莹经浙返里，谋北上入都补官。此前，其恩师赵慎畛已病故于云贵总督任上，归葬原籍湖南武陵（今常德市）。姚莹感念恩德，专程前往湖南拜祭于墓下。1831年春，姚莹由桐城抵京，等候补。因这年夏天江南大水，善后工作急需人员，两江总督陶澍等奏请朝廷派知县六人。姚莹经“引见”后，奉旨前往江苏，于9月到南京报到。若非江苏奏请缺人，姚莹既未必能这么快就补上缺，而且补上官也只能在福建。
姚莹自37岁因事罢官，中间又经过了十年的时间，再次任官，时已47岁。报到后，先是被派跟随总督巡查河工、漕运，然后被任为临时代理武进知县。
武进与阳湖二县，当时同为常州府的首县。二县衙门与知府衙门同城，二县分辖府城之城、郊。即今江苏省常州市。由于当地为经济发达、人口繁盛之区，又处交通要道，事务较多，故设两首县。
1832年春，姚莹赴任武进。县境孟渎三河为农田灌溉之所资，因于淤塞不畅而奏准兴工疏浚。去年冬即已开工，未成便因大雨雪而报废。姚莹上任前，上司便令他抓好此项工程。开春后，即督办此事，经实地勘察之后，姚莹坚持延缓到秋后兴工，理由是：“水利之兴原以利农。今当春中，使民废耕而工作，非便。”他考虑的是不利于春耕。而且，此时兴工，因于河道首、尾筑坝拦水，两岸数万亩农田无从灌溉，是“利未兴而受害已大”。况必于此时动工，未完工便“及盛夏，大雨时行，工必再坏”。因所言在理符实，上司只好采纳，认为他有主见，敢直言。这年，台湾因张丙起义而局势紧张，清政府忙从河南、陕西调兵前往增援。武进正是要道，县官要妥为安排官兵过境，料理食宿和供应。有些地方官，就是因为弄得不好，既遭过军的敲诈勒索，扰害地方，且被诬以贻误军机而获罪。姚莹为此很费精力，总算交了差，没有发生什么问题。秋后，河工开始。姚莹又率夫役不分昼夜地奔走，至次年春竣工。
这时，林则徐已调任江苏巡抚，闻姚莹为干才，想把他调为幕僚。而姚莹更愿意通过实际工作，历练政务，遂婉言谢辞，林亦理解。冬天，姚莹被调往苏州府，任代理元和县知县。
当时苏州府有三首县：长洲、元和、吴县。三知县衙门与知府、分巡苏州道、江苏按察使、布政使、江苏巡抚、督理织造等衙门，都在苏州府城，即今苏州市。三县分理府城之城、郊。
姚莹被调署元和，是因为原元和知县平瀚，亏损白米万石，被撤职查办。平有贤声，并未贪污。亏空是历任延续下来的，非平一任之事。姚莹抵任，眼见粮船急于兑米，上司亦授意由姚出头，代为设法弥补。结果除同僚酌量分摊一部分外，姚莹只好自己挪借代为赔垫，平始得减罪离去。这种由后任和同僚分摊前任的“公亏”，是当时官场的不成文法。而姚莹前在台湾，也曾因“公亏”而拖延时间不能离开，故对此感受最深。既经上官示意，又对平瀚深表同情，遂仗义出头，保全了平。而自己却负债甚重，很长时间不能解脱。
1834年，宣宗皇帝令中外大臣明保人才，（这比“密荐”的制度更加透明）。两江总督陶澍、江苏巡抚林则徐，均保举属下的姚莹。陶的评语是：“精勤卓练，有守有为”。林的评语是：“学问优长，所至于山川形势，民情利弊，无不悉心讲求，故能洞悉物情，遇事确有把握。前在闽省，闻其历著政声。自到江南，历试河工漕务、词讼听断，皆能办理裕如，武进士民至今畏而爱之”。陶、徐皆名臣，不为阿好；“明保”又为公开于众，没有实据，必遭讥弹。故这种评语，实在是对姚莹的公正评价。故被他视为生平“十幸”之一。
不久，姚莹即奉旨被提升为高邮（今为县）知州（文从五品）。但姚莹未去高邮上任，便被调署淮南监掣同知（文正五品）。
监掣同知，为两淮盐运使司（司驻扬州，盐运使为文从三品）的下属机构，分以淮南、淮北为名。淮南盐掣同知，驻扬州府仪征县（今为江苏省仪征市），掌控所属区域内掣盐的政令。掣盐，即抽验盐商所贩运之盐是否符合盐引规定的数量，以防超额偷漏。
1834年，姚莹被任命为淮南盐掣同知，秋天时，他开始筹备仪征运盐河，到冬天时开始兴工。年底，因两淮盐运使出缺，姚莹被调任护理两淮盐运使。在此任上，曾对现行制度的不足，多所建议，得准施行，盐商心悦诚服。中间曾于1836年奉旨进京被召见。
1837年10月间奉旨：“台湾为海外要区，非熟悉情形、才守兼优之员，不足以资表率。因思淮南盐掣同知姚莹，前经陶澍等保举，朕于召见时察其才具明白谙练，曾任台湾县知县、噶玛兰厅通判，于该处情形较为熟悉。所有福建台湾道员缺，即着以姚莹升署，仍俟期满再请实授，并着照例赏加按察使衔。钦此！姚莹因而交卸护理盐运使，离开扬州，先赴省（苏州）办理手续，转而赴台，他从47岁到53岁的再起任官江苏，圆满结束。
