一天早上，拉斐尔去看望略感不适的所多玛大师，并且对他说：“您能让我为您画张像吗？”
《教义辩论》的画稿差不多已全部移到了壁画上，年轻的大师又开始着手对面墙上那一幅。他已同圣上商定了它的题目：《雅典学派》。
在认识真理的道路上，这一学派起过重大的作用。应当把古希腊最著名的贤哲们画在梵蒂冈内殿的墙壁上。
《教义辩论》中的神学家世界同教会的教条和法规密切相关。这里得考虑一切因素：人物的位置，服饰的处理，手的每个动作，面部的每个表情……凡此种种，都得反复思考、斟酌。神学家、宗教裁判官、僧团首脑以及接近教皇的枢机主教们对壁画的草图进行了多次讨论。有些人希望拉斐尔改变圣奥古斯丁的面目，另一些人则不喜欢圣耶罗宁的服饰。直到画稿上出现圣上亲笔写的“同意”及其富于特色的签名之后，拉斐尔和他的助手们才松了一口气，像是从肩上卸下了一座大山。
而在《雅典学派》的构思中，拉斐尔则为哲学家们提供了更大的行动自由。的确，早在救世主降生之前五百年，柏拉图和亚里士多德的学说就受到人们的尊重，因而他们即处于几乎是宗教祝福式的氛围之中。
不过，在描绘他们时，不一定要有严格的象征秩序，画家能在这里自由驰骋自己的想像。
柏拉图和亚里士多德处于壁画的中心，左右两旁是他们的学生和追随者。这些人在画面上形成了几个群体。在这里，拉斐尔用不着再像处理《教义辩论》中的神父和神学那样，严格按照等级关系安排他们的位置。《雅典学派》中人物的面部表情反映出，似乎他们都参与创造文法、修辞、逻辑、算术、几何、天文和音乐这“七种自由艺术”的伟大真理。
哲学家们都在沉思默想，把握它们的秘密。在《教义辩论》中，拉斐尔时刻得留意，不可将圣徒画得像其原型或模特儿。任何圣徒或神学家的画像，若被发现与某个具体的人有相似之处，就会成为互相嫉妒和闲言碎语的祸根，那些比较年轻的枢机主教对此尤其认真。画家只能靠自己虔诚的想像来创造圣徒或神学家的面目，无论如何不能画成依然健在者的样子。而在《雅典学派》中，虽然也得遵守一定的限度，但却可以描绘现实生活中的人。拉斐尔所画的第一个人是布拉曼特大师，以他作为阿基米德的模特儿。“我该怎么感谢你呢？”德高望重的大师半开玩笑地问道，激动得眼圈都湿了。要知道，进入拉斐尔所绘制的梵蒂冈壁画意味着跻身圣哲之林获得永生。
凡是得进拉斐尔工作室的人，无不为阿基米德的画像惊叹：画得太美了！
不久之后，人们纷纷来找拉斐尔的助手、朋友和庇护人说情，希望能让自己的尊容进入梵蒂冈的壁画，哪怕只露半边面孔也行。可是，除了布拉曼特之外，画家迄今还没有再为《雅典学派》选择模特儿。他碰到了严重的构图难题，与同事们就这个问题进行了认真的辩论。所多玛越来越引起拉斐尔的关注：拉斐尔注意到，这位长者的心情十分痛苦。
他在内殿所画的一切，只有拱顶画因为拉斐尔说情得以保存，其余的几幅都被毫不留情地用灰浆覆盖了。不仅如此，圣上还叫他服从拉斐尔的指挥。要知道，拉斐尔才是个乳臭未干的新手，而他所多玛却是久负盛名的老画师啊！有什么办法呢？遵照圣上的旨意，年轻的乌尔比诺画师权威地统管内廷的壁画绘制，不仅他的整个工作室，连所多玛都得绝对服从他。拉斐尔负责起草画稿，规定工作节奏，决定什么时候由什么人在什么地方干什么事情。这一切当然不可能没有意见和摩擦。但是，只要他说上几句温和的话，露出迷人的笑容，互相嫉妒的画师们就会重归于好。
一天早上，拉斐尔请所多玛坐在靠椅上，不顾工作室里的喧哗吵嚷，一边为他画铅笔速写像，一边同他交谈。当拉斐尔叫人去把只有在梵蒂冈才能找到的大镜子抬来时，更令他的助手们惊诧不已。两个学徒费力雅典学派地扶着装在金属框里的大镜子，让拉斐尔对着它把他自己连同所多玛大师的半身像一起画下来。转瞬之间，拉斐尔意欲让自己和自己的同事一起在《雅典学派》中流芳百世的消息便传遍了整个梵蒂冈。圣上是否知道这一情况呢？他是否会恩准呢？典仪大臣格拉西斯对于人们就此提出的种种问题，始终一言不发。
正午之后不久，工作室门口通常会有两个瑞士籍卫军士兵站岗。他们受命，除了枢机主教之外，不得放任何人进去。有的枢机主教利用这一特权溜进工作室，但因被当作不速之客，很快就离去了。枢机主教们很难理解工作室里的争论：它们像旋风一样此起彼伏，在画案、画架上刚刚停息下来，很快又重新爆发。透视、三度空间、对位、视觉效果、构图理论、光的作用以及色阶等等，都成了争论的对象，只有内行人才听得懂。关于壁画色调的争论最为激烈。拉斐尔在这方面作了许多创新性的探索和试验，力求每一幅壁画的色彩都具有独特的效果。的确，凡是亲眼在谢尼亚图拉厅见到《雅典学派》的人，有谁能不为它的生动构图和奇妙色彩叫绝呢？
现在，拉斐尔从清晨到深夜都待在梵蒂冈。除了从事壁画创作之外，他还进行业务谈判，向订画人催款。在回工作室的路上顺便同熟人聊上几句，然后又走到画案前，将他在梵蒂冈迷宫中穿行时想到的一两个细部迅速画出来，再去处理急务。
有一天，他很快就画出了一个身材修长的男孩的草图，虽然只有几笔，但轮廓鲜明而又肯定。而且，尽管男孩的脸还没有画出来，但是所有看到这幅素描的人，都很容易认识这画的是曼图亚侯爵的儿子，梵蒂冈的囚徒，教皇朱里的宠儿。男孩的父亲弗朗切斯科·贡扎加当时任征讨威尼斯共和国的联军总司令。他将儿子作为人质交给梵蒂冈，是为了表明，他既不会欺骗教皇，也不会欺骗追随教皇的其他诸侯。小侯爵聪明活泼，连梵蒂冈最阴沉的高级僧侣也不由自主地对他产生好感。即使是对自己的亲生女儿也往往板着面孔的教皇，也同样喜欢他，常叫他与自己同桌吃饭。教皇亲自为小侯爵聘请最好的老师，并且出钱请拉斐尔给他画像。可是，这孩子的像怎么会画进《雅典学派》里去呢？他挤在画上的那些哲人中间有什么作用呢？拉斐尔画稿中蕴藏着多少伟大的思想、绝妙的技艺和多么丰富的变化。
在《雅典学派》的草图上，12世纪的阿拉伯哲学家阿威罗伊包着土耳其式的缠头布，极富特色。6世纪古希腊学者毕达哥拉斯出现在画图的左侧。在处于次要地位的一组正在争论的哲人中间，现出一个身材高大匀称、留着长发的少年。现在，他的脸还没有画，不过，拉斐尔的助手们即已在猜测这会是谁。当他们憋不住问拉斐尔时，大师故作神秘，不予回答。
在思考如何让柏拉图具有达·芬奇的形象特征时，拉斐尔决定，为了公正，也应让米开朗琪罗在画图上占据同样重要的位置。拉斐尔虽说无法弄到米开朗琪罗的自画像，也无缘为之写生，却深信自己能准确地传达这位性情执拗的大师的神态和形象特征。长着大鹰钩鼻的面孔，炯炯有神的眼睛，又长又浓密的大胡子……作为古希腊哲学家赫拉克利特的模特儿，实在再恰当不过了。
有一天，人文学者卡斯季里奥涅到工作室来。当时，拉斐尔正在构思古希腊天文学家托勒密的形象。他已为此人在《雅典学派》中安排了位置。卡斯季里奥涅一进门，拉斐尔就觉得这位老朋友就是他想像中的托勒密。他马上叫对方坐好，给他画了两张速写像。
卡斯季里奥涅把拉斐尔所画的速写拿过一看，惊奇地叫道：“您让我戴上皇冠，使我成了古埃及皇帝托勒密。可是，这个托勒密与天文学家托勒玫毫不相干啊！”
拉斐尔风趣地回答：“这有什么关系呢？不都叫托勒密吗？再说您本是学者之王，早就该戴上王冠了！”
老画师所多玛也在《雅典学派》中获得一席之地：他被画成了犬儒主义哲学家狄奥根涅斯……
工作室里用来计时的不是沙漏，而是一种用水力带动的机器。这个精巧的计时器表明现在是下午3时。拉斐尔洗净手，披上风衣。助手们一看就明白，大师有事要出门了。
拉斐尔刚一离开，工作室的节奏就出了问题：助手们大声地争论起来。虽说拉斐尔常常面带微笑，很少责备人，更从不处罚，助手们觉得在他的手下工作很舒心；但他毕竟是大师，在他面前的言行不能不有所顾忌。现在，他一离去，年轻人们就趁机放松一下自己。
