5月24日夜，天降大雨，牛岛下令全军弃城后撤。倾盆大雨掩护了撤退，但也增加了后撤的困难，特别对那些伤兵来说尤为如此。伤兵撤离火线以来，既没有药，也缺吃少喝，那些仍能站立的伤兵在不久前还是师范学校学生的女护士的照料下，三三两两地在黑暗中相互牵拉着绳子摸索前进。
美军很快发现了敌军意图。5月27日，巴克纳尔命令全军：“有迹象表明敌军要撤至新防线，可能对威胁其侧翼的我军发动反攻，要立刻给敌人施加强大压力，弄清其意图，使他们进退不得。决不容许敌人轻易建立起新的防线。”
前线美军立即用炮火封锁道路和交叉路口，并派出侦察战斗部队插入整个首里防线。但是，掩护撤退的敌人炮火猛烈，使侦察部队误认为敌人是在顽强坚守，而不是后撤。直到5月29日，海军陆战第1师攻人首里城郊，美军才知道敌人确实已弃城而逃。
5月31日，美军从两个方向小心翼翼地开进古都首里。这座古城在炮火袭击下已成为一片瓦砾，1万名民工用8年时间构筑的各种建筑物和工事已荡然无存，大块大块的城墙像孩子们玩的积木东倒西歪，只有两个被炮火打坏的铜钟还能认出来。乱石底下还在冒烟，数以百计的平民和他们的用品被埋在底下，空气中弥漫着夹杂腐烂尸臭味的刺鼻的浓烟。
牛岛带着大部人马逃脱，并在首里城正南9英里处的一个悬崖旁边的山洞内设立了新司令部，但却给冲绳人带来巨大灾难。当地的老百姓惊慌失措，成群结队地跟在牛岛部队后面南逃，被美军炮弹炸得尸横遍野，成千上万的尸体留在泥泞的道路上。
巴克纳尔十分高兴未遇抵抗就占领了首里城，他认为冲绳战役已进入尾声，这倒不是说没仗可打，而是日军已无法再建立起一条像首里这样的新防线。
然而，后撤到冲绳南端喜屋武半岛的日军找到了一个天然屏障，它是座珊瑚山，由八重濑岳和与座岳重合而成。它犹如一堵大墙，横切冲绳南端大部分地区。牛岛虽知败局已定，却要在这里进行最后抵抗。
6月1日，厚厚的云层像毯子一样覆盖在喜屋武半岛，雨仍下个不停，美军在齐脚踝深的泥泞中步履艰难地从东西两面向半岛缓慢地前进。东面，是知念半岛，没有重兵防守；西面，是小禄半岛，由海军冲绳基地司令大田实海军少将率2000名官兵防守。
6月5日，雨终于停了，但地未干，泥沼帮助牛岛迟滞了美军的进攻。直到6月10日，美步兵第96师才对八重濑岳发起猛烈进攻。
进攻猛烈，抵抗亦顽强而残酷。“铁血勤皇队”队长山城宏中佐让他的队员身上绑上炸药，冒着弹雨，钻到美军坦克底盘下引爆。许多美军坦克都是被这些十三四岁的“活地雷”炸毁的。
美军简直被日本人这种残忍凶猛的自杀行为惊呆了，他们实在难以相信在这个星球还有如此狂妄、古怪、偏执、残暴的民族。6月13日夜，美军在付出沉重代价后，终于占领了这道天然屏障，战斗转为逐洞战。
日军第27联队联队长金山均大佐率部百余名官兵被堵在山洞内，几次突围均被美军火焰喷射器烧得焦头烂额。绝望中，他用汽油烧毁军旗，对部下喊道：“过去的3个月中，诸位经历了千辛万苦，打得十分出色，我深表感谢。我现在宣布部队解散，你们可自谋出路，想回本土的可以试试，我是要死在这里的，你们不应该分担我的责任。”
他的部下不知如何是好，他们反对自谋出路。金山抽出匕首，凝视部下，再次告诫他们不要“仿效”他。然后一声不响地把腹部切开，鲜血立即喷出来。他的副官佐藤治郎大尉举起战刀，猛地一砍，金山便身首异地。之后，佐藤喊一声：“天皇陛下万岁！”随即扣动扳机自杀。
小禄半岛的日军与美海军陆战队展开殊死战斗。太田实虽顽固坚守，终不支美军强大攻势，节节退至一山洞。这里是他的野战医院，洞内躺着300名重伤员。他担心美军追杀到此，用火焰喷射器烧死这些人，遂命令军医官给所有不能行走的重伤员注射毒药，让他们迅速而没有痛苦地死去。太田实随即自杀身亡。
巴克纳尔从来没有如此兴奋，他的部队正在用手榴弹、炸药包和火焰喷射器逐洞追逐藏匿于其中的敌人，这简直是一场狩猎！许多日本官兵被炸药和火焰喷射器封死在里面，痛苦地死去。他们希冀藏身的洞穴，成了他们最后的墓穴。
6月18日，巴克纳尔在海军陆战第1师第7团团长奥勃莱恩海军上校的陪同下视察战场，按照原作战方案，捣毁日军巢穴的任务将由陆战第1师完成。
大自然是不死的。尽管战争已把冲绳毁得面目全非，但是那千姿百态的峰峦，秀丽的丘陵、清澈的溪流、中国式牌坊与古墓、日本式房屋、佛教浮屠仍依稀可见，显示出奇丽的美。这令久在北极圈内的阿拉斯加服役的巴克纳尔赞叹不已。阿拉斯加除了白色冰雪以外，没有其他色调。在那里，狗和爱斯基摩人是生活的全部内容。
巴克纳尔饶有兴致地饱览冲绳岛的美色，在奥勃莱恩的伴随下，来到7团，视察他们进入阵地的情况。7团阵地设在真荣里，是片石灰岩丘陵地带，低山透迤，各种奇峰异石，重重叠叠，有的像莲花瓣，有的像大象头，有的像少妇，有的像老人，有的像猿猴，有的像老虎，有的错落成桥，有的兀立如柱，有的侧身探海，有的怒目相向，有的什么也不像，黑乎乎的，一动不动堵住了他的去路。
这位陆军中将被大自然的鬼斧神工所沉迷，仔细端详着每一座山峰。忽然，他看见不远处一座很像狗头的山峰腰间有一山洞，周围的杂草几乎把它掩没。他拉了一下奥勃莱恩说道：“那个山洞是否有敌人？”
话音未落，那个洞口火光一闪，接踵而来的一声炮响，把一发75毫米山炮炮弹送了过来。炮弹正巧落在巴克纳尔的身后，把石灰岩炸得碎石乱飞，一片山石一下子就打断了他的脊椎，巴克纳尔顿时瘫在地上，10分钟后就咽了气。
奥勃莱恩觉得有一块极锋利的东西飞进胸膛，眼前一黑，便扑倒在岩石上，再也没醒过来。
巴克纳尔是美军在太平洋战争中阵亡的最高级将领，他的死震惊了胜利在望的美军，也激起了美国人对日本兵的更大仇视。第7团工兵很快用炸药封闭了那个洞口，步兵冲进去后，杀死了洞内全部日兵，缴获了那门独炮。
巴克纳尔战死后，海军陆战队第3军军长盖格接替了第10集团军司令一职。在美军历史上，还从来没有一位海军陆战队军官指挥过这么多的陆军部队。
盖格就任后，重新划分了海军陆战队和陆军的战线，严令两个军种向残敌发起总攻。
冲绳之战进入了高潮，日军的未日终于到了！
牛岛司令部的山洞阴湿、幽秘，充满了恐怖与绝望。暴躁的长勇被心脏病折磨得失去了凶威，静躺在行军床上，痛苦地听着洞外日益临近的枪炮声。
牛岛身上的军装潮乎乎地贴在身上。洞内混杂着烧糊的胶皮味和木炭烟味，他觉得很难受，走到洞外晒晒太阳。
“司令官，快到洞内去吧，前面两个高地已经失守，我要组织洞口防御。”浑身沾满血迹的八原从上面退了下来。
牛岛长叹一声，退进洞，打开衣箱，换上崭新的礼服，将戎马一生荣获的8枚勋章缀在左胸前，其中一枚金鸢勋章是日本军人的最高荣誉。
长勇见状，吃力地抬起身问道：“司令官莫非殉国？”
牛岛点点头道：“势穷力尽，何颜生还？”
长勇泣道：“卑职愿随长官同赴国难。”
牛岛唤来八原道：“君可设法冲杀出去，逃回本上，不必与我一同成仁。冲绳作战证明你的战术思想是对的，将来本土防御用得着，切记！”
然后，他向全军将士发出明码电报，下达了最后一道命令：“由于全军将士3个月的奋勇战斗，我军任务业已完成。但是，目前我军刀折矢尽，全军危在旦夕，部队间通讯联络全部断绝，军司令部已无法指挥。今后在局部地区的部队和幸存士兵应各自为战，到最后时刻希发扬敢斗精神和永生之大义。”
电报发完后，他下令解散陆军医院，命令部队向北突围，深入敌后与敌展开游击战。但为时已晚，美军用喷火器封死了所有日军藏匿的洞穴，许多日军被烧死在洞中。
牛岛呷了一口酒，拔出战刀剖腹自尽。
牛岛等人自杀后，岛上日军溃不成军。同一天，设在嘉手纳机场附近的美军第10集团军司令部举行了隆重的升旗仪式。盖格宣布，日军在冲绳有组织的抵抗已不存在，美军占领了冲绳。接着，军乐队奏美国国歌，星条旗徐徐升起。
冲绳战役，从3月18日美军航母编队袭击九州开始，至6月22日冲绳岛战斗基本结束，共历时96天，其中在冲绳岛上的激烈战斗就有82天之久，日军包括“大和”号战列舰在内的16艘水面舰艇和8艘潜艇被击沉，约4200架飞机被击落击毁，日军在冲绳岛上的约10万守军，除9000余人被俘外，其余全部被歼，冲绳岛的平民有7.5万人死伤。美军有32艘舰船被击沉，368艘被击伤，其中有13艘航母、10艘战列舰、5艘巡洋舰和67艘驱逐舰遭到重创，损失舰载机机763架，阵亡1.3万（陆军4600人，海军4900人，海军陆战队3400人），受伤3.6万（陆军1.81万人，海军4900人，海军陆战队1.36万人），另有2.6万人的非战斗伤亡。此役是美军在太平洋战争中伤亡最大的战役，因此英国首相邱吉尔认为冲绳战役将以史诗般的战斗，列入世界上最激烈、最着名的战斗而流传后世。鉴于在战役中所付出的惨重伤亡，美军没有举行大规模的庆祝活动。
美军以如此巨大的代价，攻占了冲绳群岛，打开了日本本土的西南门户，取得了进攻日本本土的海空基地，为在日本本土登陆作战创造了有利条件。而战役期间美军在冲绳群岛诸岛上建立起的航空基地网，进驻了大量的航空兵力，不仅可以有效地阻截日军来袭的飞机，而且还可以起飞轰炸日本本土的中心地带，进一步加强对日本本土的战略轰炸。
此次战役，日军10万守军，面对美军绝对优势的海空兵力和地面部队，在近乎孤立无援的情况下，坚持战斗三月有余，显示了日军抗登陆能力之高，战斗意志之顽强，同时日军所采取的战术，也为劣势军队组织有效的抗登陆战，提供了有益的经验。日军主要凭借坑道、天然岩洞和山地反斜面阵地，尽量削弱美军的火力优势，并积极开展近战、夜战，组织小部队频繁实施猛烈反击，消耗美军的有生力量，虽然守备部队和航空兵力在战役中遭受了严重损失，但为本土防御争取到了宝贵的备战时间，并使美军深刻意识到对日本本土的登陆将遇到更加激烈和残酷的战斗。
美军在作战中比较重视夺取战区制空权和制海权，依靠其绝对优势的海空力量，在确实掌握了琉球群岛的制空权、制海权，切断对守军各种支援，并对登陆部队进行海空火力支援后，才实施登陆，为此，美军以航母编队和战略空军的B-29重轰炸机多次袭击日本九州等地的日军航空基地，由于日军在九州地区建有很多机场，而且分布分散，加上防空火力的有力掩护，美军的空袭一直未能将其彻底压制，所以美军的航母编队只得长期停留在冲绳海域，充当登陆编队的屏障，在日军神风特攻队的疯狂攻击下，蒙受了巨大的损失。
美军比较成功的是战役中的后勤保障工作，参战部队总数高达五十余万，所有这些部队的物资供应，从飞机、大炮到炸药和汽油，甚至卫生纸、可口可乐到冰淇淋和口香糖，一切都是经过太平洋从美国本土运来的，工作量惊人之庞大，其中运输船队功不可没，他们冒着被日军潜艇和飞机击沉的危险，克服了潮湿炎热的海域长途航行中的种种困难，将物资源源不断送到前线，为战争作出了杰出的贡献。此外，美军首先夺取庆良间列岛，并将这个群岛建设成后勤前进基地，为参战舰艇提供就近的维修、补给和休整，也是非常明智而卓有成效的。
冲绳战役和前不久进行的硫黄岛战役，使美军深深明白，如果要在日本本土实施登陆，将面对怎样的疯狂抵抗，美军参谋长联席会议估计，日本本土登陆，美军将付出100百万人的伤亡，因此促使美国最终决定对日本使用刚研制成功的原子弹，以尽快结束战争。
日本人终于输掉了在其本土之外打的最后一个，也是最大的一个战役。
