刘毅败还的军士回城，都口口声声讲着敌军的胜利之势，其他人还惊恐他们成为传染病的携带者，局势乱得一发不可收拾。
确实，卢循、徐道覆“战士十余万，舟车百里不绝，楼船高十二丈”，浩浩荡荡、势不可当，着实吓人。朝中大臣孟昶、诸葛长民眼见建康危急，便想拥安帝过江以避兵锋。
孟昶可称是个乌鸦嘴，当初刘毅、何无忌出战，他均预言战役会落得失败这么一个下场，结果两人果然一出即败。到了这个时候，他又在朝议中表示刘裕出兵，也会重蹈覆辙。众人还纷纷对此有些相信。而刘裕坚决不同意皇帝出奔，他这么说道：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北又岂能可以逃得了呢？”
孟昶倒不是什么怯懦怀私的坏人，他就是坚信刘裕必败。见自己争不过刘裕，孟昶便在大殿上表示自己要自杀。刘裕也很是生气，他甚至说：“你先看我一战如何，再死也不晚！”
孟昶性急又固执，当晚回府，向皇帝休书一封，在这封奏折中他写道：“当初刘裕北讨，意见不同，为臣我力赞其行，致使强贼乘间，社稷危逼，此乃为臣之罪也。”写完奏书，孟昶饮药自尽。
还未到山穷水尽的地步，孟昶便先自杀了。这个人死确实也很是时候。
徐道覆是个勇毅决断之人。听说刘裕已在石头城集兵设防，便苦劝卢循：“从新亭疾趋白石，尽焚舟船，以示必死之志，然后数道进攻，毕全力于一战。”卢循一路大胜，更加有持重之心，便回复徐道覆说：“我大军未至，孟昶就望风自裁。以此推之，敌军不久必自相溃乱。如果决胜于一战，万一有失，损兵拆将，不如按兵待之。”
由此，卢循指挥军队已经驻屯于石头城的西岸蔡洲。
徐道覆深知小舅子多疑少决，回营后还曾叹息道：“我终为卢公所误，事必无成。倘我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
刘裕得到了一个喘息机会，他马上派人广伐树木，在淮口遍树从栅，又筑查浦、药园、廷尉三垒，派重兵坚守。过了一段时间，见晋军内部没有任何溃乱现象，卢循终于悔先前不从徐道覆之言，就指挥军队对晋军展开猛攻，但是似乎已经有些晚了。
卢循的进攻几乎都没有产生什么效果。不久，又遇上了狂风暴雨，卢循许多舰只都倾覆翻掉，许多兵士也淹死在海中。卢循是又气又闷，列阵南岸，与晋兵相斗，而已经缓过劲的晋军也奋勇争先，这样一来卢循又败了下来。
无奈之余，卢循和徐道覆二人就指挥军队转攻京口，也仍然是一无所得。
大势已去：卢循和徐道覆的“退场”
交战双发进入了长时间的相持阶段。
此时，刘裕却玩起“心理战”。他派宁朔将军索邈率1000多鲜卑人组成的精骑兵，身披虎皮坚甲，五彩斑斓，装束奇特，每人手持一旗，自淮北至新亭，蹄声阵阵，威风凛凛。
有记载这样形容当时的场面为“贼并聚观，咸畏惮之”。
就在自己的队伍已经逐渐疲惫的时候，徐道覆建议卢循退据寻阳，可以伺机取荆州，再寻取机会掉头进攻建康。而卢循也同意了这样的做法。自此，卢循、徐道覆两人便转攻为退，厄运也就开始了。
刘裕一面率军追赶，一面派沈田子等人率水军走水道绕海直袭番禺。
徐道覆集结了三万的人手进攻江陵，被荆州刺史刘道规打得大败。不久，晋将孙处等人乘大雾突袭番禺，一天即攻克了卢循老巢。沈田子等人也各率兵士，四击攻灭岭南的“邪教”残余势力。
到了安帝义熙六年（410年）底，刘裕集大军于大雷（今安徽望江），“卢循、徐道覆师众数万塞江而下，前后莫见舳舮之际”。
面对敌人最后的疯狂，刘裕派出轻装小船，满载引火之物，同时，他下令晋军用劲弩猛射敌军，待敌船聚泊西岸时，晋军岸上、小船上的兵士齐投沾满油的火炬，致使卢循和徐道覆船舰全都着起了大火，烟雾漫天，他们的军队因此也随即大溃，投水淹死的人就有上万人之多。
循和徐道覆二个人逃回寻阳后，欲奔豫章，便在左里（今江西都昌左蠡山）下栅，欲阻止晋军前进。可这一次左里之战，刘裕又获得了极大的胜利，晋军杀掉了他们的军队上万人。到了这个时候，徐道覆逃返始兴，卢循也往番禺方向奔返。
411年2月，晋将刘藩等人攻下了始兴，徐道覆也死在了其中。4月，卢循率残军逃回番禺，又把孙处等数千晋军包围在内。带兵在岭南一带攻伐的晋将沈田子等人一合计，认为番禺是卢循老巢，怕城内人里应外合，便一齐回军，反包围了正在攻城的卢循。
内外夹击之下，卢循大败，他的队伍又死伤数万余人，狼狈逃走后，一路也是连连败绩。最后，他跑到了交州附近（今越南北宁），与当地起兵反晋的俚、僚等蛮人合兵，进攻东晋交州刺史杜慧度。
杜慧度身处僻州，尽散家财以赏军士。晋军先在岸上向卢循舟船扔火把，然后又在两岸夹射浑身是火、四下奔逃的贼兵。坐在华丽的指挥大船上，卢循自知此次难逃一死，便先用毒酒把自己的妻子、儿女十多人尽数毒死。然后，他把数十位貌美的姫妾召至座前。
他这样问道：“我今将自杀，谁能和我一起死？”
而眼见大势已去，诸位美女也纷纷表示：“雀鼠尚且偷生苟活，从死实在太难！”只有两三个低声言道：“官人欲死，我们也不愿活着。”
其实上，这也是卢循给她们的一次考验。这次“考试”完毕，卢循让那两三个愿死的姫妾出舱，放她们一条生路。接着，他抬出大酒一缸，尽数毒死了那些不愿与他一起同死的姫妾。怔忡片刻，望着满船的尸体，卢循攀上船头，就赴水而死了。
另一方面，杜慧度得胜后，还杀掉了卢循的老父。他找到卢循尸身，再把首级割下，用小箱子精致包装。这是要送京师准备邀功。
至此，卢循，徐道覆折腾一年多，功败垂成，最终为刘裕所平灭。
算上孙恩，“五斗米教”折腾了达11年多，严重削弱了东晋的政权元气。虽然最终此教被扑灭，东晋的国祚也差不多走到了尽头。同时，孙恩、卢循之乱，对王、谢这样的东晋世家大族也打击极大，子弟纷纷被杀不说，经济方面也遭受了巨大的损失，丧失田产家财无数。
随着他们力量的削弱，刘裕为代表的寒人阶级因军功不断蹿上政权第一线，大族世家渐渐从主角变成了配角，混得好一点儿，也只能给将军们当当师爷和谋士了。
方国珍：浙东“海精”
宋元时代，社会经济重心南移，东南沿海成为富庶地区，海外贸易也有了新的发展，出现了国家赋税依赖对外贸易的新局面。
宋王朝为了增加收入，对海外贸易十分重视，先后在广州、杭州、明州、泉州设立市舶司或市舶务，掌管海外贸易，对来往船只进行收税。有高额利润的海外贸易被各阶层所注目，大官僚经营海外贸易从而获得巨大商利，有的官员利用权势经营海外贸易。百姓的私人贸易遭到官府的限止。
在这种情况下，不少海商被迫铤而走险，入海加入武装贸易活动的行列。海商参加海盗的贸易活动，赋予宋代海盗新特点：海盗在开展武装活动的同时，也进行海上贸易活动，用海盗的手段追求利润，他们联合商人共同反对政府垄断海外贸易，开展武装贩洋活动。海盗们亦盗亦商的，多样经营，边从事海上商业活动，开辟港口据点，边进行抢劫。
宋度宗年间，海盗陈明甫与陈公发盘踞临川镇，组织“外番贸易”，开创海盗亦商亦盗活动之先河。
海盗亦商活动给当地居民带来经济利益，因此“贼船”入港贸易很受欢迎。海盗从事民间海外自由贸易，与政府争夺利润，势必同政府市舶司官商发生矛盾冲突。海盗陈明甫、陈公发领导海盗开展反对市舶司垄断海外贸易，最后被严厉镇压。
这时期海盗的武装活动比过去次数更多、规模更大，出现数十个海上武装集团。一大群以强悍著称的海盗首领在这个海上大舞台上接连亮相。
其中，影响最大要数方国珍。
方国珍是元朝末年台州黄岩（今浙江黄岩）人，出身贫苦，以浮海贩盐为业，兄弟五人，以此为生。据说国珍身长七尺，状貌魁梧，力大无比。元朝末年各地官府对百姓的压迫和剥削十分深重，天下骚动。方国珍兄弟也被当地官府逼迫，逃亡下海。
在当时，浙东有歌谣“洋屿青，出海精”，人民均认为，“洋屿”，就是洋屿山；“海精”指方国珍。
方氏兄弟利用这一谣谚，在海上起事，附近民众纷纷归附。此后，方国珍转战浙苏，拥有巨舰千余，甲士几万人，据海道、阻绝南粮的北运，元人由困至亡。20年间攻占了台、温、庆元三郡，与其兄弟子分兵守卫，保境安民。在推翻元王朝的武装斗争中起了重大作用。
后来，他们被迫投降明朝，被朱元璋称为威行海上的英雄豪杰。这个时候，海盗活动还出现了新特点，日本的海盗也出现在中国沿海，他们后来被称为倭寇。当然明代他们才大规模冲击中国沿海。
陈祖义：绰号“海盗王”
中国历史发展到宋朝，发生了巨大变化，北方由于经历了长期战乱，经济已经很难恢复，随着南方的开发，大量人口南迁，经济中心也于这个时候转移到南方。相应的是，对外交往路线也发生改变，陆上丝绸之路已经中断，对外交往更多的依靠海上路线。
这种背景下，中国的海盗活动发生了巨大变化：规模变得更大，以往的海盗团伙，只是沿海居民为了改善生活，无其他生存方式情况下的一种生存之道。
他们拥有很少的人，很少的船。很少有那些聚众上万人的集团，而我们称他们为“小海盗”的话也不过分。而明代以后，海盗团伙不断增长，动辄上万人，形成了集团，首领们甚至称孤道寡，敢于与政府分庭抗礼。
还有，就是海盗活动范围扩大，海盗们不再局限于在中国沿海活动，东到日本海，西到印度洋都能看见他们的身影。这个时候的海盗活动还有一个新特点，就是外来的海盗也大量出现在中国沿海，无论是日本的倭寇，还是欧洲的海盗都在周边频繁出现。
面对海盗的猖獗，明朝政府也开始改变以往只注重北方游牧民族动向的政策，开始关注海上来袭，注意加强海防建设，传统中国有海无防的局面始得以改变。
因这些新特点，明代的海盗故事更精彩，更加波澜壮阔。
当时东南亚地区的海盗盛行，海盗团伙众多，他们横行不法，劫掠民间财物，当地官府也奈何他们不得。其中力量最强大的是一个中国海盗集团，首领是绰号“海盗王”的陈祖义。
陈祖义祖籍中国广东潮州。明洪武年间，陈祖义逃到南洋三佛齐（今印度尼西亚的巨港一带）的渤林邦国，在国王麻那者巫里手下当上了大将。国王死后，他干脆自立为王，成了渤林邦国的国王。
陈祖义曾到明朝进贡，可贡品并不是在本国港口准备好的，而是空船出发，一路抢，抢到什么送什么。回国的时候，又是一路抢回去。
陈祖义盘踞马六甲十几年，以苏门答腊重要的港口城市旧港作为基地。经过长期经营，其成员最多时超过万人，战船近百艘，活动范围包括日本、中国台湾、中国南海、印度洋等地，总计有超过万艘以上的过往船只遭其掠夺，连明朝沿海城镇中有50 多座被其攻陷过，实行抢光、杀光、烧光政策，破坏性很大。
据说，明太祖朱元璋大为恼怒，曾悬赏50 万两白银捉拿陈祖义。永乐年间，赏金更是增加到750 万两，当时明朝政府每年的财政收入也不过才1100 万两，所以说陈祖义是中国历史上悬赏金最高的通缉犯当没有疑义。
另外，我们也可以看出。因为陈祖义很厉害，所以这么高的悬赏一直没有人能获得。而且一些东南亚国家甚至还要向陈祖义纳贡。
可是，令陈祖义万万没有想到的是，他最后栽在了郑和的手上。
那是郑和舰队结束第一次远航返回祖国的途中，舰队到达旧港进行休整。陈祖义一直在打郑和船队的注意，现在郑和送上门来，岂肯轻易罢手。硬攻是没有把握的，他就想通过诈降来抢夺郑和的船队。
于是，派人向郑和表示他想投诚。陈祖义还怕人数和船只数量不及郑和导致部下信心不足，于是鼓动部下说：“大明的船队虽众多，但操船者初涉远洋，大多为河塘之师；明朝的船虽大，但行动迟缓，且不熟地形；明朝的水师虽强，但多年未战，骄兵，且以马步兵为主，水战根本不是我们的对手。”
此外陈祖义还很瞧不起郑和，他利用当时社会轻视太监的心理给海盗们多次打气。
郑和其实对陈祖义早有耳闻，一路上听到了人们对陈祖义的投诉。看到他突然来投降，知道他心怀叵测，因此郑和更加小心提防。更幸运的是，陈祖义的阴谋被一个叫施进卿的中国人知道了，他赶快跑来把陈祖义偷袭的计划告诉了郑和。
得知此消息后，郑和立即命令船队准备应战。这样一来，当陈祖义率众海盗来袭时，郑和早有准备。他们用火攻烧毁海盗船，杀伤海盗5000 余人。此后郑和又设法将陈祖义等人活捉，囚于船中带回南京。永乐皇帝当着各国使者的面下令杀掉了陈祖义，并斩首示众，警示他人。
