苏东坡刚一结束杭州城的输水管和六个水库工程，立即着手整理西湖。从工程方面看，只是件简单事，只在清除水草而已。这种改善工程，岂不是轻而易举吗？但是以前的主政者都没想到去做。那几个小水库完工之前，苏东坡在元祐五年（1090年）四月，给太后上了一道表章，简述他疏浚西湖的计划和理由。在五月，他又上疏给门下、尚书各省。他说若不急行设法，二十余年之后，湖面将全被野草遮蔽，杭州居民将必失去淡水的来源。他指出五项理由，说明必不可使此种后果出现。说也奇怪，第一个理由，竟是个佛教的理由，说鱼类必将因此遭殃，其他理由都指西湖的供水之用，如灌溉稻田、供水给运河，最后是供给好水以便造酒，此与朝廷税收有关。他提出要清理遮蔽湖面的水草两万五千方丈，或是十一方里。此项工作需要二十万天的人工，按一天人工清除一方丈左右计算，每一工五十五个钱，加上三升米，全部计划需要三万四千贯，他已然筹得一半，请太后再拨给他一万七千贯。
此项计划蒙朝廷批准，苏东坡开始和数千工人和船夫一起活动起来，费时四个月，工程完毕。现在的问题是如何处理堆积如山的水草和淤泥。苏东坡计上心来，用以建筑湖上的长堤。那时湖滨已密密地围起来，全是富户的庭园别墅。由南岸步行到北岸的人必须顺着蜿蜒的湖边走大约二里之遥。一条湖上的直堤，除去可以供人步行外，也可以增加湖面的美丽，且大为缩短往返的距离。此一道堤上有六座拱形的桥，九个亭子。苏东坡在时，其中一个亭子作为他的生祠，里面供有他的画像，以便居民膜拜，纪念他对地方的德政。等势利小人吕惠卿得势之后，他设法弄到一纸朝廷命令，将此纪念亭拆毁。
还有一个问题，就是如何使湖中的恶草不再滋生。苏东坡想到一个办法，就是把沿岸部分开垦出来让农人种菱角。农人必须注意将自己地段按期除草。他向中书省上疏，请求确保此项税收，必须应用在湖堤和湖的保养上。
除去增加西湖的实用价值之外，不管是有意也罢，无意也罢，苏东坡也增加了西湖的美。但是这种德政后来也遭致政敌的攻击，说他“虐使捍江厢卒，为长堤于湖中，以事游观”。
苏东坡又试验更庞大的计划，要扩展江苏的运河系统，这是苏州城外一项拖船驳运计划。还有后来他把在杭州西湖所做的工程也施之于阜阳的西湖。这些计划有些没能实现，但是附有地图的详密计划，足以证明他在工程方面的想象力。
我们必须提到他的一项庞大工程计划，不过因为他被召还京未及实现而已。那个详密计划现今依然保存。在钱塘江入杭州湾的江口，有一个小岛，那个地方每年船毁人亡，损失惨重。钱塘江势如奔马的洪流正好与流入海湾来的海水相遇，受阻于此一小岛，遂变成了极其危险的旋涡逆流。这个“浮山岛”之得名，就因为四周沙洲时隐时现，而驾船者无从辨认水道何在。这些沙洲有的一二里长，据说一夜的工夫就会完全失踪不见。旅客乘船到杭州，这一段路最为可怕。自浙江东岸来的人，宁愿在龙山横过海湾，但是从东南地区顺钱塘江而下的人，则不得不冒险经过。有时可以看见落水的大人儿童哭喊救命，还没来得及抢救，已被洪流巨浪吞没。但是杭州江上的交通还是很重要。贫苦的西南地区人民，都以杭州以北西湖地区产的米为生，而杭州人则依赖西南地区的燃料。盐也产在杭州湾，运销西南地区。虽说水运危险，水运仍极繁忙，但运费高昂，因为水上风险大，运输行必须付给工人厚礼。这样，使国家遭受无形的损失，为数达到数百万贯之巨。
苏东坡就想在深知钱塘江情形的人协助之下，解决这个问题。新计划是想把通往杭州的船运移到此危险地点上面的一条路。在苏东坡主持之下，拟订了一项计划，需款十五万贯，员工三千，为时两年竣工。在此计划下，要将钱塘江引入一条八里长的新水道，水的深度足可供航运，要筑石堤一条，长两里又四分之一，在山下钻隧道六百一十尺长。不幸这项计划正在拟订中，他必须离开杭州。
同时，他也正在为另一项更迫切的问题忙得要命，那就是饥馑的威胁即将来临。他到任的那一年，就已收成不佳。米价七月间六十文一斗，到九月间涨到九十五文一斗。幸而平仓里还有存粮，他又筹划到二十万石，卖出了十八万石，才算稳住米价，在元祐五年（1090年）正月，使米价跌到七十五文一石。在那年春季多雨，看来年成有望。农人借钱施肥勤耕，满希望夏季丰收。在五月六日，杭州一带大雨滂沱，多日不止，民家积水将及一尺。农人的盼望眼看悉成泡影，随便有点儿常识之人，都能看出来，一旦存粮吃光，势将挨饿。苏东坡派人到苏州常州去视察，接到的报告是该两地全境淹水。水库崩裂，部分稻田被水淹没，农人在划船抢救残存物品。抢救的潮湿稻子还可烤干，稻草用以喂牛，必须设法以济时艰，而且刻不容缓。
虽然不需大才即可预知，苏东坡却在事前早有准备。他一向相信平仓制度远胜过饥荒之后的救济，所以他早就不断购买谷子存满粮仓，好来应付荒年。因为淫雨连绵不绝，他越为奋战不懈。在半年之内，自七月开始，他给皇太后和朝廷上表七次，陈述实情，吁请急速设法。前两次表章叫《浙西灾伤第一状，第二状》，后面五个叫《相度准备赈济状》，七个表章合成一个情急的呼吁。他呼救不停，直到朝廷人人觉厌烦了。他那种急躁是太背乎中国人的习惯。若干朝廷的特使也在当地，人家一言不发，苏东坡喊叫什么？比平常多下了一点儿雨有什么大惊小怪的？他是为自己挖掘政治上的坟墓吧？
但是他深信一分预防胜过十分救济。但是在当地买，或是由外地进口，这样不断存粮，以防食粮短缺，并随时卖出以平定粮价，饥荒是可以防止的。把粮食向贫病与饥民施舍，永远是浪费无用，只能触到疾苦表面，根本办法则是预防。有远虑的人永远是气躁的。他指出来，在神宗熙宁八年（1075年），没有人事先作何防备，结果大饥荒来临。神宗皇帝须要拨出一百二十五万担食米设立粥厂救济贫民，竟有五十万穷人饿死。除去人受的灾难之外，朝廷救济、减免税款和各项岁收，一共损失了三百二十万贯。苏东坡指出，比照之下，他去年只用了六分之一的粮食就稳住粮价，防止了灾情。现在第二次饥荒会更甚于第一次，就犹如第二次发病会比第一次严重。人民少量的存粮已经逐日减少，必须立即设法。
奇怪的是，除去苏东坡一个人外，别人都无动于衷。他一看朝廷公报，不觉大怒。好多浙江和邻近的地方官都在春天奏报丰收有望，但无一人陈明新近的暴雨和水灾。苏东坡奏准以修缮官衙的款项购买食米，因为救饥荒第一。六个月以前，他奏请拨给五万贯购买食米，杭州当分得三分之一。朝廷是把钱拨下来，但邻省一个名叶温叟的税吏，却把苏东坡应得的款额剥夺了。钱一到，人人都想分享，但是目前却无人肯陈报灾情。苏东坡在一道密奏太后的本章里曾说：“臣近者每观邸报，诸路监司多是于三四月间，先奏雨水匀调，苗稼丰茂。及至灾伤，须待饿殍流亡，然后奏知。此有司之常态，古今之通患也。”他请朝廷下令调查全部灾区。倘若他的担心实属过虑，如果其他官员与他看法不同，要他们签报担保来冬不会有饥荒发生，人民不会挨饿。有一名官员名叫马瑊，苏东坡屡次写信有事与他会商，因为此事须与各地区配合协调。但是此人回信说他正忙于他事，他将因公外出，冬日始可返杭。苏东坡在给他正在浙东为官的一位好友钱勰的一封信里说：“虽子功旦夕到，然此事得聚议，乃济数舍之劳，譬如来一看潮，亦自佳事，试告公此意劝之，勿云仆言也。”在七月的报告中，苏东坡只请求拨米二十万石。那项计划也很简单。杭州本为产米地区，每年只须向京都缴米一百二十五万到一百五十万石，杭州仍然很殷实，能够付得出那个米额的价钱。如蒙允许保存一部分米，杭州可以改缴同值的绸缎银两。他只盼望朝廷准他们留下一部分充做皇粮的米，转到当地谷仓，也就可以了。
同时，在七月二十一、二十二、二十三，另一次狂风暴雨突发。在二十四日，雨少停，但是当夜又倾盆而至。苏东坡无法入睡，次日清晨，写了《浙西灾伤第二状》。在西湖地区，灾情益形严重。皇太后会对他前一道表章立即批示吗？官差邮政制度还不坏，由杭州到京都，邮递二十天可到。八月初四，太后收到苏东坡的第一道表章，立即办理。照惯例，表章由中书省转到户部，请求在半月之内作一报告。二十天后，在八月二十五，公文到达苏东坡手中。从那份公文里看，他那第一状中催请立即处理的那段最重要部分，已遭删除了。他立刻上文户部，请求联合调查，又要求那些认为不致有饥荒出现的人，应当签署保证文件。
由八月中旬，另一次暴雨又下个不停，情况比以前更为可怕，在九月初七，苏东坡请拨的米由二十万石提高到五十万石。这些米是预备稳定粮价的。即使朝廷每个赔十文钱或一石赔一百文钱，朝廷全部的损失也不过五万缗。他恐怕饥荒真正到来，那时朝廷即便花上十倍或二十倍的钱，还不能救那些饥民呢。这番请求蒙皇太后批准，但是我们可以看到，官僚总会有办法把圣旨变成一张废纸的。苏东坡还有现款在国库，问题不是何处去提款，而是何处去买米。商人都在囤积居奇，待高价而沽。在苏州，米价已经每斗涨到九十五文。苏东坡说要买米，但是买不到多少。他也不过这儿买到三千斗，那儿买到三千斗，如此而已。邻近地区的官员，因为价高，不愿买米。苏东坡认为官方应当到市场去，付出商人提出的价格，准备赔钱卖出。
时间已嫌不足，再过几十天，新收的稻子也快卖光了。情况还是很坏，甚至邻近各地也是一样。苏东坡在失望之下，在九月后半月，又修一道表章，请求朝廷命官员在河南安徽买米，储存在扬州，以备在饥荒来临时发与湖泊地区的灾民。他的计划是，米要存在途中地方，万一不需要，仍可再运往京都。杭州则可以用同等值的钱货代替每年的供米。他的所请，又蒙批准，皇太后为此办法拨了一百万贯钱。苏东坡在第三道表章的附奏中说：“今年灾伤，实倍去年。但官吏上下，皆不乐检放。只如近日秀州嘉兴县，因不受诉灾伤词状，致踏死四十余人。大率所在官吏，皆同此意。但此一处，以踏死人多，独彰露耳。”太后若信赖官吏的报告，永远不知实情。他提醒太后，前朝曾有五十万人饿死，因为有钱无米。“若来年人户原不缺食，不须如此擘画，则臣不合过当张皇之罪，所不敢辞词。纵被诛谴，终贤于有灾无备，坐视人死而不能救也。”
百万拨款的结果是这样：钱是在，但是没有买米。他的五十万石米也被人剥夺了。苏东坡和朝廷算账，官方坚称三十七万石米已经拨下来。苏东坡坚称，在三十六万石之中，元祐四年（1089年）的二十万石，不应当算在元祐五年分内，而且他上表呈请时十六万石已经在官仓之内了。接到圣旨说拨款若干是一件事，能通过官僚的手脚又是一件事。他在对抗官僚的长期作战中，曾写信给好朋友孔平仲说：“呜呼！谁能稍助我者乎？”
苏东坡的计划是在那年冬天出卖官米。果不出他所料，米价飞涨。冬季一到，他开始出卖官仓存米。但是在元祐六年（1091年）二月，他被调离杭州，又被召至京都充任翰林学士。他离杭州时，所做的事尚未完成，他写信给继任的林太守，请他与所有的有关官员联系，以作决定。他告诉林太守，在前一个月，他曾经请求保留朝廷的五十万石贡米，林太守应当暂时保留此米。林太守以等待前任苏太守最后上朝廷表章的批示为借口，当然可以将解来进京一事安然拖延一段时日。那批米如不急用，到六月再送出，也不算太迟。
