前文已经介绍过，徐阶是一个极善谋略的政治家，对张居正颇为赏识。当年张居正选为庶吉士在翰林院学习时，正巧徐阶是那一届的教习，师生相处没多久，便深相期许，引以为志同道合者。张居正给徐阶留下了深刻的印象，他当时评价张居正“勇敢任事，豪杰自许，然沉深有城府，莫能测也”。依徐阶的看法，张居正日后的发展不可限量，将会成为国家的栋梁之才。他看准了这是一个难得的济世之才，便用心良苦地尽力栽培。
除了培养像张居正这样的栋梁，徐阶在执政方面也有着过人的能力。在他当政以后，政局一步步地好转。他带头平反了一些冤假错案，使嘉靖一朝的戾气有所缓和，人们为了国事也敢于讲话了。
期间大名鼎鼎的海瑞，就站出来批评皇帝。海瑞是海南琼山人，为人刚正不阿，一身硬骨头，可谓是中国古代忠臣的代表人物。
嘉靖四十四年（1565年），海瑞被调到北京任职，再次表现了直言的胆略。他抬着棺材去见皇帝，罗列了一系列弊政，痛斥皇帝昏庸，甚至说：“嘉靖者，言家家皆净，而无财用也！”皇帝大惊，气急败坏，连忙叫人把海瑞抓住，千万别让他跑了。但下边人禀报说，皇上他不跑，他连棺材都抬来了。嘉靖无奈，只是说：“他可真是个比干啊，但我可不愿做商纣王啊！”在群臣的劝解下，皇帝最终没有将海瑞处死，而是将他发配到专门关押贪官污吏等政治犯的诏狱。这就是震惊古今的“海瑞上疏”。 当时，海瑞已经升任户部主事，官阶为正六品，这是一个接近于中级官员的职位。
当时的北京并没有出现什么令人振奋的气象。相反的，南北两方都连连告警，急待增加收入以备军需。然而，政府别无新的途径筹款，可行的办法还是挪借和增加附加税。前者并不增加收入，也没有紧缩支出，而仅仅是此款彼用；后者则使税收制度更加复杂和实际执行更加困难。户部是国家的财政机关，但主事一类的官儿却无事可做。大政方针出自堂官尚书侍郎，技术上的细节则为吏员所操纵。像海瑞这样的主事，根本不必每日到部办公，不过是日渐一日积累做官的资历而已。当时的嘉靖皇帝还是一如既往地不理朝政，依旧喜欢求仙问道，且愈演愈烈，越来越离谱，整日研究什么“祥瑞”。这些都让“死脑筋”的海瑞难以接受。
嘉靖四十五年（1566年），海瑞经过慎重的考虑，向嘉靖递上了一份著名的奏疏——《治安疏》。海瑞这篇古今奇文，写得实在是太振奋人心了。
户部云南清吏司主事海瑞在这里上奏：“为了匡正君道，明确臣下的职责，求得万世治安，我要直陈天下第一事。
“国君是天下臣民万物的主人，正是因为是天下臣民万物之主，所以责任重大。如果民生措置失当，就是君主没有负起责任。所以，臣子就应当尽量为君主服务，忠于职守，畅所欲言。臣子尽到了自己的责任，君主的责任也才算尽到了。以前那种专图讨好，曲意逢迎，不让君主听到实际情况的人，现在用不着说他们了。
“危言耸听的人或许会说：君子总是想法多，即使遇到贤明的君主，政治清明的时代，也常常居安思危，忧虑重重，只怕反而让人思维混乱，搞不清方向。这种说法不符合现在的情况！
“臣蒙受国恩，宁可直言得罪也不想说假话，好的就是好的，坏的就是坏的，一丝一毫都不敢隐瞒。我不为讨上面的欢心，也不计较得失，今天披沥肝胆，掏出真心，对陛下您说几句实话。”
“汉代名臣贾谊曾和文帝这样说：‘下面进言的人总是说天下已经大治，臣独以为还没有。那些说天下已安已治的人，不是愚昧无知，就是阿谀逢迎。’文帝算是汉代的贤君了，贾谊也不是对文帝要求过高。汉文帝的品质作风是好的，他有爱民的美德，为人也慈和俭朴，从容谦逊，但缺点在于游于玄老，不专事于政务，有许多政事都被耽误了，没有办好。假使臣下看不到这些弊病，一味认为天下已安已治，这就是愚昧无知。假使臣下看不到文帝的才能毕竟有限，一味用已安已治的话来歌颂他，这就是阿谀奉承。
“陛下自视和汉文帝比较起来怎么样呢？陛下天资英断，睿识绝人，具有成为尧、舜、禹、汤、文、武这样的君王的潜力。陛下像汉宣帝一样做事努力认真，像光武帝一样为人大度，像唐太宗一样英武无敌，像唐宪宗一样能够削平各地藩镇叛乱，陛下还有宋仁宗的仁恕之德。总之，像这些可取的优点，无论哪一项，您都是具有的。您即位初年，铲除积弊，明白宣示，同全国老百姓一道革新政事。举其大概：您作过一篇《敬一箴》，提倡规戒；改定了一些冠服制度，下令废除孔子庙里的塑像，只用木主；削弱了宦官的内外之权；将元世祖从历代帝王庙所祭牌位中剔除；在孔子庙兼祭孔子的父母。那时候，天下人都很期待，认为您一定大有作为。有见识的人都认为：只要有好的臣子帮助，不需多久，天下就可太平，您一定比汉文帝要强得多。然而，文帝能发扬仁恕之性，节约恭俭，体恤爱民，宋朝的吕祖谦说他善于用人，能尽人之才力。一时天下虽说不上已经大治，但国库充盈，连串钱的绳子都朽烂了，百姓安乐，财物丰足。大家公认他是夏、商、周三代以后的一位贤君。
“陛下您立志要有作为，可是没过多久，就被杂乱的念头导引到别的地方去了。您把自己的刚强英明用到错误的地方，以为人真的能够长生不老，而一味地玄修。陛下富有四海，却不念及那都是民之脂膏，常常大兴土木，大修宫殿庙宇。陛下二十余年不上朝处理政务，导致纲纪松懈败坏。朝廷卖官买官，援用这种章程越来越滥，美其名曰推广事例，导致豪强四起，名爵泛滥。您专门和方士在一起炼丹，不与自己的儿子们相见，人们都以为您缺少父子之情。您常以猜疑诽谤戮辱臣下，人们都以为缺少君臣之礼。您整天待在西苑不回宫，人们都以为缺少夫妇之情。天下官吏贪污成风，军队弱小，水灾旱灾无时不有，民不聊生，导致流民暴乱像火烧一样，越来越盛。自陛下登基以来，前几年就这样，但还不严重。但如今赋税徭役越来越重，各级官吏都效法朝廷，盘剥百姓无度。陛下花很多钱崇奉道教，十余年来已经做到极致了。因此，陛下改元号之时，天下人都猜想：嘉靖者，言家家皆净，而无财用也！
“近来，严嵩罢相，严世蕃被处以极刑，勉强可以令人满意，一时人称天下清明。然而，严嵩罢相以后的政事，不过和他做宰相以前差不多，也并不见得清明多少。陛下比汉文帝差远了。天下之人对您不满已经很久了，这内外臣工都知道。《诗经》上说：‘衰职有阙，惟仲山甫补之。’意思是说宣王不能完全尽职，仲山甫能从旁补救。今日以辅助、匡正来补救、纠正错误并使一切走入正轨，正是诸位臣下的职责所在。圣人也不能不犯错误，否则古代设官，只要他做官办事就够了，不必要求他们进言劝谏，也不必设谏官，更不必说木绳金砺这类的话了。陛下修宫殿，设坛祈祷，就让群臣竞相进献香物和仙桃仙药，叫臣子进表管贺。陛下要兴建宫室，工部就极力经营；陛下要取香觅宝，户部就派人到处索取。陛下举动有误，诸臣顺从得也没道理，竟没有一个人为陛下正言。那种公开讨论对错、贡献良言，防止邪恶的做法，长久没有听到了，献媚的风气太甚。然而，人们不敢直言，内心却不能不惭愧，气也不壮了，当面不敢说，却在背后议论是非，人们表面上顺从陛下，却把真心藏起来，这样为陛下歌功颂德，是多么大的欺君之罪！”
奏疏中指出，嘉靖是一个虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地的盗匪滋炽，皇帝本人都应该直接负责。皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天毕竟不会说话，长生也不可求致，这些迷信统统不过是“系风捕影”。然而，奏疏中最具有刺激性的一句话，还是“盖天下之人不直陛下久矣”，就是说普天下的官员百姓很久以来就认为皇上是不正确的了。
这一奏疏的措辞虽然极端尖辣，但又谨守着人臣的本分。海瑞所要求于皇帝的不过是改变自己的作为，只要嘉靖能够真正振作，选择合宜的道路，下定决心，他还是有机会成为尧舜之君的。
这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作诤谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及为人父的责任也没有尽到，其唐突之处真的是古今罕有。
所以，在嘉靖皇帝读罢这篇奏疏，其震怒的情状自然可想而知。据说，他当时把奏折往地上一摔，嘴里喊叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边一个宦官为了平息皇帝的怒气，就不慌不忙地跪奏：“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的。” 皇帝听了默默无言，过了一会又读海瑞上疏，说道：“这个人可和比干相比，但朕不是商纣王！”
在逮捕海瑞关进诏狱后，嘉靖又下令追究主使的人。狱词送上后，嘉靖却留在宫中不发布，整日叹息，因为他不能忘记这一奏疏，其中有那么多的事实无可回避，可从来没有人敢在他面前哪怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾。
正遇上皇帝的健康欠佳，心情郁闷，便召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，便说：“海瑞所说的都对。朕现在病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”
徐阶连忙予以缓冲，说：“海瑞这个人，说话一贯愚憨，但其心还是可以原谅的，请陛下对他法外开恩。”
过了两个月，嘉靖皇帝死，明穆宗继位，海瑞被释放出狱。
终于摆平了海瑞的事情，徐阶又开始忙于内阁的人事调整，这可是关系到他将来能否顺利、体面地退休的大事，所以慎之又慎。这时候，张居正的机会也就来了。
徐阶对张居正的器重，是始终如一的。他有意保护张居正不卷入任何正面的政治斗争中，只留在幕后。张居正自然明白老师的苦心，也决心有朝一日大干一场。
他对张居正的栽培，处处都有心机。当年，他提拔张居正担任国子监司业，使张居正在众多监生中有了威望，这是在为张居正积蓄做大事的资本。明代由监生入仕而担任各级干部的，有一定的比例。在他们中间，酝酿出一种“谁人不识张江陵”的气氛来，对日后的发展必会有用。
嘉靖三十六年（1557年），张居正仍回翰林院供职。这时的他在苦闷思索中渐已成熟，在政治的风浪中，他模仿老师徐阶“内抱不群，外欲浑迹”，相机而动。
嘉靖四十二年（1563年），也就是严嵩罢相的第二年，徐阶又把张居正的位置挪了一挪，推荐他去参与重校《永乐大典》，又让他担任修撰《兴都志》的副总裁，实际上就是主持全盘工作。这是一次精心的安排，目的是为了能让张居正给嘉靖皇帝留下一个深刻的印象。《兴都志》不是一般的地方志，由于嘉靖是从外藩入嗣，出生在湖广的兴都（即安陆），这是他父亲兴献王的封藩之地，也是他的故乡。在他继位后，兴都即更名为承天。所以，《兴都志》又称为《承天大志》，这是国史也是皇帝的家史，能够参与编著这个不一般的志，也算是很有面子的差事了。
嘉靖四十三年（1564年），张居正进宫右春坊右渝德兼国子监司业，深谋远虑的徐阶荐张居正为裕王朱载垕的侍讲侍读。逾德只是个虚衔，但由于裕王很可能继承皇位，因而在裕王府里做讲读就不是等闲之职了。在裕王府期间，“王甚货之，邸中中宫亦无不善居正者”。而国子监司业则掌握了很多将来可能进入官场的人。在这期间，张居正也结识并交好内廷太监李芳等人，打开了人脉。而且张居正凭着自己过人的才华，成功赢得了未来皇帝的欣赏。据说，他讲课的时候，“必引经执义，广譬曲谕，词极剀切”，讲得非常到位，裕王往往目不转睛地盯着张居正，以表示崇高的敬意。
虽然这是一个很好的晋升机会，但对张居正来说，也是一个富有挑战性的职位。当时，国子监的祭酒高拱是张居正的顶头上司。高拱曾是裕王的老师，与其关系密切，继严嵩之后，他成为徐阶的主要对手。张居正身为高拱的副手，又是徐阶的知己，再一次置身于两大“高手”之间，这无异于在风口浪尖上斡旋。徐阶老谋深算，平厚阴柔，与张居正是在失意时结下的知交，又是举荐张居正的恩人，相处自然融洽；高拱精明强干，直拙傲慢，不易相处，可他们在诸多问题上的见解甚为相投，共事友好。在两强之间左右逢源，可见张居正为人处事之能耐。
嘉靖四十五年（1566年），世宗逝世后，徐阶和张居正又以世宗遗诏的名义，革除弊政，平反冤狱，颇得人心。一切好感都集中到徐阶身上。隆庆元年（1567年）二月，张居正晋升为吏部左侍郎兼东阁大学士，入阁参与机要政务。自此在内阁中形成徐阶、高拱、张居正三股势力，展开了新一轮的政治角逐。
徐阶所做的一切，为张居正在政治上的胜利打开了通道。没有徐阶，张居正的出头之日不知还要等上多少年。
