孙中山当选临时大总统，袁世凯恼怒起来，阴沉沉地说：“革命党人这么做，置我袁某人于何地呢？”这么说过之后下达令：
中止南北议和，再次炮轰武昌城。
身为副总统的黎元洪，此时对南京临时政府也十分不满，原因是在孙中山任命的18个部长和次长中，竟无一人是武昌首义的功臣。为此，黎元洪不愿放弃大元帅之职，心目中的总统，更加倾向于袁世凯。
孙中山革命，旨在推翻清王朝统治，建立民主共和国。此时革命政府虽然成立，清廷却还没有彻底垮台，加上袁世凯的炮火、黎元洪的不满等方面的因素，1912年1月15日，孙中山致电袁世凯，明确表示说：
“如清帝实行退位，宣布共和，则临时政府决不食言，文即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。”
袁世凯得到孙中山这一承诺，大喜之余，停止炮击武昌，掉过头来软硬兼施地威逼清帝退位。
清廷知道他们此时只不过是袁世凯手上的鱼肉，若还要硬掌下去，只会被砍烂煮熟，倘若依了袁世凯的建议自己主动退位，既可以不废尊号、享受外国君主的礼遇，每年还可以得到400万元白银挥霍，并暂居紫禁城中。
权衡再三，清廷决定退位。1912年2月12日，刚做了三年的幼帝溥仪下诏退位。
袁世凯如愿以偿做了总统，在人事安排上比南京临时政府做得更出色，把内阁中的要害部门，诸如外交、内务、财政、陆军、海军、交通等，全由自己的心腹之人掌管，只把司法、教育、农林等几个权力有限的衙门让给革命党人。这样一来，原大总统孙中山，就只有一个全国铁路会办的职务；而原陆军总长黄兴，只做一个南京留守；唯独黎元洪，还做副总统，再兼参谋总长要职。
黎元洪虽受袁世凯重用，袁世凯还是心存戒心，不愿离开自己的老窠，便以湖北军政事务不得脱身为名，在武汉设副总统府，遥领参谋总长之职。
卸任后的孙中山，为修铁路之事来到武昌，与黎元洪见面后，一番交谈，两人都有一见如故、相见恨晚的感觉。黎元洪盛赞孙中山甘于让贤，功比尧舜；孙中山则称赞黎元洪为民国首义的第一伟人。
在孙中山等人的支持下，黎元洪的声誉一时大增，当立宪派的统一党、民国公会、国民协进会、民社等党派合并组成共和党时，众人纷纷推举黎元洪做了党魁。
由此，黎元洪成了一个大政党的政治要人，麾下拥有张謇、章太炎、梁启超、冯国璋、蔡锷、熊希龄、汤化龙、林长民等名声响亮的知名人士。
武昌首义的两大革命团体，原本就互有意见，只因举义暂时联合，举义成功之后又开始明争暗斗起来。而此时的黎元洪，作为湖北军政府的大都督，已经深感军人对政府的行为干涉太过，他要按自己的意愿来管理湖北，于是便抛出一个军人秉政“十害”论，目的是排斥军人干政。
在“十害”论的基础上，黎元洪提出军民分治，并首先在湖北取消军政府，设立都督府和民政府。
因为原军政府多为起义的革命党人所掌控，此时的黎元洪为达其政治目的，便开始暗地里清除掌权的革命领导人。他利用武汉革命党两大团体的矛盾，实施挑拨离间，拉一方打一方，最后全都打压下去的手段，以达到各个击破的目的。
在湖北众多的革命党人中，最让黎元洪感到棘手的是“首义三武”，即文学社主要领导人蒋翊武和共进会主要领导人孙武、张振武。
经过一番谋划，黎元洪决定先解除蒋翊武的军权。为借刀杀人，他唆使时任军务部长的孙武撤掉战时总司令蒋翊武的军职。
当时，孙武与蒋翊武的矛盾正烈，有黎元洪支持，马上下手。孙武以军务部长的名义一纸令下，黎元洪马上盖了总督大印，蒋翊武的军职，顷刻间便这么没了。
文学社一方的革命党人强烈不满，这是黎元洪事先料到的，盖章之后即让人散布谣言，说孙武逼着他黎元洪盖章撤了将翊武的军职。
文学社一方众怒齐发，结果都冲着孙武去了。文学社的战士照搬起义经验，趁了夜色，将武昌军务部团团围住，然后冲进去想把孙武杀掉。
幸好，孙武事先得知内情，早仓皇逃往汉口。
这时候，黎元洪站出来了，一面派兵以“恢复秩序”为名驱散起事士兵，一面严斥孙武并责令他辞职。
就这样，黎元洪略施小计，一举除去“俩武”。
“首义三武”中，只剩下张振武。其实，三武之中，惟张振武对黎元洪特别反感，曾对人说：“我不相信他（黎元洪）会革命……鄂政不良，我等当再度革命。”
这些，黎元洪都知道的清清楚楚。武昌起义之后，张振武出任军务部副部长，因孙武住院治伤，该部实际是由张振武一人掌管，在他的手下，单是湖北将校团和军务司护卫队就有数千人。
张振武性格外向，做事天不怕地不怕，他的贴身卫队60余人，都配一色短枪，不仅出入军务部时左簇右拥，就是去黎元洪都督府，也要让他的卫队加岗。对于黎元洪，张振武也常横眉竖目，有时话不投机了，还会拔枪大喊：“若非我们拉你出来，你焉有今日？”
张振武这样，黎元洪自然如芒刺在背，早就想除之而后快，只因张振武是闻名遐迩的首义英雄，黎元洪不愿背“妄杀功臣”的罪名，这才将他留了下来。此时“俩武”已除，黎元洪一门心思，都来考虑如何去掉张振武。
很快，黎元洪有了办法。
袁世凯当上大总统之后，为表示他的贤德，此时正在北京广招贤士，黎元洪得到消息，立马致电袁世凯，向他推荐张振武。
黎元洪深知张振武性格，也了解袁世凯的为人，知道张振武到了袁世凯那里，定会惨遭杀害。
袁世凯一生阅人无数，看到黎元洪的推荐信，立刻知道了黎元洪的用意。因为对于武昌革命党领导人的情况，袁世凯早已经了解得清清楚楚。
知道了黎元洪的借刀杀人之计，袁世凯笑了，立刻回电黎元洪，表示他愿意接纳张振武这个“贤士”，并在电文中暗示黎元洪，自己愿做“恶人”，帮他黎元洪解决这个难题。
张振武得意洋洋，带着几个贴心人，很快到了北京。出门时，黎元洪慷慨赠给路费4000元，还依依不舍地握手送别；到北京后，袁世凯更是格外地礼待，不仅山珍海味地设宴招待，还让冯国璋、段祺瑞等高官轮番左右把盏。日日如此，转眼过去了一个礼拜。黎元洪心里开始急了，亲发一封密电给袁世凯：
“张振武……怙权结党，桀骜自恣。赴沪购枪，吞蚀巨款。当武昌二次蠢动之时，人心惶惶，振武暗煽将校团乘机思逞……近更蛊惑军士，勾结土匪，破坏共和，倡谋不轨。狼子野心，愈接愈厉……元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷。伏乞将张振武立予正法，其随行方维系同恶相济，并乞一律处决，以昭炯戒。”
这正是袁世凯在等待的东西，如今到手了，而且比意料中的来得快，袁世凯便要再折腾一下了。他微笑着摇摇头，也亲自发了一份电报给黎元洪：
“以原电蛊惑军士，勾结土匪，破坏共和，倡谋不轨等近于容言，似不得为罪状。当即复电，拟为之设法调停。”
黎元洪看了，不由得苦苦一笑。这个袁世凯，莫非他要变褂？这么想着，急忙再次致电袁世凯：
“不杀张不独为全鄂之害，实为天下之害……此事鄂军俱已布置妥当，万无他虞……恳请总统即日行刑。”
抓足了把炳之后，袁世凯忍不住开怀大笑起来。笑过之后，唤来手下如此如此般交待几句。
1912年8月15日晚，张振武在北京六国饭店宴请北方将领，散席后乘马车返回金台旅馆，途中预伏，3个小时后悄无声息地离开人世。
两天之后的清晨，黎元洪积习地打开京报，只见头版头条上登着处死张振武“罪状”，依据附录的是他致袁世凯谋杀张振武密电的全文。黎元洪如知道这回他着了袁世凯的道，却只能打脱牙齿往肚里吞，苦涩地一笑罢了。
黎元洪外号叫“黎菩萨”，因为他总是和颜悦色，温柔不伤，就连他在水师学堂的老师严复，也说他“德胜于才”。可当他主持一方大政之后，结果也像阎王一样不择手段地索取他人性命了。
黎元洪想利用袁世凯，做一回借刀杀人的买卖，结果却被计高一筹的袁世凯耍弄一回，使他在国人面前一扫昔日菩萨的颜面，露出狰狞的恶魔的一面。根本的原因，还是因为他一直既得革命党人拥戴，又手握重兵，使袁世凯对他产生忌惮，才下此杀手，目的是让他与革命党人翻脸。
袁世凯公布“密电”一招见了奇效，国人上下无不责骂黎元洪卑鄙，革命党更斥之为“共和敌人”。
1913年3月，宋教仁被刺杀身亡，孙中山立马发动讨袁运动。此时，黎元洪手上有四个装备精良、训练有素的师共六万余人，若帮助孙中山一起讨袁，战事胜败一定难以预料。可惜此时黎元洪与革命党人的关系已经日经恶化，加上袁世凯对他还在百般拉拢，他已经别无选择，只有向着袁世凯了。
战事暴发前夕，黎元洪致电袁世凯，表示“元洪惟知服从中央。长江下游，誓死砥柱，决无瞻顾。倘渝此盟，罪在不赦。”
袁世凯阅后，定下心来，挥师南下，迅速击溃各省讨袁大军。袁世凯镇压了“二次革命”之后，仍不忘对黎元洪大加笼络。
5月上旬，袁世凯刻意下令拨发湖北军饷100万元；8月初，袁又特赠黎元洪一等文虎章，盛赞他“砥柱东南，功同再造”；到8月下旬，袁世凯亲书“民国柱石”四个大字，制成横匾一方，派人专程送武昌，同时拨现银4万元及金银奖牌若干，慰劳鄂军将士。
对于拥有6万精兵的黎元洪，袁世凯可谓用心良苦。黎元洪虽然也是极善于笼络人的统帅，比起袁世凯，却又差许多。既受人恩惠，当然须得报答。袁世凯此刻最需要什么，黎元洪心里非常清楚。
于是，黎元洪立刻行动起来，先是积极配合胁迫国会中的国民党议员接受先选总统后订宪法的方案，随后又致电参、众两院，催促总统选举尽早举行，并且明确属意“雄才伟略，卓绝一时”的袁世凯是总统的最佳人选。
黎元洪这一招正合袁世凯心意，这位从孙中山手上接过权位的临时大总统，在镇压了二次革命之后，目前最渴望地就是做正式大总统。由于黎元洪的积极配合，袁世凯如愿以偿。
1913年10月6日，袁世凯当选为正式大总统。次日黎元洪当选为副总统。
1913年12月11日，黎元洪进京，以正式副总统的身份兼任上议院议长。袁世凯以当初接待孙中山的崇高礼仪接待黎元洪，俩人极尽欢愉，可在宴毕之后，袁世凯却让人将黎元洪送到瀛台下榻。这可是当年慈禧软禁光绪的地方，黎元洪一，到瀛台，就知道这回又着了袁世凯的道，不仅回不了湖北，身家性命也有危险。
事已至此，怪自己棋差一着，黎元洪也只能泰然处之了。他韬光养晦，吟诵佛经，偶有客来，则绝口不谈世事，对袁世凯之羁縻赠馈，不谢不拒。袁世凯见他如此，为表诚意，又使自己的第九子娶了黎元洪的女儿绍芳。
黎元洪在瀛台苦捱春秋，袁世凯紧锣密鼓地张罗帝制。为探明黎元洪对帝制的态度，袁世凯亲来瀛台。
“辛亥革命为推翻帝制、建立共和，死者何止万千，如今大总统回头再做皇帝，如何对得起这些先烈？”
黎元洪的回答，使袁世凯大失所望，怅然离去。袁世凯当然不会因为黎元洪的反对而放弃帝制的想法。黎元洪也因为袁世凯执意要称帝而辞去参政院院长之职，尔后又请辞副总统、总参谋长之职，以表明自己为共和守节的决心。
1915年12月13日，袁世凯接受百官朝贺，正式称帝，改元“洪宪”。两天后，“洪宪皇帝”发出第一道敕令，册封黎元洪为武义亲王。
黎元洪宁死不受，在国务卿陆徵祥等人前来道贺时，黎元洪当面表示自己不愿受爵后，拂袖入内。袁世凯仍不甘心，不久派裁缝来量做亲王制服，竟被黎元洪赶出家门。
袁世凯还不死心，19日重颁敕令，命九门提督江朝宗去黎元洪家宣封。黎元洪避而不见，江朝宗长跪高呼“请王爷受封！”
黎元洪大怒，从房中奔出，捋起衣袖，指着江朝宗大骂：“江朝宗，你怎么这么不要脸，快快给我滚出去。”
江朝宗仍然不动，直跪挺身，捧诏连声大呼“请王爷受封！”
黎元洪怒气冲天，下令左右：“将江朝宗架出去！”
事情这样，袁世凯还不死心，再派袁克定等人往黎府馈赠各种礼物、好言劝说，黎元洪一概拒绝，最后被逼得急了，指着厅中一根石柱说：“你们如再逼我，我就撞死给你们看！”
袁世凯称帝，并未完全否定民国，黎元洪有武昌首义之功在，袁世凯不封他为王无法向国人交待。这是袁世凯的想法，而黎元洪认为首义之功属于民国，这对帝制而言，驴唇不对马嘴，所以只能拒绝。
不久，袁世凯迫于压力取消帝制，却仍想做总统，全国上下一致反对，总统位置成了悬念。
此时护国军方面的几个总统人选中，蔡锷的威望不够，孙中山又遭到进步党的反对，冯国璋或段祺瑞让人感到不可信任。因为称帝众叛亲离的袁世凯忧惧成疾，在向徐世昌、段祺瑞托孤之际，除了念念不忘“约法”二字，就是谆谆告诫徐世昌和段祺瑞：“要好好辅佐黎元洪！”
1916年6月6日这天，袁世凯死去，人们在他金匮石屋中预置的三位继承人，依次看到了黎元洪、徐世昌、段祺瑞三个人的名字。
就这样，在袁世凯死后的当天，段祺瑞伪造了袁世凯的遗令宣布：副总统黎元洪依约法第十九条代行中国民国大总统职权，并以国务院名义通电全国。
第二天，1916年6月7日，黎元洪在东厂胡同宅邸前宣誓就任中华民国大总统。
