不过在李泌的政治斡旋之下，吐蕃的胜利更像是回光返照。回鹘此时正值极盛，之前的挫败并没有对回鹘造成太大的伤害，回鹘势力很快又卷土重来，与葛逻禄、吐蕃的联合势力在天山东部地区展开了激烈的争夺，并取得了重大的胜利。
仅仅据北庭失陷过了一年的时间，回鹘可汗就向唐朝政府派遣使节，"献败吐蕃、葛（逻）禄于北庭所捷及其俘畜"。显然回鹘人很快又在北庭地区取得了胜利，但是战争的实际进程如何，回鹘最终是否控制了北庭，汉文史籍阈载。《九姓回鹘可汗碑》中的汉文部分大略记载了这次战争的经过，碑文中说，回鹘军队在天可汗（即公元808-821年在位的保义可汗，碑文中记述的许多内容是保义可汗继位之前担任内宰相时的事迹）的率领下对北庭"半收半围"，而后，天可汗又"亲统大军，讨灭元凶，却复城邑。"收复了北庭城。并对北庭的居民进行了妥善安置，"食土黎庶，纯善者抚育，悖戾者屏除"，安定了北庭地区的社会环境，恢复了北庭以东的交通。对照汉文史料的记载，回鹘收复北庭的时间应在公元791年秋季或之前。争夺北庭的最终失利对于吐蕃政权是一个严重的打击，吐蕃因在北庭战役中伤亡过重，曾向南诏征兵，以作为西域战场的补充。
收复北庭之后，回鹘政权取得了在西域的落脚点。接着回鹘军队再次出征，和唐安西守军里外夹攻，打败了围攻安西都护府治所龟兹的吐蕃军队，取得了在天山南部地区的重大胜利。《九姓回鹘可汗碑》第十六行在北庭之战后记叙了龟兹战役之情况，"后吐蕃大军攻围龟兹，天可汗领兵救援。吐蕃落荒，奔入于术。四面合围，一时扑灭。尸骸臭秽，非人所堪，遂筑京观，败没余烬。"于术就唐朝安西都护府所辖于术守捉城的所在地，西距龟兹四百六十里，东距焉耆七十里，这是一次长途追袭。吐蕃军队先败于龟兹，尔后又被围歼于于术城中。北庭、龟兹两次战役的胜利，使天山南北的两个战略要地都处于回鹘势力的控制之下。在回鹘解决吐蕃围攻安西的军队的时候，唐朝政府也没有坐视，在公元795年唐朝也出兵西州，继而将西州光复。
此后。回鹘军队又进一步向西推进到了锡尔河上游地区。碑文中说：“（前阙）百姓与狂寇合从，有亏职贡。天可汗躬总师旅，大破贼兵，奔逐至真珠河，俘虏人民万万有余，驼马畜乘，不可胜计。余众来归（中阈），自知罪咎，哀请祈诉。天可汗矜其至诚，赦其罪戾，遂与其主，令百姓复业。自兹已降，王自朝觐，进贡方物，与左右厢沓实力（后阈）。"这里所说的真珠河就是指锡尔河的上游段【《新唐书?石国传》，石国“西南有药杀水（即锡尔河），入中国谓之真珠河，亦曰质河。”《新唐书?地理志》引“安西入西域道”则具体指出，度拔达岭之后“又五十里至顿多城，乌孙所治赤山城也。又三十里渡真珠河，又西北度乏驿岭，五十里度雪海，又五十里至碎卜戍，傍碎卜水五十里至热海（今伊塞克湖）。”参见王国维《九姓回鹘可汗碑跋》，《观堂集林》卷20】。"沓实力"则是"踏实力"的别称，是葛逻禄三部之一。
回鹘发动这次战争的原因是被征伐者"与狂寇合从"，而且对回鹘"有亏职贡"，说明回鹘军队征伐的对象在此前曾经一度臣服了回鹘，否则"有亏职贡"就无从说起。但是由于碑文残缺不全，先前臣服回鹘的究竟是哪个部族还不清楚。如果结合上下文来看，上文中"与狂寇合从，有亏职贡"的"百姓"，应该就是在后面提到的"遂与其王，令百姓复业""的"百姓"。也就是说，虽然碑文中间有缺文，但前后所记的实际是同一事件。紧接着碑文中又说，此后，回鹘所"与"之王又亲自朝觐，与踏实力部等一起向回鹘汗国贡献方物。显然踏实力部这时至少在名义上已经臣服回鹘。总之，全文大意似乎是说：先前已经臣服回鹘的某个部族投靠了与回鹘为敌的势力，终止履行向回鹘朝贡的义务，于是回鹘军队在锡尔河上游打败了他们，又因为其人民祈求，天可汗原谅了他们的叛逆行为，为他们册立国王（或是将原来的国王还给了他们？），令百姓复业。自此以后，这位国王亲自会同葛逻禄踏实力部等一起到回鹘汗庭朝贡。
后来回鹘军队又再次出征，讨伐葛逻禄和吐蕃联盟，"搴旗轿首，追奔逐北"，向西一直追赶到了费尔干纳（原文作"拔贺那"）盆地。在这次战役中回鹘俘获了众多的人民和畜产。葛逻禄叶护兵败逃走，回鹘为归顺的葛逻禄部落另立真珠智惠叶护为主（《九姓回鹘可汗碑》第20行）。
由于回鹘和唐帝国是同盟关系，唐帝国此时虽然力求振作，无奈国力大损，力不从心，不能承受西域驻军所带来的沉重负担，于是于公元803年唐朝将西州让给了回鹘，让回鹘替唐朝把守西边的大门。（荣新江：《摩尼教在高昌的初传》【J】，刘东编《中国学术》第1辑，北京，商务印书馆，2000年）
